Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- c -

• c : PLMD::colvar::GHBFIX
• C : PLMD::colvar::GHBFIX , PLMD::isdb::SAXS
• c : PLMD::isdb::SAXS::SplineCoeffs
• C : PLMD::molfile::md_box , PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• c : PLMD::switchContainers::smapSwitch
• C_3TE : PLMD::isdb::SAXS
• C_5TE : PLMD::isdb::SAXS
• c_aa : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• c_aa_prev : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• c_aa_succ : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• C_ATOM : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• C_BB1 : PLMD::isdb::SAXS
• C_BB2 : PLMD::isdb::SAXS
• C_BB3 : PLMD::isdb::SAXS
• C_SC1 : PLMD::isdb::SAXS
• C_SC2 : PLMD::isdb::SAXS
• C_SC3 : PLMD::isdb::SAXS
• C_TE3 : PLMD::isdb::SAXS
• C_TE5 : PLMD::isdb::SAXS
• CA_ATOM : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CAc : PLMD::isdb::CS2Backbone
• cache_set : PLMD::OpenMP::OpenMPVars
• cacheline_size : PLMD::OpenMP::OpenMPVars
• cal_maha_dist() : PLMD::sizeshape::position_maha_dist
• cal_position_linear_proj() : PLMD::sizeshape::position_linear_proj
• calc : PLMD::F1dim< FCLASS > , PLMD::function::Bessel , PLMD::function::Between , PLMD::function::Combine , PLMD::function::Custom , PLMD::function::FunctionTemplateBase , PLMD::function::Highest , PLMD::function::LessThan , PLMD::function::Moments , PLMD::function::MoreThan , PLMD::function::Piecewise , PLMD::function::Sort , PLMD::function::Sum , PLMD::gridtools::EvaluateGridFunction , PLMD::PlumedMain , PLMD::refdist::Difference , PLMD::symfunc::CylindricalHarmonic , PLMD::symfunc::Fccubic , PLMD::symfunc::SphericalHarmonic
• calc2 : PLMD::F1dim< FCLASS >
• calc_1D_pmf() : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• calc_covar_step_size() : PLMD::eds::EDS
• calc_data_ : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• calc_DDistDRef() : PLMD::RMSD
• calc_DDistDRef_Rot_DRotDPos() : PLMD::RMSD
• calc_DDistDRef_Rot_DRotDPos_DRotDRef() : PLMD::RMSD
• calc_energy() : PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
• calc_FitElements() : PLMD::RMSD
• calc_lm_step_size() : PLMD::eds::EDS
• calc_max_bias_ : PLMD::bias::MetaD
• calc_PCAelements() : PLMD::RMSD
• calc_pmf() : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• calc_rct_ : PLMD::bias::MetaD
• calc_reweightfactor_ : PLMD::ves::VesBias
• calc_Rot() : PLMD::RMSD
• calc_Rot_DRotDRr01() : PLMD::RMSD
• calc_SOMA() : PLMD::RMSD
• calc_ssd_step_size() : PLMD::eds::EDS
• calc_temp() : PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
• calc_transition_bias_ : PLMD::bias::MetaD
• calc_work_ : PLMD::bias::MetaD , PLMD::opes::OPESexpanded , PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• calcClog() : PLMD::logmfd::LogMFD
• calcCurrentPathSpacings() : PLMD::mapping::PathReparameterization
• calcDerivatives() : PLMD::MinimiseBase< FCLASS >
• calcEkin() : PLMD::logmfd::LogMFD
• calcFlog() : PLMD::logmfd::LogMFD
• calcFromAverage : PLMD::Value
• calcIntegerValues() : PLMD::ves::WaveletGrid
• calcMat() : PLMD::ERMSD
• calcMeanForce() : PLMD::logmfd::LogMFD
• calcNlist() : PLMD::isdb::SAXS , PLMD::sasa::SASA_HASEL , PLMD::sasa::SASA_LCPO
• calcPositionsCenter() : PLMD::RMSDCoreData
• calcReferenceCenter() : PLMD::RMSDCoreData
• calculate() : PLMD::Action , PLMD::ActionAnyorder , PLMD::ActionForInterface , PLMD::ActionSetup , PLMD::ActionShortcut , PLMD::ActionToGetData , PLMD::ActionWithMatrix , PLMD::bias::ABMD , PLMD::bias::BiasValue , PLMD::bias::ExtendedLagrangian , PLMD::bias::External , PLMD::bias::LWalls , PLMD::bias::MaxEnt , PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::MovingRestraint , PLMD::bias::PBMetaD , PLMD::bias::Restraint , PLMD::bias::ReweightBase , PLMD::bias::UWalls , PLMD::clusters::ClusterDistribution , PLMD::clusters::ClusteringBase , PLMD::clusters::ClusterWeights , PLMD::colvar::Angle , PLMD::colvar::Cell , PLMD::colvar::ColvarFake , PLMD::colvar::ContactMap , PLMD::colvar::CoordinationBase , PLMD::colvar::DihedralCorrelation , PLMD::colvar::Dimer , PLMD::colvar::Dipole , PLMD::colvar::Distance , PLMD::colvar::EEFSolv , PLMD::colvar::ERMSD , PLMD::colvar::Gyration , PLMD::colvar::MultiColvarTemplate< T > , PLMD::colvar::PathMSDBase , PLMD::colvar::PCARMSD , PLMD::colvar::Plane , PLMD::colvar::Position , PLMD::colvar::ProjectionOnAxis , PLMD::colvar::Puckering , PLMD::colvar::RMSD , PLMD::colvar::RMSDVector , PLMD::colvar::SelectMassCharge , PLMD::colvar::Template , PLMD::colvar::Torsion , PLMD::colvar::Volume , PLMD::contour::DistanceFromContour , PLMD::contour::DistanceFromSphericalContour , PLMD::contour::DumpContour , PLMD::crystdistrib::Quaternion , PLMD::dimred::ArrangePoints , PLMD::dimred::ProjectPoints , PLMD::eds::EDS , PLMD::ERMSD , PLMD::fisst::FISST , PLMD::fourier::FourierTransform , PLMD::function::annfunc::ANN , PLMD::function::Ensemble , PLMD::function::FuncPathGeneral , PLMD::function::FuncPathMSD , PLMD::function::FuncSumHills , PLMD::function::FunctionOfScalar< T > , PLMD::function::FunctionOfVector< T > , PLMD::function::LocalEnsemble , PLMD::function::Stats , PLMD::funnel::Funnel , PLMD::funnel::FUNNEL_PS , PLMD::generic::Accumulate , PLMD::generic::Collect , PLMD::generic::Committor , PLMD::generic::Constant , PLMD::generic::CreateMask , PLMD::generic::Debug , PLMD::generic::DumpAtoms , PLMD::generic::DumpDerivatives , PLMD::generic::DumpForces , PLMD::generic::DumpMassCharge , PLMD::generic::DumpPDB , PLMD::generic::DumpProjections , PLMD::generic::DumpVector , PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift , PLMD::generic::EndPlumed , PLMD::generic::FitToTemplate , PLMD::generic::Flush , PLMD::generic::GatherReplicas , PLMD::generic::Include , PLMD::generic::Plumed , PLMD::generic::Print , PLMD::generic::PrintNDX , PLMD::generic::RandomExchanges , PLMD::generic::Read , PLMD::generic::ResetCell , PLMD::generic::Time , PLMD::generic::UpdateIf , PLMD::generic::WholeMolecules , PLMD::generic::WrapAround , PLMD::GenericMolInfo , PLMD::GREX , PLMD::gridtools::ActionWithGrid , PLMD::gridtools::DumpGrid , PLMD::gridtools::FindGridOptimum , PLMD::Group , PLMD::HistogramBead , PLMD::isdb::Caliber , PLMD::isdb::CS2Backbone , PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::FretEfficiency , PLMD::isdb::JCoupling , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::NOE , PLMD::isdb::PRE , PLMD::isdb::RDC , PLMD::isdb::Rescale , PLMD::isdb::SAXS , PLMD::isdb::Select , PLMD::isdb::Selector , PLMD::isdb::Shadow , PLMD::landmarks::FarthestPointSampling , PLMD::logmfd::LogMFD , PLMD::mapping::GeometricPath , PLMD::mapping::PathDisplacements , PLMD::mapping::PathReparameterization , PLMD::matrixtools::DiagonalizeMatrix , PLMD::matrixtools::InvertMatrix , PLMD::matrixtools::TransposeMatrix , PLMD::maze::Loss , PLMD::maze::Optimizer , PLMD::maze::OptimizerBias , PLMD::membranefusion::fusionPoreExpansionP , PLMD::membranefusion::fusionPoreNucleationP , PLMD::membranefusion::memFusionP , PLMD::metatensor::MetatensorPlumedAction , PLMD::opes::ExpansionCVs , PLMD::opes::OPESexpanded , PLMD::opes::OPESmetad< mode > , PLMD::piv::PIV , PLMD::refdist::MatrixProductDiagonal , PLMD::RMSD , PLMD::s2cm::S2ContactModel , PLMD::sasa::SASA_HASEL , PLMD::sasa::SASA_LCPO , PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD , PLMD::sizeshape::position_linear_proj , PLMD::sizeshape::position_maha_dist , PLMD::switchContainers::baseSwitch , PLMD::switchContainers::leptonSwitch , PLMD::switchContainers::nativeqSwitch , PLMD::SwitchingFunction , PLMD::symfunc::ThreeBodyGFunctions , PLMD::TargetDist , PLMD::valtools::Concatenate , PLMD::valtools::Flatten , PLMD::valtools::SelectWithMask , PLMD::vatom::ArgsToVatom , PLMD::vatom::Center , PLMD::vatom::FixedAtom , PLMD::vatom::Ghost , PLMD::ves::BasisFunctions , PLMD::ves::FermiSwitchingFunction , PLMD::ves::Optimizer , PLMD::ves::OutputBasisFunctions , PLMD::ves::OutputFesBias , PLMD::ves::OutputTargetDistribution , PLMD::ves::TargetDistribution , PLMD::ves::VesDeltaF , PLMD::ves::VesLinearExpansion , PLMD::volumes::ActionVolume , PLMD::wham::Wham
• calculate5m() : PLMD::colvar::Puckering
• calculate6m() : PLMD::colvar::Puckering
• calculate_cpu() : PLMD::isdb::SAXS
• calculate_Gauss() : PLMD::isdb::EMMI
• calculate_gpu() : PLMD::isdb::SAXS
• calculate_Marginal() : PLMD::isdb::EMMI
• calculate_Outliers() : PLMD::isdb::EMMI
• calculate_output_of_each_layer() : PLMD::function::annfunc::ANN
• calculate_overlap() : PLMD::isdb::EMMI
• calculate_useful_stuff() : PLMD::isdb::EMMI
• calculateAFF() : PLMD::isdb::SAXS
• calculateAFFsans() : PLMD::isdb::SAXS
• calculateAtomicNumericalDerivatives() : PLMD::ActionAtomistic
• calculateCenter() : PLMD::RMSD
• calculateConstantValues() : PLMD::ActionWithArguments , PLMD::generic::Accumulate , PLMD::generic::Collect
• calculateCV() : PLMD::colvar::Angle , PLMD::colvar::DihedralCorrelation , PLMD::colvar::Dipole , PLMD::colvar::Distance , PLMD::colvar::Plane , PLMD::colvar::Position , PLMD::colvar::SelectMassCharge , PLMD::colvar::Torsion , PLMD::crystdistrib::Quaternion
• calculateECVs() : PLMD::opes::ECVcustom , PLMD::opes::ECVlinear , PLMD::opes::ECVmultiThermal , PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric , PLMD::opes::ECVumbrellasFile , PLMD::opes::ECVumbrellasLine , PLMD::opes::ExpansionCVs
• calculateFromPDB() : PLMD::Action
• calculateFullStress() : PLMD::dimred::ArrangePoints
• calculateNumberInside() : PLMD::volumes::ActionVolume , PLMD::volumes::VolumeAround , PLMD::volumes::VolumeCavity , PLMD::volumes::VolumeInCylinder , PLMD::volumes::VolumeInEnvelope , PLMD::volumes::VolumeInSphere , PLMD::volumes::VolumeTetrapore
• calculateNumericalDerivatives() : PLMD::Action , PLMD::ActionAtomistic , PLMD::ActionWithArguments , PLMD::ActionWithVector , PLMD::contour::DistanceFromContourBase , PLMD::generic::DumpAtoms , PLMD::generic::PrintNDX , PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• calculateOnUpdate() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::generic::Accumulate , PLMD::generic::Collect , PLMD::Value
• calculateReweightFactor() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion , PLMD::ves::VesBias , PLMD::ves::VesLinearExpansion
• calculateRMSD() : PLMD::colvar::RMSDVector
• calculateSigma() : PLMD::dimred::SMACOF
• calculateSqr() : PLMD::switchContainers::baseSwitch , PLMD::switchContainers::fastGaussianSwitch , PLMD::switchContainers::fixedRational< N,, > , PLMD::switchContainers::leptonSwitch , PLMD::switchContainers::rational< isFast, nis2m > , PLMD::SwitchingFunction
• calculateStaticDistributionGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• calculateStress() : PLMD::dimred::ArrangePoints , PLMD::dimred::ProjectPoints
• calculateTargetDistAveragesFromGrid() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• calculateValueAndDerivatives() : PLMD::gridtools::FindGridOptimum
• calculateWeight() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase , PLMD::adjmat::BridgeMatrix , PLMD::adjmat::ContactMatrix , PLMD::adjmat::DistanceMatrix , PLMD::adjmat::HbondMatrix , PLMD::adjmat::TopologyMatrix , PLMD::pamm::HBPammMatrix
• calculateWeights() : PLMD::bias::ReweightBase
• calculateWithCloseStructure() : PLMD::RMSD
• calculateWithCutoff() : PLMD::HistogramBead
• Caliber() : PLMD::isdb::Caliber
• callErrorHandler() : PLMD::PlumedMain
• callstack : PLMD::Exception
• callstack_n : PLMD::Exception
• camshift : PLMD::isdb::CS2Backbone
• CAn : PLMD::isdb::CS2Backbone
• canBeAfterInChain() : PLMD::ActionWithVector , PLMD::adjmat::Neighbors
• canReduceTasks() : PLMD::ActionWithVector
• CAp : PLMD::isdb::CS2Backbone
• capacity() : PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT > , PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator > , PLMD::metatensor::vesin::cpu::GrowableNeighborList
• capacity_ : PLMD::maze::Memetic
• cartesian() : PLMD::metatensor::vesin::CellShift
• cartesian_to_fractional() : PLMD::metatensor::vesin::BoundingBox
• carthessian : PLMD::molfile::molfile_qm_hessian_t
• cascade() : PLMD::ves::WaveletGrid
• caseInSensStringCompare() : PLMD::Tools
• castToActionAtomistic() : PLMD::Action , PLMD::ActionAtomistic
• castToActionForInterface() : PLMD::Action , PLMD::ActionForInterface
• castToActionShortcut() : PLMD::Action , PLMD::ActionShortcut
• castToActionToGetData() : PLMD::Action , PLMD::ActionToGetData
• castToActionToPutData() : PLMD::Action , PLMD::ActionToPutData
• castToActionWithArguments() : PLMD::Action , PLMD::ActionWithArguments
• castToActionWithValue() : PLMD::Action , PLMD::ActionWithValue
• castToActionWithVirtualAtom() : PLMD::Action , PLMD::ActionWithVirtualAtom
• castToDomainDecomposition() : PLMD::Action , PLMD::DomainDecomposition
• castToPbcAction() : PLMD::Action , PLMD::PbcAction
• cauchy_mean_alpha_ : PLMD::maze::Memetic
• cauchy_mean_beta_ : PLMD::maze::Memetic
• CB_ATOM : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CBc : PLMD::isdb::CS2Backbone
• cbegin() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• Cc : PLMD::isdb::CS2Backbone
• CCG : PLMD::isdb::JCoupling
• cdocs : PLMD::Keywords
• CEIL : PLMD::lepton::Operation
• Ceil() : PLMD::lepton::Operation
• ceiling : PLMD::gridtools::EvaluateGridFunction
• Cell() : PLMD::colvar::Cell
• cell_volume : PLMD::adjmat::TopologyMatrix
• CellList() : PLMD::metatensor::vesin::cpu::CellList
• cells_ : PLMD::metatensor::vesin::cpu::CellList
• cells_shape_ : PLMD::metatensor::vesin::cpu::CellList
• cend() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• center : PLMD::bias::MetaD::Gaussian , PLMD::bias::PBMetaD::Gaussian , PLMD::generic::FitToTemplate , PLMD::gridtools::KDE , PLMD::KernelFunctions , PLMD::opes::OPESmetad< mode >::kernel
• Center() : PLMD::vatom::Center
• center_ : PLMD::eds::EDS , PLMD::fisst::FISST , PLMD::ves::TD_GeneralizedExtremeValue
• center_of_mass() : PLMD::maze::Optimizer
• center_positions : PLMD::generic::FitToTemplate
• center_values_ : PLMD::eds::EDS
• centeredpositions : PLMD::generic::FitToTemplate
• centers : PLMD::pamm::HBPammMatrix
• centers_ : PLMD::opes::ECVumbrellasFile , PLMD::opes::ECVumbrellasLine , PLMD::ves::BF_Gaussians , PLMD::ves::TD_ExponentiallyModifiedGaussian , PLMD::ves::TD_Gaussian , PLMD::ves::TD_GeneralizedNormal , PLMD::ves::TD_VonMises
• CenterShortcut() : PLMD::vatom::CenterShortcut
• cfact_ : PLMD::isdb::EMMI
• CGc : PLMD::isdb::CS2Backbone
• CGOLD : PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• cgtol : PLMD::dimred::ArrangePoints , PLMD::dimred::ProjectPoints , PLMD::gridtools::FindGridOptimum
• chain : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift , PLMD::molfile::molfile_atom_t , PLMD::PDB
• changeBox() : PLMD::ActionAtomistic
• charge : PLMD::molfile::molfile_atom_t , PLMD::Units , PLMD::vatom::FixedAtom
• charge_types : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_t
• charges : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::colvar::Angle , PLMD::colvar::DihedralCorrelation , PLMD::colvar::Dipole , PLMD::colvar::Distance , PLMD::colvar::Plane , PLMD::colvar::Position , PLMD::colvar::Torsion , PLMD::crystdistrib::Quaternion , PLMD::generic::Plumed , PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_t
• chargeString : PLMD::Units
• chargesWereSet : PLMD::ActionAtomistic
• chargev : PLMD::ActionAtomistic
• chbevl() : PLMD::function::Bessel , PLMD::isdb::SAXS
• check() : PLMD::CheckInRange , PLMD::RegisterBase< Content >
• check_GMM_d() : PLMD::isdb::EMMI
• check_lambda_boundaries() : PLMD::bias::MaxEnt
• check_list() : PLMD::cltools::SimpleMD
• check_multiplication_vars : PLMD::function::Custom
• check_nan_inf_ : PLMD::ves::BF_Custom , PLMD::ves::TargetDistribution
• check_nonnegative_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• check_normalization_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• checkArgumentType() : PLMD::Keywords
• checkChainForNonScalarForces() : PLMD::ActionWithVector
• checkCoeffsInfo() : PLMD::ves::CoeffsBase
• checkComponentsForForce() : PLMD::ActionWithVector
• checked_allocate() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• checked_calculate_new_capacity() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• checkFieldsAllowed() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::colvar::ContactMap , PLMD::piv::PIV
• checkFilesAreExisting() : PLMD::function::FuncSumHills
• checkForAtom() : PLMD::GenericMolInfo , PLMD::PDB
• checkForDependency() : PLMD::Action
• checkForForces() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::ActionWithVector
• checkForGrids() : PLMD::ActionWithVector
• checkForResidue() : PLMD::PDB
• checkForTaskForce() : PLMD::ActionWithMatrix , PLMD::ActionWithVector , PLMD::colvar::RMSDVector
• checkIfArgumentInsideInterval() : PLMD::ves::BasisFunctions
• checkInputMatrix() : PLMD::dimred::ArrangePoints
• checkNanAndInf() : PLMD::ves::TargetDistribution
• checkNeedsGradients() : PLMD::Action , PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD , PLMD::generic::DumpProjections
• checkNumericalDerivatives() : PLMD::Action , PLMD::ActionWithValue
• checkRead() : PLMD::Action
• checkRestart() : PLMD::OFile
• checkTaskStatus() : PLMD::ActionWithVector , PLMD::contour::FindContour , PLMD::gridtools::KDE , PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD , PLMD::volumes::ActionVolume
• checkThatTemperatureIsGiven() : PLMD::ves::VesBias
• checkUpdate() : PLMD::Action
• ChemicalShift() : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• chemicalshifts : PLMD::isdb::CS2Backbone
• child_to_parent : PLMD::Subprocess
• children : PLMD::lepton::ExpressionTreeNode
• chol_elsolve : PLMD::Matrix< T >
• cholesky : PLMD::Matrix< T >
• citations : PLMD::PlumedMain
• citations_fwd : PLMD::PlumedMain
• cite() : PLMD::Action , PLMD::Citations , PLMD::PlumedMain
• ckey : PLMD::Keywords
• cl : PLMD::Matrix< T >
• ClassicalMultiDimensionalScaling() : PLMD::dimred::ClassicalMultiDimensionalScaling
• clear() : PLMD::BiasRepresentation , PLMD::Citations , PLMD::ERMSD , PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator > , PLMD::Grid , PLMD::MultiValue , PLMD::RMSD , PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• clearActiveMembers() : PLMD::MultiValue
• clearAll() : PLMD::MultiValue
• clearCoeffsPntrsVector() : PLMD::ves::VesBias
• clearData() : PLMD::bias::ReweightBase
• clearDelete() : PLMD::ActionSet
• clearDependencies() : PLMD::Action
• clearDerivatives() : PLMD::ActionForInterface , PLMD::ActionWithValue , PLMD::ActionWithVector , PLMD::generic::Constant , PLMD::mapping::PathDisplacements , PLMD::MultiValue , PLMD::Value
• clearFields() : PLMD::OFile
• clearFullList() : PLMD::DomainDecomposition
• clearGradientAndHessian() : PLMD::ves::VesBias
• clearInputForce() : PLMD::Value
• clearInputForces() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::ActionWithVector
• clearLogTargetDistGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• clearMatrixElements() : PLMD::ActionWithMatrix
• clearnextstep : PLMD::generic::Accumulate , PLMD::mapping::PathDisplacements
• clearOnEachCycle : PLMD::ActionWithMatrix
• clearOptions() : PLMD::Action
• clearStaged() : PLMD::Register , PLMD::RegisterBase< Content >
• clearstride : PLMD::generic::Accumulate , PLMD::generic::Collect , PLMD::mapping::PathDisplacements
• clone() : PLMD::lepton::CustomFunction , PLMD::lepton::Operation , PLMD::lepton::PlaceholderFunction
• cloned : PLMD::FileBase
• cloned_file : PLMD::generic::Read
• close() : PLMD::FileBase
• close_file_read : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• close_file_write : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• CLTool() : PLMD::CLTool , PLMD::CLToolOptions
• cltool : PLMD::PlumedMain
• CLToolMain() : PLMD::CLToolMain
• CLToolOptions() : PLMD::CLToolOptions
• CLToolRegister : PLMD::CLToolOptions
• cltoolRegister() : PLMD::CLToolRegister
• CLToolSumHills() : PLMD::cltools::CLToolSumHills
• cluster_sizes : PLMD::clusters::ClusteringBase
• ClusterDiameter() : PLMD::clusters::ClusterDiameter
• ClusterDistribution() : PLMD::clusters::ClusterDistribution
• ClusterDistributionShortcut() : PLMD::clusters::ClusterDistributionShortcut
• ClusteringBase() : PLMD::clusters::ClusteringBase
• ClusterNatoms() : PLMD::clusters::ClusterNatoms
• ClusterProperties() : PLMD::clusters::ClusterProperties
• ClusterWeights() : PLMD::clusters::ClusterWeights
• ClusterWithSurface() : PLMD::clusters::ClusterWithSurface
• clustr : PLMD::clusters::ClusterWeights
• cmd() : PLMD::CLToolMain , PLMD::GREX , PLMD::Plumed , PLMD::PlumedHandle , PLMD::PlumedMain , PLMD::WithCmd , plumed_plumedmain_function_holder_x
• cmd_helper() : PLMD::Plumed
• cmd_helper_with_shape() : PLMD::Plumed
• cmd_nothrow : plumed_symbol_table_type_x
• cmd_priv() : PLMD::Plumed
• cmd_safe : plumed_symbol_table_type_x
• cmd_safe_nothrow : plumed_symbol_table_type_x
• cmd_with_nelem() : PLMD::Plumed
• Cn : PLMD::isdb::CS2Backbone
• cnames : PLMD::Keywords
• co_bb : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• co_da : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CO_DA() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• co_ring : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CO_RING() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• co_sc_ : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• co_sphere : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CO_SPHERE() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• co_xd : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• code : plumed_error
• coding_len_ : PLMD::maze::Memetic
• coeff : PLMD::function::annfunc::ANN
• coeff_ : PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
• coeff_poly : PLMD::symfunc::SphericalHarmonic
• coefficients : PLMD::function::Combine , PLMD::function::FuncPathGeneral
• Coeffs() : PLMD::ves::Optimizer , PLMD::ves::VesBias
• coeffs_descriptions_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• coeffs_f_name : PLMD::sizeshape::position_linear_proj
• coeffs_fnames : PLMD::ves::VesBias
• coeffs_id_prefix_ : PLMD::ves::VesBias
• coeffs_mask_pntrs_ : PLMD::ves::Optimizer
• coeffs_output_fmt_ : PLMD::ves::Optimizer
• coeffs_pntrs_ : PLMD::ves::Optimizer , PLMD::ves::VesBias
• coeffs_type_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• coeffs_wstride_ : PLMD::ves::Optimizer
• CoeffsBase() : PLMD::ves::CoeffsBase
• CoeffsMask() : PLMD::ves::Optimizer
• CoeffsMatrix() : PLMD::ves::CoeffsMatrix
• coeffsOFiles_ : PLMD::ves::Optimizer
• coeffssetid_prefix_ : PLMD::ves::Optimizer
• CoeffsType : PLMD::ves::CoeffsBase
• coeffsUpdate() : PLMD::ves::Opt_Adam , PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD , PLMD::ves::Opt_Dummy , PLMD::ves::Opt_RobbinsMonroSGD , PLMD::ves::Optimizer
• CoeffsVector() : PLMD::ves::CoeffsVector
• col_starts : PLMD::valtools::Concatenate
• Collect() : PLMD::generic::Collect
• CollectFrames() : PLMD::landmarks::CollectFrames
• color : PLMD::clusters::DFSClustering
• columns : PLMD::function::FuncPathGeneral
• Colvar() : PLMD::Colvar
• colvar::SelectMassCharge : PLMD::ActionAtomistic
• colvar_atoms : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• ColvarFake() : PLMD::colvar::ColvarFake
• ColvarShortcut() : PLMD::colvar::ColvarShortcut< T >
• com : PLMD::piv::PIV
• com_ : PLMD::maze::Random_Acceleration_MD , PLMD::maze::Steered_MD
• CombinedGradient() : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• combinedgradient_pntrs_ : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• combinedgradient_wstride_ : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• combinedgradientOFiles_ : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• comm : PLMD::Action , PLMD::CLToolMain , PLMD::FileBase , PLMD::LinkCells , PLMD::NeighborList , PLMD::PlumedMain
• comm_fwd : PLMD::CLToolMain , PLMD::PlumedMain
• comm_self : PLMD::generic::Plumed
• Comma : PLMD::lepton::ParseToken
• commandline : PLMD::CLTool
• Committor() : PLMD::generic::Committor
• communicator : PLMD::Communicator
• Communicator() : PLMD::Communicator
• comp : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• CompDer : PLMD::piv::PIV
• CompiledExpression() : PLMD::lepton::CompiledExpression
• compileExpression() : PLMD::lepton::CompiledExpression
• completeAllRegistrations() : PLMD::Register
• completeRegistration() : PLMD::Register , PLMD::RegisterBase< Content >
• Completion() : PLMD::cltools::Completion
• componentHasCorrectType() : PLMD::Keywords
• componentIsNotPeriodic() : PLMD::ActionWithValue
• componentIsPeriodic() : PLMD::ActionWithValue
• components : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase , PLMD::colvar::Cell , PLMD::colvar::Dipole , PLMD::colvar::Distance , PLMD::function::Stats
• compos : PLMD::piv::PIV
• compulsory : PLMD::Keywords::KeyType
• compute() : PLMD::Angle , PLMD::Torsion
• compute_engkin() : PLMD::cltools::SimpleMD
• compute_error() : PLMD::bias::MaxEnt
• compute_forces() : PLMD::cltools::SimpleMD
• compute_hessian_ : PLMD::ves::VesBias
• compute_list() : PLMD::cltools::SimpleMD
• compute_observable_weight() : PLMD::fisst::FISST
• compute_ring_parameters() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• computeCovarianceFromAverages() : PLMD::ves::VesBias
• computeDeltaG() : PLMD::sasa::SASA_HASEL , PLMD::sasa::SASA_LCPO
• computeHessian() : PLMD::ves::VesBias
• computeRefClose : PLMD::colvar::PathMSDBase
• computeReweightingFactor() : PLMD::bias::MetaD
• computeSpacing() : PLMD::mapping::PathReparameterization
• computeVectorBetweenFrames() : PLMD::mapping::PathProjectionCalculator
• Concatenate() : PLMD::valtools::Concatenate
• concatenateExceptionMessages() : PLMD::Tools
• conjgrad : PLMD::dimred::ArrangePoints
• ConjugateGradient() : PLMD::ConjugateGradient< FCLASS >
• CONNECTparam : PLMD::sasa::SASA_HASEL
• cons_fputs : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• consistencyCheck() : PLMD::colvar::Dimer
• Const : PLMD::isdb::RDC
• CONST_BB2() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• const_fields : PLMD::OFile
• const_iterator : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• const_pointer : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• const_reference : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• const_reverse_iterator : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• Const_row() : PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >::Const_row
• CONST_SC2() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CONST_XD() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CONSTAACURR() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CONSTAANEXT() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CONSTAAPREV() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• constant : PLMD::colvar::DHEnergy , PLMD::FileBase::FieldBase
• Constant() : PLMD::generic::Constant
• constant : PLMD::isdb::PRE
• Constant() : PLMD::lepton::Operation
• CONSTANT : PLMD::lepton::Operation
• constant : PLMD::Value
• constants : PLMD::lepton::CompiledExpression
• ConstData() : PLMD::Communicator::ConstData
• construct() : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >
• construct_at() : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >
• cont() : PLMD::Subprocess
• ContactMap() : PLMD::colvar::ContactMap
• ContactMatrix() : PLMD::adjmat::ContactMatrix
• ContactMatrixShortcut() : PLMD::adjmat::ContactMatrixShortcut
• content : PLMD::RegisterBase< Content >::ContentAndFullPath
• contour : PLMD::contour::ContourFindingBase , PLMD::contour::DistanceFromContourBase
• contour_location : PLMD::Grid
• ContourFindingBase() : PLMD::contour::ContourFindingBase
• contStop() : PLMD::Subprocess
• conv() : PLMD::Tools::FastStringUnorderedMap< T >
• convert() : PLMD::Tools
• convert_lambda() : PLMD::bias::MaxEnt
• convert_x() : PLMD::drr::UIestimator::n_matrix , PLMD::drr::UIestimator::n_vector< T >
• convert_y() : PLMD::drr::UIestimator::n_matrix
• convertDbl2Str() : PLMD::ves::VesTools
• convertIndexToIndices() : PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject
• convertIndexToindices() : PLMD::Value
• convertIndicesToIndex() : PLMD::LinkCells
• convertInputLineToString() : PLMD::ActionShortcut
• convertNoexcept() : PLMD::Tools
• convertToAny() : PLMD::Tools
• ConvertToFES() : PLMD::gridtools::ConvertToFES
• convertToInt() : PLMD::Tools
• convertToReal() : PLMD::Tools
• cooling_factor_ : PLMD::maze::Simulated_Annealing
• cooling_scheme_ : PLMD::maze::Simulated_Annealing
• coord : PLMD::vatom::FixedAtom , PLMD::vatom::Ghost
• CoordAngles() : PLMD::multicolvar::CoordAngles
• Coordination() : PLMD::colvar::Coordination
• CoordinationBase() : PLMD::colvar::CoordinationBase
• CoordinationNumbers() : PLMD::symfunc::CoordinationNumbers
• coords : PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• CoordShellVectorFunction() : PLMD::symfunc::CoordShellVectorFunction
• copy() : PLMD::TypesafePtr
• copy_allocator() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• copy_assign() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• copy_assign_default() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• copy_assign_is_noop : PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, false > , PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, true >
• copy_n_return_in() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• copy_range() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• copyData() : PLMD::Keywords
• copyGridValues() : PLMD::ves::VesTools
• copyOutput() : PLMD::ActionWithValue
• correlation_ : PLMD::ves::TD_Gaussian
• Cos() : PLMD::lepton::Operation
• COS : PLMD::lepton::Operation
• Cosh() : PLMD::lepton::Operation
• COSH : PLMD::lepton::Operation
• cosinusSwitch() : PLMD::switchContainers::cosinusSwitch
• COT : PLMD::lepton::Operation
• Cot() : PLMD::lepton::Operation
• COTH : PLMD::lepton::Operation
• count : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator , PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_metadata , PLMD::molfile::molfile_timestep_metadata
• count_y : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• counter_ : PLMD::opes::OPESexpanded , PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• countValues() : PLMD::ves::CoeffsVector
• coupl : PLMD::isdb::RDC
• coupling_accum_ : PLMD::eds::EDS
• coupling_rate_ : PLMD::eds::EDS
• covar2_ : PLMD::eds::EDS
• covar_ : PLMD::eds::EDS
• CovarianceMatrix() : PLMD::matrixtools::CovarianceMatrix
• Cp : PLMD::isdb::CS2Backbone
• cPIV : PLMD::piv::PIV::SharedData
• cpositions : PLMD::RMSDCoreData
• cpositions_is_calculated : PLMD::RMSDCoreData
• cpositions_is_removed : PLMD::RMSDCoreData
• cptr : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator > , PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• crbegin() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• create() : PLMD::ActionRegister , PLMD::ActionRegisterPointers , PLMD::ActionRegistration< ActionClass > , PLMD::CLToolRegister , PLMD::CLToolRegisterPointers , PLMD::DataPassingObject , PLMD::DataPassingTools , PLMD::GridBase::AcceleratorBase , PLMD::GridBase , plumed_plumedmain_function_holder_x
• create_coding() : PLMD::maze::Memetic
• create_reference : plumed_symbol_table_type_x
• createAction() : PLMD::function::FunctionShortcut< T >
• createBIAS() : PLMD::funnel::Funnel
• createCompiledExpression() : PLMD::lepton::ParsedExpression
• createFullList() : PLMD::DomainDecomposition
• createGridAndValue() : PLMD::gridtools::ReadGridInSetup
• createLongInput() : PLMD::cltools::GenExample
• CreateMask() : PLMD::generic::CreateMask
• createProgram() : PLMD::lepton::ParsedExpression
• createVectorNormInput() : PLMD::multicolvar::PlaneShortcut , PLMD::symfunc::HexacticParameter , PLMD::symfunc::Steinhardt
• createX2ReferenceObject() : PLMD::gridtools::RDF
• creator_pointer : PLMD::ActionRegister , PLMD::ActionRegisterPointers , PLMD::CLToolRegister , PLMD::CLToolRegisterPointers
• creference : PLMD::RMSDCoreData
• creference_is_calculated : PLMD::RMSDCoreData
• creference_is_removed : PLMD::RMSDCoreData
• crend() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• CriticalSectionWithKey : PLMD::Tools::CriticalSectionWithKey< Key >::Handler
• cross() : PLMD::metatensor::vesin::Vector , PLMD::piv::PIV , PLMD::volumes::VolumeCavity , PLMD::volumes::VolumeTetrapore
• crossover() : PLMD::maze::Memetic
• crossProduct : PLMD::VectorGeneric< n >
• CS2Backbone() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• csatoms : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• Csc() : PLMD::lepton::Operation
• CSC : PLMD::lepton::Operation
• CSCH : PLMD::lepton::Operation
• cstring : PLMD::Keywords
• CString() : PLMD::Plumed::CString
• ctypes : PLMD::Keywords
• CUBE : PLMD::lepton::Operation
• Cube() : PLMD::lepton::Operation
• cubicSwitch() : PLMD::switchContainers::cubicSwitch
• current_avg_force_ : PLMD::fisst::FISST
• current_coupling_ : PLMD::eds::EDS
• current_index : PLMD::dimred::ArrangePoints
• current_stepsizes : PLMD::ves::Optimizer
• current_stride_ : PLMD::bias::MetaD
• current_value_ : PLMD::bias::PBMetaD
• CUSTOM : PLMD::isdb::JCoupling
• Custom() : PLMD::lepton::Operation
• CUSTOM : PLMD::lepton::Operation
• Custom() : PLMD::lepton::Operation
• custom_lambdas_ : PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
• cutoff : PLMD::adjmat::DistanceMatrix , PLMD::ERMSD , PLMD::HistogramBead , PLMD::metatensor::vesin::VesinOptions
• cutoff2_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• cutoffwasset : PLMD::LinkCells
• cv0_ : PLMD::maze::OptimizerBias
• CV_TYPE : PLMD::colvar::Gyration , PLMD::sasa::SASA_HASEL , PLMD::sasa::SASA_LCPO
• cv_var_idx_ : PLMD::ves::TD_Custom
• cv_var_lepton_refs_ : PLMD::ves::TD_Custom
• cv_var_prefix_str_ : PLMD::ves::TD_Custom
• cv_var_str_ : PLMD::ves::TD_Custom
• cvptr : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >
• cx : PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• cycles : PLMD::Stopwatch::Watch
• cylinder_sw : PLMD::adjmat::TopologyMatrix
• CYS : PLMD::isdb::CS2Backbone , PLMD::isdb::SAXS
• CYS_BB : PLMD::isdb::SAXS
• CYS_SC1 : PLMD::isdb::SAXS
• CYX : PLMD::isdb::SAXS