- a -

• ABMD() : PLMD::bias::ABMD
• Abort() : PLMD::Communicator
• Abs() : PLMD::lepton::Operation
• AcceleratorHandler() : PLMD::GridBase::AcceleratorHandler
• Accumulate() : PLMD::generic::Accumulate
• Acos() : PLMD::lepton::Operation
• Action() : PLMD::Action
• ActionAnyorder() : PLMD::ActionAnyorder
• ActionAtomistic() : PLMD::ActionAtomistic
• ActionForInterface() : PLMD::ActionForInterface
• actionHasForces() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::generic::DumpAtoms , PLMD::generic::DumpMassCharge , PLMD::generic::FitToTemplate , PLMD::generic::Plumed , PLMD::generic::PrintNDX , PLMD::generic::WholeMolecules , PLMD::generic::WrapAround
• actionInChain() : PLMD::ActionWithVector
• ActionOptions() : PLMD::ActionOptions
• ActionPilot() : PLMD::ActionPilot
• actionRegister() : PLMD::ActionRegister
• ActionRegistration() : PLMD::ActionRegistration< ActionClass >
• ActionSet() : PLMD::ActionSet
• ActionSetup() : PLMD::ActionSetup
• ActionShortcut() : PLMD::ActionShortcut
• ActionToGetData() : PLMD::ActionToGetData
• ActionToPutData() : PLMD::ActionToPutData
• ActionVolume() : PLMD::volumes::ActionVolume
• ActionWithArguments() : PLMD::ActionWithArguments
• ActionWithGrid() : PLMD::gridtools::ActionWithGrid
• ActionWithMatrix() : PLMD::ActionWithMatrix
• ActionWithValue() : PLMD::ActionWithValue
• ActionWithVector() : PLMD::ActionWithVector
• ActionWithVirtualAtom() : PLMD::ActionWithVirtualAtom
• activate() : PLMD::Action , PLMD::ves::CoeffsBase
• activateParseOnlyMode() : PLMD::PlumedMain
• adaptive_random_search() : PLMD::maze::Memetic
• AdaptivePath() : PLMD::mapping::AdaptivePath
• add() : PLMD::ActionRegister , PLMD::CLToolRegister , PLMD::Keywords
• Add() : PLMD::lepton::Operation
• add() : PLMD::RegisterBase< Content > , PLMD::Value
• add_buffer_to() : PLMD::Plumed::add_buffer_to< T >
• add_force() : PLMD::DataPassingObject , PLMD::DataPassingObjectTyped< T >
• add_point() : PLMD::metatensor::vesin::cpu::CellList
• addActionNameSuffix() : PLMD::Keywords
• addActionToChain() : PLMD::ActionWithVector
• addAtomDerivatives() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase
• addBlockEnd() : PLMD::PDB
• addBoxDerivatives() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase
• addCenter() : PLMD::RMSD
• addCoeffsSet() : PLMD::ves::VesBias
• addCoeffsSetIDsToFilenames() : PLMD::ves::Optimizer
• addCommentToShortcutOutput() : PLMD::ActionShortcut
• addComponent() : PLMD::ActionWithValue
• addComponentWithDerivatives() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::colvar::MultiColvarTemplate< T > , PLMD::function::Function
• AddConstant() : PLMD::lepton::Operation
• addConstantField() : PLMD::OFile
• addDependency() : PLMD::Action
• addDerivative() : PLMD::MultiValue , PLMD::Value
• addDerivativeOnMatrixArgument() : PLMD::ActionWithMatrix
• addDerivativeOnVectorArgument() : PLMD::ActionWithMatrix
• addFlag() : PLMD::Keywords
• addForce() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::Value
• addForcesOnArguments() : PLMD::ActionWithArguments
• addForcesToInput() : PLMD::ActionWithVector
• addGaussian() : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD
• addGrid() : PLMD::BiasRepresentation
• addGridDerivatives() : PLMD::Value
• addInputKeyword() : PLMD::Keywords
• addKernel() : PLMD::GridBase , PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• addKeywordToList() : PLMD::ves::BasisFunctions
• addMatrixForce() : PLMD::MultiValue
• addOutputComponent() : PLMD::Keywords
• addRemark() : PLMD::PDB
• addRequiredCells() : PLMD::LinkCells
• addThirdAtomDerivatives() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase
• addToAverage() : PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• addToSampledAverages() : PLMD::ves::VesBias
• addToSavedInputLines() : PLMD::ActionShortcut
• addToValue() : PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• addToValues() : PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• addValue() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::Grid , PLMD::GridBase , PLMD::MultiValue , PLMD::SparseGrid
• addValueAndDerivatives() : PLMD::Grid , PLMD::GridBase , PLMD::SparseGrid
• addValueWithDerivatives() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::colvar::MultiColvarTemplate< T > , PLMD::function::Function
• addVectorDerivatives() : PLMD::symfunc::SphericalHarmonic
• AdjacencyMatrixBase() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase
• advanceField() : PLMD::IFile
• alignment() : PLMD::gch::detail::inline_storage< T, InlineCapacity > , PLMD::gch::detail::inline_storage< T, 0 >
• allComponentsRequired() : PLMD::function::FunctionTemplateBase
• Allgather() : PLMD::Communicator
• Allgatherv() : PLMD::Communicator
• allocate() : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >
• allocate_with_hint() : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >
• allocation_end_ptr() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• allocator_inliner() : PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, false > , PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, true >
• allocator_interface() : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator >
• allocator_ref() : PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, false > , PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, true >
• allowBiasCutoff() : PLMD::ves::TargetDistribution
• allowedResidue() : PLMD::MolDataClass , PLMD::PDB
• allowIgnoredFields() : PLMD::IFile
• allowNoEOL() : PLMD::IFile
• AlphaBeta() : PLMD::multicolvar::AlphaBeta
• AlphaRMSD() : PLMD::secondarystructure::AlphaRMSD
• Angle() : PLMD::colvar::Angle
• Angles() : PLMD::multicolvar::Angles
• AngularTetra() : PLMD::symfunc::AngularTetra
• ANN() : PLMD::function::annfunc::ANN
• annealing() : PLMD::maze::Memetic
• AntibetaRMSD() : PLMD::secondarystructure::AntibetaRMSD
• append() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• append_copies() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• append_element() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• append_range() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• append_size() : PLMD::Plumed
• appendSuffix() : PLMD::FileBase
• apply() : PLMD::Action , PLMD::ActionAnyorder , PLMD::ActionSetup , PLMD::ActionShortcut , PLMD::ActionToGetData , PLMD::ActionToPutData , PLMD::ActionWithVector , PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::bias::Bias , PLMD::bias::ReweightBase , PLMD::clusters::ClusterDistribution , PLMD::clusters::ClusteringBase , PLMD::clusters::ClusterWeights , PLMD::Colvar , PLMD::colvar::Energy , PLMD::colvar::RMSDVector , PLMD::contour::DistanceFromContourBase , PLMD::contour::DumpContour , PLMD::dimred::ArrangePoints , PLMD::dimred::ProjectPoints , PLMD::DomainDecomposition , PLMD::function::Function , PLMD::generic::Accumulate , PLMD::generic::Collect , PLMD::generic::Committor , PLMD::generic::Constant , PLMD::generic::CreateMask , PLMD::generic::Debug , PLMD::generic::DumpAtoms , PLMD::generic::DumpDerivatives , PLMD::generic::DumpForces , PLMD::generic::DumpMassCharge , PLMD::generic::DumpPDB , PLMD::generic::DumpProjections , PLMD::generic::DumpVector , PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift , PLMD::generic::EndPlumed , PLMD::generic::FitToTemplate , PLMD::generic::Flush , PLMD::generic::GatherReplicas , PLMD::generic::Include , PLMD::generic::Plumed , PLMD::generic::Print , PLMD::generic::PrintNDX , PLMD::generic::RandomExchanges , PLMD::generic::Read , PLMD::generic::ResetCell , PLMD::generic::Time , PLMD::generic::UpdateIf , PLMD::generic::WholeMolecules , PLMD::generic::WrapAround , PLMD::GenericMolInfo , PLMD::gridtools::DumpGrid , PLMD::gridtools::FunctionOfGrid< T > , PLMD::Group , PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::MetainferenceBase , PLMD::isdb::Selector , PLMD::landmarks::FarthestPointSampling , PLMD::mapping::PathDisplacements , PLMD::mapping::PathReparameterization , PLMD::matrixtools::InvertMatrix , PLMD::matrixtools::MatrixOperationBase , PLMD::matrixtools::TransposeMatrix , PLMD::metatensor::MetatensorPlumedAction , PLMD::opes::ExpansionCVs , PLMD::Pbc , PLMD::valtools::Concatenate , PLMD::valtools::Flatten , PLMD::valtools::SelectWithMask , PLMD::vatom::ArgsToVatom , PLMD::ves::BasisFunctions , PLMD::ves::Optimizer , PLMD::ves::OutputBasisFunctions , PLMD::ves::OutputFesBias , PLMD::ves::OutputTargetDistribution , PLMD::ves::TargetDistribution , PLMD::wham::Wham
• apply_bias() : PLMD::eds::EDS , PLMD::fisst::FISST
• applyBiasCutoff() : PLMD::ves::VesBias
• applyForce() : PLMD::gridtools::EvaluateGridFunction , PLMD::Value
• applyFunctionAllValuesAndDerivatives() : PLMD::Grid
• applyPeriodicity() : PLMD::Value
• applyTargetDistModiferToGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• areAllTasksRequired() : PLMD::ActionWithVector , PLMD::contour::FindContour , PLMD::function::FunctionOfVector< T > , PLMD::gridtools::KDE , PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD , PLMD::volumes::ActionVolume
• arePeriodic() : PLMD::ves::BasisFunctions
• ArgsToVatom() : PLMD::vatom::ArgsToVatom
• argumentDependsOn() : PLMD::ActionWithVector
• ArrangePoints() : PLMD::dimred::ArrangePoints
• Asin() : PLMD::lepton::Operation
• AsmJitRuntimePtr() : PLMD::lepton::AsmJitRuntimePtr
• Assertion() : PLMD::Exception::Assertion
• assign() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator > , PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• assign_with_copies() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• assign_with_range() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• assignTags() : PLMD::lepton::ExpressionTreeNode
• at() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• Atan() : PLMD::lepton::Operation
• Atan2() : PLMD::lepton::Operation
• atom_kind() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• AtomicSMAC() : PLMD::symfunc::AtomicSMAC
• AtomNumber() : PLMD::AtomNumber
• AuxCoeffs() : PLMD::ves::Optimizer
• auxiliaryConstructor() : PLMD::TensorGeneric< n, m > , PLMD::VectorGeneric< n >
• available() : PLMD::Subprocess
• Average() : PLMD::generic::Average
• averageMatrices() : PLMD::ves::CoeffsMatrix
• averageVectors() : PLMD::ves::CoeffsVector