- d -

• Data() : PLMD::Communicator::Data
• deactivate() : PLMD::Action , PLMD::DynamicList< T >
• deactivate_task() : PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase , PLMD::multicolvar::ActionVolume , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• deactivateAll() : PLMD::DynamicList< T >
• deactivateAllTasks() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• deactivateTasksInRange() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• Debug() : PLMD::generic::Debug
• Density() : PLMD::multicolvar::Density
• deriv_poly() : PLMD::crystallization::Steinhardt
• derivativesAreRequired() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• description() : PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase , PLMD::CLTool , PLMD::cltools::CLToolSumHills , PLMD::cltools::Driver< real > , PLMD::cltools::GenTemplate , PLMD::cltools::Info , PLMD::cltools::kt , PLMD::cltools::Manual , PLMD::cltools::SimpleMD , PLMD::crystallization::StoreVectorsVessel , PLMD::HistogramBead , PLMD::multicolvar::AdjacencyMatrixVessel , PLMD::multicolvar::StoreCentralAtomsVessel , PLMD::multicolvar::StoreColvarVessel , PLMD::SwitchingFunction , PLMD::vesselbase::BridgeVessel , PLMD::vesselbase::FunctionVessel , PLMD::vesselbase::Moments , PLMD::vesselbase::ShortcutVessel , PLMD::vesselbase::StoreValueVessel , PLMD::vesselbase::Vessel
• destroyData() : PLMD::Keywords
• determinant() : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• DHEnergy() : PLMD::colvar::DHEnergy , PLMD::multicolvar::DHEnergy
• difference() : PLMD::ActionWithArguments , PLMD::HistogramBead , PLMD::Value
• DihedralCorrelation() : PLMD::multicolvar::DihedralCorrelation
• Dipole() : PLMD::colvar::Dipole
• dist() : PLMD::SimpleRMSD
• Distance() : PLMD::colvar::Distance
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• Distances() : PLMD::multicolvar::Distances
• DLLoader() : PLMD::DLLoader
• do_rational() : PLMD::SwitchingFunction
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• doJobsRequiredBeforeTaskList() : PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase , PLMD::multicolvar::ActionVolume , PLMD::multicolvar::AdjacencyMatrixAction , PLMD::multicolvar::Angles , PLMD::multicolvar::Bridge , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• DomainDecomposition() : PLMD::Atoms::DomainDecomposition
• doNotCalculateDerivatives() : PLMD::ActionWithValue
• doNotCalculateDirector() : PLMD::crystallization::VectorMultiColvar , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
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• Driver() : PLMD::cltools::Driver< real >
• DRMSD() : PLMD::colvar::DRMSD , PLMD::DRMSD
• DumpAtoms() : PLMD::generic::DumpAtoms
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• DumpMultiColvar() : PLMD::multicolvar::DumpMultiColvar
• DumpProjections() : PLMD::generic::DumpProjections
• duplicateFrameList() : PLMD::PointWiseMapping
• DynamicList() : PLMD::DynamicList< T >