Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:
- i -
- i
: PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >::Const_row
, PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >::Row
- IA
: PLMD::Random
- IBicCoeff()
: PLMD::InterpolateBicubic
- idata
: PLMD::analysis::Analysis
- identity()
: PLMD::TensorGeneric< n, m >
- idum
: PLMD::Random
- ifile
: PLMD::CLTool
, PLMD::generic::Read
- IFile()
: PLMD::IFile
- ifiles
: PLMD::bias::MetaD
, PLMD::bias::PBMetaD
, PLMD::function::FilesHandler
- ifilesnames
: PLMD::bias::MetaD
- ignore_forces
: PLMD::generic::Read
- ignore_reweight
: PLMD::analysis::Analysis
- ignore_time
: PLMD::generic::Read
- ignoreFields
: PLMD::IFile
- IM
: PLMD::Random
- imag_modes
: PLMD::molfile::molfile_qm_hessian_t
- IMD()
: PLMD::IMD
- imgVec
: PLMD::colvar::PathMSDBase
- in
: PLMD::CLToolMain
- Include()
: PLMD::generic::Include
- incPrec
: PLMD::Random
- IncreasedPrecis()
: PLMD::Random
- increasingOrder()
: PLMD::function::FuncPathMSD
- index
: PLMD::ActionWithVirtualAtom
, PLMD::AtomNumber
, PLMD::colvar::PathMSDBase::ImagePath
- index_
: PLMD::AtomNumber
- index_t
: PLMD::Grid
- indexCnt
: PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
- indexDsp
: PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
- indexes
: PLMD::ActionAtomistic
- indexmap
: PLMD::function::FuncPathMSD
- indexOfTaskInFullList
: PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
- indexR
: PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
- indexS
: PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
- indexToBeReceived
: PLMD::Atoms::DomainDecomposition
- indexToBeSent
: PLMD::Atoms::DomainDecomposition
- indexvec
: PLMD::colvar::PathMSDBase
- indices
: PLMD::multicolvar::AtomValuePack
, PLMD::multicolvar::CatomPack
, PLMD::MultiValue
, PLMD::ReferenceAtoms
- Info()
: PLMD::cltools::Info
- info
: PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
- init()
: PLMD::Atoms
- Init()
: PLMD::Grid
- init
: PLMD::HistogramBead
, PLMD::PlumedMain
, PLMD::SwitchingFunction
- initialBias
: PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
- initialize()
: PLMD::NeighborList
- initialized()
: PLMD::Communicator
, PLMD::GREX
, PLMD::PlumedMain
- initstride
: PLMD::function::FuncSumHills
- inMiddleOfField
: PLMD::IFile
- InPlaneDistances()
: PLMD::multicolvar::InPlaneDistances
- input
: PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase
- inputData
: PLMD::CLTool
- inputdata
: PLMD::CLTool
- inputForce
: PLMD::Value
- insertFile()
: PLMD::PlumedMain
- insertGroup()
: PLMD::Atoms
- insertion
: PLMD::molfile::molfile_atom_t
- installed()
: PLMD::DLLoader
, PLMD::Plumed
- integrate()
: PLMD::Grid
- integratehills
: PLMD::function::FuncSumHills
- integratehisto
: PLMD::function::FuncSumHills
- intensities
: PLMD::molfile::molfile_qm_hessian_t
- intercomm
: PLMD::GREX
- InterpolateBicubic()
: PLMD::InterpolateBicubic
- InterpolateCubic()
: PLMD::InterpolateCubic
- interpretArgumentList()
: PLMD::ActionWithArguments
- interpretLabel()
: PLMD::Tools
- interpretRanges()
: PLMD::Tools
- interpretSymbol()
: PLMD::SetupMolInfo
- inthessian
: PLMD::molfile::molfile_qm_hessian_t
- intracomm
: PLMD::GREX
- inum
: PLMD::vesselbase::BridgeVessel
- inv_max_minus_min
: PLMD::HistogramBead
, PLMD::Value
- invalidateList
: PLMD::colvar::CoordinationBase
- invbeta
: PLMD::BiasWeight
, PLMD::ProbWeight
- invBox
: PLMD::Pbc
- inverse
: PLMD::crystallization::DFSMaxCluster
, PLMD::crystallization::DFSNumberOfClusters
, PLMD::TensorGeneric< n, m >
- Invert
: PLMD::Matrix< T >
- invlambda
: PLMD::mapping::ZpathVessel
- inVolumeOfInterest()
: PLMD::multicolvar::ActionVolume
- invr0
: PLMD::SwitchingFunction
- invr0_2
: PLMD::SwitchingFunction
- invReduced
: PLMD::Pbc
- invsigma
: PLMD::bias::MetaD::Gaussian
- iov_base
: PLMD::molfile::fio_iovec
- iov_len
: PLMD::molfile::fio_iovec
- iprecision
: PLMD::generic::DumpAtoms
- IQ
: PLMD::Random
- IR
: PLMD::Random
- ir_size
: PLMD::molfile::trx_hdr
- isaction
: PLMD::Keywords
- isActive()
: PLMD::Action
, PLMD::DynamicList< T >
, PLMD::MultiValue
- isAtomList()
: PLMD::Keywords::KeyType
- iscltool
: PLMD::function::FuncSumHills
- isCompulsory()
: PLMD::Keywords::KeyType
- isCurrentlyActive()
: PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction
, PLMD::multicolvar::MultiColvar
, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
, PLMD::multicolvar::MultiColvarFunction
- isdens
: PLMD::crystallisation::GradientVessel
- isDensity()
: PLMD::multicolvar::Density
, PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
- isDirection()
: PLMD::ReferenceConfiguration
- isDriver()
: PLMD::Keywords
- Isend()
: PLMD::Communicator
- isEnergy
: PLMD::Colvar
- isEnergyNeeded()
: PLMD::Atoms
- isFirstStep
: PLMD::bias::MetaD
, PLMD::bias::PBMetaD
, PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
- isFlag()
: PLMD::Keywords::KeyType
- isInitialized
: PLMD::RMSDCoreData
- isNotPeriodic()
: PLMD::HistogramBead
- isOpen()
: PLMD::FileBase
- isopen
: PLMD::function::FilesHandler
- isOptional()
: PLMD::Keywords::KeyType
- isOptionOn()
: PLMD::Action
- isOrthorombic()
: PLMD::Pbc
- ispath
: PLMD::PointWiseMapping
- isPeriodic()
: PLMD::analysis::Analysis
, PLMD::crystallization::Fccubic
, PLMD::crystallization::OrientationSphere
, PLMD::crystallization::SimpleCubic
, PLMD::crystallization::Tetrahedral
, PLMD::crystallization::VectorMultiColvar
, PLMD::HistogramBead
, PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase
, PLMD::mapping::Mapping
, PLMD::multicolvar::AdjacencyMatrixAction
, PLMD::multicolvar::AlphaBeta
, PLMD::multicolvar::Angles
, PLMD::multicolvar::Bridge
, PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction
, PLMD::multicolvar::CoordinationNumbers
, PLMD::multicolvar::Density
, PLMD::multicolvar::DihedralCorrelation
, PLMD::multicolvar::Distances
, PLMD::multicolvar::InPlaneDistances
, PLMD::multicolvar::LocalAverage
, PLMD::multicolvar::NumberOfLinks
, PLMD::multicolvar::Torsions
, PLMD::multicolvar::XDistances
, PLMD::multicolvar::XYDistances
, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
, PLMD::Value
, PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
- isReduced()
: PLMD::LatticeReduction
- isReduced2()
: PLMD::LatticeReduction
- isRescaledToBias()
: PLMD::BiasRepresentation
- isSet()
: PLMD::Pbc
- isSymmetric()
: PLMD::Matrix< T >
- isTerminalGroup()
: PLMD::MolDataClass
- isupper
: PLMD::colvar::NOE
- isVirtualAtom()
: PLMD::Atoms
- items
: PLMD::Citations
- iterator
: PLMD::SparseGrid
- iterator_der
: PLMD::SparseGrid
- iv
: PLMD::Random
- iy
: PLMD::Random