- s -

• savePositions() : PLMD::GREX
• scaleAllValuesAndDerivatives() : PLMD::Grid
• scaledToReal() : PLMD::Pbc
• scanField() : PLMD::IFile
• scanFieldList() : PLMD::IFile
• scanOneHill() : PLMD::bias::MetaD , PLMD::function::FilesHandler
• search1() : PLMD::CInterpolation
• SecondaryStructureRMSD() : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• select() : PLMD::ActionSet , PLMD::analysis::CopyAllFrames , PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase
• selectFrame() : PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase
• selectLandmarks() : PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase
• selectNot() : PLMD::ActionSet
• selectWithLabel() : PLMD::ActionSet
• sendCoordinates() : PLMD::IMD
• serial() : PLMD::AtomNumber
• serialCalculation() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• set() : PLMD::HistogramBead , PLMD::ReferenceConfiguration , PLMD::RMSD , PLMD::SwitchingFunction , PLMD::Value
• Set_comm() : PLMD::Communicator
• Set_fcomm() : PLMD::Communicator
• set_table() : PLMD::CInterpolation , PLMD::InterpolateBicubic , PLMD::InterpolateCubic
• setAlign() : PLMD::RMSD
• setAngularMomentum() : PLMD::crystallization::Steinhardt
• setArgKeyword() : PLMD::PDB
• setArgumentNames() : PLMD::ReferenceArguments
• setAtomIndices() : PLMD::ReferenceAtoms
• setAtomNumbers() : PLMD::ReferenceAtoms
• setAtomsContiguous() : PLMD::Atoms
• setAtomsDerivatives() : PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::Colvar
• setAtomsFromStrands() : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• setAtomsGatindex() : PLMD::Atoms
• setAtomsNlocal() : PLMD::Atoms
• setBackupString() : PLMD::OFile
• setBoundsOnDistances() : PLMD::DRMSD , PLMD::SingleDomainRMSD
• setBox() : PLMD::Atoms , PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T > , PLMD::Pbc
• setBoxDerivatives() : PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::Colvar
• setBoxDerivativesNoPbc() : PLMD::Colvar
• setBufferElement() : PLMD::vesselbase::Vessel
• setc() : PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• setCharge() : PLMD::ActionWithVirtualAtom
• setCharges() : PLMD::Atoms
• setCol() : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• setCollectEnergy() : PLMD::Atoms
• setComponent() : PLMD::crystallization::VectorMultiColvar , PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• setComponentsIntroduction() : PLMD::Keywords
• setCutoff() : PLMD::LinkCells
• setDataToAnalyze() : PLMD::analysis::AnalysisWithLandmarks
• setDerivative() : PLMD::function::Function
• setDisplace() : PLMD::RMSD
• setDomain() : PLMD::Value
• setDomainDecomposition() : PLMD::Atoms
• setElementDerivative() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• setElementValue() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• setEnergy() : PLMD::Atoms , PLMD::Units
• setExchangeStep() : PLMD::PlumedMain
• setf() : PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• setFlag() : PLMD::ExchangePatterns
• setForces() : PLMD::Atoms
• setForcesOnAtoms() : PLMD::ActionAtomistic
• setGradients() : PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::Value
• setGradientsIfNeeded() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::ActionWithVirtualAtom
• setHeavyFlush() : PLMD::FileBase
• setImaginaryComponent() : PLMD::crystallization::VectorMultiColvar
• setIndex() : PLMD::AtomNumber
• setInputData() : PLMD::CLTool
• setKbT() : PLMD::Atoms
• setKernelType() : PLMD::HistogramBead
• setLastUpdate() : PLMD::NeighborList
• setLength() : PLMD::Units
• setLinePrefix() : PLMD::OFile
• setLinkCellCutoff() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• setLocalDerivative() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• setLowMemOption() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• setm() : PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• setMass() : PLMD::ActionWithVirtualAtom
• setMasses() : PLMD::Atoms
• setMatrixIndexesForTask() : PLMD::multicolvar::AdjacencyMatrixAction
• setMaximumNumberOfDerivatives() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• setMDEnergyUnits() : PLMD::Atoms
• setMDLengthUnits() : PLMD::Atoms
• setMDNaturalUnits() : PLMD::Atoms
• setMDTimeUnits() : PLMD::Atoms
• setMinToZero() : PLMD::Grid
• setNamesAndAtomNumbers() : PLMD::ReferenceConfiguration
• setNatoms() : PLMD::Atoms
• setNaturalUnits() : PLMD::Atoms
• setNofR() : PLMD::ExchangePatterns
• setNotPeriodic() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::Value
• setNumberOfArguments() : PLMD::ReferenceConfiguration
• setNumberOfAtoms() : PLMD::ReferenceConfiguration
• setNumberOfAtomsAndArguments() : PLMD::PointWiseMapping
• setNumberOfDerivatives() : PLMD::vesselbase::FunctionVessel
• setOption() : PLMD::Action
• setOutputAction() : PLMD::vesselbase::BridgeVessel
• setOutputFmt() : PLMD::Grid
• setOutputForce() : PLMD::bias::Bias
• setOutputValue() : PLMD::vesselbase::FunctionVessel
• setp() : PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• setPeriodic() : PLMD::ActionWithValue
• setPosition() : PLMD::ActionWithVirtualAtom
• setPositions() : PLMD::Atoms
• setProjectionCoordinate() : PLMD::PointWiseMapping
• setPropertyNames() : PLMD::PointWiseMapping
• setRealPrecision() : PLMD::Atoms
• setReference() : PLMD::RMSD
• setReferenceArguments() : PLMD::ReferenceArguments
• setReferenceAtoms() : PLMD::DRMSD , PLMD::MultiDomainRMSD , PLMD::ReferenceAtoms , PLMD::SingleDomainRMSD
• setReferenceConfig() : PLMD::ReferenceConfiguration
• setRemainingToDefault() : PLMD::CLTool
• setRequestList() : PLMD::NeighborList
• setRescaledToBias() : PLMD::BiasRepresentation
• setRestart() : PLMD::PlumedMain
• setRow() : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• setSecondaryStructure() : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• setSeed() : PLMD::ExchangePatterns , PLMD::Random
• setSerial() : PLMD::AtomNumber
• setStyle() : PLMD::Keywords::KeyType
• setSuffix() : PLMD::PlumedMain
• setTaskToRecompute() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• setTime() : PLMD::Units
• setTimeStep() : PLMD::Atoms
• setType() : PLMD::RMSD
• setUnits() : PLMD::Atoms , PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• setup_targets() : PLMD::DRMSD
• setupCurrentAtomList() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• setupLinkCells() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• SetupMolInfo() : PLMD::SetupMolInfo
• setupMPICommunication() : PLMD::DynamicList< T >
• setupMultiColvarBase() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• setupPeriodicity() : PLMD::Value
• setupPrintValue() : PLMD::OFile
• setupRegion() : PLMD::multicolvar::ActionVolume , PLMD::multicolvar::VolumeAround
• setValue() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::Grid , PLMD::SparseGrid
• setValueAndDerivatives() : PLMD::Grid , PLMD::SparseGrid
• setVectorDimensionality() : PLMD::crystallization::VectorMultiColvar
• setVirial() : PLMD::Atoms , PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• setWeight() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::ReferenceConfiguration
• setWeights() : PLMD::MultiReferenceBase
• share() : PLMD::Atoms
• shareAll() : PLMD::Atoms
• shareData() : PLMD::PlumedMain
• ShortcutVessel() : PLMD::vesselbase::ShortcutVessel
• simpleAlignment() : PLMD::RMSD , PLMD::SimpleRMSD
• SimpleCubic() : PLMD::crystallization::SimpleCubic
• SimpleMD() : PLMD::cltools::SimpleMD
• SimpleRMSD() : PLMD::SimpleRMSD
• singleDomainRequests() : PLMD::ReferenceAtoms
• SingleDomainRMSD() : PLMD::SingleDomainRMSD
• size() : PLMD::Keywords , PLMD::NeighborList , PLMD::PDB
• Sort() : PLMD::function::Sort
• sort() : PLMD::LatticeReduction
• sortActiveList() : PLMD::DynamicList< T >
• SparseGrid() : PLMD::SparseGrid
• SpathVessel() : PLMD::mapping::SpathVessel
• specialSymbol() : PLMD::MolDataClass
• Split() : PLMD::Communicator
• Sprint() : PLMD::multicolvar::Sprint
• start() : PLMD::Stopwatch , PLMD::Stopwatch::Watch
• startStep() : PLMD::Atoms
• Steinhardt() : PLMD::crystallization::Steinhardt
• stop() : PLMD::PlumedMain , PLMD::Stopwatch , PLMD::Stopwatch::Watch
• StoreCentralAtomsVessel() : PLMD::multicolvar::StoreCentralAtomsVessel
• StoreColvarVessel() : PLMD::multicolvar::StoreColvarVessel
• StoreDataVessel() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• storeDerivativesHighMem() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• storeDerivativesLowMem() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• storeDistanceFunction() : PLMD::mapping::Mapping
• StoreValueAndWeightVessel() : PLMD::vesselbase::StoreValueAndWeightVessel
• storeValues() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• StoreValueVessel() : PLMD::vesselbase::StoreValueVessel
• StoreVectorsVessel() : PLMD::crystallization::StoreVectorsVessel
• stripLeadingAndTrailingBlanks() : PLMD::Tools
• style() : PLMD::Keywords
• Sum() : PLMD::Communicator , PLMD::vesselbase::Sum
• SwitchingFunction() : PLMD::SwitchingFunction