- a -

• A : PLMD::molfile::md_box , PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• a : PLMD::SwitchingFunction
• a1 : PLMD::crystallization::Fccubic
• ablocks : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• acc : PLMD::bias::MetaD
• acceleration : PLMD::bias::MetaD
• accession : PLMD::molfile::molfile_metadata_t
• action : PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase , PLMD::analysis::LandmarkSelectionOptions , PLMD::FileBase , PLMD::function::FilesHandler , PLMD::Value , PLMD::vesselbase::Vessel , PLMD::vesselbase::VesselOptions
• actionIsBridged : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• actions : PLMD::Atoms
• actionSet : PLMD::PlumedMain
• active : PLMD::Action , PLMD::DynamicList< T > , PLMD::PlumedMain
• active_der : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• active_elements : PLMD::multicolvar::AdjacencyMatrixAction
• actual_buffer_length : PLMD::OFile
• adaptive_ : PLMD::bias::MetaD
• adj_list : PLMD::crystallization::DFSClustering
• after : PLMD::Action
• alEqDis : PLMD::RMSDCoreData
• align : PLMD::Kearsley , PLMD::OptimalAlignment , PLMD::ReferenceAtoms , PLMD::RMSD , PLMD::RMSDCoreData
• align_atom_1 : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• align_atom_2 : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• align_strands : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• aligned : PLMD::generic::FitToTemplate
• alignmentMethod : PLMD::RMSD
• alignType : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• all : PLMD::DynamicList< T >
• all_atoms : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• allArguments : PLMD::function::FuncPathMSD
• allcells : PLMD::LinkCells
• allDeltaBias : PLMD::GREX
• allowmultiple : PLMD::Keywords
• allWereActivated : PLMD::DynamicList< T >
• allWereDeactivated : PLMD::DynamicList< T >
• alpha : PLMD::crystallization::Fccubic , PLMD::molfile::md_box , PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• altloc : PLMD::molfile::molfile_atom_t
• AM : PLMD::Random
• amax : PLMD::analysis::Committor
• amin : PLMD::analysis::Committor
• angular_momentum : PLMD::molfile::molfile_qm_basis_t
• arg_eigv : PLMD::mapping::PCAVars
• arg_names : PLMD::ReferenceArguments
• argc : PLMD::CLToolMain
• argnames : PLMD::Grid
• args : PLMD::TargetDist
• argument_names : PLMD::analysis::Analysis
• arguments : PLMD::ActionWithArguments , PLMD::vesselbase::ActionWithInputVessel
• argv : PLMD::CLToolMain
• async : PLMD::Atoms::DomainDecomposition
• asyncSent : PLMD::Atoms
• at : PLMD::bias::LWalls , PLMD::bias::MovingRestraint , PLMD::bias::Restraint , PLMD::bias::UWalls , PLMD::manyrestraints::UWalls
• atLeastOneSet : PLMD::MultiValue
• atom_eigv : PLMD::mapping::PCAVars
• atom_indices : PLMD::ReferenceValuePack
• atomic_number : PLMD::molfile::molfile_qm_basis_t
• atomicnumber : PLMD::molfile::molfile_atom_t
• atomname : PLMD::molfile::md_atom
• atomnum : PLMD::molfile::md_atom
• atoms : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift , PLMD::generic::WrapAround , PLMD::GREX , PLMD::PlumedMain
• atomsNeeded : PLMD::Atoms
• atomsymb : PLMD::PDB
• atomtags : PLMD::Keywords
• average : PLMD::FlexibleBin
• aves : PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase
• avg_bytes_per_timestep : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_metadata , PLMD::molfile::molfile_timestep_metadata