- a -

• ABMD() : PLMD::bias::ABMD
• Abort() : PLMD::Communicator
• abortIfExceptionsAreDisabled() : PLMD::Exception
• accumulate() : PLMD::analysis::Analysis
• Action() : PLMD::Action
• ActionAtomistic() : PLMD::ActionAtomistic
• ActionOptions() : PLMD::ActionOptions
• ActionPilot() : PLMD::ActionPilot
• actionRegister() : PLMD::ActionRegister
• ActionSet() : PLMD::ActionSet
• ActionSetup() : PLMD::ActionSetup
• ActionVolume() : PLMD::multicolvar::ActionVolume
• ActionWithArguments() : PLMD::ActionWithArguments
• ActionWithInputVessel() : PLMD::vesselbase::ActionWithInputVessel
• ActionWithValue() : PLMD::ActionWithValue
• ActionWithVessel() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• ActionWithVirtualAtom() : PLMD::ActionWithVirtualAtom
• activate() : PLMD::Action , PLMD::DynamicList< T >
• activateAll() : PLMD::DynamicList< T >
• activateIndices() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• activateTheseTasks() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• add() : PLMD::ActionRegister , PLMD::analysis::LandmarkRegister , PLMD::Atoms , PLMD::CLToolRegister , PLMD::Keywords , PLMD::MetricRegister , PLMD::Value , PLMD::vesselbase::VesselRegister
• addArgumentDerivatives() : PLMD::ReferenceValuePack
• addAtomDerivatives() : PLMD::ReferenceValuePack
• addAtomsDerivatives() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• addBoxDerivatives() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack , PLMD::ReferenceValuePack
• addBridgeForces() : PLMD::multicolvar::MultiColvarFilter , PLMD::multicolvar::VolumeGradientBase , PLMD::vesselbase::ActionWithInputVessel
• addBridgingVessel() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• addCenter() : PLMD::RMSD
• addColvar() : PLMD::multicolvar::MultiColvar , PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• addComDerivatives() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• addComponent() : PLMD::ActionWithValue
• addComponentWithDerivatives() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::function::Function
• addConstantField() : PLMD::OFile
• addDependency() : PLMD::Action
• addDerivative() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack , PLMD::MultiValue , PLMD::Value
• addDerivativesOnMatrixElement() : PLMD::multicolvar::AdjacencyMatrixAction
• addFlag() : PLMD::Keywords
• addForce() : PLMD::Value
• addForcesOnArguments() : PLMD::ActionWithArguments , PLMD::vesselbase::ActionWithInputVessel
• addForcesOnAtoms() : PLMD::crystallization::VectorMultiColvar
• addGaussian() : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD
• addGrid() : PLMD::BiasRepresentation
• addIndexToList() : PLMD::DynamicList< T >
• addKernel() : PLMD::Grid
• addOutputComponent() : PLMD::Keywords
• addRemark() : PLMD::PDB
• addTaskToList() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• addValue() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::Grid , PLMD::multicolvar::AtomValuePack , PLMD::MultiValue , PLMD::SparseGrid
• addValueAndDerivatives() : PLMD::Grid , PLMD::SparseGrid
• addValueWithDerivatives() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::function::Function
• addVessel() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel , PLMD::vesselbase::ShortcutVessel
• addVirtualAtom() : PLMD::Atoms
• AdjacencyMatrixAction() : PLMD::multicolvar::AdjacencyMatrixAction
• AdjacencyMatrixVessel() : PLMD::multicolvar::AdjacencyMatrixVessel
• advanceField() : PLMD::IFile
• Allgather() : PLMD::Communicator
• Allgatherv() : PLMD::Communicator
• allowedResidue() : PLMD::MolDataClass
• allowIgnoredFields() : PLMD::IFile
• allowNoEOL() : PLMD::IFile
• allowToAccessGlobalForces() : PLMD::ActionAtomistic
• AlphaBeta() : PLMD::multicolvar::AlphaBeta
• AlphaRMSD() : PLMD::secondarystructure::AlphaRMSD
• AltMin() : PLMD::mapping::AltMin
• Analysis() : PLMD::analysis::Analysis
• AnalysisWithLandmarks() : PLMD::analysis::AnalysisWithLandmarks
• analyzeLandmarks() : PLMD::analysis::AnalysisWithLandmarks , PLMD::analysis::ClassicalMultiDimensionalScaling
• Angle() : PLMD::colvar::Angle
• Angles() : PLMD::multicolvar::Angles
• AntibetaRMSD() : PLMD::secondarystructure::AntibetaRMSD
• appendSuffix() : PLMD::FileBase
• apply() : PLMD::Action , PLMD::ActionSetup , PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::analysis::Analysis , PLMD::analysis::Committor , PLMD::bias::Bias , PLMD::Colvar , PLMD::function::Function , PLMD::generic::Debug , PLMD::generic::DumpAtoms , PLMD::generic::DumpDerivatives , PLMD::generic::DumpForces , PLMD::generic::DumpMassCharge , PLMD::generic::DumpProjections , PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift , PLMD::generic::FitToTemplate , PLMD::generic::Flush , PLMD::generic::Group , PLMD::generic::Include , PLMD::generic::Print , PLMD::generic::RandomExchanges , PLMD::generic::Read , PLMD::generic::Time , PLMD::generic::WholeMolecules , PLMD::generic::WrapAround , PLMD::IMD , PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase , PLMD::mapping::Mapping , PLMD::mapping::PCAVars , PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::DumpMultiColvar , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity , PLMD::multicolvar::Sprint , PLMD::Pbc , PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• applyBridgeForces() : PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase , PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::vesselbase::ActionWithInputVessel , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• applyFilter() : PLMD::multicolvar::FilterBetween , PLMD::multicolvar::FilterLess , PLMD::multicolvar::FilterMore , PLMD::multicolvar::MultiColvarFilter
• applyForce() : PLMD::Value , PLMD::vesselbase::BridgeVessel , PLMD::vesselbase::Moments , PLMD::vesselbase::ShortcutVessel , PLMD::vesselbase::StoreDataVessel , PLMD::vesselbase::ValueVessel , PLMD::vesselbase::Vessel
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• applyFunctionAllValuesAndDerivatives() : PLMD::Grid
• applyPbc() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• applyPeriodicity() : PLMD::Value
• ArgumentOnlyDistance() : PLMD::ArgumentOnlyDistance
• assignAlign() : PLMD::Kearsley , PLMD::OptimalAlignment
• assignDisplace() : PLMD::OptimalAlignment
• assignP0() : PLMD::Kearsley , PLMD::OptimalAlignment
• assignP1() : PLMD::Kearsley , PLMD::OptimalAlignment
• AtomNumber() : PLMD::AtomNumber
• Atoms() : PLMD::Atoms
• AtomValuePack() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack