Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- g -

• g2l : PLMD::Atoms::DomainDecomposition
• ga_lista : PLMD::colvar::Dipole
• gamma : PLMD::molfile::md_box , PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• gathered : PLMD::multicolvar::AdjacencyMatrixAction
• gatindex : PLMD::Atoms
• Gaussian() : PLMD::bias::MetaD::Gaussian
• gaussian : PLMD::HistogramBead , PLMD::KernelFunctions
• Gaussian() : PLMD::Random
• gaussian : PLMD::SwitchingFunction
• gbin : PLMD::analysis::Histogram
• gcmd() : PLMD::Plumed
• gcreate() : PLMD::Plumed
• generateBins() : PLMD::HistogramBead
• generic : PLMD::Pbc
• GenTemplate() : PLMD::cltools::GenTemplate
• geometry : PLMD::FlexibleBin , PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• get() : PLMD::Keywords , PLMD::Stopwatch::Time , PLMD::Value
• Get_comm() : PLMD::Communicator
• Get_count() : PLMD::Communicator::Status
• get_d0() : PLMD::SwitchingFunction
• get_fdf() : PLMD::CInterpolation , PLMD::InterpolateBicubic , PLMD::InterpolateCubic
• get_r0() : PLMD::SwitchingFunction
• Get_rank() : PLMD::Communicator
• Get_size() : PLMD::Communicator
• Get_world() : PLMD::Communicator
• getAbsoluteIndex() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::multicolvar::MultiColvar
• getAbsoluteIndexes() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::ReferenceAtoms , PLMD::ReferenceConfiguration
• getAction() : PLMD::vesselbase::Vessel
• getActionSet() : PLMD::PlumedMain
• getActiveTask() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getAlign() : PLMD::ReferenceAtoms
• getAllInput() : PLMD::vesselbase::Vessel
• getArgNames() : PLMD::Grid
• getArgument() : PLMD::ActionWithArguments
• getArgumentDerivative() : PLMD::PointWiseMapping , PLMD::ReferenceConfiguration
• getArgumentName() : PLMD::mapping::Mapping
• getArgumentNames() : PLMD::ReferenceArguments , PLMD::ReferenceConfiguration
• getArgumentRequests() : PLMD::ReferenceArguments , PLMD::ReferenceConfiguration
• getArguments() : PLMD::ActionWithArguments , PLMD::analysis::Analysis
• getAtomAndArgumentRequirements() : PLMD::PointWiseMapping
• getAtomBlockEnds() : PLMD::PDB
• getAtomDerivative() : PLMD::ReferenceConfiguration
• getAtomDerivatives() : PLMD::PointWiseMapping
• getAtomIndex() : PLMD::ReferenceAtoms , PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• getAtomName() : PLMD::PDB , PLMD::SetupMolInfo
• getAtomNumbers() : PLMD::PDB
• getAtomRange() : PLMD::PDB
• getAtomRequests() : PLMD::ReferenceAtoms , PLMD::ReferenceConfiguration
• getAtoms() : PLMD::PlumedMain
• getBackbone() : PLMD::SetupMolInfo
• getBackboneForResidue() : PLMD::MolDataClass
• getBaseColvarNumber() : PLMD::multicolvar::MultiColvarFunction
• getBaseMultiColvar() : PLMD::multicolvar::MultiColvarFunction
• getBaseQuantityIndex() : PLMD::multicolvar::MultiColvar , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::multicolvar::MultiColvarFunction
• getBeta() : PLMD::PDB
• getBias() : PLMD::PlumedMain
• getBiasAndDerivatives() : PLMD::bias::MetaD
• getbigb() : PLMD::HistogramBead
• getBinVolume() : PLMD::Grid
• getBox() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T > , PLMD::multicolvar::ActionVolume , PLMD::Pbc
• getBoxDerivatives() : PLMD::Colvar
• getBufferElement() : PLMD::vesselbase::Vessel
• getCenter() : PLMD::KernelFunctions
• getCentralAtom() : PLMD::crystallization::Fccubic , PLMD::crystallization::MoleculeOrientation , PLMD::crystallization::OrientationSphere , PLMD::crystallization::SimpleCubic , PLMD::crystallization::Steinhardt , PLMD::crystallization::Tetrahedral , PLMD::multicolvar::AdjacencyMatrixAction , PLMD::multicolvar::AlphaBeta , PLMD::multicolvar::Angles , PLMD::multicolvar::Bridge , PLMD::multicolvar::CoordinationNumbers , PLMD::multicolvar::Density , PLMD::multicolvar::DihedralCorrelation , PLMD::multicolvar::Distances , PLMD::multicolvar::LocalAverage , PLMD::multicolvar::MultiColvar , PLMD::multicolvar::MultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::NumberOfLinks , PLMD::multicolvar::Torsions , PLMD::multicolvar::XDistances
• getCentralAtomDerivative() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• getCentralAtomIndexList() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• getCentralAtomPosition() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• getChainID() : PLMD::PDB
• getChainNames() : PLMD::PDB
• getCharge() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::multicolvar::MultiColvar
• getCharges() : PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• getClosePair() : PLMD::NeighborList
• getCol() : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• getColvarIndex() : PLMD::multicolvar::MultiColvarFunction
• getCommunicator() : PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase
• getComponent() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::crystallization::VectorMultiColvar , PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• getComponentsList() : PLMD::ActionWithValue
• getComponentsVector() : PLMD::ActionWithValue
• getContinuousSupport() : PLMD::KernelFunctions
• getCrossTermDenominator() : PLMD::CInterpolation
• getCurrentHighDimFunctionValue() : PLMD::mapping::Mapping
• getCurrentNumberOfActiveTasks() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getCurrentPositionInTaskList() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getCurrentTask() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getCutoff() : PLMD::KernelFunctions
• getDataPoint() : PLMD::analysis::Analysis
• getDefaultValue() : PLMD::Keywords
• getDependencies() : PLMD::Action
• getDerivative() : PLMD::Value
• getDimension() : PLMD::Grid
• getDisplace() : PLMD::ReferenceAtoms
• getDistanceBetweenFrames() : PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase
• getDocumentation() : PLMD::Action
• getDomain() : PLMD::Value
• getDx() : PLMD::Grid
• getElement() : PLMD::multicolvar::AdjacencyMatrixVessel
• getElementDerivative() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getElementValue() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getEnergy() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::Atoms , PLMD::Units
• getEnergyString() : PLMD::Units
• getExchangePatterns() : PLMD::PlumedMain
• getExchangeStep() : PLMD::Action , PLMD::PlumedMain
• getFile() : PLMD::generic::Read
• getFilename() : PLMD::generic::Read
• getFinalDerivative() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• getFinalValue() : PLMD::vesselbase::FunctionVessel
• getFlag() : PLMD::ExchangePatterns
• getForce() : PLMD::Colvar , PLMD::Value
• getForcesFromVessels() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getFrame() : PLMD::MultiReferenceBase
• getFullAtomList() : PLMD::NeighborList
• getFullList() : PLMD::Atoms
• getFullNumberOfBaseTasks() : PLMD::multicolvar::MultiColvarFunction
• getFullNumberOfTasks() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getGaussianSupport() : PLMD::bias::MetaD
• getGradients() : PLMD::ActionWithVirtualAtom
• getGridBoundaries() : PLMD::CInterpolation
• getGridPtr() : PLMD::BiasRepresentation
• getHeight() : PLMD::bias::MetaD
• getImaginaryComponent() : PLMD::crystallization::VectorMultiColvar
• getIndex() : PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::Grid
• getIndexList() : PLMD::multicolvar::Density , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::multicolvar::StoreCentralAtomsVessel , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel , PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• getIndexOfElement() : PLMD::DynamicList< T >
• getIndexPair() : PLMD::NeighborList
• getIndices() : PLMD::Grid
• getInputData() : PLMD::CLTool
• getInternalIndex() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• getInvBox() : PLMD::Pbc
• getInverseMatrix() : PLMD::FlexibleBin
• getIsPeriodic() : PLMD::Grid
• getKBoltzmann() : PLMD::Atoms
• getKbT() : PLMD::Atoms
• getKey() : PLMD::Tools
• getKeyword() : PLMD::Keywords
• getKeywords() : PLMD::vesselbase::VesselRegister
• getLabel() : PLMD::Action , PLMD::vesselbase::Vessel
• getLabelList() : PLMD::ActionSet
• getLabelVector() : PLMD::ActionSet
• getLambda() : PLMD::mapping::Mapping , PLMD::mapping::PathBase
• getLastUpdate() : PLMD::NeighborList
• getLength() : PLMD::Units
• getLengthString() : PLMD::Units
• getline() : PLMD::IFile , PLMD::Tools
• getList() : PLMD::ExchangePatterns
• getLocalDerivative() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• getLog() : PLMD::PlumedMain
• getLogicalDefault() : PLMD::Keywords
• getlowb() : PLMD::HistogramBead
• getMass() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::multicolvar::MultiColvar
• getMasses() : PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• getMatrix() : PLMD::FlexibleBin , PLMD::KernelFunctions
• getMatrixElement() : PLMD::multicolvar::AdjacencyMatrixAction
• getMax() : PLMD::Grid
• getMaxSize() : PLMD::SparseGrid
• getMaxValue() : PLMD::Grid
• getMDKBoltzmann() : PLMD::Atoms
• getMDUnits() : PLMD::Atoms
• getMethod() : PLMD::RMSD
• getMetric() : PLMD::analysis::Analysis
• getMetricName() : PLMD::analysis::Analysis
• getMin() : PLMD::Grid
• getMinMaxBin() : PLMD::BiasRepresentation , PLMD::function::FilesHandler
• getMinValue() : PLMD::Grid
• getMPIType() : PLMD::Communicator
• getMultiRMSDType() : PLMD::ReferenceConfigurationOptions
• getName() : PLMD::Action , PLMD::BiasRepresentation , PLMD::ReferenceConfiguration , PLMD::Value , PLMD::vesselbase::Vessel
• getNamedAtomFromResidue() : PLMD::PDB
• getNames() : PLMD::BiasRepresentation
• getNatoms() : PLMD::Atoms
• getNAtoms() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• getNbin() : PLMD::Grid
• getNeighbors() : PLMD::Grid , PLMD::NeighborList
• getNLTolerance() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel , PLMD::vesselbase::Vessel
• getNormalization() : PLMD::analysis::Analysis
• getNumberActive() : PLMD::DynamicList< T >
• getNumberOfActiveMatrixElements() : PLMD::multicolvar::AdjacencyMatrixAction
• getNumberOfArguments() : PLMD::ActionWithArguments , PLMD::analysis::Analysis
• getNumberOfAtomBlocks() : PLMD::PDB
• getNumberOfAtoms() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::ReferenceAtoms
• getNumberOfBaseMultiColvars() : PLMD::multicolvar::MultiColvarFunction
• getNumberOfComponents() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• getNumberOfComponentsInVector() : PLMD::crystallization::VectorMultiColvar
• getNumberOfDataPoints() : PLMD::analysis::Analysis
• getNumberOfDerivatives() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::analysis::Analysis , PLMD::bias::Bias , PLMD::colvar::Energy , PLMD::Colvar , PLMD::function::Function , PLMD::generic::Read , PLMD::generic::Time , PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase , PLMD::mapping::Mapping , PLMD::multicolvar::ActionVolume , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD , PLMD::Value , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel , PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• getNumberOfDerivativeSpacesPerComponent() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• getNumberOfDimensions() : PLMD::BiasRepresentation
• getNumberOfFrames() : PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase
• getNumberOfFunctionsInAction() : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• getNumberOfKernels() : PLMD::BiasRepresentation
• getNumberOfLandmarks() : PLMD::analysis::AnalysisWithLandmarks , PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase
• getNumberOfMappedPoints() : PLMD::PointWiseMapping
• getNumberOfProperties() : PLMD::mapping::Mapping , PLMD::PointWiseMapping
• getNumberOfQuantities() : PLMD::crystallization::VectorMultiColvar , PLMD::multicolvar::ActionVolume , PLMD::multicolvar::Density , PLMD::multicolvar::LocalAverage , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getNumberOfReferenceFrames() : PLMD::MultiReferenceBase
• getNumberOfReferencePoints() : PLMD::mapping::Mapping
• getNumberOfReferencePositions() : PLMD::ReferenceAtoms
• getNumberOfSplinePoints() : PLMD::CInterpolation
• getNumberOfVessels() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getNumbersOfPoints() : PLMD::CInterpolation
• getNumericalLabel() : PLMD::vesselbase::Vessel
• getOccupancy() : PLMD::PDB
• getOutputFormat() : PLMD::analysis::Analysis
• getOutputQuantity() : PLMD::ActionWithValue
• getParsedLine() : PLMD::Tools
• getPbc() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::multicolvar::ActionVolume
• getPeriodicityInformation() : PLMD::analysis::Analysis
• getPntrToAction() : PLMD::Value
• getPntrToArgument() : PLMD::ActionWithArguments , PLMD::vesselbase::ActionWithInputVessel
• getPntrToComponent() : PLMD::ActionWithValue
• getPntrToMultiColvar() : PLMD::multicolvar::ActionVolume
• getPntrToValue() : PLMD::ActionWithValue
• getPntrToVessel() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getPoint() : PLMD::Grid
• getPointSpacing() : PLMD::CInterpolation
• getPosition() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::multicolvar::ActionVolume , PLMD::multicolvar::MultiColvar , PLMD::multicolvar::StoreCentralAtomsVessel
• getPositionInFullTaskList() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getPositionOfAtomForLinkCells() : PLMD::multicolvar::MultiColvar , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::multicolvar::MultiColvarFunction
• getPositionOfCentralAtom() : PLMD::multicolvar::MultiColvarFunction
• getPositions() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T > , PLMD::PDB
• getProjection() : PLMD::ActionWithArguments
• getProjectionCoordinate() : PLMD::PointWiseMapping
• getPropertyIndex() : PLMD::mapping::Mapping , PLMD::PointWiseMapping
• getPropertyName() : PLMD::mapping::Mapping , PLMD::PointWiseMapping
• getPropertyValue() : PLMD::mapping::Mapping , PLMD::PointWiseMapping
• getPtrToValue() : PLMD::BiasRepresentation
• getPtrToValues() : PLMD::BiasRepresentation
• getRealPrecision() : PLMD::Atoms , PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• getReducedAtomList() : PLMD::NeighborList
• getReferenceArgument() : PLMD::ReferenceArguments , PLMD::ReferenceConfiguration
• getReferenceArguments() : PLMD::ReferenceArguments , PLMD::ReferenceConfiguration
• getReferenceMetric() : PLMD::ReferenceArguments , PLMD::ReferenceConfiguration
• getReferencePosition() : PLMD::ReferenceAtoms
• getReferencePositions() : PLMD::ReferenceAtoms , PLMD::ReferenceConfiguration
• getRemark() : PLMD::PDB
• getResidueName() : PLMD::PDB , PLMD::SetupMolInfo
• getResidueNumber() : PLMD::PDB , PLMD::SetupMolInfo
• getResidueRange() : PLMD::PDB
• getRestart() : PLMD::PlumedMain
• getRow() : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• getSeparation() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• getSigma() : PLMD::multicolvar::ActionVolume
• getSize() : PLMD::Grid , PLMD::SparseGrid
• getSplineNeighbors() : PLMD::Grid
• getSplinePoint() : PLMD::CInterpolation
• getStep() : PLMD::Action , PLMD::PlumedMain
• getStoredIndex() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• getStride() : PLMD::ActionPilot , PLMD::NeighborList
• getSuffix() : PLMD::PlumedMain
• getSupport() : PLMD::KernelFunctions
• getTemp() : PLMD::analysis::Analysis
• getTime() : PLMD::Action , PLMD::Units
• getTimeStep() : PLMD::Action , PLMD::Atoms
• getTimeString() : PLMD::Units
• getTolerance() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel , PLMD::vesselbase::Vessel
• getTotAtoms() : PLMD::ActionAtomistic
• getUnique() : PLMD::ActionAtomistic
• getUnits() : PLMD::Atoms
• getValue() : PLMD::Grid , PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase , PLMD::multicolvar::StoreColvarVessel , PLMD::SparseGrid , PLMD::vesselbase::StoreValueAndWeightVessel , PLMD::vesselbase::StoreValueVessel
• getValueAndDerivatives() : PLMD::Grid , PLMD::SparseGrid
• getValueForBaseTask() : PLMD::multicolvar::MultiColvarFunction
• getValueForTask() : PLMD::crystallization::VectorMultiColvar , PLMD::multicolvar::Density , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• getVector() : PLMD::crystallization::StoreVectorsVessel
• getVectorForBaseTask() : PLMD::multicolvar::MultiColvarFunction
• getVesselWithName() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getVirial() : PLMD::PointWiseMapping , PLMD::ReferenceConfiguration
• getVirtualAtomsAction() : PLMD::Atoms
• getWeight() : PLMD::analysis::Analysis , PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase , PLMD::mapping::Mapping , PLMD::MultiReferenceBase , PLMD::ReferenceConfiguration , PLMD::vesselbase::StoreValueAndWeightVessel
• getWeightOfFrame() : PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase
• getWords() : PLMD::Tools
• gfinalize() : PLMD::Plumed
• Ghost() : PLMD::vatom::Ghost
• ginitialized() : PLMD::Plumed
• global() : PLMD::Plumed
• gmax : PLMD::analysis::Histogram
• gmin : PLMD::analysis::Histogram
• gradient : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_t
• gradients : PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::Value
• GREX() : PLMD::GREX
• grex : PLMD::PlumedMain
• Grid() : PLMD::Grid
• grid_ : PLMD::bias::MetaD , PLMD::Grid
• gridfile_ : PLMD::bias::MetaD
• gridfilename_ : PLMD::bias::MetaD
• gridfname : PLMD::analysis::Histogram
• gridreadfilename_ : PLMD::bias::MetaD
• Group() : PLMD::generic::Group
• groups : PLMD::Atoms , PLMD::generic::WholeMolecules
• GTPC_1 : PLMD::colvar::Gyration
• GTPC_2 : PLMD::colvar::Gyration
• GTPC_3 : PLMD::colvar::Gyration
• Gyration() : PLMD::colvar::Gyration
• GYRATION_1 : PLMD::colvar::Gyration
• GYRATION_2 : PLMD::colvar::Gyration
• GYRATION_3 : PLMD::colvar::Gyration
• gzfp : PLMD::FileBase