- a -

• actionRegister() : PLMD
• add() : PLMD
• adjust_pdb_field_string() : PLMD::molfile

- c -

• chol_elsolve() : PLMD
• cholesky() : PLMD
• cltoolRegister() : PLMD
• copy() : PLMD
• crossProduct() : PLMD

- d -

• dcrossDv1() : PLMD
• dcrossDv2() : PLMD
• delta() : PLMD
• determinant() : PLMD
• diagMat() : PLMD
• distance() : PLMD
• dotProduct() : PLMD

- e -

• epsilon() : PLMD
• extProduct() : PLMD

- f -

• fio_fclose() : PLMD::molfile
• fio_fread() : PLMD::molfile
• fio_fseek() : PLMD::molfile
• fio_ftell() : PLMD::molfile
• fio_fwrite() : PLMD::molfile
• fio_open() : PLMD::molfile
• fio_read_int32() : PLMD::molfile
• fio_readv() : PLMD::molfile
• fio_write_int32() : PLMD::molfile
• fio_write_str() : PLMD::molfile

- g -

• g96_countatoms() : PLMD::molfile
• g96_header() : PLMD::molfile
• g96_rec() : PLMD::molfile
• g96_timestep() : PLMD::molfile
• get_pdb_conect() : PLMD::molfile
• get_pdb_coordinates() : PLMD::molfile
• get_pdb_cryst1() : PLMD::molfile
• get_pdb_fields() : PLMD::molfile
• get_pdb_header() : PLMD::molfile
• get_pte_idx() : PLMD::molfile
• get_pte_idx_from_string() : PLMD::molfile
• get_pte_label() : PLMD::molfile
• get_pte_mass() : PLMD::molfile
• get_pte_vdw_radius() : PLMD::molfile
• getMakefile() : PLMD::config
• getPlumedRoot() : PLMD::config
• getSoExt() : PLMD::config
• getVersion() : PLMD::config
• getVersionGit() : PLMD::config
• getVersionLong() : PLMD::config
• gro_header() : PLMD::molfile
• gro_rec() : PLMD::molfile
• gro_timestep() : PLMD::molfile

- h -

• hasAlmost() : PLMD::config
• hasCregex() : PLMD::config
• hasDlopen() : PLMD::config
• hasExternalMolfile() : PLMD::config
• hasMatheval() : PLMD::config
• hasMolfile() : PLMD::config
• hasZlib() : PLMD::config
• host_is_little_endian() : PLMD::molfile

- i -

• inverse() : PLMD
• Invert() : PLMD
• isInstalled() : PLMD::config

- k -

• kBoltzmann() : PLMD

- l -

• landmarkRegister() : PLMD::analysis
• logdet() : PLMD

- m -

• matmul() : PLMD
• matrixOut() : PLMD
• mdio_close() : PLMD::molfile
• mdio_errmsg() : PLMD::molfile
• mdio_errno() : PLMD::molfile
• mdio_header() : PLMD::molfile
• mdio_open() : PLMD::molfile
• mdio_readbox() : PLMD::molfile
• mdio_readline() : PLMD::molfile
• mdio_seterror() : PLMD::molfile
• mdio_timestep() : PLMD::molfile
• mdio_tsfree() : PLMD::molfile
• metricRegister() : PLMD
• modulo() : PLMD
• modulo2() : PLMD
• molfile_crdplugin_fini() : PLMD::molfile
• molfile_crdplugin_init() : PLMD::molfile
• molfile_crdplugin_register() : PLMD::molfile
• molfile_dcdplugin_fini() : PLMD::molfile
• molfile_dcdplugin_init() : PLMD::molfile
• molfile_dcdplugin_register() : PLMD::molfile
• molfile_gromacsplugin_fini() : PLMD::molfile
• molfile_gromacsplugin_init() : PLMD::molfile
• molfile_gromacsplugin_register() : PLMD::molfile
• molfile_pdbplugin_fini() : PLMD::molfile
• molfile_pdbplugin_init() : PLMD::molfile
• molfile_pdbplugin_register() : PLMD::molfile
• mpi_gatherActiveMembers() : PLMD
• mult() : PLMD
• mylog() : PLMD::function
• mylogder() : PLMD::function

- n -

• norm() : PLMD

- o -

• operator!=() : PLMD
• operator*() : PLMD
• operator+() : PLMD
• operator-() : PLMD
• operator/() : PLMD
• operator<() : PLMD
• operator<<() : PLMD
• operator<=() : PLMD
• operator==() : PLMD
• operator>() : PLMD
• operator>=() : PLMD

- p -

• pi() : PLMD
• product() : PLMD
• pseudoInvert() : PLMD
• put_trx_int() : PLMD::molfile
• put_trx_real() : PLMD::molfile
• put_trx_string() : PLMD::molfile

- q -

• quotient() : PLMD

- r -

• read_pdb_record() : PLMD::molfile

- s -

• strip_white() : PLMD::molfile
• swap2_aligned() : PLMD::molfile
• swap2_unaligned() : PLMD::molfile
• swap4_aligned() : PLMD::molfile
• swap4_unaligned() : PLMD::molfile
• swap8_aligned() : PLMD::molfile
• swap8_unaligned() : PLMD::molfile

- t -

• transpose() : PLMD
• trx_header() : PLMD::molfile
• trx_int() : PLMD::molfile
• trx_real() : PLMD::molfile
• trx_rvector() : PLMD::molfile
• trx_string() : PLMD::molfile
• trx_timestep() : PLMD::molfile

- v -

• vesselRegister() : PLMD::vesselbase
• VMDPLUGIN_fini() : PLMD::molfile
• VMDPLUGIN_init() : PLMD::molfile
• VMDPLUGIN_register() : PLMD::molfile
• VMDPLUGIN_register_tcl() : PLMD::molfile

- w -

• write_raw_pdb_record() : PLMD::molfile

- x -

• xtc_3dfcoord() : PLMD::molfile
• xtc_data() : PLMD::molfile
• xtc_float() : PLMD::molfile
• xtc_int() : PLMD::molfile
• xtc_receivebits() : PLMD::molfile
• xtc_receiveints() : PLMD::molfile
• xtc_sizeofint() : PLMD::molfile
• xtc_sizeofints() : PLMD::molfile
• xtc_timestep() : PLMD::molfile