Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:
- p -
- p
: PLMD::F1dim< FCLASS >
, PLMD::generic::Plumed
- P
: PLMD::isdb::SAXS
- p
: plumed
, plumed_function_holder
- P0_contribution_
: PLMD::opes::ECVcustom
, PLMD::opes::ECVumbrellasFile
, PLMD::opes::ECVumbrellasLine
- p_aligned
: PLMD::generic::FitToTemplate
- p_atoms
: PLMD::generic::WrapAround
- p_groups
: PLMD::generic::WholeMolecules
- p_reference
: PLMD::generic::WrapAround
- p_roots
: PLMD::generic::WholeMolecules
- pace_
: PLMD::bias::MaxEnt
- paction
: PLMD::FlexibleBin
- pair_
: PLMD::generic::WrapAround
- pairAtomNumbers
: PLMD::NeighborList
- PairEntropies()
: PLMD::gridtools::PairEntropies
- PairEntropy()
: PLMD::gridtools::PairEntropy
- pairIDs
: PLMD::NeighborList
- pairing()
: PLMD::colvar::Coordination
, PLMD::colvar::CoordinationBase
, PLMD::colvar::DHEnergy
, PLMD::colvar::GHBFIX
, PLMD::maze::Loss
, PLMD::maze::Optimizer
- pairs
: PLMD::ERMSD
, PLMD::matrixtools::MatrixOperationBase
, PLMD::metatensor::vesin::VesinNeighborList
- PAMM()
: PLMD::pamm::PAMM
- ParabetaRMSD()
: PLMD::secondarystructure::ParabetaRMSD
- parallelread
: PLMD::function::FilesHandler
, PLMD::function::FuncSumHills
- parameter
: PLMD::colvar::EEFSolv
- parameters
: PLMD::function::Combine
, PLMD::function::Stats
, PLMD::isdb::Metainference
, PLMD::isdb::MetainferenceBase
- params_
: PLMD::maze::Loss
- parent_to_child
: PLMD::Subprocess
- pars_da
: PLMD::isdb::CS2BackboneDB
- PARS_DA()
: PLMD::isdb::CS2BackboneDB
- parse()
: PLMD::Action
, PLMD::CLTool
, PLMD::function::FunctionTemplateBase
, PLMD::isdb::CS2BackboneDB
, PLMD::lepton::Parser
, PLMD::Tools
- parseArgumentList()
: PLMD::ActionWithArguments
- parseAtomList()
: PLMD::ActionAtomistic
, PLMD::colvar::Angle
, PLMD::colvar::DihedralCorrelation
, PLMD::colvar::Dipole
, PLMD::colvar::Distance
, PLMD::colvar::Plane
, PLMD::colvar::Position
, PLMD::colvar::SelectMassCharge
, PLMD::colvar::Torsion
, PLMD::crystdistrib::Quaternion
, PLMD::multicolvar::MultiColvarShortcuts
- ParsedExpression
: PLMD::lepton::CompiledExpression
, PLMD::lepton::ExpressionProgram
, PLMD::lepton::ExpressionTreeNode
, PLMD::lepton::ParsedExpression
- parseFilenames()
: PLMD::ves::Optimizer
- parseFlag()
: PLMD::Action
, PLMD::CLTool
, PLMD::function::FunctionTemplateBase
, PLMD::Tools
- parseMultipleValues()
: PLMD::ves::Optimizer
, PLMD::ves::VesBias
- parseNumbered()
: PLMD::Action
- parseNumberedVector()
: PLMD::Action
- parseOnlyMode()
: PLMD::PlumedMain
- parsePrecedence()
: PLMD::lepton::Parser
- ParseToken()
: PLMD::lepton::ParseToken
- parseVector()
: PLMD::Action
, PLMD::CLTool
, PLMD::function::FunctionTemplateBase
, PLMD::Tools
- partition_estimate_
: PLMD::fisst::FISST
- partner
: PLMD::GREX
- passGradients()
: PLMD::Value
- passMap
: PLMD::PlumedMain
- passtools
: PLMD::PlumedMain
- past_increment2_
: PLMD::ves::VesDeltaF
- path
: PLMD::FileBase
- Path()
: PLMD::mapping::Path
- path
: PLMD::Tools::DirectoryChanger
- path1
: plumed_error
- path2
: plumed_error
- path_cv_values
: PLMD::function::FuncPathGeneral
- path_projector
: PLMD::mapping::GeometricPath
, PLMD::mapping::PathDisplacements
, PLMD::mapping::PathReparameterization
- PathDisplacements()
: PLMD::mapping::PathDisplacements
- PathMSD()
: PLMD::colvar::PathMSD
- PathMSDBase()
: PLMD::colvar::PathMSDBase
- PathProjectionCalculator()
: PLMD::mapping::PathProjectionCalculator
- PathReparameterization()
: PLMD::mapping::PathReparameterization
- PathTools()
: PLMD::mapping::PathTools
- PatternFlag
: PLMD::ExchangePatterns
- PatternFlags
: PLMD::ExchangePatterns
- pause()
: PLMD::Stopwatch
, PLMD::Stopwatch::Watch
- pbc
: PLMD::ActionAtomistic
, PLMD::cltools::SimpleMD
, PLMD::colvar::Angle
, PLMD::colvar::ContactMap
, PLMD::colvar::CoordinationBase
, PLMD::colvar::DihedralCorrelation
, PLMD::colvar::Distance
, PLMD::colvar::EEFSolv
, PLMD::colvar::ERMSD
, PLMD::colvar::Plane
, PLMD::colvar::Position
, PLMD::colvar::ProjectionOnAxis
, PLMD::colvar::Template
, PLMD::colvar::Torsion
, PLMD::crystdistrib::Quaternion
, PLMD::funnel::FUNNEL_PS
, PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject
, PLMD::isdb::CS2Backbone
, PLMD::isdb::FretEfficiency
, PLMD::isdb::JCoupling
, PLMD::isdb::NOE
, PLMD::isdb::PRE
, PLMD::isdb::RDC
, PLMD::isdb::SAXS
- Pbc()
: PLMD::Pbc
- pbc
: PLMD::PbcAction
, PLMD::piv::PIV
, PLMD::sizeshape::position_linear_proj
, PLMD::sizeshape::position_maha_dist
, PLMD::Tools
- pbc_
: PLMD::GridBase
, PLMD::isdb::EMMI
, PLMD::isdb::Shadow
, PLMD::maze::Optimizer
, PLMD::NeighborList
, PLMD::s2cm::S2ContactModel
- pbc_action
: PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
, PLMD::generic::FitToTemplate
, PLMD::generic::ResetCell
, PLMD::vatom::ArgsToVatom
- pbc_fwd
: PLMD::ActionAtomistic
, PLMD::PbcAction
- pbc_off()
: PLMD::maze::Optimizer
- pbc_on()
: PLMD::maze::Optimizer
- pbc_param
: PLMD::contour::DistanceFromContour
- PbcAction()
: PLMD::PbcAction
- pbcApply()
: PLMD::ActionAtomistic
- pbcDistance()
: PLMD::ActionAtomistic
- PBMetaD()
: PLMD::bias::PBMetaD
- pbox
: PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
- PCA()
: PLMD::dimred::PCA
- pca_names
: PLMD::colvar::PCARMSD
- PCARMSD()
: PLMD::colvar::PCARMSD
- PCAVars()
: PLMD::mapping::PCAVars
- pdb
: PLMD::funnel::FUNNEL_PS
, PLMD::GenericMolInfo
- PDB2Constant()
: PLMD::generic::PDB2Constant
- pdb_atom_indices
: PLMD::generic::DumpPDB
- pdb_fwd
: PLMD::GenericMolInfo
- pdb_resid_indices
: PLMD::generic::DumpPDB
- PdbRenumber()
: PLMD::cltools::PdbRenumber
- pdbv
: PLMD::colvar::PathMSDBase
, PLMD::colvar::PCARMSD
- pDdStep
: PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
- performCalc()
: PLMD::PlumedMain
- performCalcNoForces()
: PLMD::PlumedMain
- performCalcNoUpdate()
: PLMD::PlumedMain
- performClustering()
: PLMD::clusters::ClusteringBase
, PLMD::clusters::DFSClustering
- performTask()
: PLMD::ActionWithMatrix
, PLMD::ActionWithVector
, PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase
, PLMD::adjmat::Neighbors
, PLMD::adjmat::TorsionsMatrix
, PLMD::colvar::MultiColvarTemplate< T >
, PLMD::colvar::RMSDVector
, PLMD::contour::FindContour
, PLMD::contour::FindContourSurface
, PLMD::contour::FindSphericalContour
, PLMD::crystdistrib::QuaternionBondProductMatrix
, PLMD::crystdistrib::QuaternionProductMatrix
, PLMD::dimred::ProjectPoints
, PLMD::fourier::FourierTransform
, PLMD::function::FunctionOfMatrix< T >
, PLMD::function::FunctionOfVector< T >
, PLMD::gridtools::FindGridOptimum
, PLMD::gridtools::FunctionOfGrid< T >
, PLMD::gridtools::InterpolateGrid
, PLMD::gridtools::KDE
, PLMD::gridtools::ReadGridInSetup
, PLMD::mapping::GeometricPath
, PLMD::matrixtools::MatrixTimesMatrix
, PLMD::matrixtools::MatrixTimesVector
, PLMD::matrixtools::OuterProduct
, PLMD::matrixtools::Voronoi
, PLMD::refdist::MatrixProductDiagonal
, PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
, PLMD::symfunc::ThreeBodyGFunctions
, PLMD::valtools::VStack
, PLMD::volumes::ActionVolume
- period_
: PLMD::fisst::FISST
- periodic
: PLMD::HistogramBead
, PLMD::metatensor::vesin::BoundingBox
, PLMD::refdist::Difference
, PLMD::Value
- periodic_
: PLMD::metatensor::vesin::BoundingBox
, PLMD::ves::BasisFunctions
, PLMD::ves::TD_Grid
- periodicity
: PLMD::HistogramBead
, PLMD::Value
- periods_
: PLMD::ves::TD_VonMises
- perp
: PLMD::volumes::VolumeCavity
, PLMD::volumes::VolumeTetrapore
- perp_dirs
: PLMD::contour::DistanceFromContour
- PesMD()
: PLMD::cltools::PesMD
- pf_n_
: PLMD::bias::PBMetaD
- pfactor
: PLMD::function::Moments
- pfbox
: PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
- pfhold_
: PLMD::bias::PBMetaD
- pForces
: PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
- pfs_
: PLMD::bias::PBMetaD
- pGatindex
: PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
- phases
: PLMD::vatom::Center
- PHE
: PLMD::isdb::CS2Backbone
, PLMD::isdb::SAXS
- PHE_BB
: PLMD::isdb::SAXS
- PHE_SC1
: PLMD::isdb::SAXS
- PHE_SC2
: PLMD::isdb::SAXS
- PHE_SC3
: PLMD::isdb::SAXS
- phivs
: PLMD::logmfd::LogMFD
- physical_time
: PLMD::molfile::molfile_timestep_t
- pid
: PLMD::Subprocess
- pilots
: PLMD::PlumedMain
- PIV()
: PLMD::piv::PIV
- PlaceholderFunction()
: PLMD::lepton::PlaceholderFunction
- Plane()
: PLMD::colvar::Plane
- PlaneShortcut()
: PLMD::multicolvar::PlaneShortcut
- plumed
: PLMD::Action
, PLMD::ActionOptions
, PLMD::ActionSet
, PLMD::FileBase
- Plumed()
: PLMD::generic::Plumed
, PLMD::Plumed
- plumed
: PLMD::PlumedMain::DeprecatedAtoms
- plumed_assert
: PLMD::Exception
- plumed_c2f()
: plumed
- plumed_c2v()
: plumed
- plumed_cmd
: plumed
- plumed_cmd_cxx()
: PLMD::Plumed
- plumed_cmd_nothrow()
: plumed
- plumed_create()
: plumed
- plumed_create_dlopen()
: plumed
- plumed_create_invalid()
: plumed
- plumed_create_reference()
: plumed
- plumed_create_reference_f()
: plumed
- plumed_create_reference_v()
: plumed
- plumed_dbg_assert
: PLMD::Exception
- plumed_dbg_massert
: PLMD::Exception
- plumed_error
: PLMD::Exception
- plumed_error_nested
: PLMD::Exception
- plumed_error_rethrow_cxx()
: PLMD::Plumed
- plumed_f2c()
: plumed
- plumed_finalize()
: plumed
- plumed_gcmd
: plumed
- plumed_gcmd_cxx()
: PLMD::Plumed
- plumed_gcmd_safe()
: plumed
- plumed_gcreate()
: plumed
- plumed_gfinalize()
: plumed
- plumed_ginitialized()
: plumed
- plumed_global()
: plumed
- plumed_gvalid()
: plumed
- plumed_here
: PLMD::Exception
- plumed_installed()
: plumed
- plumed_massert
: PLMD::Exception
- plumed_merror
: PLMD::Exception
- PLUMED_REGISTER_ACTION
: PLMD::ActionRegister
- PLUMED_REGISTER_CLTOOL
: PLMD::CLToolRegister
- plumed_use_count()
: plumed
- plumed_v2c()
: plumed
- plumed_valid()
: plumed
- plumedDat
: PLMD::PlumedMain
- PlumedHandle()
: PLMD::PlumedHandle
- plumedHasMPI()
: PLMD::Communicator
- PlumedMain
: PLMD::ActionForInterface
, PLMD::ActionToPutData
, PLMD::DataPassingTools
- plumedMain
: PLMD::GREX
- PlumedMain()
: PLMD::PlumedMain
- plumedQuantityToMD()
: PLMD::PlumedMain
- pNLocalAtoms
: PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
- pntrToECVsClass_
: PLMD::opes::OPESexpanded
- pointer
: PLMD::Communicator::ConstData
, PLMD::Communicator::Data
, PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
, PLMD::gch::small_vector_iterator< Pointer, DifferenceType >
- Pointers
: PLMD::ActionRegister
, PLMD::CLToolRegister
- points
: PLMD::function::Piecewise
, PLMD::funnel::FUNNEL_PS
- pointwise
: PLMD::dimred::ArrangePoints
- pop_back()
: PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
- popDLRegistration()
: PLMD::Register
- pos
: PLMD::molfile::md_atom
, PLMD::molfile::md_ts
, PLMD::volumes::VolumeInEnvelope
- pos1
: PLMD::contour::DistanceFromContour
- pos2
: PLMD::contour::DistanceFromContour
- Position()
: PLMD::colvar::Position
- position
: PLMD::isdb::CS2Backbone::RingInfo
- position_linear_proj()
: PLMD::sizeshape::position_linear_proj
- position_maha_dist()
: PLMD::sizeshape::position_maha_dist
- positions
: PLMD::ActionAtomistic
, PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
, PLMD::generic::Plumed
, PLMD::PDB
, PLMD::RMSDCoreData
- positions_center
: PLMD::RMSD
- positions_center_is_calculated
: PLMD::RMSD
- positions_center_is_removed
: PLMD::RMSD
- positionsToBeReceived
: PLMD::DomainDecomposition::DomainComms
- positionsToBeSent
: PLMD::DomainDecomposition::DomainComms
- posx
: PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
- posy
: PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
- posz
: PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
- potential_expansion_pntr
: PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
- power
: PLMD::function::Ensemble
- Power()
: PLMD::lepton::Operation
- POWER
: PLMD::lepton::Operation
- POWER_CONSTANT
: PLMD::lepton::Operation
- PowerConstant()
: PLMD::lepton::Operation
- powers
: PLMD::function::Combine
, PLMD::function::Moments
- POXYGENS
: PLMD::membranefusion::fusionPoreExpansionP
, PLMD::membranefusion::fusionPoreNucleationP
- pPositions
: PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
- PRE()
: PLMD::isdb::PRE
- pre_fact_
: PLMD::isdb::EMMI
- prec
: PLMD::molfile::md_file
, PLMD::sizeshape::position_linear_proj
, PLMD::sizeshape::position_maha_dist
- prec_f_name
: PLMD::sizeshape::position_linear_proj
, PLMD::sizeshape::position_maha_dist
- precalculateConstantSubexpressions()
: PLMD::lepton::ParsedExpression
- preDfunc
: PLMD::switchContainers::rational< isFast, nis2m >
- preDfuncF
: PLMD::switchContainers::rational< isFast, nis2m >
- preevaluateVariables()
: PLMD::lepton::ParsedExpression
- prefactor
: PLMD::function::Sum
- prefactor_a_
: PLMD::s2cm::S2ContactModel
- prepare()
: PLMD::Action
, PLMD::ActionWithVector
, PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase
, PLMD::colvar::CoordinationBase
, PLMD::dimred::ArrangePoints
, PLMD::dimred::ProjectPoints
, PLMD::function::FuncPathGeneral
, PLMD::function::FuncPathMSD
, PLMD::function::FunctionOfMatrix< T >
, PLMD::function::FunctionOfVector< T >
, PLMD::generic::CreateMask
, PLMD::generic::DumpMassCharge
, PLMD::generic::Plumed
, PLMD::generic::Print
, PLMD::generic::Read
, PLMD::generic::UpdateIf
, PLMD::GenericMolInfo
, PLMD::isdb::EMMI
, PLMD::landmarks::FarthestPointSampling
, PLMD::matrixtools::DiagonalizeMatrix
, PLMD::matrixtools::MatrixTimesMatrix
, PLMD::matrixtools::MatrixTimesVector
, PLMD::matrixtools::OuterProduct
, PLMD::matrixtools::TransposeMatrix
, PLMD::matrixtools::Voronoi
, PLMD::maze::Optimizer
, PLMD::s2cm::S2ContactModel
, PLMD::valtools::SelectWithMask
, PLMD::valtools::VStack
- prepareCalc()
: PLMD::PlumedMain
- prepareDependencies()
: PLMD::PlumedMain
- preRes
: PLMD::switchContainers::rational< isFast, nis2m >
- pres0_
: PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
- pres_
: PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
- pres_low_
: PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
- pres_size
: PLMD::molfile::trx_hdr
, PLMD::xdrfile::t_trnheader
- preSecDev
: PLMD::switchContainers::rational< isFast, nis2m >
- preSecDevF
: PLMD::switchContainers::rational< isFast, nis2m >
- press_
: PLMD::bias::ReweightTemperaturePressure
, PLMD::ves::TD_MultithermalMultibaric
- pretty
: PLMD::Exception::Location
- prev_exp_alpha_
: PLMD::ves::VesDeltaF
- prev_pos
: PLMD::piv::PIV::SharedData
- prev_stp
: PLMD::piv::PIV::SharedData
- previous_fields
: PLMD::OFile
- Print()
: PLMD::generic::Print
- print()
: PLMD::Keywords
, PLMD::PDB
, PLMD::Value
- print_bias()
: PLMD::isdb::Rescale
- print_charges
: PLMD::generic::DumpMassCharge
- print_debug_info_
: PLMD::ves::BasisFunctions
- print_html()
: PLMD::Keywords
- print_html_item()
: PLMD::Keywords
- print_masses
: PLMD::generic::DumpMassCharge
- print_spelling()
: PLMD::Keywords
- print_status()
: PLMD::isdb::EMMI
, PLMD::maze::Memetic
- print_stride_
: PLMD::opes::OPESexpanded
, PLMD::ves::VesDeltaF
- print_template()
: PLMD::Keywords
- print_vim()
: PLMD::Keywords
- printArgumentConnections()
: PLMD::cltools::ShowGraph
- printAtom()
: PLMD::generic::DumpPDB
- printAtomConnections()
: PLMD::cltools::ShowGraph
- printDeltaF()
: PLMD::opes::OPESexpanded
- printExampleInput()
: PLMD::cltools::GenExample
- printf()
: PLMD::OFile
- printField()
: PLMD::OFile
- printFirstStep
: PLMD::bias::MaxEnt
- printHyperlink()
: PLMD::cltools::GenJson
- printInfo()
: PLMD::ves::BasisFunctions
- printLambda()
: PLMD::mapping::PathTools
- printManual()
: PLMD::ActionRegister
, PLMD::CLToolRegister
- PrintNDX()
: PLMD::generic::PrintNDX
- printStride
: PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
- printStyle()
: PLMD::cltools::ShowGraph
- printTemplate()
: PLMD::ActionRegister
- prior_
: PLMD::isdb::EMMI
- PRO
: PLMD::isdb::CS2Backbone
, PLMD::isdb::CS2BackboneDB
, PLMD::isdb::SAXS
- PRO_BB
: PLMD::isdb::SAXS
- PRO_SC1
: PLMD::isdb::SAXS
- prob_
: PLMD::ves::VesDeltaF
- probability_decreaser_
: PLMD::maze::Simulated_Annealing
- ProbWeight()
: PLMD::ProbWeight
- Prod()
: PLMD::Communicator
- Product()
: PLMD::function::Product
- proj
: PLMD::function::FuncSumHills
, PLMD::sizeshape::position_linear_proj
- project()
: PLMD::Grid
- projectInnerLoop()
: PLMD::BiasWeight
, PLMD::ProbWeight
, PLMD::ves::FesWeight
, PLMD::ves::MarginalWeight
, PLMD::WeightBase
- projection()
: PLMD::Value
- projection_args_
: PLMD::ves::VesBias
- ProjectionOnAxis()
: PLMD::colvar::ProjectionOnAxis
- projectOnLowDimension()
: PLMD::Grid
- projectOuterLoop()
: PLMD::BiasWeight
, PLMD::ProbWeight
, PLMD::ves::FesWeight
, PLMD::ves::MarginalWeight
, PLMD::WeightBase
- ProjectPoints()
: PLMD::dimred::ProjectPoints
- property
: PLMD::colvar::PathMSDBase::ImagePath
- PropertyMap()
: PLMD::colvar::PropertyMap
- proposeMove()
: PLMD::isdb::Rescale
- pruneShortcuts()
: PLMD::multicolvar::CoordAngles
- pseudo_virial_
: PLMD::eds::EDS
- pseudo_virial_sum_
: PLMD::eds::EDS
- pseudoInvert
: PLMD::Matrix< T >
- pt
: PLMD::F1dim< FCLASS >
- ptr
: PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >
, PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
, PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT >
, PLMD::GridBase::AcceleratorHandler
, PLMD::lepton::AsmJitRuntimePtr
, PLMD::PlumedMain::plumed_error_handler
, PLMD::RegisterBase< Content >::ID
, PLMD::TypesafePtr
, plumed_error_filesystem_path
, plumed_nothrow_handler
, plumed_nothrow_handler_x
, plumed_safeptr
, plumed_safeptr_x
- ptr_
: PLMD::mdMemoryView< N, STRIDE >
, PLMD::MemoryView< N >
- ptr_cast()
: PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
- Puckering()
: PLMD::colvar::Puckering
- pulling_
: PLMD::maze::Steered_MD
- push_back()
: PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
, PLMD::Value
- pushDLRegistration()
: PLMD::Register
- pushKernel()
: PLMD::BiasRepresentation
- putCoordinateAtValue()
: PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject
- putIndexInActiveArray()
: PLMD::MultiValue
- pval
: PLMD::contour::DistanceFromContourBase
- pythonCmd
: PLMD::GenericMolInfo