- a -

• Action : PLMD::ActionOptions , PLMD::Keywords
• ActionAtomistic : PLMD::Atoms
• ActionRegister : PLMD::ActionOptions
• ActionVolume : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• ActionWithInputVessel : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• ActionWithValue : PLMD::Value
• ActionWithVessel : PLMD::vesselbase::Vessel
• ActionWithVirtualAtom : PLMD::Atoms
• add : PLMD::Value
• AdjacencyMatrixVessel : PLMD::multicolvar::AdjacencyMatrixAction
• AnalysisWithLandmarks : PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase

- b -

• BridgeVessel : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel

- c -

• chol_elsolve : PLMD::Matrix< T >
• cholesky : PLMD::Matrix< T >
• CLTool : PLMD::CLToolOptions
• CLToolRegister : PLMD::CLToolOptions
• copy : PLMD::Value
• CopyAllFrames : PLMD::analysis::AnalysisWithLandmarks , PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase
• crossProduct : PLMD::VectorGeneric< n >

- d -

• dcrossDv1 : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• dcrossDv2 : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• delta : PLMD::VectorGeneric< n >
• determinant : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• diagMat : PLMD::Matrix< T >
• distance : PLMD::ReferenceConfiguration
• dotProduct : PLMD::VectorGeneric< n >

- e -

• extProduct : PLMD::TensorGeneric< n, m >

- f -

• FunctionVessel : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel

- i -

• inverse : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• Invert : PLMD::Matrix< T >

- l -

• LandmarkRegister : PLMD::analysis::LandmarkSelectionOptions
• LandmarkSelectionBase : PLMD::analysis::AnalysisWithLandmarks , PLMD::analysis::LandmarkSelectionOptions
• logdet : PLMD::Matrix< T >

- m -

• matmul : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• matrixOut : PLMD::Matrix< T >
• MatrixSquareBracketsAccess : PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >::Const_row , PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >::Row
• modulo : PLMD::VectorGeneric< n >
• modulo2 : PLMD::VectorGeneric< n >
• mpi_gatherActiveMembers : PLMD::DynamicList< T >
• mult : PLMD::Matrix< T >
• MultiColvar : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• MultiColvarBase : PLMD::multicolvar::ActionVolume
• MultiColvarFunction : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase

- o -

• operator!= : PLMD::AtomNumber
• operator* : PLMD::Matrix< T > , PLMD::TensorGeneric< n, m > , PLMD::VectorGeneric< n >
• operator+ : PLMD::TensorGeneric< n, m > , PLMD::VectorGeneric< n >
• operator- : PLMD::TensorGeneric< n, m > , PLMD::VectorGeneric< n >
• operator/ : PLMD::TensorGeneric< n, m > , PLMD::VectorGeneric< n >
• operator< : PLMD::AtomNumber
• operator<< : PLMD::ActionRegister , PLMD::Citations , PLMD::CLToolRegister , PLMD::Matrix< T > , PLMD::OFile , PLMD::PDB , PLMD::Random , PLMD::Stopwatch
• operator<= : PLMD::AtomNumber
• operator== : PLMD::AtomNumber
• operator> : PLMD::AtomNumber
• operator>= : PLMD::AtomNumber
• operator>> : PLMD::Random
• OrientationSphere : PLMD::crystallization::VectorMultiColvar

- p -

• plumed_assert : PLMD::Exception
• plumed_dbg_assert : PLMD::Exception
• plumed_dbg_massert : PLMD::Exception
• plumed_error : PLMD::Exception
• plumed_massert : PLMD::Exception
• plumed_merror : PLMD::Exception
• PLUMED_REGISTER_ACTION : PLMD::ActionRegister
• PLUMED_REGISTER_CLTOOL : PLMD::CLToolRegister
• product : PLMD::Value
• pseudoInvert : PLMD::Matrix< T >

- q -

• quotient : PLMD::Value

- r -

• ReferenceConfiguration : PLMD::ReferenceConfigurationOptions

- s -

• ShortcutVessel : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• SingleDomainRMSD : PLMD::ReferenceAtoms , PLMD::ReferenceConfiguration
• StoreCentralAtomsVessel : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• StoreDataVessel : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• StoreVectorsVessel : PLMD::crystallization::VectorMultiColvar

- t -

• transpose : PLMD::Matrix< T > , PLMD::TensorGeneric< n, m >

- v -

• VectorAverage : PLMD::crystallization::VectorMultiColvar
• VectorMultiColvar : PLMD::crystallization::StoreVectorsVessel , PLMD::multicolvar::AdjacencyMatrixVessel
• Vessel : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel , PLMD::vesselbase::VesselOptions