Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- g -

• g2l : PLMD::Atoms::DomainDecomposition
• ga_lista : PLMD::colvar::Dipole
• gamma : PLMD::molfile::md_box , PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• gathered : PLMD::multicolvar::AdjacencyMatrixAction
• gatindex : PLMD::Atoms
• Gaussian() : PLMD::bias::MetaD::Gaussian , PLMD::bias::PBMetaD::Gaussian
• gaussian : PLMD::HistogramBead , PLMD::KernelFunctions
• Gaussian() : PLMD::Random
• gaussian : PLMD::SwitchingFunction
• gbin : PLMD::analysis::Histogram
• gcmd() : PLMD::Plumed
• gcreate() : PLMD::Plumed
• generateBins() : PLMD::HistogramBead
• generic : PLMD::Pbc
• GenTemplate() : PLMD::cltools::GenTemplate
• geometry : PLMD::FlexibleBin , PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• get() : PLMD::Keywords , PLMD::MultiValue , PLMD::Stopwatch::Time , PLMD::Value
• Get_comm() : PLMD::Communicator
• Get_count() : PLMD::Communicator::Status
• get_d0() : PLMD::SwitchingFunction
• get_dmax() : PLMD::SwitchingFunction
• get_fdf() : PLMD::CInterpolation , PLMD::InterpolateBicubic , PLMD::InterpolateCubic
• get_r0() : PLMD::SwitchingFunction
• Get_rank() : PLMD::Communicator
• Get_size() : PLMD::Communicator
• Get_world() : PLMD::Communicator
• getAbsoluteIndex() : PLMD::ActionAtomistic
• getAbsoluteIndexes() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::ReferenceAtoms , PLMD::ReferenceConfiguration
• getAction() : PLMD::vesselbase::Vessel
• getActionSet() : PLMD::PlumedMain
• getActiveIndex() : PLMD::MultiValue
• getActiveMatrixElement() : PLMD::multicolvar::AdjacencyMatrixAction
• getActiveTask() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getAdjacencyVessel() : PLMD::multicolvar::AdjacencyMatrixAction
• getAlign() : PLMD::ReferenceAtoms
• getAlignedPositionsToReference() : PLMD::RMSDCoreData
• getAlignedReferenceToPositions() : PLMD::RMSDCoreData
• getAllInput() : PLMD::vesselbase::Vessel
• getArgNames() : PLMD::Grid
• getArgument() : PLMD::ActionWithArguments
• getArgumentDerivative() : PLMD::ReferenceValuePack
• getArgumentName() : PLMD::mapping::Mapping
• getArgumentNames() : PLMD::ReferenceArguments , PLMD::ReferenceConfiguration
• getArgumentRequests() : PLMD::ReferenceArguments , PLMD::ReferenceConfiguration
• getArguments() : PLMD::ActionWithArguments , PLMD::analysis::Analysis
• getAtomAndArgumentRequirements() : PLMD::MultiReferenceBase
• getAtomBlockEnds() : PLMD::PDB
• getAtomDerivative() : PLMD::ReferenceValuePack
• getAtomIndex() : PLMD::ReferenceAtoms , PLMD::ReferenceValuePack , PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• getAtomName() : PLMD::PDB , PLMD::SetupMolInfo
• getAtomNumbers() : PLMD::PDB
• getAtomRange() : PLMD::PDB
• getAtomRequests() : PLMD::ReferenceAtoms , PLMD::ReferenceConfiguration
• getAtoms() : PLMD::PlumedMain
• getAtomsDisplacementVector() : PLMD::ReferenceValuePack
• getAtomVector() : PLMD::MultiValue , PLMD::ReferenceValuePack
• getBackbone() : PLMD::SetupMolInfo
• getBackboneForResidue() : PLMD::MolDataClass
• getBaseColvarNumber() : PLMD::multicolvar::MultiColvarFunction
• getBaseMultiColvar() : PLMD::multicolvar::MultiColvarFunction
• getBeta() : PLMD::PDB
• getBias() : PLMD::PlumedMain
• getBiasAndDerivatives() : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD
• getbigb() : PLMD::HistogramBead
• getBinVolume() : PLMD::Grid
• getBox() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T > , PLMD::multicolvar::VolumeGradientBase , PLMD::Pbc
• getBoxDerivatives() : PLMD::Colvar , PLMD::ReferenceValuePack
• getCachelineSize() : PLMD::OpenMP
• getCenter() : PLMD::KernelFunctions
• getCenteredPositions() : PLMD::RMSDCoreData
• getCenteredReference() : PLMD::RMSDCoreData
• getCentralAtom() : PLMD::multicolvar::AdjacencyMatrixAction
• getCentralAtomElementIndex() : PLMD::multicolvar::ActionVolume
• getCentralAtomPack() : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• getCentralAtomPackFromInput() : PLMD::multicolvar::MultiColvarFunction
• getCentralAtomPos() : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• getChainID() : PLMD::PDB
• getChainNames() : PLMD::PDB
• getCharge() : PLMD::ActionAtomistic
• getCharges() : PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• getClosePair() : PLMD::NeighborList
• getCol() : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• getCommunicator() : PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase
• getComponent() : PLMD::ActionWithValue
• getComponentsList() : PLMD::ActionWithValue
• getComponentsVector() : PLMD::ActionWithValue
• getContinuousSupport() : PLMD::KernelFunctions
• getCrossTermDenominator() : PLMD::CInterpolation
• getCurrentNumberOfActiveTasks() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getCutoff() : PLMD::KernelFunctions , PLMD::vesselbase::Between , PLMD::vesselbase::LessThan
• getDataPoint() : PLMD::analysis::Analysis
• getDDistanceDPositions() : PLMD::RMSDCoreData
• getDDistanceDReference() : PLMD::RMSDCoreData
• getDDistanceDReferenceSOMA() : PLMD::RMSDCoreData
• getDdStep() : PLMD::Atoms
• getDefaultValue() : PLMD::Keywords
• getDependencies() : PLMD::Action
• getDerivative() : PLMD::multicolvar::CatomPack , PLMD::MultiValue , PLMD::Value
• getDimension() : PLMD::Grid
• getDisplace() : PLMD::ReferenceAtoms
• getDistance() : PLMD::RMSDCoreData
• getDistanceBetweenFrames() : PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase
• getDocumentation() : PLMD::Action
• getDomain() : PLMD::Value
• getDRotationDPositions() : PLMD::RMSDCoreData
• getDRotationDReference() : PLMD::RMSDCoreData
• getDx() : PLMD::Grid
• getEnergy() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::Atoms , PLMD::Units
• getEnergyString() : PLMD::Units
• getExchangePatterns() : PLMD::PlumedMain
• getExchangeStep() : PLMD::Action , PLMD::PlumedMain
• getFile() : PLMD::generic::Read
• getFilename() : PLMD::generic::Read
• getFinalValue() : PLMD::vesselbase::ValueVessel
• getFlag() : PLMD::ExchangePatterns
• getForce() : PLMD::Colvar , PLMD::Value
• getForcesFromVessels() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getFrame() : PLMD::MultiReferenceBase
• getFullAtomList() : PLMD::NeighborList
• getFullList() : PLMD::Atoms
• getFullNumberOfBaseTasks() : PLMD::multicolvar::MultiColvarFunction
• getFullNumberOfTasks() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getGatindex() : PLMD::Atoms
• getGaussianNormalization() : PLMD::bias::MetaD
• getGaussianSupport() : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD
• getGoodNumThreads() : PLMD::OpenMP , PLMD::PlumedMain
• getGradients() : PLMD::ActionWithVirtualAtom
• getGridBoundaries() : PLMD::CInterpolation
• getGridPtr() : PLMD::BiasRepresentation
• getHeight() : PLMD::bias::MetaD
• getIndex() : PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::Grid , PLMD::multicolvar::AtomValuePack , PLMD::multicolvar::CatomPack
• getIndexList() : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::Density
• getIndexOfElement() : PLMD::DynamicList< T >
• getIndexPair() : PLMD::NeighborList
• getIndices() : PLMD::Grid , PLMD::MultiValue
• getInputData() : PLMD::CLTool
• getInvBox() : PLMD::Pbc
• getInverseMatrix() : PLMD::FlexibleBin
• getIsPeriodic() : PLMD::Grid
• getKBoltzmann() : PLMD::Atoms
• getKbT() : PLMD::Atoms
• getKernelType() : PLMD::multicolvar::ActionVolume
• getKey() : PLMD::Tools
• getKeyword() : PLMD::Keywords
• getKeywords() : PLMD::vesselbase::VesselRegister
• getLabel() : PLMD::Action , PLMD::vesselbase::Vessel
• getLabelList() : PLMD::ActionSet
• getLabelVector() : PLMD::ActionSet
• getLambda() : PLMD::mapping::Mapping , PLMD::mapping::PathBase
• getLastUpdate() : PLMD::NeighborList
• getLength() : PLMD::Units
• getLengthString() : PLMD::Units
• getline() : PLMD::IFile , PLMD::Tools
• getList() : PLMD::ExchangePatterns
• getLocalDerivative() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• getLocalForces() : PLMD::Atoms
• getLocalPositions() : PLMD::Atoms , PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• getLog() : PLMD::PlumedMain
• getLogicalDefault() : PLMD::Keywords
• getlowb() : PLMD::HistogramBead
• getMass() : PLMD::ActionAtomistic
• getMasses() : PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• getMatrix() : PLMD::FlexibleBin , PLMD::KernelFunctions
• getMatrixFromDRot() : PLMD::RMSD
• getMax() : PLMD::Grid
• getMaxSize() : PLMD::SparseGrid
• getMaxValue() : PLMD::Grid
• getMDKBoltzmann() : PLMD::Atoms
• getMDUnits() : PLMD::Atoms
• getMethod() : PLMD::RMSD
• getMetric() : PLMD::analysis::Analysis
• getMetricName() : PLMD::analysis::Analysis
• getMin() : PLMD::Grid
• getMinMaxBin() : PLMD::BiasRepresentation , PLMD::function::FilesHandler
• getMinValue() : PLMD::Grid
• getMode() : PLMD::FileBase
• getMPIType() : PLMD::Communicator
• getMultiRMSDType() : PLMD::ReferenceConfigurationOptions
• getName() : PLMD::Action , PLMD::BiasRepresentation , PLMD::ReferenceConfiguration , PLMD::Value , PLMD::vesselbase::Vessel
• getNamedAtomFromResidue() : PLMD::PDB
• getNamedAtomFromResidueAndChain() : PLMD::PDB
• getNames() : PLMD::BiasRepresentation
• getNatoms() : PLMD::Atoms
• getNbin() : PLMD::Grid
• getNeighbors() : PLMD::Grid , PLMD::NeighborList
• getNLTolerance() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel , PLMD::vesselbase::Vessel
• getNormalization() : PLMD::analysis::Analysis
• getNumberActive() : PLMD::DynamicList< T > , PLMD::MultiValue
• getNumberOfActiveMatrixElements() : PLMD::multicolvar::AdjacencyMatrixAction
• getNumberOfArguments() : PLMD::ActionWithArguments , PLMD::analysis::Analysis , PLMD::ReferenceValuePack
• getNumberOfAtomBlocks() : PLMD::PDB
• getNumberOfAtoms() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::multicolvar::AtomValuePack , PLMD::ReferenceAtoms , PLMD::ReferenceValuePack
• getNumberOfAtomsWithDerivatives() : PLMD::multicolvar::CatomPack
• getNumberOfBaseMultiColvars() : PLMD::multicolvar::MultiColvarFunction
• getNumberOfClusters() : PLMD::crystallization::DFSClustering
• getNumberOfComponents() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• getNumberOfComponentsInVector() : PLMD::crystallization::VectorMultiColvar
• getNumberOfDataPoints() : PLMD::analysis::Analysis
• getNumberOfDerivatives() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::analysis::Analysis , PLMD::bias::Bias , PLMD::colvar::Energy , PLMD::Colvar , PLMD::function::Function , PLMD::generic::Read , PLMD::generic::Time , PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase , PLMD::mapping::Mapping , PLMD::mapping::PCAVars , PLMD::multicolvar::AtomValuePack , PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::MultiValue , PLMD::ReferenceValuePack , PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD , PLMD::Value , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel , PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• getNumberOfDerivativeSpacesPerComponent() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• getNumberOfDimensions() : PLMD::BiasRepresentation
• getNumberOfFrames() : PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase
• getNumberOfFunctionsInAction() : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• getNumberOfKernels() : PLMD::BiasRepresentation
• getNumberOfLandmarks() : PLMD::analysis::AnalysisWithLandmarks , PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase
• getNumberOfMappedPoints() : PLMD::PointWiseMapping
• getNumberOfProperties() : PLMD::mapping::Mapping , PLMD::PointWiseMapping
• getNumberOfQuantities() : PLMD::crystallisation::Gradient , PLMD::crystallization::DFSClustering , PLMD::crystallization::VectorMultiColvar , PLMD::multicolvar::ActionVolume , PLMD::multicolvar::LocalAverage , PLMD::multicolvar::MultiColvarFilter , PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getNumberOfReferenceArguments() : PLMD::ReferenceArguments , PLMD::ReferenceConfiguration
• getNumberOfReferenceFrames() : PLMD::MultiReferenceBase
• getNumberOfReferencePoints() : PLMD::mapping::Mapping
• getNumberOfReferencePositions() : PLMD::ReferenceAtoms , PLMD::ReferenceConfiguration
• getNumberOfSplinePoints() : PLMD::CInterpolation
• getNumberOfStoredValues() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• getNumberOfValues() : PLMD::MultiValue
• getNumberOfVessels() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getNumbersOfPoints() : PLMD::CInterpolation
• getNumericalLabel() : PLMD::vesselbase::Vessel
• getNumThreads() : PLMD::OpenMP , PLMD::PlumedMain
• getOccupancy() : PLMD::PDB
• getOutputAction() : PLMD::vesselbase::BridgeVessel
• getOutputFormat() : PLMD::analysis::Analysis
• getOutputQuantity() : PLMD::ActionWithValue
• getParsedLine() : PLMD::Tools
• getPath() : PLMD::FileBase
• getPbc() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::Atoms , PLMD::multicolvar::VolumeGradientBase
• getPeriodicityInformation() : PLMD::analysis::Analysis
• getPntrToAction() : PLMD::Value
• getPntrToArgument() : PLMD::ActionWithArguments , PLMD::vesselbase::ActionWithInputVessel
• getPntrToComponent() : PLMD::ActionWithValue
• getPntrToMultiColvar() : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction
• getPntrToValue() : PLMD::ActionWithValue
• getPntrToVessel() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getPoint() : PLMD::Grid
• getPointSpacing() : PLMD::CInterpolation
• getPosition() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::multicolvar::AtomValuePack , PLMD::multicolvar::MultiColvar , PLMD::multicolvar::VolumeGradientBase
• getPositionInFullTaskList() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getPositionOfAtomForLinkCells() : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::MultiColvar , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::multicolvar::MultiColvarFunction
• getPositions() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T > , PLMD::PDB
• getPositionsCenter() : PLMD::RMSDCoreData
• getPositionsCenterIsRemoved() : PLMD::RMSDCoreData
• getProjection() : PLMD::ActionWithArguments
• getProjectionCoordinate() : PLMD::PointWiseMapping
• getPropertyIndex() : PLMD::mapping::Mapping , PLMD::PointWiseMapping
• getPropertyName() : PLMD::mapping::Mapping , PLMD::PointWiseMapping
• getPropertyValue() : PLMD::mapping::Mapping , PLMD::PointWiseMapping
• getPtrToValue() : PLMD::BiasRepresentation
• getPtrToValues() : PLMD::BiasRepresentation
• getRealPrecision() : PLMD::Atoms , PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• getReducedAtomList() : PLMD::NeighborList
• getReferenceArgument() : PLMD::ReferenceArguments , PLMD::ReferenceConfiguration
• getReferenceArguments() : PLMD::ReferenceArguments , PLMD::ReferenceConfiguration
• getReferenceCenter() : PLMD::RMSDCoreData
• getReferenceCenterIsRemoved() : PLMD::RMSDCoreData
• getReferenceConfiguration() : PLMD::mapping::Mapping
• getReferenceMetric() : PLMD::ReferenceArguments , PLMD::ReferenceConfiguration
• getReferencePosition() : PLMD::ReferenceAtoms
• getReferencePositions() : PLMD::ReferenceAtoms , PLMD::ReferenceConfiguration
• getRemark() : PLMD::PDB
• getResidueName() : PLMD::PDB , PLMD::SetupMolInfo
• getResidueNumber() : PLMD::PDB , PLMD::SetupMolInfo
• getResidueRange() : PLMD::PDB
• getRestart() : PLMD::Action , PLMD::PlumedMain
• getRotationMatrixPositionsToReference() : PLMD::RMSDCoreData
• getRotationMatrixReferenceToPositions() : PLMD::RMSDCoreData
• getRow() : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• getSeparation() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• getSigma() : PLMD::multicolvar::ActionVolume
• getSize() : PLMD::Grid , PLMD::SparseGrid
• getSizeOfAtomsWithDerivatives() : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction
• getSizeOfBuffer() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getSizeOfDerivativeList() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• getSortIndices() : PLMD::MultiValue
• getSplineNeighbors() : PLMD::Grid
• getSplinePoint() : PLMD::CInterpolation
• getStep() : PLMD::Action , PLMD::PlumedMain
• getStride() : PLMD::ActionPilot , PLMD::NeighborList
• getSuffix() : PLMD::FileBase , PLMD::PlumedMain
• getSupport() : PLMD::KernelFunctions
• getTaskCode() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getTemp() : PLMD::analysis::Analysis
• getTime() : PLMD::Action , PLMD::Units
• getTimeStep() : PLMD::Action , PLMD::Atoms
• getTimeString() : PLMD::Units
• getTolerance() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel , PLMD::vesselbase::Vessel
• getTotAtoms() : PLMD::ActionAtomistic
• getUnderlyingMultiValue() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• getUnique() : PLMD::ActionAtomistic
• getUnits() : PLMD::Atoms
• getValue() : PLMD::Grid , PLMD::multicolvar::AtomValuePack , PLMD::SparseGrid
• getValueAndDerivatives() : PLMD::Grid , PLMD::SparseGrid
• getValueForTask() : PLMD::multicolvar::Density
• getVectorDerivatives() : PLMD::multicolvar::MultiColvarFunction
• getVectorForTask() : PLMD::multicolvar::MultiColvarFunction
• getVesselWithName() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getVirial() : PLMD::Atoms
• getVirtualAtomsAction() : PLMD::Atoms
• getWeight() : PLMD::analysis::Analysis , PLMD::mapping::Mapping , PLMD::MultiReferenceBase , PLMD::ReferenceConfiguration
• getWeightOfFrame() : PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase
• getWords() : PLMD::Tools
• getWork() : PLMD::PlumedMain
• gfinalize() : PLMD::Plumed
• gg : PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity
• Ghost() : PLMD::vatom::Ghost
• ginitialized() : PLMD::Plumed
• global() : PLMD::Plumed
• gmax : PLMD::analysis::Histogram
• gmin : PLMD::analysis::Histogram
• Gradient() : PLMD::crystallisation::Gradient
• gradient : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_t
• gradients : PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::Value
• GradientVessel : PLMD::crystallisation::Gradient , PLMD::crystallisation::GradientVessel
• GREX() : PLMD::GREX
• grex : PLMD::PlumedMain
• Grid() : PLMD::Grid
• grid_ : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD , PLMD::Grid
• gridfile_ : PLMD::bias::MetaD
• gridfilename_ : PLMD::bias::MetaD
• gridfname : PLMD::analysis::Histogram
• gridreadfilename_ : PLMD::bias::MetaD
• Group() : PLMD::generic::Group
• groupby : PLMD::generic::WrapAround
• groups : PLMD::Atoms , PLMD::generic::WholeMolecules
• GTPC_1 : PLMD::colvar::Gyration
• GTPC_2 : PLMD::colvar::Gyration
• GTPC_3 : PLMD::colvar::Gyration
• Gyration() : PLMD::colvar::Gyration
• GYRATION_1 : PLMD::colvar::Gyration
• GYRATION_2 : PLMD::colvar::Gyration
• GYRATION_3 : PLMD::colvar::Gyration
• gzfp : PLMD::FileBase