Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- c -

• c : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• C : PLMD::molfile::md_box , PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• c : PLMD::SwitchingFunction
• calc() : PLMD::ArgumentOnlyDistance , PLMD::Direction , PLMD::DRMSD , PLMD::FakeFrame , PLMD::MultiDomainRMSD , PLMD::OptimalRMSD , PLMD::PlumedMain , PLMD::ReferenceConfiguration , PLMD::RMSDBase , PLMD::SimpleRMSD , PLMD::SingleDomainRMSD
• calc_DDistDRef() : PLMD::RMSD
• calc_DDistDRef_Rot_DRotDPos() : PLMD::RMSD
• calc_DDistDRef_Rot_DRotDPos_DRotDRef() : PLMD::RMSD
• calc_FitElements() : PLMD::RMSD
• calc_PCAelements() : PLMD::RMSD
• calc_SOMA() : PLMD::RMSD
• calcDistanceFromConfiguration() : PLMD::MultiReferenceBase
• calcPositionsCenter() : PLMD::RMSDCoreData
• calcPotential() : PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase , PLMD::manyrestraints::UWalls
• calcReferenceCenter() : PLMD::RMSDCoreData
• calcTransform() : PLMD::mapping::AltMin , PLMD::mapping::ZpathVessel , PLMD::vesselbase::Between , PLMD::vesselbase::FunctionVessel , PLMD::vesselbase::LessThan , PLMD::vesselbase::Max , PLMD::vesselbase::Mean , PLMD::vesselbase::Min , PLMD::vesselbase::MoreThan , PLMD::vesselbase::Sum
• calculate() : PLMD::Action , PLMD::ActionSetup , PLMD::analysis::Analysis , PLMD::analysis::Committor , PLMD::ArgumentOnlyDistance , PLMD::bias::ABMD , PLMD::bias::BiasValue , PLMD::bias::ExtendedLagrangian , PLMD::bias::External , PLMD::bias::LWalls , PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::MovingRestraint , PLMD::bias::PBMetaD , PLMD::bias::Restraint , PLMD::bias::UWalls , PLMD::colvar::Angle , PLMD::colvar::Cell , PLMD::colvar::ColvarFake , PLMD::colvar::Constant , PLMD::colvar::ContactMap , PLMD::colvar::CoordinationBase , PLMD::colvar::Dipole , PLMD::colvar::Distance , PLMD::colvar::DRMSD , PLMD::colvar::Energy , PLMD::colvar::Gyration , PLMD::colvar::MultiRMSD , PLMD::colvar::NOE , PLMD::colvar::PathMSDBase , PLMD::colvar::PCARMSD , PLMD::colvar::Position , PLMD::colvar::Puckering , PLMD::colvar::RMSD , PLMD::colvar::Template , PLMD::colvar::Torsion , PLMD::colvar::Volume , PLMD::crystallisation::GradientVessel , PLMD::crystallization::VectorMean , PLMD::crystallization::VectorSum , PLMD::function::Combine , PLMD::function::Ensemble , PLMD::function::FuncPathMSD , PLMD::function::FuncSumHills , PLMD::function::Matheval , PLMD::function::Piecewise , PLMD::function::Sort , PLMD::function::Target , PLMD::generic::Debug , PLMD::generic::DumpAtoms , PLMD::generic::DumpDerivatives , PLMD::generic::DumpForces , PLMD::generic::DumpMassCharge , PLMD::generic::DumpProjections , PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift , PLMD::generic::FitToTemplate , PLMD::generic::Flush , PLMD::generic::Group , PLMD::generic::Include , PLMD::generic::Print , PLMD::generic::RandomExchanges , PLMD::generic::Read , PLMD::generic::Time , PLMD::generic::WholeMolecules , PLMD::generic::WrapAround , PLMD::GREX , PLMD::HistogramBead , PLMD::IMD , PLMD::Kearsley , PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase , PLMD::mapping::PathBase , PLMD::mapping::PCAVars , PLMD::mapping::SpathVessel , PLMD::multicolvar::AdjacencyMatrixVessel , PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::DumpMultiColvar , PLMD::multicolvar::MultiColvar , PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity , PLMD::multicolvar::MultiColvarFunction , PLMD::MultiDomainRMSD , PLMD::OptimalAlignment , PLMD::RDC , PLMD::ReferenceConfiguration , PLMD::RMSD , PLMD::RMSDBase , PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD , PLMD::SingleDomainRMSD , PLMD::SwitchingFunction , PLMD::TargetDist , PLMD::vatom::Center , PLMD::vatom::COM , PLMD::vatom::Ghost , PLMD::vesselbase::BridgeVessel , PLMD::vesselbase::FunctionVessel , PLMD::vesselbase::OrderingVessel , PLMD::vesselbase::ShortcutVessel , PLMD::vesselbase::StoreDataVessel , PLMD::vesselbase::Vessel
• calculateAllDistances() : PLMD::MultiReferenceBase
• calculateAllVessels() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• calculateAllVolumes() : PLMD::crystallisation::Gradient , PLMD::multicolvar::ActionVolume , PLMD::multicolvar::VolumeGradientBase
• calculateArgumentDistance() : PLMD::DotProductDistance , PLMD::ReferenceArguments
• calculateAtomicNumericalDerivatives() : PLMD::ActionAtomistic
• calculateCenter() : PLMD::RMSD
• calculateCentralAtomPosition() : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction
• calculateCoordinationPrefactor() : PLMD::crystallization::OrientationSphere , PLMD::crystallization::SMAC
• calculateDistanceFunction() : PLMD::mapping::Mapping
• calculateFromPDB() : PLMD::Action
• calculateNumberInside() : PLMD::multicolvar::ActionVolume , PLMD::multicolvar::VolumeAround , PLMD::multicolvar::VolumeCavity , PLMD::multicolvar::VolumeInCylinder , PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• calculateNumericalDerivatives() : PLMD::Action , PLMD::ActionAtomistic , PLMD::ActionWithArguments , PLMD::analysis::Analysis , PLMD::mapping::Mapping , PLMD::mapping::PCAVars , PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity , PLMD::multicolvar::MultiColvarFunction , PLMD::vesselbase::ActionWithInputVessel
• calculateSqr() : PLMD::SwitchingFunction
• calculateVector() : PLMD::crystallization::MoleculeOrientation , PLMD::crystallization::MoleculePlane , PLMD::crystallization::Steinhardt , PLMD::crystallization::VectorMultiColvar
• calculateWeight() : PLMD::multicolvar::AdjacencyMatrixAction , PLMD::multicolvar::Angles , PLMD::multicolvar::Bridge , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::multicolvar::NumberOfLinks
• calcUsingPCAOption() : PLMD::ReferenceValuePack
• carthessian : PLMD::molfile::molfile_qm_hessian_t
• cdocs : PLMD::Keywords
• Cell() : PLMD::colvar::Cell
• center : PLMD::bias::MetaD::Gaussian , PLMD::bias::PBMetaD::Gaussian , PLMD::generic::FitToTemplate , PLMD::KernelFunctions
• Center() : PLMD::vatom::Center
• centeredpos : PLMD::ReferenceValuePack
• chain : PLMD::molfile::molfile_atom_t , PLMD::PDB
• chainRule() : PLMD::MultiValue , PLMD::Value
• changeBox() : PLMD::ActionAtomistic
• charge : PLMD::molfile::molfile_atom_t
• charge_types : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_t
• charges : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::Atoms , PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_t
• chargesHaveBeenSet : PLMD::Atoms
• chargesWereSet : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::Atoms
• check() : PLMD::ActionRegister , PLMD::analysis::LandmarkRegister , PLMD::CLToolRegister , PLMD::MetricRegister , PLMD::vesselbase::VesselRegister
• check_list() : PLMD::cltools::SimpleMD
• checkFieldsAllowed() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::colvar::ContactMap
• checkFilesAreExisting() : PLMD::function::FuncSumHills
• checkForAtom() : PLMD::PDB
• checkForResidue() : PLMD::PDB
• checkIsEnergy() : PLMD::Colvar
• checkNeedsGradients() : PLMD::Action , PLMD::bias::MetaD , PLMD::generic::DumpProjections
• checkNumericalDerivatives() : PLMD::Action , PLMD::ActionWithValue
• checkRead() : PLMD::Action , PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase , PLMD::ReferenceConfiguration , PLMD::vesselbase::Vessel
• checkRestart() : PLMD::OFile
• checks_were_disabled : PLMD::ReferenceAtoms
• checkUpdate() : PLMD::Action
• chol_elsolve : PLMD::Matrix< T >
• cholesky : PLMD::Matrix< T >
• CInterpolation() : PLMD::CInterpolation
• citations : PLMD::PlumedMain
• cite() : PLMD::Action , PLMD::Citations , PLMD::PlumedMain
• ckey : PLMD::Keywords
• cl : PLMD::Matrix< T >
• ClassicalMultiDimensionalScaling() : PLMD::analysis::ClassicalMultiDimensionalScaling
• clear() : PLMD::BiasRepresentation , PLMD::DynamicList< T > , PLMD::Grid , PLMD::MultiValue , PLMD::ReferenceValuePack , PLMD::RMSD , PLMD::SparseGrid
• clearAll() : PLMD::MultiValue
• clearDelete() : PLMD::ActionSet
• clearDependencies() : PLMD::Action
• clearDerivatives() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase , PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::Value
• clearFields() : PLMD::OFile
• clearFrames() : PLMD::MultiReferenceBase
• clearFullList() : PLMD::Atoms
• clearInputForce() : PLMD::Value
• clearInputForces() : PLMD::ActionWithValue
• clearOptions() : PLMD::Action
• clearOutputForces() : PLMD::ActionAtomistic
• clearRestOfData() : PLMD::MultiReferenceBase , PLMD::PointWiseMapping
• clientsock : PLMD::IMD
• clist : PLMD::InterpolateBicubic , PLMD::InterpolateCubic
• cloned : PLMD::FileBase
• cloned_file : PLMD::generic::Read
• close() : PLMD::FileBase
• close_file_read : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• close_file_write : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• CLTool() : PLMD::CLTool , PLMD::CLToolOptions
• cltool : PLMD::PlumedMain
• CLToolMain() : PLMD::CLToolMain
• CLToolOptions() : PLMD::CLToolOptions
• CLToolRegister : PLMD::CLToolOptions
• cltoolRegister() : PLMD::CLToolRegister
• CLToolSumHills() : PLMD::cltools::CLToolSumHills
• cluster_sizes : PLMD::crystallization::DFSClustering
• clustr : PLMD::crystallization::DFSBasic , PLMD::crystallization::DFSClusterDiameter
• cmd() : PLMD::CLToolMain , PLMD::GREX , PLMD::Plumed , PLMD::PlumedMain , PLMD::WithCmd , plumed_plumedmain_function_holder
• cnames : PLMD::Keywords
• coeff_poly : PLMD::crystallization::Steinhardt
• coefficients : PLMD::function::Combine
• collectEnergy : PLMD::Atoms
• color : PLMD::crystallization::DFSClustering
• Colvar() : PLMD::Colvar
• colvar_atoms : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• colvar_label : PLMD::multicolvar::MultiColvarFunction
• ColvarFake() : PLMD::colvar::ColvarFake
• COM() : PLMD::vatom::COM
• com0 : PLMD::Kearsley
• com0_is_removed : PLMD::Kearsley
• com1 : PLMD::Kearsley
• com1_is_removed : PLMD::Kearsley
• Combine() : PLMD::function::Combine
• comm : PLMD::Action , PLMD::CLToolMain , PLMD::FileBase , PLMD::LinkCells , PLMD::PlumedMain , PLMD::vesselbase::Vessel
• commandline : PLMD::CLTool
• Committor() : PLMD::analysis::Committor
• communicator : PLMD::Communicator
• Communicator() : PLMD::Communicator
• compare() : PLMD::vesselbase::Highest , PLMD::vesselbase::Lowest , PLMD::vesselbase::OrderingVessel
• completeCalculation() : PLMD::crystallization::DFSClustering , PLMD::multicolvar::AdjacencyMatrixAction , PLMD::multicolvar::Sprint
• completeNumericalDerivatives() : PLMD::vesselbase::BridgeVessel
• completeSetup() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• completeTask() : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::MultiColvarFilter , PLMD::multicolvar::VolumeGradientBase
• completeUpdate() : PLMD::DynamicList< T > , PLMD::MultiValue
• componentIsNotPeriodic() : PLMD::ActionWithValue
• componentIsPeriodic() : PLMD::ActionWithValue
• components : PLMD::colvar::Cell , PLMD::colvar::Dipole , PLMD::colvar::Distance
• componentsAreNotOptional() : PLMD::ActionWithValue
• compulsory : PLMD::Keywords::KeyType
• compute() : PLMD::Angle , PLMD::crystallization::Fccubic , PLMD::crystallization::OrientationSphere , PLMD::crystallization::SimpleCubic , PLMD::crystallization::Tetrahedral , PLMD::crystallization::VectorMultiColvar , PLMD::multicolvar::AdjacencyMatrixAction , PLMD::multicolvar::AlphaBeta , PLMD::multicolvar::Angles , PLMD::multicolvar::Bridge , PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::CoordinationNumbers , PLMD::multicolvar::Density , PLMD::multicolvar::DihedralCorrelation , PLMD::multicolvar::Distances , PLMD::multicolvar::InPlaneDistances , PLMD::multicolvar::LocalAverage , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::multicolvar::NumberOfLinks , PLMD::multicolvar::Torsions , PLMD::multicolvar::XDistances , PLMD::multicolvar::XYDistances , PLMD::Torsion
• compute_engkin() : PLMD::cltools::SimpleMD
• compute_forces() : PLMD::cltools::SimpleMD
• compute_list() : PLMD::cltools::SimpleMD
• computeReweightingFactor() : PLMD::bias::MetaD
• connect() : PLMD::IMD
• connected : PLMD::IMD
• cons_fputs : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• Const : PLMD::RDC
• const_fields : PLMD::OFile
• const_mIterator : PLMD::ActionRegister , PLMD::CLToolRegister
• const_mIteratork : PLMD::ActionRegister
• Const_row() : PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >::Const_row
• Constant() : PLMD::colvar::Constant
• constant : PLMD::colvar::DHEnergy , PLMD::FileBase::FieldBase
• ConstData() : PLMD::Communicator::ConstData
• ContactMap() : PLMD::colvar::ContactMap
• contributorsAreUnlocked : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• convert() : PLMD::Tools
• convertToLocalIndex() : PLMD::multicolvar::MultiColvarFunction
• coord : PLMD::IMD , PLMD::vatom::Ghost
• coord_switch : PLMD::crystallization::SMAC
• Coordination() : PLMD::colvar::Coordination
• CoordinationBase() : PLMD::colvar::CoordinationBase
• CoordinationNumbers() : PLMD::multicolvar::CoordinationNumbers
• coords : PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• copy : PLMD::Value
• CopyAllFrames : PLMD::analysis::AnalysisWithLandmarks , PLMD::analysis::CopyAllFrames , PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase
• copyData() : PLMD::Keywords
• copyDerivatives() : PLMD::MultiValue , PLMD::ReferenceConfiguration
• copyFrame() : PLMD::MultiReferenceBase
• copyFrameDerivatives() : PLMD::PointWiseMapping
• copyOutput() : PLMD::ActionWithValue
• copyScaledDerivatives() : PLMD::ReferenceValuePack
• copyValues() : PLMD::MultiValue
• correlation : PLMD::RDC
• count : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_metadata , PLMD::molfile::molfile_timestep_metadata
• coupl : PLMD::RDC
• cpositions : PLMD::RMSDCoreData
• cpositions_is_calculated : PLMD::RMSDCoreData
• cpositions_is_removed : PLMD::RMSDCoreData
• create() : PLMD::ActionRegister , PLMD::analysis::LandmarkRegister , PLMD::CLToolRegister , PLMD::Grid , PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MetricRegister , PLMD::vesselbase::VesselRegister , plumed_plumedmain_function_holder
• createFullList() : PLMD::Atoms
• createIndexListFromVector() : PLMD::DynamicList< T >
• creator_pointer : PLMD::ActionRegister , PLMD::analysis::LandmarkRegister , PLMD::CLToolRegister , PLMD::MetricRegister , PLMD::vesselbase::VesselRegister
• creference : PLMD::RMSDCoreData
• creference_is_calculated : PLMD::RMSDCoreData
• creference_is_removed : PLMD::RMSDCoreData
• cross : PLMD::multicolvar::VolumeCavity , PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• crossProduct : PLMD::VectorGeneric< n >
• cstring : PLMD::Keywords
• cube : PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity
• cubic : PLMD::SwitchingFunction
• current_args : PLMD::analysis::Analysis
• cutoffwasset : PLMD::LinkCells
• CV_TYPE : PLMD::colvar::Gyration
• cycles : PLMD::Stopwatch::Watch