Loading [MathJax]/extensions/tex2jax.js
- d -
- d
: PLMD::RMSDCoreData
, PLMD::SwitchingFunction
, PLMD::TensorGeneric< n, m >
, PLMD::VectorGeneric< n >
- d0
: PLMD::SwitchingFunction
- dampfactor_
: PLMD::bias::MetaD
- data
: PLMD::analysis::Analysis
, PLMD::Matrix< T >
, PLMD::molfile::molfile_graphics_t
, PLMD::vesselbase::AveragingVessel
- data_to_analyze
: PLMD::analysis::AnalysisWithLandmarks
- database
: PLMD::molfile::molfile_metadata_t
- dataCanBeSet
: PLMD::Atoms
- dataCnt
: PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
- dataDsp
: PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
- dataname
: PLMD::molfile::molfile_volumetric_t
- dataR
: PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
- dataS
: PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
- date
: PLMD::molfile::molfile_metadata_t
- db
: PLMD::colvar::CS2Backbone
- dbi
: PLMD::multicolvar::VolumeCavity
, PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
- dcross
: PLMD::InterpolateBicubic
, PLMD::multicolvar::VolumeCavity
, PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
- dd
: PLMD::Atoms
- dd0
: PLMD::colvar::CS2Backbone::Fragment
- dd10
: PLMD::colvar::CS2Backbone::Fragment
- dd2
: PLMD::colvar::CS2Backbone::Fragment
- dd21
: PLMD::colvar::CS2Backbone::Fragment
- ddist_drotation
: PLMD::RMSDCoreData
- ddist_drr01
: PLMD::RMSDCoreData
- ddistdpos
: PLMD::generic::FitToTemplate
- DDistDRef
: PLMD::generic::FitToTemplate
- ddStep
: PLMD::Atoms
- decoder
: PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
- der_
: PLMD::Grid
, PLMD::SparseGrid
- der_list
: PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
- derivatives
: PLMD::ActionWithVirtualAtom
, PLMD::MultiValue
, PLMD::Value
- derivs
: PLMD::colvar::ERMSD
, PLMD::multicolvar::CatomPack
- derivs_s
: PLMD::colvar::PathMSDBase
- derivs_z
: PLMD::colvar::PathMSDBase
- derivTime
: PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
- derrdp0
: PLMD::Kearsley
, PLMD::OptimalAlignment
- derrdp1
: PLMD::Kearsley
, PLMD::OptimalAlignment
- dertime
: PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
- dertime_can_be_off
: PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
- detailedTimers
: PLMD::generic::Debug
, PLMD::PlumedMain
- dfframes
: PLMD::mapping::Mapping
- diag
: PLMD::Pbc
- diagonal
: PLMD::KernelFunctions
- diff0on1
: PLMD::Kearsley
- diff1on0
: PLMD::Kearsley
- diffweight
: PLMD::vesselbase::FunctionVessel
- dij
: PLMD::multicolvar::Bridge
- dik
: PLMD::multicolvar::Bridge
- dimension
: PLMD::gridtools::GridVessel
- dimension_
: PLMD::Grid
- dir
: PLMD::F1dim< FCLASS >
, PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
, PLMD::multicolvar::VolumeInCylinder
- dir_n
: PLMD::gridtools::FindContourSurface
- direction
: PLMD::gridtools::FindContourSurface
- directions
: PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity
- dirv
: PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
- disabled
: PLMD::ActionRegister
, PLMD::CLToolRegister
- discrete
: PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
- displace
: PLMD::OptimalAlignment
, PLMD::ReferenceAtoms
, PLMD::RMSD
, PLMD::RMSDCoreData
- displacement
: PLMD::ReferenceValuePack
- dist
: PLMD::RMSDCoreData
- distance
: PLMD::colvar::PathMSDBase::ImagePath
- distance_
: PLMD::NeighborList
- distanceIsMSD
: PLMD::RMSDCoreData
- distanceOHSwitch
: PLMD::adjmat::HBondMatrix
- distanceOOSwitch
: PLMD::adjmat::HBondMatrix
- distder
: PLMD::colvar::PathMSDBase::ImagePath
- dlbi
: PLMD::multicolvar::VolumeCavity
, PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
- dlcross
: PLMD::multicolvar::VolumeCavity
, PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
- dlloader
: PLMD::PlumedMain
- dlperp
: PLMD::multicolvar::VolumeCavity
, PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
- dmat
: PLMD::PointWiseMapping
- dmatdp0
: PLMD::Kearsley
- dmatdp1
: PLMD::Kearsley
- dmax
: PLMD::SwitchingFunction
- dmax_2
: PLMD::SwitchingFunction
- do_central
: PLMD::function::Ensemble
- do_cosine
: PLMD::colvar::Torsion
- do_moments
: PLMD::function::Ensemble
- do_pair_
: PLMD::NeighborList
- do_pbc_
: PLMD::NeighborList
- do_powers
: PLMD::function::Ensemble
- do_reweight
: PLMD::function::Ensemble
- doCheckPoint
: PLMD::Action
, PLMD::PlumedMain
- docmdist
: PLMD::colvar::ContactMap
- docomp
: PLMD::colvar::ContactMap
- documentation
: PLMD::Keywords
- docylinder
: PLMD::multicolvar::VolumeInCylinder
- doInt
: PLMD::function::FuncSumHills
- doInt_
: PLMD::bias::MetaD
, PLMD::bias::PBMetaD
, PLMD::BiasRepresentation
- domain
: PLMD::analysis::AverageVessel
- domains
: PLMD::MultiDomainRMSD
- donotforce
: PLMD::ActionAtomistic
- donotretrieve
: PLMD::ActionAtomistic
- doscale_
: PLMD::bias::Metainference
- dospline_
: PLMD::Grid
- dosum
: PLMD::colvar::ContactMap
- dox
: PLMD::multicolvar::VolumeAround
- doy
: PLMD::multicolvar::VolumeAround
- doz
: PLMD::multicolvar::VolumeAround
- dp_
: PLMD::bias::MetaD
- dperp
: PLMD::multicolvar::VolumeCavity
, PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
- drmsd_
: PLMD::colvar::DRMSD
- drotation_drr01
: PLMD::RMSDCoreData
- drotdpos
: PLMD::generic::FitToTemplate
- DRotDPos
: PLMD::ReferenceValuePack
- Dscale_
: PLMD::bias::Metainference
- Dsigma_
: PLMD::bias::Metainference
- dx
: PLMD::gridtools::GridVessel
- dx_
: PLMD::Grid