- g -

• gatherAccumulators() : PLMD::ActionWithVector
• gatherForces() : PLMD::ActionWithVector
• gatherForcesOnStoredValue() : PLMD::ActionWithMatrix , PLMD::ActionWithVector , PLMD::colvar::RMSDVector , PLMD::gridtools::InterpolateGrid , PLMD::gridtools::KDE
• gatherProcesses() : PLMD::ActionWithMatrix , PLMD::ActionWithVector
• GatherReplicas() : PLMD::generic::GatherReplicas
• gatherStoredValue() : PLMD::ActionWithMatrix , PLMD::ActionWithVector , PLMD::colvar::RMSDVector , PLMD::contour::FindContourSurface , PLMD::contour::FindSphericalContour , PLMD::gridtools::FunctionOfGrid< T > , PLMD::gridtools::InterpolateGrid , PLMD::gridtools::KDE , PLMD::matrixtools::Voronoi
• gatherThreads() : PLMD::ActionWithMatrix , PLMD::ActionWithVector
• Gaussian() : PLMD::bias::MetaD::Gaussian , PLMD::bias::PBMetaD::Gaussian , PLMD::Random
• Gaussian2D() : PLMD::ves::TD_Gaussian
• GaussianDiagonal() : PLMD::ves::TD_Gaussian
• gaussianSwitch() : PLMD::switchContainers::gaussianSwitch
• GaussianSwitchingFunc() : PLMD::ves::TD_Multicanonical , PLMD::ves::TD_MultithermalMultibaric , PLMD::ves::TD_Uniform
• gcmd() : PLMD::Plumed
• gcreate() : PLMD::Plumed
• generateBins() : PLMD::HistogramBead
• generateJitCode() : PLMD::lepton::CompiledExpression
• GenericMolInfo() : PLMD::GenericMolInfo
• GenExample() : PLMD::cltools::GenExample
• GenJson() : PLMD::cltools::GenJson
• GenTemplate() : PLMD::cltools::GenTemplate
• GeometricPath() : PLMD::mapping::GeometricPath
• GeometricPathShortcut() : PLMD::mapping::GeometricPathShortcut
• get() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >::stack_temporary , PLMD::Keywords , PLMD::lepton::AsmJitRuntimePtr , PLMD::MultiValue , PLMD::OpenMP::OpenMPVars , PLMD::RegisterBase< Content > , PLMD::TypesafePtr , PLMD::Value
• get_allocator() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• get_annealing() : PLMD::isdb::EMMI
• get_capacity() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity > , PLMD::maze::Memetic
• get_cauchy_mean() : PLMD::maze::Memetic
• get_cauchy_spread() : PLMD::maze::Memetic
• get_cell() : PLMD::metatensor::vesin::cpu::CellList
• get_coding_len() : PLMD::maze::Memetic
• Get_comm() : PLMD::Communicator
• Get_count() : PLMD::Communicator::Status
• get_d0() : PLMD::switchContainers::baseSwitch , PLMD::SwitchingFunction
• get_dmax() : PLMD::switchContainers::baseSwitch , PLMD::SwitchingFunction
• get_dmax2() : PLMD::switchContainers::baseSwitch , PLMD::SwitchingFunction
• get_exp_overlap() : PLMD::isdb::EMMI
• get_GMM_d() : PLMD::isdb::EMMI
• get_GMM_m() : PLMD::isdb::EMMI
• get_index() : PLMD::ves::VesDeltaF
• get_inline_capacity() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• get_inline_ptr() : PLMD::gch::detail::inline_storage< T, InlineCapacity > , PLMD::gch::detail::inline_storage< T, 0 >
• get_label() : PLMD::maze::Optimizer
• get_labels_actions() : PLMD::maze::tls
• get_local_search_rate() : PLMD::maze::Memetic
• get_local_search_type() : PLMD::maze::Memetic
• get_mating_rate() : PLMD::maze::Memetic
• get_max_size() : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >
• get_median() : PLMD::isdb::EMMI
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• get_n_global_iterations() : PLMD::maze::Memetic
• get_n_iterations() : PLMD::maze::Optimizer
• get_n_local_iterations() : PLMD::maze::Memetic
• get_n_threads_openmp() : PLMD::maze::Optimizer
• get_nl_cutofff() : PLMD::maze::Optimizer
• get_nl_stride() : PLMD::maze::Optimizer
• get_numXtraDists() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• get_opt() : PLMD::maze::Optimizer
• get_opt_value() : PLMD::maze::Optimizer
• get_optimizer_stride() : PLMD::maze::Optimizer
• get_overlap() : PLMD::isdb::EMMI
• get_pointer() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >::stack_temporary , PLMD::gch::small_vector_iterator< Pointer, DifferenceType >
• get_pointer_label() : PLMD::maze::tls
• get_pointers_labels() : PLMD::maze::tls
• get_prefactor_inverse() : PLMD::isdb::EMMI
• get_priv() : PLMD::TypesafePtr
• get_r0() : PLMD::switchContainers::baseSwitch , PLMD::SwitchingFunction , PLMD::ves::FermiSwitchingFunction
• get_rank() : PLMD::ActionToGetData
• Get_rank() : PLMD::Communicator
• get_rank_openmp() : PLMD::maze::Optimizer
• get_safeptr() : PLMD::Plumed::SafePtr
• get_sampling_radius() : PLMD::maze::Optimizer
• get_self_overlap() : PLMD::isdb::EMMI
• get_shape() : PLMD::ActionToGetData
• get_sigma_mean() : PLMD::isdb::Caliber , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• Get_size() : PLMD::Communicator
• get_size() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• get_stride_openmp() : PLMD::maze::Optimizer
• get_value() : PLMD::drr::UIestimator::n_matrix , PLMD::drr::UIestimator::n_vector< T >
• get_weights() : PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getAbsoluteIndex() : PLMD::ActionAtomistic
• getAbsoluteIndexes() : PLMD::ActionAtomistic
• getActionNames() : PLMD::ActionRegister
• getActionSet() : PLMD::PlumedMain
• getActionWithDerivatives() : PLMD::ActionWithVector
• getActiveIndex() : PLMD::MultiValue
• getAdditionalTasksRequired() : PLMD::ActionWithVector , PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase , PLMD::matrixtools::MatrixTimesMatrix
• getAdjacentIndices() : PLMD::ves::GridLinearInterpolation
• getAdjacentPoints() : PLMD::ves::GridLinearInterpolation
• getAlign() : PLMD::RMSD
• getAlignedPositionsToReference() : PLMD::RMSDCoreData
• getAlignedReferenceToPositions() : PLMD::RMSDCoreData
• getAllActionLabelsInChain() : PLMD::ActionWithVector
• getAllActionLabelsInMatrixChain() : PLMD::ActionWithMatrix , PLMD::ActionWithVector
• getAllActiveAtoms() : PLMD::DomainDecomposition
• getAllCoeffsDescriptions() : PLMD::ves::CoeffsBase
• getAllDimensionLabels() : PLMD::ves::CoeffsBase
• getAllValues() : PLMD::ves::BasisFunctions , PLMD::ves::BF_Chebyshev , PLMD::ves::BF_Combined , PLMD::ves::BF_Cosine , PLMD::ves::BF_CubicBsplines , PLMD::ves::BF_Custom , PLMD::ves::BF_Fourier , PLMD::ves::BF_Gaussians , PLMD::ves::BF_Legendre , PLMD::ves::BF_Powers , PLMD::ves::BF_Sine , PLMD::ves::BF_Wavelets
• getAllValuesNumericalDerivs() : PLMD::ves::BasisFunctions
• getArgNames() : PLMD::GridBase
• getArgsForStack() : PLMD::symfunc::LocalSteinhardt
• getArgStart() : PLMD::function::FunctionTemplateBase , PLMD::gridtools::EvaluateGridFunction
• getArgument() : PLMD::ActionWithArguments , PLMD::function::Function
• getArgumentElement() : PLMD::ActionWithMatrix
• getArgumentNames() : PLMD::PDB
• getArguments() : PLMD::ActionWithArguments
• getArgumentsToCheck() : PLMD::function::Custom , PLMD::function::FunctionTemplateBase
• getArgumentType() : PLMD::Keywords
• getArgumentValue() : PLMD::PDB
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• getAtomName() : PLMD::GenericMolInfo , PLMD::PDB
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• getAtomsInChain() : PLMD::PDB
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• getAtomVector() : PLMD::MultiValue
• getAuxCoeffsPntrs() : PLMD::ves::Optimizer
• getAverDecay() : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• getBackbone() : PLMD::GenericMolInfo
• getBackboneForResidue() : PLMD::MolDataClass
• getBasisFunctionLabel() : PLMD::ves::BasisFunctions
• getBasisFunctionLabels() : PLMD::ves::BasisFunctions
• getBasisSetConstant() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• getBasisSetValue() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• getBasisSetValues() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• getBeta() : PLMD::PDB , PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion , PLMD::ves::TargetDistribution , PLMD::ves::VesBias
• getBias() : PLMD::bias::MetaD , PLMD::PlumedMain , PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• getBiasAndDerivatives() : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD
• getBiasAndForces() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• getBiasCutoffSwitchingFunction() : PLMD::ves::VesBias
• getBiasCutoffValue() : PLMD::ves::VesBias
• getBiasFileFmt() : PLMD::ves::VesBias
• getBiasGridPntr() : PLMD::ves::TargetDistribution
• getBiasOutputFilename() : PLMD::ves::VesBias
• getBiasOutputStride() : PLMD::ves::Optimizer
• getBiasPntrs() : PLMD::ves::Optimizer
• getBiasWithoutCutoffGridPntr() : PLMD::ves::TargetDistribution
• getbigb() : PLMD::HistogramBead
• getBinVolume() : PLMD::GridBase
• getBox() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::Pbc
• getBoxAng() : PLMD::PDB
• getBoxAxs() : PLMD::PDB
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• getBoxVec() : PLMD::PDB
• getCalcData() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getCellVolume() : PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject
• getCenter() : PLMD::KernelFunctions
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• getCenteredReference() : PLMD::RMSDCoreData
• getChainID() : PLMD::GenericMolInfo , PLMD::PDB
• getChainNames() : PLMD::PDB
• getCharge() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::Units
• getChargeString() : PLMD::Units
• getChildren() : PLMD::lepton::ExpressionTreeNode
• getClosePair() : PLMD::NeighborList
• getClosePairAtomNumber() : PLMD::NeighborList
• getCoeffDescription() : PLMD::ves::CoeffsBase
• getCoeffsIndex() : PLMD::ves::VesBias
• getCoeffsIndices() : PLMD::ves::VesBias
• getCoeffsInfoFromFile() : PLMD::ves::CoeffsBase
• getCoeffsMaskPntrs() : PLMD::ves::Optimizer
• getCoeffsPntr() : PLMD::ves::VesBias
• getCoeffsPntrs() : PLMD::ves::Optimizer , PLMD::ves::VesBias
• getCoeffsSetFilenameSuffix() : PLMD::ves::VesBias
• getCoeffsSetLabelString() : PLMD::ves::VesBias
• getCol() : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• getCommunicator() : PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• getComponent() : PLMD::ActionWithValue
• getComponentsList() : PLMD::ActionWithValue
• getComponentsPerLabel() : PLMD::function::FunctionTemplateBase , PLMD::function::Moments , PLMD::function::Sort , PLMD::symfunc::SphericalHarmonic
• getComponentsVector() : PLMD::ActionWithValue
• getConstantValue() : PLMD::lepton::ParsedExpression
• getConstFirstAtomDerivativeVector() : PLMD::MultiValue
• getConstPntrToComponent() : PLMD::ActionWithValue
• getContinuousSupport() : PLMD::KernelFunctions
• getCPT() : PLMD::Action , PLMD::PlumedMain
• getCString() : PLMD::TypesafePtr
• getCurrentBiasMaxValue() : PLMD::ves::VesBias
• getCurrentBiasOutputFilename() : PLMD::ves::VesBias
• getCurrentFesOutputFilename() : PLMD::ves::VesBias
• getCurrentOutputFilename() : PLMD::ves::VesBias
• getCurrentStepSize() : PLMD::ves::Optimizer
• getCurrentStepSizes() : PLMD::ves::Optimizer
• getCurrentTargetDistOutputFilename() : PLMD::ves::VesBias
• getCutoff() : PLMD::HistogramBead , PLMD::KernelFunctions , PLMD::LinkCells
• getCutoffPoints() : PLMD::ves::BF_Wavelets
• getDataAsVector() : PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• getDataLabel() : PLMD::ves::CoeffsBase
• getDDistanceDPositions() : PLMD::RMSDCoreData
• getDDistanceDReference() : PLMD::RMSDCoreData
• getDDistanceDReferenceSOMA() : PLMD::RMSDCoreData
• getDdStep() : PLMD::DomainDecomposition
• getDefaultString() : PLMD::Action
• getDefaultValue() : PLMD::Keywords
• getDependencies() : PLMD::Action
• getDerivative() : PLMD::MultiValue , PLMD::Value
• getDerivativeZeroIfValueIsZero() : PLMD::function::Between , PLMD::function::Custom , PLMD::function::FunctionTemplateBase , PLMD::function::LessThan , PLMD::function::MoreThan
• getDerivOrder() : PLMD::lepton::Operation
• getDescription() : PLMD::ves::BasisFunctions , PLMD::ves::Optimizer
• getDifferenceFromContour() : PLMD::contour::ContourFindingBase , PLMD::contour::DistanceFromContourBase , PLMD::Grid
• getDimension() : PLMD::Accelerator< dimension_ > , PLMD::GridBase::AcceleratorBase , PLMD::GridBase , PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject , PLMD::ves::TargetDistribution
• getDimensionLabel() : PLMD::ves::CoeffsBase
• getDisplace() : PLMD::RMSD
• getDisplaceVector() : PLMD::mapping::PathProjectionCalculator
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• getDomain() : PLMD::Value
• getDoScore() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getDRotationDPositions() : PLMD::RMSDCoreData
• getDRotationDReference() : PLMD::RMSDCoreData
• getDRotationDRr01() : PLMD::RMSDCoreData
• getDx() : PLMD::GridBase
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• getElementOfMatrixArgument() : PLMD::ActionWithMatrix
• getEndPlumed() : PLMD::PlumedMain
• getEnergy() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::PlumedMain::DeprecatedAtoms , PLMD::Units
• getEnergyForceGJ() : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getEnergyForceGJE() : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getEnergyForceMIGEN() : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getEnergyForceSP() : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getEnergyForceSPE() : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getEnergyGJ() : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getEnergyGJE() : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getEnergyMIGEN() : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getEnergySP() : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getEnergySPE() : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getEnergyString() : PLMD::Units
• getEng() : PLMD::F1dim< FCLASS >
• getExchangePatterns() : PLMD::PlumedMain
• getExchangeStep() : PLMD::Action , PLMD::PlumedMain
• getExpansion() : PLMD::opes::OPESexpanded
• getFesFileFmt() : PLMD::ves::VesBias
• getFesGridPntr() : PLMD::ves::TargetDistribution
• getFesOutputFilename() : PLMD::ves::VesBias
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• getFesProjOutputStride() : PLMD::ves::Optimizer
• getFibonacciCoordinates() : PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject
• getFibonacciIndex() : PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject
• getFILE() : PLMD::FileBase
• getFile() : PLMD::generic::Read
• getFilename() : PLMD::generic::Read
• getFilterCoefficients() : PLMD::ves::WaveletGrid
• getFirstActionInChain() : PLMD::ActionWithVector
• getFirstAtomDerivativeVector() : PLMD::MultiValue
• getFirstAtomVector() : PLMD::MultiValue
• getFirstAtomVirialVector() : PLMD::MultiValue
• getFirstMatrixInChain() : PLMD::ActionWithMatrix
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• getFlags() : PLMD::TypesafePtr
• getFlatGridCoordinates() : PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject
• getForce() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::Colvar , PLMD::Value
• getForceOnMatrixElement() : PLMD::clusters::ClusteringBase , PLMD::landmarks::FarthestPointSampling , PLMD::matrixtools::DiagonalizeMatrix , PLMD::matrixtools::InvertMatrix , PLMD::matrixtools::MatrixOperationBase , PLMD::matrixtools::TransposeMatrix
• getForcesToApply() : PLMD::ActionWithValue
• getForceTasks() : PLMD::ActionWithVector
• getFullAtomList() : PLMD::NeighborList
• getFullList() : PLMD::DomainDecomposition
• getFullPath() : PLMD::RegisterBase< Content >
• getFunctionOperation() : PLMD::lepton::Parser
• getGatindex() : PLMD::DomainDecomposition
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• getGpuDeviceId() : PLMD::PlumedMain
• getGradient() : PLMD::ActionAtomistic
• getGradientPntr() : PLMD::ves::VesBias
• getGradientPntrs() : PLMD::ves::Optimizer , PLMD::ves::VesBias
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• getGridBins() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion , PLMD::ves::VesBias
• getGridCoordinateNames() : PLMD::contour::FindContour , PLMD::contour::FindContourSurface , PLMD::contour::FindSphericalContour , PLMD::fourier::FourierTransform , PLMD::gridtools::ActionWithGrid , PLMD::gridtools::FindGridOptimum , PLMD::gridtools::FunctionOfGrid< T > , PLMD::gridtools::InterpolateGrid , PLMD::gridtools::KDE , PLMD::gridtools::ReadGridInSetup
• getGridCoordinatesObject() : PLMD::contour::FindContour , PLMD::contour::FindContourSurface , PLMD::contour::FindSphericalContour , PLMD::fourier::FourierTransform , PLMD::gridtools::ActionWithGrid , PLMD::gridtools::FindGridOptimum , PLMD::gridtools::FunctionOfGrid< T > , PLMD::gridtools::InterpolateGrid , PLMD::gridtools::KDE , PLMD::gridtools::ReadGridInSetup
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• getGridType() : PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject
• getGridValueAndDerivativesWithLinearInterpolation() : PLMD::ves::GridLinearInterpolation
• getGridValueAndDerivativesWithLinearInterpolation_1D() : PLMD::ves::GridLinearInterpolation
• getGridValueAndDerivativesWithLinearInterpolation_ND() : PLMD::ves::GridLinearInterpolation
• getGridValueWithLinearInterpolation() : PLMD::ves::GridLinearInterpolation
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• getGridValueWithLinearInterpolation_ND() : PLMD::ves::GridLinearInterpolation
• getGroupAtoms() : PLMD::Group
• getHandles() : PLMD::DLLoader
• getHeight() : PLMD::bias::MetaD
• getHelpString() : PLMD::Keywords
• getHessianIndex() : PLMD::ves::VesBias
• getHessianPntr() : PLMD::ves::VesBias
• getHessianPntrs() : PLMD::ves::Optimizer , PLMD::ves::VesBias
• getId() : PLMD::lepton::Operation
• getIndex() : PLMD::Accelerator< dimension_ > , PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::GridBase::AcceleratorBase , PLMD::GridBase , PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject , PLMD::ves::CoeffsBase
• getIndex_k() : PLMD::opes::ECVcustom , PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric , PLMD::opes::ExpansionCVs
• getIndexInStore() : PLMD::Value
• getIndexPair() : PLMD::NeighborList
• getIndices() : PLMD::Accelerator< dimension_ > , PLMD::GridBase::AcceleratorBase , PLMD::GridBase , PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject , PLMD::MultiValue , PLMD::ves::CoeffsBase
• getInputActionWithGrid() : PLMD::gridtools::ActionWithGrid
• getInputData() : PLMD::CLTool
• getInputGridObject() : PLMD::contour::ContourFindingBase
• getIntegrationWeights() : PLMD::ves::GridIntegrationWeights
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• getIterationCounterAndTimeFromFile() : PLMD::ves::CoeffsBase
• getIterationCounterDbl() : PLMD::ves::Optimizer
• getIterationCounterStr() : PLMD::ves::Optimizer
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• getkBT() : PLMD::Action
• getKbT() : PLMD::opes::ExpansionCVs , PLMD::PlumedMain::DeprecatedAtoms , PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion , PLMD::ves::VesBias
• getKernelType() : PLMD::volumes::ActionVolume
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• getKeys() : PLMD::CLToolRegister , PLMD::Keywords , PLMD::Register , PLMD::RegisterBase< Content >
• getKeysWithDLHandle() : PLMD::Register
• getKeyword() : PLMD::Action , PLMD::Keywords
• getKeywordDescription() : PLMD::Keywords
• getKeywordDocs() : PLMD::Keywords
• getKeywordList() : PLMD::ves::BasisFunctions
• getKeywords() : PLMD::ActionRegister
• getKeywordsForAction() : PLMD::PlumedMain
• getKeywordString() : PLMD::ves::BasisFunctions
• getL1Norm() : PLMD::ves::CoeffsVector
• getL2Norm() : PLMD::ves::CoeffsVector
• getLabel() : PLMD::Action , PLMD::cltools::ShowGraph , PLMD::ves::CoeffsBase
• getLabelList() : PLMD::ActionSet
• getLabelsOfAvailableActions() : PLMD::ves::VesTools
• getLabelVector() : PLMD::ActionSet
• getLambdas() : PLMD::opes::ECVcustom , PLMD::opes::ECVlinear , PLMD::opes::ECVmultiThermal , PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric , PLMD::opes::ECVumbrellasFile , PLMD::opes::ECVumbrellasLine , PLMD::opes::ExpansionCVs
• getLastCycle() : PLMD::Stopwatch , PLMD::Stopwatch::Watch
• getLastUpdate() : PLMD::NeighborList
• getLength() : PLMD::Units
• getLengthString() : PLMD::Units
• getline() : PLMD::IFile , PLMD::Subprocess , PLMD::Tools
• getList() : PLMD::ExchangePatterns
• getListOfActiveTasks() : PLMD::ActionWithVector
• getLocalValues() : PLMD::ActionToPutData
• getLog() : PLMD::PlumedMain
• getLogicalDefault() : PLMD::Keywords
• getLogTargetDistGridPntr() : PLMD::ves::TargetDistribution
• getLogWeight() : PLMD::bias::ReweightBase , PLMD::bias::ReweightBias , PLMD::bias::ReweightMetad , PLMD::bias::ReweightTemperaturePressure
• getlowb() : PLMD::HistogramBead
• getLpNorm() : PLMD::ves::CoeffsVector
• getMarginal() : PLMD::ves::TargetDistribution
• getMarginalDistributionGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• getMartiniFFparam() : PLMD::isdb::SAXS
• getMass() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::Units
• getMassString() : PLMD::Units
• getMatrix() : PLMD::FlexibleBin , PLMD::KernelFunctions
• getMatrixBookeeping() : PLMD::MultiValue
• getMatrixBookeepingStart() : PLMD::Value
• getMatrixColumnTitles() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::valtools::SelectWithMask , PLMD::valtools::VStack
• getMatrixFromDRot() : PLMD::RMSD
• getMatrixIndex() : PLMD::ves::CoeffsMatrix
• getMatrixRowDerivativeIndices() : PLMD::MultiValue
• getMax() : PLMD::GridBase , PLMD::gridtools::EvaluateGridFunction , PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject
• getMaxAbsValue() : PLMD::ves::CoeffsVector
• getMaxInCell() : PLMD::LinkCells
• getMaxMinusMin() : PLMD::Value
• getMaxSize() : PLMD::SparseGrid
• getMaxValue() : PLMD::Grid , PLMD::GridBase , PLMD::SparseGrid , PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• getMergeableKernel() : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• getMetaDer() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getMethod() : PLMD::RMSD
• getMin() : PLMD::GridBase , PLMD::gridtools::EvaluateGridFunction , PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject
• getMinAbsValue() : PLMD::ves::CoeffsVector
• getMinimumValue() : PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• getMinMaxBin() : PLMD::BiasRepresentation , PLMD::function::FilesHandler
• getMinValue() : PLMD::Grid , PLMD::GridBase , PLMD::SparseGrid , PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• getMissingKey() : PLMD::ExceptionRegisterError
• getMode() : PLMD::FileBase
• getModeAndSetupValues() : PLMD::colvar::Angle , PLMD::colvar::DihedralCorrelation , PLMD::colvar::Dipole , PLMD::colvar::Distance , PLMD::colvar::Plane , PLMD::colvar::Position , PLMD::colvar::SelectMassCharge , PLMD::colvar::Torsion , PLMD::crystdistrib::Quaternion
• getModifedTargetDistValue() : PLMD::ves::TargetDistModifer , PLMD::ves::WellTemperedModifer
• getMomentumSymbol() : PLMD::symfunc::LocalAverage
• getMPIType() : PLMD::Communicator
• getMtype() : PLMD::PDB
• getMultipleValue() : PLMD::ves::BasisFunctions
• getName() : PLMD::Action , PLMD::BiasRepresentation , PLMD::lepton::Operation , PLMD::Value
• getNamedAtomFromResidue() : PLMD::PDB
• getNamedAtomFromResidueAndChain() : PLMD::PDB
• getNames() : PLMD::BiasRepresentation
• getNarg() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getNatoms() : PLMD::PlumedMain::DeprecatedAtoms
• getNbin() : PLMD::GridBase , PLMD::gridtools::EvaluateGridFunction , PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject
• getNearestNeighbors() : PLMD::GridBase
• getNeededKeywords() : PLMD::Keywords
• getNeighbors() : PLMD::Accelerator< dimension_ > , PLMD::GridBase::AcceleratorBase , PLMD::GridBase , PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject , PLMD::NeighborList
• getNelem() : PLMD::TypesafePtr
• getNestedExceptions() : PLMD::PlumedMain
• getNextToken() : PLMD::lepton::Parser
• getNorm() : PLMD::ves::CoeffsVector
• getNormalization() : PLMD::ves::TD_VonMises
• getNumArguments() : PLMD::lepton::CustomFunction , PLMD::lepton::Operation , PLMD::lepton::PlaceholderFunction
• getNumberActive() : PLMD::MultiValue
• getNumberOfArguments() : PLMD::ActionWithArguments , PLMD::LeptonCall , PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• getNumberOfAtomBlocks() : PLMD::PDB
• getNumberOfAtoms() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::DomainDecomposition
• getNumberOfBasisFunctions() : PLMD::ves::BasisFunctions , PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• getNumberOfCells() : PLMD::LinkCells
• getNumberOfCoeffs() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• getNumberOfColumns() : PLMD::ActionWithMatrix , PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase , PLMD::adjmat::Neighbors , PLMD::adjmat::TorsionsMatrix , PLMD::crystdistrib::QuaternionBondProductMatrix , PLMD::crystdistrib::QuaternionProductMatrix , PLMD::function::FunctionOfMatrix< T > , PLMD::matrixtools::MatrixTimesMatrix , PLMD::matrixtools::MatrixTimesVector , PLMD::matrixtools::OuterProduct , PLMD::matrixtools::Voronoi , PLMD::valtools::VStack , PLMD::Value
• getNumberOfComponents() : PLMD::ActionWithValue
• getNumberOfDerivatives() : PLMD::ActionForInterface , PLMD::ActionWithValue , PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase , PLMD::adjmat::Neighbors , PLMD::adjmat::TorsionsMatrix , PLMD::bias::Bias , PLMD::bias::ReweightBase , PLMD::clusters::ClusterDistribution , PLMD::clusters::ClusteringBase , PLMD::clusters::ClusterWeights , PLMD::Colvar , PLMD::colvar::MultiColvarTemplate< T > , PLMD::colvar::RMSDVector , PLMD::contour::DistanceFromContourBase , PLMD::contour::FindContour , PLMD::contour::FindContourSurface , PLMD::contour::FindSphericalContour , PLMD::crystdistrib::QuaternionBondProductMatrix , PLMD::crystdistrib::QuaternionProductMatrix , PLMD::dimred::ArrangePoints , PLMD::dimred::ProjectPoints , PLMD::fourier::FourierTransform , PLMD::function::Function , PLMD::function::FunctionOfMatrix< T > , PLMD::function::FunctionOfVector< T > , PLMD::generic::Accumulate , PLMD::generic::Collect , PLMD::generic::Constant , PLMD::generic::CreateMask , PLMD::generic::FitToTemplate , PLMD::generic::GatherReplicas , PLMD::generic::Plumed , PLMD::generic::Read , PLMD::generic::Time , PLMD::gridtools::FindGridOptimum , PLMD::gridtools::FunctionOfGrid< T > , PLMD::gridtools::InterpolateGrid , PLMD::gridtools::KDE , PLMD::gridtools::ReadGridInSetup , PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::MetainferenceBase , PLMD::landmarks::FarthestPointSampling , PLMD::mapping::GeometricPath , PLMD::mapping::PathDisplacements , PLMD::matrixtools::DiagonalizeMatrix , PLMD::matrixtools::InvertMatrix , PLMD::matrixtools::MatrixTimesMatrix , PLMD::matrixtools::MatrixTimesVector , PLMD::matrixtools::OuterProduct , PLMD::matrixtools::TransposeMatrix , PLMD::matrixtools::Voronoi , PLMD::metatensor::MetatensorPlumedAction , PLMD::MultiValue , PLMD::opes::ExpansionCVs , PLMD::refdist::MatrixProductDiagonal , PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD , PLMD::symfunc::ThreeBodyGFunctions , PLMD::valtools::Concatenate , PLMD::valtools::Flatten , PLMD::valtools::SelectWithMask , PLMD::valtools::VStack , PLMD::Value , PLMD::vatom::ArgsToVatom , PLMD::ves::Optimizer , PLMD::volumes::ActionVolume , PLMD::wham::Wham
• getNumberOfDimensions() : PLMD::BiasRepresentation
• getNumberOfFinalTasks() : PLMD::function::FunctionOfVector< T >
• getNumberOfForcesToRescale() : PLMD::ActionForInterface , PLMD::ActionToPutData , PLMD::DomainDecomposition
• getNumberOfFrames() : PLMD::mapping::PathProjectionCalculator
• getNumberOfGridDerivatives() : PLMD::Value
• getNumberOfIndices() : PLMD::MultiValue
• getNumberOfKernels() : PLMD::BiasRepresentation
• getNumberOfMatrixRowDerivatives() : PLMD::MultiValue
• getNumberOfNodes() : PLMD::clusters::ClusteringBase
• getNumberOfPoints() : PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject
• getNumberOfProjectionArguments() : PLMD::ves::VesBias
• getNumberOfStoredValues() : PLMD::ActionWithVector , PLMD::Value
• getNumberOfStreamedDerivatives() : PLMD::ActionWithVector
• getNumberOfStreamedQuantities() : PLMD::ActionWithVector
• getNumberOfTargetDistributionPntrs() : PLMD::ves::VesBias
• getNumberOfTasks() : PLMD::ActionWithVector , PLMD::contour::FindContour , PLMD::gridtools::KDE , PLMD::volumes::ActionVolume
• getNumberOfValues() : PLMD::MultiValue , PLMD::Value
• getNumOperations() : PLMD::lepton::ExpressionProgram
• getNumThreads() : PLMD::PlumedMain
• getOccupancy() : PLMD::PDB
• getOFile() : PLMD::ves::VesBias
• getOnebeadMapping() : PLMD::isdb::SAXS
• getOnebeadparam() : PLMD::isdb::SAXS
• getOnebeadparam_sansD() : PLMD::isdb::SAXS
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• getOneDimensionalIntegrationPointsAndWeights() : PLMD::ves::GridIntegrationWeights
• getOneDimensionalTrapezoidalWeights() : PLMD::ves::GridIntegrationWeights
• getOperation() : PLMD::lepton::ExpressionProgram , PLMD::lepton::ExpressionTreeNode
• getOperatorOperation() : PLMD::lepton::Parser
• getOptimizerPntr() : PLMD::ves::VesBias
• getOrder() : PLMD::ves::BasisFunctions
• getOutputComponentDescription() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::colvar::ColvarFake , PLMD::colvar::PropertyMap , PLMD::contour::FindContour , PLMD::function::Ensemble , PLMD::function::FunctionOfScalar< T > , PLMD::function::FunctionOfVector< T > , PLMD::function::LocalEnsemble , PLMD::generic::Read , PLMD::Keywords , PLMD::matrixtools::MatrixTimesVector , PLMD::opes::ExpansionCVs , PLMD::symfunc::ThreeBodyGFunctions
• getOutputComponentFlag() : PLMD::Keywords
• getOutputComponents() : PLMD::Keywords
• getOutputComponentType() : PLMD::Keywords
• getOutputFmt() : PLMD::ves::CoeffsBase
• getOutputQuantity() : PLMD::ActionWithValue
• getOutputVectorLength() : PLMD::valtools::SelectWithMask
• getParsedLine() : PLMD::Tools
• getPath() : PLMD::FileBase
• getPbc() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::gridtools::EvaluateGridFunction , PLMD::PbcAction
• getPDBsize() : PLMD::GenericMolInfo
• getPntrsToArguments() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• getPntrsToBasisFunctions() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• getPntrToAction() : PLMD::Value , PLMD::ves::BasisFunctions , PLMD::ves::CoeffsBase , PLMD::ves::TargetDistribution
• getPntrToArgument() : PLMD::ActionWithArguments
• getPntrToBiasCoeffs() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• getPntrToBiasGrid() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• getPntrToComponent() : PLMD::ActionWithValue
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• getPntrToECVs() : PLMD::opes::ECVcustom , PLMD::opes::ECVlinear , PLMD::opes::ECVmultiThermal , PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric , PLMD::opes::ECVumbrellasFile , PLMD::opes::ECVumbrellasLine , PLMD::opes::ExpansionCVs
• getPntrToValue() : PLMD::ActionWithValue
• getPntrToVesBias() : PLMD::ves::BasisFunctions , PLMD::ves::CoeffsBase , PLMD::ves::TargetDistribution
• getPoint() : PLMD::Accelerator< dimension_ > , PLMD::GridBase::AcceleratorBase , PLMD::GridBase
• getPointerFromLabel() : PLMD::ves::VesTools
• getPointersFromLabels() : PLMD::ves::VesTools
• getPosition() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase , PLMD::GenericMolInfo , PLMD::PDB , PLMD::volumes::ActionVolume
• getPositionInMatrixStash() : PLMD::Value
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• getProjectionArguments() : PLMD::ves::VesBias
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