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• PairEntropies() : PLMD::gridtools::PairEntropies
• PairEntropy() : PLMD::gridtools::PairEntropy
• pairing() : PLMD::colvar::Coordination , PLMD::colvar::CoordinationBase , PLMD::colvar::DHEnergy , PLMD::colvar::GHBFIX , PLMD::maze::Loss , PLMD::maze::Optimizer
• PAMM() : PLMD::pamm::PAMM
• ParabetaRMSD() : PLMD::secondarystructure::ParabetaRMSD
• PARS_DA() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• parse() : PLMD::Action , PLMD::CLTool , PLMD::function::FunctionTemplateBase , PLMD::isdb::CS2BackboneDB , PLMD::lepton::Parser , PLMD::Tools
• parseArgumentList() : PLMD::ActionWithArguments
• parseAtomList() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::colvar::Angle , PLMD::colvar::DihedralCorrelation , PLMD::colvar::Dipole , PLMD::colvar::Distance , PLMD::colvar::Plane , PLMD::colvar::Position , PLMD::colvar::SelectMassCharge , PLMD::colvar::Torsion , PLMD::crystdistrib::Quaternion , PLMD::multicolvar::MultiColvarShortcuts
• ParsedExpression() : PLMD::lepton::ParsedExpression
• parseFilenames() : PLMD::ves::Optimizer
• parseFlag() : PLMD::Action , PLMD::CLTool , PLMD::function::FunctionTemplateBase , PLMD::Tools
• parseMultipleValues() : PLMD::ves::Optimizer , PLMD::ves::VesBias
• parseNumbered() : PLMD::Action
• parseNumberedVector() : PLMD::Action
• parseOnlyMode() : PLMD::PlumedMain
• parsePrecedence() : PLMD::lepton::Parser
• ParseToken() : PLMD::lepton::ParseToken
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• passGradients() : PLMD::Value
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• PathMSDBase() : PLMD::colvar::PathMSDBase
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• Pbc() : PLMD::Pbc
• pbc() : PLMD::Tools
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• plumedQuantityToMD() : PLMD::PlumedMain
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• popDLRegistration() : PLMD::Register
• Position() : PLMD::colvar::Position
• position_linear_proj() : PLMD::sizeshape::position_linear_proj
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• Power() : PLMD::lepton::Operation
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• preevaluateVariables() : PLMD::lepton::ParsedExpression
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• prepareCalc() : PLMD::PlumedMain
• prepareDependencies() : PLMD::PlumedMain
• Print() : PLMD::generic::Print
• print() : PLMD::Keywords , PLMD::PDB , PLMD::Value
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• print_template() : PLMD::Keywords
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• printAtom() : PLMD::generic::DumpPDB
• printAtomConnections() : PLMD::cltools::ShowGraph
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• printManual() : PLMD::ActionRegister , PLMD::CLToolRegister
• PrintNDX() : PLMD::generic::PrintNDX
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• projectOuterLoop() : PLMD::BiasWeight , PLMD::ProbWeight , PLMD::ves::FesWeight , PLMD::ves::MarginalWeight , PLMD::WeightBase
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• PropertyMap() : PLMD::colvar::PropertyMap
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• Puckering() : PLMD::colvar::Puckering
• push_back() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator > , PLMD::Value
• pushDLRegistration() : PLMD::Register
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