Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- s -

• s : PLMD::Communicator::Status
• s_cutoff2 : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• safe : PLMD::RMSDCoreData
• saveGaussian : PLMD::Random
• savePositions() : PLMD::GREX
• scale : PLMD::colvar::RDC
• scale_ : PLMD::bias::Metainference
• scale_max_ : PLMD::bias::Metainference
• scale_min_ : PLMD::bias::Metainference
• scaleAllDerivatives() : PLMD::ReferenceValuePack
• scaleAllValuesAndDerivatives() : PLMD::Grid
• scaleb : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• scalec : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• scaled_components : PLMD::colvar::Distance , PLMD::colvar::Position , PLMD::vatom::FixedAtom
• scaledToReal() : PLMD::Pbc
• scalef : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• scalem : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• scalep : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• scalev : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• scanField() : PLMD::IFile
• scanFieldList() : PLMD::IFile
• scanOneHill() : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD , PLMD::function::FilesHandler
• scfenergies : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_t
• scftype : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• search() : PLMD::Brent1DRootSearch< FCLASS >
• search1() : PLMD::CInterpolation
• sec : PLMD::Stopwatch::Time
• second : PLMD::generic::DumpMassCharge
• SecondaryStructureRMSD() : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• seed : PLMD::bias::ABMD
• seg_last : PLMD::colvar::CS2Backbone
• segid : PLMD::molfile::molfile_atom_t
• select() : PLMD::ActionSet , PLMD::analysis::CopyAllFrames , PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase
• selectFrame() : PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase
• selectLandmarks() : PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase
• selectNot() : PLMD::ActionSet
• selectWithLabel() : PLMD::ActionSet
• SER : PLMD::colvar::CS2Backbone
• serial() : PLMD::AtomNumber , PLMD::colvar::ContactMap , PLMD::colvar::CoordinationBase , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• serialCalculation() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• set() : PLMD::HistogramBead , PLMD::ReferenceConfiguration , PLMD::RMSD , PLMD::SwitchingFunction , PLMD::Value
• Set_comm() : PLMD::Communicator
• Set_fcomm() : PLMD::Communicator
• set_table() : PLMD::CInterpolation , PLMD::InterpolateBicubic , PLMD::InterpolateCubic
• setActiveValsAndDerivatives() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• setAlign() : PLMD::RMSD
• setAngularMomentum() : PLMD::crystallization::Steinhardt
• setArgKeyword() : PLMD::PDB
• setArgumentDerivatives() : PLMD::ReferenceValuePack
• setArgumentNames() : PLMD::ReferenceArguments
• setAtom() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• setAtomActive() : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction
• setAtomDerivatives() : PLMD::ReferenceValuePack
• setAtomIndex() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack , PLMD::ReferenceValuePack
• setAtomIndices() : PLMD::ReferenceAtoms
• setAtomNumbers() : PLMD::ReferenceAtoms
• setAtomsContiguous() : PLMD::Atoms
• setAtomsDerivatives() : PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::Colvar
• setAtomsForCentralAtom() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• setAtomsFromStrands() : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• setAtomsGatindex() : PLMD::Atoms
• setAtomsNlocal() : PLMD::Atoms
• setAveragingAction() : PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• setBackupString() : PLMD::OFile
• setBias() : PLMD::bias::Bias
• setBounds() : PLMD::gridtools::GridVessel , PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• setBoundsOnDistances() : PLMD::DRMSD , PLMD::SingleDomainRMSD
• setBox() : PLMD::Atoms , PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T > , PLMD::Pbc
• setBoxDerivatives() : PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::Colvar
• setBoxDerivativesNoPbc() : PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::Colvar
• setBufferStart() : PLMD::vesselbase::BridgeVessel , PLMD::vesselbase::Vessel
• setc() : PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• setCharge() : PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::Units
• setCharges() : PLMD::Atoms
• setCol() : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• setCollectEnergy() : PLMD::Atoms
• setComponentsIntroduction() : PLMD::Keywords
• setCubeUnits() : PLMD::gridtools::GridVessel
• setCutoff() : PLMD::LinkCells
• setData() : PLMD::KernelFunctions
• setDataElement() : PLMD::vesselbase::AveragingVessel
• setDataSize() : PLMD::vesselbase::AveragingVessel
• setDataToAnalyze() : PLMD::analysis::AnalysisWithLandmarks
• setDerivative() : PLMD::function::Function , PLMD::multicolvar::CatomPack , PLMD::MultiValue , PLMD::Value
• setDirection() : PLMD::Direction
• setDisplace() : PLMD::RMSD
• setDomain() : PLMD::Value
• setDomainDecomposition() : PLMD::Atoms
• setEnergy() : PLMD::Atoms , PLMD::Units
• setExchangeStep() : PLMD::PlumedMain
• setf() : PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• setFlag() : PLMD::ExchangePatterns
• setForces() : PLMD::Atoms
• setForcesOnAtoms() : PLMD::ActionAtomistic
• setGradients() : PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::Value
• setGradientsIfNeeded() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::ActionWithVirtualAtom
• setGridElement() : PLMD::gridtools::GridVessel
• setHardCutoffOnWeight() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• setHeavyFlush() : PLMD::FileBase
• setIndex() : PLMD::AtomNumber , PLMD::multicolvar::AtomValuePack , PLMD::multicolvar::CatomPack
• setInputData() : PLMD::CLTool
• setKbT() : PLMD::Atoms
• setKernelType() : PLMD::HistogramBead
• setLastUpdate() : PLMD::NeighborList
• setLength() : PLMD::Units
• setLinePrefix() : PLMD::OFile
• setLinkCellCutoff() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• setLocalDerivative() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• setLowMemOption() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• setm() : PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• setMass() : PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::Units
• setMasses() : PLMD::Atoms
• setMatrixIndexesForTask() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase
• setMDChargeUnits() : PLMD::Atoms
• setMDEnergyUnits() : PLMD::Atoms
• setMDLengthUnits() : PLMD::Atoms
• setMDMassUnits() : PLMD::Atoms
• setMDNaturalUnits() : PLMD::Atoms
• setMDTimeUnits() : PLMD::Atoms
• setMinToZero() : PLMD::Grid
• setNamesAndAtomNumbers() : PLMD::ReferenceConfiguration
• setNatoms() : PLMD::Atoms
• setNaturalUnits() : PLMD::Atoms
• setNoDerivatives() : PLMD::gridtools::GridVessel
• setNofR() : PLMD::ExchangePatterns
• setNorm() : PLMD::vesselbase::AveragingVessel
• setNotPeriodic() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::Value
• setNumberInVolume() : PLMD::multicolvar::VolumeGradientBase
• setNumberOfAtoms() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• setOption() : PLMD::Action
• setOutputAction() : PLMD::vesselbase::BridgeVessel
• setOutputFmt() : PLMD::Grid
• setOutputForce() : PLMD::bias::Bias
• setOutputValue() : PLMD::vesselbase::ValueVessel
• setp() : PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• setPeriodic() : PLMD::ActionWithValue
• setPosition() : PLMD::ActionWithVirtualAtom
• setPositions() : PLMD::Atoms , PLMD::PDB
• setPositionsCenter() : PLMD::RMSDCoreData
• setPositionsCenterIsRemoved() : PLMD::RMSDCoreData
• setProjectionCoordinate() : PLMD::PointWiseMapping
• setPropertyNames() : PLMD::PointWiseMapping
• setRealPrecision() : PLMD::Atoms
• setReference() : PLMD::ERMSD , PLMD::RMSD
• setReferenceArguments() : PLMD::ReferenceArguments
• setReferenceAtoms() : PLMD::Direction , PLMD::DRMSD , PLMD::MultiDomainRMSD , PLMD::ReferenceAtoms , PLMD::SingleDomainRMSD
• setReferenceCenter() : PLMD::RMSDCoreData
• setReferenceCenterIsRemoved() : PLMD::RMSDCoreData
• setReferenceConfig() : PLMD::ReferenceConfiguration
• setRemainingToDefault() : PLMD::CLTool
• setRequestList() : PLMD::NeighborList
• setRescaledToBias() : PLMD::BiasRepresentation
• setRestart() : PLMD::PlumedMain
• setRow() : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• setSecondaryStructure() : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• setSeed() : PLMD::ExchangePatterns , PLMD::Random
• setSerial() : PLMD::AtomNumber
• setStyle() : PLMD::Keywords::KeyType
• setSuffix() : PLMD::PlumedMain
• setTime() : PLMD::Units
• setTimeStep() : PLMD::Atoms
• setType() : PLMD::RMSD
• setUnits() : PLMD::Atoms , PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• setup_completed : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• setup_targets() : PLMD::DRMSD , PLMD::IntermolecularDRMSD , PLMD::IntramolecularDRMSD
• setupActiveTaskSet() : PLMD::adjmat::ClusterAnalysisBase , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• setupAtomsFromLinkCells() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• setupConnector() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase , PLMD::adjmat::AlignedMatrixBase , PLMD::adjmat::ContactMatrix , PLMD::adjmat::HBondMatrix
• setupCurrentAtomList() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• setupLinkCells() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• SetupMolInfo() : PLMD::SetupMolInfo
• setupMPICommunication() : PLMD::DynamicList< T >
• setupMultiColvarBase() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• setupNonUseSpeciesLinkCells() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• setupPCAStorage() : PLMD::EuclideanDistance , PLMD::MultiDomainRMSD , PLMD::OptimalRMSD , PLMD::ReferenceConfiguration , PLMD::SimpleRMSD
• setupPeriodicity() : PLMD::Value
• setupPrintValue() : PLMD::OFile
• setupRegions() : PLMD::crystallization::Gradient , PLMD::multicolvar::VolumeAround , PLMD::multicolvar::VolumeCavity , PLMD::multicolvar::VolumeGradientBase , PLMD::multicolvar::VolumeInCylinder , PLMD::multicolvar::VolumeInSphere , PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• setupRMSDObject() : PLMD::OptimalRMSD , PLMD::SingleDomainRMSD
• setValIndex() : PLMD::ReferenceValuePack
• setValue() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::Grid , PLMD::multicolvar::AtomValuePack , PLMD::MultiValue , PLMD::SparseGrid
• setValueAndDerivatives() : PLMD::Grid , PLMD::SparseGrid
• setVectorDimensionality() : PLMD::crystallization::VectorMultiColvar
• setVirial() : PLMD::Atoms , PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• setWeight() : PLMD::ReferenceConfiguration
• setWeights() : PLMD::MultiReferenceBase
• sf : PLMD::adjmat::ClusterDistribution , PLMD::adjmat::ContactAlignedMatrix , PLMD::multicolvar::FilterLess , PLMD::multicolvar::FilterMore , PLMD::vesselbase::LessThan , PLMD::vesselbase::MoreThan
• sf1 : PLMD::multicolvar::Angles , PLMD::multicolvar::Bridge
• sf2 : PLMD::multicolvar::Angles , PLMD::multicolvar::Bridge
• sfs : PLMD::colvar::ContactMap
• share() : PLMD::Atoms
• shareAll() : PLMD::Atoms
• shareData() : PLMD::PlumedMain
• shell_types : PLMD::molfile::molfile_qm_basis_t
• shift : PLMD::generic::FitToTemplate , PLMD::SwitchingFunction
• shifts : PLMD::Pbc
• ShortcutVessel : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel , PLMD::vesselbase::ShortcutVessel
• shuffledAtoms : PLMD::Atoms
• side_chain : PLMD::colvar::CS2Backbone::Fragment
• side_chain_atoms() : PLMD::colvar::CS2Backbone
• sigma : PLMD::bias::MetaD::Gaussian , PLMD::bias::PBMetaD::Gaussian , PLMD::crystallization::Gradient , PLMD::FlexibleBin , PLMD::multicolvar::ActionVolume , PLMD::multicolvar::VolumeCavity , PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• sigma0_ : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD
• sigma0max_ : PLMD::bias::MetaD
• sigma0min_ : PLMD::bias::MetaD
• sigma_ : PLMD::bias::Metainference
• sigma_max_ : PLMD::bias::Metainference
• sigma_mean_ : PLMD::bias::Metainference
• sigma_min_ : PLMD::bias::Metainference
• sigmamax : PLMD::FlexibleBin
• sigmamin : PLMD::FlexibleBin
• similarity : PLMD::colvar::PathMSDBase::ImagePath
• SIMPLE : PLMD::RMSD
• simpleAlignment() : PLMD::RMSD
• SimpleCubic() : PLMD::crystallization::SimpleCubic
• SimpleMD() : PLMD::cltools::SimpleMD
• SimpleRMSD() : PLMD::SimpleRMSD
• simtemp : PLMD::analysis::Analysis , PLMD::bias::ReweightBase , PLMD::gridtools::ConvertToFES
• singleDomainRequests() : PLMD::ReferenceAtoms
• SingleDomainRMSD : PLMD::ReferenceAtoms , PLMD::ReferenceConfiguration , PLMD::SingleDomainRMSD
• size : PLMD::Communicator::ConstData , PLMD::Communicator::Data , PLMD::Keywords , PLMD::molfile::molfile_graphics_t , PLMD::NeighborList , PLMD::PDB
• skipchecks : PLMD::MultiReferenceBase
• slope : PLMD::bias::Restraint
• SMAC() : PLMD::crystallization::SMAC
• SMACMatrix() : PLMD::adjmat::SMACMatrix
• smap : PLMD::SwitchingFunction
• Sort() : PLMD::function::Sort
• sort() : PLMD::LatticeReduction
• sort_indices : PLMD::MultiValue
• sort_vector : PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• sortActiveList() : PLMD::DynamicList< T > , PLMD::MultiValue
• SparseGrid() : PLMD::SparseGrid
• SpathVessel() : PLMD::mapping::SpathVessel
• specialSymbol() : PLMD::MolDataClass
• spin : PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
• splinepoints : PLMD::CInterpolation
• split() : PLMD::colvar::CS2BackboneDB
• Split() : PLMD::Communicator
• Sprint() : PLMD::adjmat::Sprint
• sqdonly : PLMD::function::Stats
• sqrt2_div_pi : PLMD::bias::Metainference
• sqrt2_pi : PLMD::bias::Metainference
• sqrtn : PLMD::adjmat::Sprint
• squared : PLMD::colvar::MultiRMSD , PLMD::colvar::PCARMSD , PLMD::colvar::RMSD
• start() : PLMD::Stopwatch , PLMD::Stopwatch::Watch
• starts : PLMD::crystallization::GradientVessel
• startStep() : PLMD::Atoms
• startWith() : PLMD::Tools
• stash : PLMD::analysis::Histogram , PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity
• Stats() : PLMD::function::Stats
• status : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• StatusIgnore : PLMD::Communicator
• STD : PLMD::colvar::CS2BackboneDB
• Steinhardt() : PLMD::crystallization::Steinhardt
• step : PLMD::bias::MovingRestraint , PLMD::molfile::md_ts , PLMD::molfile::trx_hdr , PLMD::PlumedMain
• stop() : PLMD::PlumedMain , PLMD::Stopwatch , PLMD::Stopwatch::Watch
• stopFlag : PLMD::PlumedMain
• stopNow : PLMD::PlumedMain
• stopwatch : PLMD::PlumedMain , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• store_director : PLMD::crystallization::VectorMultiColvar
• store_norm : PLMD::gridtools::FourierTransform
• StoreDataVessel : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel , PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• storeDerivatives() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• storeDistanceFunction() : PLMD::mapping::Mapping
• storedValueIsActive() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• storeOldGrids_ : PLMD::bias::MetaD
• storeValues() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• str_max : PLMD::gridtools::GridVessel , PLMD::Value
• str_max_ : PLMD::Grid
• str_min : PLMD::gridtools::GridVessel , PLMD::Value
• str_min_ : PLMD::Grid
• stretch : PLMD::SwitchingFunction
• stride : PLMD::ActionPilot , PLMD::CInterpolation , PLMD::gridtools::GridVessel , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• stride_ : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD , PLMD::NeighborList
• stripLeadingAndTrailingBlanks() : PLMD::Tools
• style : PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase , PLMD::Keywords::KeyType , PLMD::Keywords , PLMD::molfile::molfile_graphics_t
• suffix : PLMD::PlumedMain
• Sum() : PLMD::Communicator , PLMD::vesselbase::Sum
• svd : PLMD::colvar::RDC
• switchGaussian : PLMD::Random
• switchingFunction : PLMD::adjmat::AlignedMatrixBase , PLMD::adjmat::ContactMatrix , PLMD::colvar::Coordination , PLMD::crystallization::CubicHarmonicBase , PLMD::crystallization::InterMolecularTorsions , PLMD::crystallization::OrientationSphere , PLMD::crystallization::Steinhardt , PLMD::multicolvar::CoordinationNumbers , PLMD::multicolvar::LocalAverage , PLMD::multicolvar::NumberOfLinks , PLMD::multicolvar::VolumeInCylinder , PLMD::multicolvar::VolumeInSphere
• SwitchingFunction() : PLMD::SwitchingFunction
• switchOnPCAOption() : PLMD::ReferenceValuePack
• sym_size : PLMD::molfile::trx_hdr
• symmetric : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixVessel
• sz : PLMD::Matrix< T >