- a -

• ACYLINDRICITY : PLMD::colvar::Gyration
• ASPHERICITY : PLMD::colvar::Gyration
• atoms : PLMD::Keywords::KeyType

- c -

• commandline : PLMD::CLTool
• compulsory : PLMD::Keywords::KeyType
• cubic : PLMD::SwitchingFunction

- d -

• diffusion : PLMD::FlexibleBin

- e -

• exponential : PLMD::SwitchingFunction

- f -

• flag : PLMD::Keywords::KeyType

- g -

• gaussian : PLMD::HistogramBead , PLMD::KernelFunctions , PLMD::SwitchingFunction
• generic : PLMD::Pbc
• geometry : PLMD::FlexibleBin
• GTPC_1 : PLMD::colvar::Gyration
• GTPC_2 : PLMD::colvar::Gyration
• GTPC_3 : PLMD::colvar::Gyration
• GYRATION_1 : PLMD::colvar::Gyration
• GYRATION_2 : PLMD::colvar::Gyration
• GYRATION_3 : PLMD::colvar::Gyration

- h -

• hidden : PLMD::Keywords::KeyType

- i -

• ifile : PLMD::CLTool

- k -

• KAPPA2 : PLMD::colvar::Gyration

- n -

• NEIGHBOR : PLMD::ExchangePatterns
• NONE : PLMD::ExchangePatterns
• none : PLMD::FlexibleBin
• notperiodic : PLMD::HistogramBead , PLMD::Value

- o -

• OPTIMAL : PLMD::RMSD
• OPTIMAL_FAST : PLMD::RMSD
• optional : PLMD::Keywords::KeyType
• orthorombic : PLMD::Pbc

- p -

• periodic : PLMD::HistogramBead , PLMD::Value

- r -

• RADIUS : PLMD::colvar::Gyration
• RANDOM : PLMD::ExchangePatterns
• rational : PLMD::SwitchingFunction

- s -

• SIMPLE : PLMD::RMSD
• smap : PLMD::SwitchingFunction

- t -

• tanh : PLMD::SwitchingFunction
• TOT : PLMD::colvar::Gyration
• TOTAL : PLMD::ExchangePatterns
• TRACE : PLMD::colvar::Gyration
• triangular : PLMD::HistogramBead , PLMD::KernelFunctions

- u -

• uniform : PLMD::KernelFunctions
• unset : PLMD::CLTool , PLMD::HistogramBead , PLMD::Pbc , PLMD::Value