Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- d -

• d : PLMD::RMSDCoreData , PLMD::SwitchingFunction , PLMD::TensorGeneric< n, m > , PLMD::VectorGeneric< n >
• d0 : PLMD::SwitchingFunction
• D_C : PLMD::colvar::CS2Backbone
• D_C2 : PLMD::colvar::CS2Backbone
• D_H : PLMD::colvar::CS2Backbone
• D_N : PLMD::colvar::CS2Backbone
• D_N2 : PLMD::colvar::CS2Backbone
• D_O : PLMD::colvar::CS2Backbone
• D_O2 : PLMD::colvar::CS2Backbone
• D_S : PLMD::colvar::CS2Backbone
• dampfactor_ : PLMD::bias::MetaD
• data : PLMD::analysis::Analysis
• Data() : PLMD::Communicator::Data
• data : PLMD::Matrix< T > , PLMD::molfile::molfile_graphics_t , PLMD::vesselbase::AveragingVessel
• data_to_analyze : PLMD::analysis::AnalysisWithLandmarks
• database : PLMD::molfile::molfile_metadata_t
• dataCanBeSet : PLMD::Atoms
• dataCnt : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• dataDsp : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• dataname : PLMD::molfile::molfile_volumetric_t
• dataR : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• dataS : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• date : PLMD::molfile::molfile_metadata_t
• db : PLMD::colvar::CS2Backbone
• dbi : PLMD::multicolvar::VolumeCavity , PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• dcross : PLMD::InterpolateBicubic , PLMD::multicolvar::VolumeCavity , PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• dcrossDv1 : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• dcrossDv2 : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• dd : PLMD::Atoms
• dd0 : PLMD::colvar::CS2Backbone::Fragment
• dd10 : PLMD::colvar::CS2Backbone::Fragment
• dd2 : PLMD::colvar::CS2Backbone::Fragment
• dd21 : PLMD::colvar::CS2Backbone::Fragment
• ddist_drotation : PLMD::RMSDCoreData
• ddist_drr01 : PLMD::RMSDCoreData
• ddistdpos : PLMD::generic::FitToTemplate
• DDistDRef : PLMD::generic::FitToTemplate
• ddStep : PLMD::Atoms
• deactivate() : PLMD::Action , PLMD::DynamicList< T >
• deactivate_task() : PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase , PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction
• deactivateAll() : PLMD::DynamicList< T >
• deactivateAllAtoms() : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction
• deactivateAllTasks() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• Debug() : PLMD::generic::Debug
• debug_report() : PLMD::colvar::CS2Backbone
• decodeIndexToAtoms() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• decoder : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• delta : PLMD::VectorGeneric< n >
• Density() : PLMD::multicolvar::Density
• Dependencies : PLMD::Action
• der_ : PLMD::Grid , PLMD::SparseGrid
• der_list : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• deriNorm : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• deriv_poly() : PLMD::crystallization::Steinhardt
• derivatives : PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::MultiValue , PLMD::Value
• derivativesAreRequired() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• derivs : PLMD::colvar::ERMSD , PLMD::multicolvar::CatomPack
• derivs_s : PLMD::colvar::PathMSDBase
• derivs_z : PLMD::colvar::PathMSDBase
• derivTime : PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• derrdp0 : PLMD::Kearsley , PLMD::OptimalAlignment
• derrdp1 : PLMD::Kearsley , PLMD::OptimalAlignment
• dertime : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• dertime_can_be_off : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• description() : PLMD::analysis::AverageVessel , PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase , PLMD::CLTool , PLMD::cltools::CLToolSumHills , PLMD::cltools::Driver< real > , PLMD::cltools::GenTemplate , PLMD::cltools::Info , PLMD::cltools::kt , PLMD::cltools::Manual , PLMD::cltools::SimpleMD , PLMD::gridtools::GridVessel , PLMD::HistogramBead , PLMD::SwitchingFunction , PLMD::vesselbase::BridgeVessel , PLMD::vesselbase::Moments , PLMD::vesselbase::ShortcutVessel , PLMD::vesselbase::StoreDataVessel , PLMD::vesselbase::ValueVessel , PLMD::vesselbase::Vessel
• destroyData() : PLMD::Keywords
• detailedTimers : PLMD::generic::Debug , PLMD::PlumedMain
• determinant() : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• dfframes : PLMD::mapping::Mapping
• DFSClustering() : PLMD::adjmat::DFSClustering
• DHEnergy() : PLMD::colvar::DHEnergy
• diag : PLMD::Pbc
• diagMat : PLMD::Matrix< T >
• diagonal : PLMD::KernelFunctions
• diff0on1 : PLMD::Kearsley
• diff1on0 : PLMD::Kearsley
• difference() : PLMD::ActionWithArguments , PLMD::HistogramBead , PLMD::Value
• diffusion : PLMD::FlexibleBin
• diffweight : PLMD::vesselbase::FunctionVessel
• DihedralCorrelation() : PLMD::multicolvar::DihedralCorrelation
• dij : PLMD::multicolvar::Bridge
• dik : PLMD::multicolvar::Bridge
• dimension : PLMD::gridtools::GridVessel
• dimension_ : PLMD::Grid
• Dipole() : PLMD::colvar::Dipole
• dir : PLMD::F1dim< FCLASS > , PLMD::multicolvar::DistanceFromContour , PLMD::multicolvar::VolumeInCylinder
• dir_n : PLMD::gridtools::FindContourSurface
• Direction() : PLMD::Direction
• direction : PLMD::gridtools::FindContourSurface
• Direction : PLMD::ReferenceAtoms
• directions : PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity
• dirv : PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• disabled : PLMD::ActionRegister , PLMD::CLToolRegister
• discrete : PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• displace : PLMD::OptimalAlignment , PLMD::ReferenceAtoms , PLMD::RMSD , PLMD::RMSDCoreData
• displacement : PLMD::ReferenceValuePack
• dist : PLMD::RMSDCoreData
• Distance() : PLMD::colvar::Distance
• distance : PLMD::colvar::PathMSDBase::ImagePath , PLMD::Pbc , PLMD::ReferenceConfiguration
• distance_ : PLMD::NeighborList
• DistanceFromContour() : PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• distanceIsMSD : PLMD::RMSDCoreData
• distanceOHSwitch : PLMD::adjmat::HBondMatrix
• distanceOOSwitch : PLMD::adjmat::HBondMatrix
• Distances() : PLMD::multicolvar::Distances
• distder : PLMD::colvar::PathMSDBase::ImagePath
• dlbi : PLMD::multicolvar::VolumeCavity , PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• dlcross : PLMD::multicolvar::VolumeCavity , PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• DLLoader() : PLMD::DLLoader
• dlloader : PLMD::PlumedMain
• dlperp : PLMD::multicolvar::VolumeCavity , PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• dmat : PLMD::PointWiseMapping
• dmatdp0 : PLMD::Kearsley
• dmatdp1 : PLMD::Kearsley
• dmax : PLMD::SwitchingFunction
• dmax_2 : PLMD::SwitchingFunction
• do_central : PLMD::function::Ensemble
• do_cosine : PLMD::colvar::Torsion
• do_moments : PLMD::function::Ensemble
• do_pair_ : PLMD::NeighborList
• do_pbc_ : PLMD::NeighborList
• do_powers : PLMD::function::Ensemble
• do_rational() : PLMD::SwitchingFunction
• do_reweight : PLMD::function::Ensemble
• doCalculation() : PLMD::crystallization::VectorMultiColvar , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• doCheckPoint : PLMD::Action , PLMD::PlumedMain
• docmdist : PLMD::colvar::ContactMap
• docomp : PLMD::colvar::ContactMap
• doCoreCalc() : PLMD::RMSDCoreData
• documentation : PLMD::Keywords
• docylinder : PLMD::multicolvar::VolumeInCylinder
• doInt : PLMD::function::FuncSumHills
• doInt_ : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD , PLMD::BiasRepresentation
• doJobsRequiredBeforeTaskList() : PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase , PLMD::multicolvar::MultiColvarFilter , PLMD::multicolvar::VolumeGradientBase , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• domain : PLMD::analysis::AverageVessel
• DomainDecomposition() : PLMD::Atoms::DomainDecomposition
• domains : PLMD::MultiDomainRMSD
• doMonteCarlo() : PLMD::bias::Metainference
• doNotCalculateDerivatives() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• doNotCalculateDirector() : PLMD::crystallization::VectorMultiColvar , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• donotforce : PLMD::ActionAtomistic
• doNotForce() : PLMD::ActionAtomistic
• donotretrieve : PLMD::ActionAtomistic
• doNotRetrieve() : PLMD::ActionAtomistic
• doscale_ : PLMD::bias::Metainference
• doSearch() : PLMD::RootFindingBase< FCLASS >
• dospline_ : PLMD::Grid
• dosum : PLMD::colvar::ContactMap
• dotProduct : PLMD::VectorGeneric< n >
• DotProductDistance() : PLMD::DotProductDistance
• double2MD() : PLMD::Atoms , PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• dox : PLMD::multicolvar::VolumeAround
• doy : PLMD::multicolvar::VolumeAround
• doz : PLMD::multicolvar::VolumeAround
• dp_ : PLMD::bias::MetaD
• dperp : PLMD::multicolvar::VolumeCavity , PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• Driver() : PLMD::cltools::Driver< real >
• DRMSD() : PLMD::colvar::DRMSD , PLMD::DRMSD
• drmsd_ : PLMD::colvar::DRMSD
• drotation_drr01 : PLMD::RMSDCoreData
• drotdpos : PLMD::generic::FitToTemplate
• DRotDPos : PLMD::ReferenceValuePack
• Dscale_ : PLMD::bias::Metainference
• Dsigma_ : PLMD::bias::Metainference
• DumpAtoms() : PLMD::generic::DumpAtoms
• DumpCube() : PLMD::gridtools::DumpCube
• DumpDerivatives() : PLMD::generic::DumpDerivatives
• DumpForces() : PLMD::generic::DumpForces
• DumpGrid : PLMD::gridtools::ActionWithInputGrid , PLMD::gridtools::DumpGrid , PLMD::gridtools::GridVessel
• DumpMassCharge() : PLMD::generic::DumpMassCharge
• DumpMultiColvar() : PLMD::multicolvar::DumpMultiColvar
• DumpProjections() : PLMD::generic::DumpProjections
• duplicateFrameList() : PLMD::PointWiseMapping
• dx : PLMD::gridtools::GridVessel
• dx_ : PLMD::Grid
• DynamicList() : PLMD::DynamicList< T >