- c -

• CALC : PlumedMain.cpp
• CLEAR : PlumedMain.cpp
• CLEARFULLLIST : PlumedMain.cpp
• CREATEFULLLIST : PlumedMain.cpp

- g -

• GETAPIVERSION : PlumedMain.cpp
• GETBIAS : PlumedMain.cpp
• GETEXCHANGESFLAG : PlumedMain.cpp
• GETEXCHANGESLIST : PlumedMain.cpp
• GETFULLLIST : PlumedMain.cpp

- i -

• INIT : PlumedMain.cpp
• ISENERGYNEEDED : PlumedMain.cpp

- p -

• PERFORMCALC : PlumedMain.cpp
• PREPARECALC : PlumedMain.cpp
• PREPAREDEPENDENCIES : PlumedMain.cpp

- r -

• READ : PlumedMain.cpp
• RUNFINALJOBS : PlumedMain.cpp

- s -

• SETATOMSCONTIGUOUS : PlumedMain.cpp
• SETATOMSFGATINDEX : PlumedMain.cpp
• SETATOMSGATINDEX : PlumedMain.cpp
• SETATOMSNLOCAL : PlumedMain.cpp
• SETBOX : PlumedMain.cpp
• SETCHARGES : PlumedMain.cpp
• SETENERGY : PlumedMain.cpp
• SETEXCHANGESSEED : PlumedMain.cpp
• SETFORCES : PlumedMain.cpp
• SETFORCESX : PlumedMain.cpp
• SETFORCESY : PlumedMain.cpp
• SETFORCESZ : PlumedMain.cpp
• SETKBT : PlumedMain.cpp
• SETLOG : PlumedMain.cpp
• SETLOGFILE : PlumedMain.cpp
• SETMASSES : PlumedMain.cpp
• SETMDENERGYUNITS : PlumedMain.cpp
• SETMDENGINE : PlumedMain.cpp
• SETMDLENGTHUNITS : PlumedMain.cpp
• SETMDTIMEUNITS : PlumedMain.cpp
• SETMPICOMM : PlumedMain.cpp
• SETMPIFCOMM : PlumedMain.cpp
• SETMPIMULTISIMCOMM : PlumedMain.cpp
• SETNATOMS : PlumedMain.cpp
• SETNATURALUNITS : PlumedMain.cpp
• SETNOVIRIAL : PlumedMain.cpp
• SETNUMBEROFREPLICAS : PlumedMain.cpp
• SETPLUMEDDAT : PlumedMain.cpp
• SETPOSITIONS : PlumedMain.cpp
• SETPOSITIONSX : PlumedMain.cpp
• SETPOSITIONSY : PlumedMain.cpp
• SETPOSITIONSZ : PlumedMain.cpp
• SETREALPRECISION : PlumedMain.cpp
• SETRESTART : PlumedMain.cpp
• SETSTEP : PlumedMain.cpp
• SETSTEPLONG : PlumedMain.cpp
• SETSTOPFLAG : PlumedMain.cpp
• SETTIMESTEP : PlumedMain.cpp
• SETVIRIAL : PlumedMain.cpp
• SHAREDATA : PlumedMain.cpp