- s -

• s : PLMD::Communicator::Status
• s_cutoff2 : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• safe : PLMD::RMSDCoreData
• saveGaussian : PLMD::Random
• scale : PLMD::RDC
• scaleb : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• scaled_components : PLMD::colvar::Distance , PLMD::colvar::Position
• scalef : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• scalep : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• scalev : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• scfenergies : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_t
• scftype : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• sec : PLMD::Stopwatch::Time
• seed : PLMD::bias::ABMD
• segid : PLMD::molfile::molfile_atom_t
• serial : PLMD::colvar::ContactMap , PLMD::colvar::CoordinationBase , PLMD::colvar::NOE , PLMD::RDC , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• sf : PLMD::crystallization::DFSMaxCluster , PLMD::crystallization::DFSNumberOfClusters , PLMD::multicolvar::FilterLess , PLMD::multicolvar::FilterMore , PLMD::vesselbase::LessThan , PLMD::vesselbase::MoreThan
• sf1 : PLMD::multicolvar::Angles , PLMD::multicolvar::Bridge
• sf2 : PLMD::multicolvar::Angles , PLMD::multicolvar::Bridge
• sfs : PLMD::colvar::ContactMap
• shell_types : PLMD::molfile::molfile_qm_basis_t
• shift : PLMD::generic::FitToTemplate , PLMD::SwitchingFunction
• shifts : PLMD::Pbc
• shuffledAtoms : PLMD::Atoms
• sigma : PLMD::bias::MetaD::Gaussian , PLMD::bias::PBMetaD::Gaussian , PLMD::crystallisation::Gradient , PLMD::FlexibleBin , PLMD::multicolvar::ActionVolume , PLMD::multicolvar::VolumeCavity , PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• sigma0_ : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD
• sigma0max_ : PLMD::bias::MetaD
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• sigmamax : PLMD::FlexibleBin
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• similarity : PLMD::colvar::PathMSDBase::ImagePath
• simtemp : PLMD::analysis::Analysis
• single_run : PLMD::analysis::Analysis
• size : PLMD::Communicator::ConstData , PLMD::Communicator::Data , PLMD::molfile::molfile_graphics_t
• skipchecks : PLMD::MultiReferenceBase
• slope : PLMD::bias::Restraint
• sock : PLMD::IMD
• sort_indices : PLMD::MultiValue
• sort_vector : PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• spin : PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
• splinepoints : PLMD::CInterpolation
• sqrtn : PLMD::multicolvar::Sprint
• squared : PLMD::colvar::MultiRMSD , PLMD::colvar::PCARMSD , PLMD::colvar::RMSD
• starts : PLMD::crystallisation::GradientVessel
• status : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• StatusIgnore : PLMD::Communicator
• step : PLMD::bias::MovingRestraint , PLMD::molfile::md_ts , PLMD::molfile::trx_hdr , PLMD::PlumedMain
• stopFlag : PLMD::PlumedMain
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• stopwatch : PLMD::PlumedMain , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• store_director : PLMD::crystallization::VectorMultiColvar
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• stretch : PLMD::SwitchingFunction
• stride : PLMD::ActionPilot , PLMD::CInterpolation , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• stride_ : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD , PLMD::NeighborList
• style : PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase , PLMD::Keywords::KeyType , PLMD::molfile::molfile_graphics_t
• suffix : PLMD::PlumedMain
• svd : PLMD::RDC
• switchGaussian : PLMD::Random
• switchingFunction : PLMD::colvar::Coordination , PLMD::crystallization::Fccubic , PLMD::crystallization::OrientationSphere , PLMD::crystallization::SimpleCubic , PLMD::crystallization::Steinhardt , PLMD::crystallization::Tetrahedral , PLMD::multicolvar::AdjacencyMatrixAction , PLMD::multicolvar::CoordinationNumbers , PLMD::multicolvar::LocalAverage , PLMD::multicolvar::NumberOfLinks , PLMD::multicolvar::VolumeInCylinder
• sym_size : PLMD::molfile::trx_hdr
• sz : PLMD::Matrix< T >