- a -

• ACYLINDRICITY : PLMD::colvar::Gyration
• ALA : PLMD::colvar::CS2Backbone
• ARG : PLMD::colvar::CS2Backbone
• ASN : PLMD::colvar::CS2Backbone
• ASP : PLMD::colvar::CS2Backbone
• ASPHERICITY : PLMD::colvar::Gyration
• atoms : PLMD::Keywords::KeyType

- c -

• C_ATOM : PLMD::colvar::CS2BackboneDB
• CA_ATOM : PLMD::colvar::CS2BackboneDB
• CB_ATOM : PLMD::colvar::CS2BackboneDB
• CCG : PLMD::colvar::JCoupling
• commandline : PLMD::CLTool
• compulsory : PLMD::Keywords::KeyType
• cubic : PLMD::SwitchingFunction
• CUSTOM : PLMD::colvar::JCoupling
• CYS : PLMD::colvar::CS2Backbone

- d -

• D_C : PLMD::colvar::CS2Backbone
• D_C2 : PLMD::colvar::CS2Backbone
• D_H : PLMD::colvar::CS2Backbone
• D_N : PLMD::colvar::CS2Backbone
• D_N2 : PLMD::colvar::CS2Backbone
• D_O : PLMD::colvar::CS2Backbone
• D_O2 : PLMD::colvar::CS2Backbone
• D_S : PLMD::colvar::CS2Backbone
• diffusion : PLMD::FlexibleBin

- e -

• exponential : PLMD::SwitchingFunction

- f -

• flag : PLMD::Keywords::KeyType

- g -

• GAUSS : PLMD::bias::Metainference
• gaussian : PLMD::HistogramBead , PLMD::KernelFunctions , PLMD::SwitchingFunction
• generic : PLMD::Pbc
• geometry : PLMD::FlexibleBin
• GLN : PLMD::colvar::CS2Backbone
• GLU : PLMD::colvar::CS2Backbone
• GLY : PLMD::colvar::CS2Backbone , PLMD::colvar::CS2BackboneDB
• GTPC_1 : PLMD::colvar::Gyration
• GTPC_2 : PLMD::colvar::Gyration
• GTPC_3 : PLMD::colvar::Gyration
• GYRATION_1 : PLMD::colvar::Gyration
• GYRATION_2 : PLMD::colvar::Gyration
• GYRATION_3 : PLMD::colvar::Gyration

- h -

• H_ATOM : PLMD::colvar::CS2BackboneDB
• HA_ATOM : PLMD::colvar::CS2BackboneDB
• HAHN : PLMD::colvar::JCoupling
• HAN : PLMD::colvar::JCoupling
• hidden : PLMD::Keywords::KeyType
• HIS : PLMD::colvar::CS2Backbone

- i -

• ifile : PLMD::CLTool
• ILE : PLMD::colvar::CS2Backbone

- k -

• KAPPA2 : PLMD::colvar::Gyration

- l -

• LEU : PLMD::colvar::CS2Backbone
• LYS : PLMD::colvar::CS2Backbone

- m -

• matheval : PLMD::SwitchingFunction
• MET : PLMD::colvar::CS2Backbone
• MGAUSS : PLMD::bias::Metainference

- n -

• N_ATOM : PLMD::colvar::CS2BackboneDB
• nativeq : PLMD::SwitchingFunction
• NCG : PLMD::colvar::JCoupling
• NEIGHBOR : PLMD::ExchangePatterns
• NONE : PLMD::ExchangePatterns
• none : PLMD::FlexibleBin
• notperiodic : PLMD::HistogramBead , PLMD::Value

- o -

• OPTIMAL : PLMD::RMSD
• OPTIMAL_FAST : PLMD::RMSD
• optional : PLMD::Keywords::KeyType
• orthorombic : PLMD::Pbc
• OUTLIERS : PLMD::bias::Metainference

- p -

• periodic : PLMD::HistogramBead , PLMD::Value
• PHE : PLMD::colvar::CS2Backbone
• PRO : PLMD::colvar::CS2Backbone , PLMD::colvar::CS2BackboneDB

- r -

• R_HIS : PLMD::colvar::CS2Backbone::RingInfo
• R_PHE : PLMD::colvar::CS2Backbone::RingInfo
• R_TRP1 : PLMD::colvar::CS2Backbone::RingInfo
• R_TRP2 : PLMD::colvar::CS2Backbone::RingInfo
• R_TYR : PLMD::colvar::CS2Backbone::RingInfo
• RADIUS : PLMD::colvar::Gyration
• RANDOM : PLMD::ExchangePatterns
• rational : PLMD::SwitchingFunction

- s -

• SER : PLMD::colvar::CS2Backbone
• SIMPLE : PLMD::RMSD
• smap : PLMD::SwitchingFunction
• STD : PLMD::colvar::CS2BackboneDB

- t -

• tanh : PLMD::SwitchingFunction
• THR : PLMD::colvar::CS2Backbone
• TOT : PLMD::colvar::Gyration
• TOTAL : PLMD::ExchangePatterns
• TRACE : PLMD::colvar::Gyration
• triangular : PLMD::HistogramBead , PLMD::KernelFunctions
• TRP : PLMD::colvar::CS2Backbone
• TYR : PLMD::colvar::CS2Backbone

- u -

• uniform : PLMD::KernelFunctions
• UNK : PLMD::colvar::CS2Backbone
• unset : PLMD::CLTool , PLMD::HistogramBead , PLMD::Pbc , PLMD::Value

- v -

• VAL : PLMD::colvar::CS2Backbone
• vessel : PLMD::Keywords::KeyType