- s -

• s : PLMD::Communicator::Status
• s_cutoff2 : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• s_path_ders : PLMD::function::FuncPathGeneral
• safe : PLMD::Plumed::SafePtr , PLMD::RMSDCoreData
• safety : PLMD::funnel::Funnel
• sampled_averages : PLMD::ves::VesBias
• sampled_cross_averages : PLMD::ves::VesBias
• sampling_r_ : PLMD::maze::Optimizer
• sasa_type : PLMD::sasa::SASA_HASEL , PLMD::sasa::SASA_LCPO
• SASAparam : PLMD::sasa::SASA_HASEL
• savedIndices : PLMD::colvar::PathMSDBase
• savedInputLines : PLMD::ActionShortcut
• saveGaussian : PLMD::Random
• scalar : PLMD::molfile::molfile_volumetric_readwrite_t
• scale : PLMD::isdb::RDC
• scale_ : PLMD::bias::External , PLMD::eds::EDS , PLMD::funnel::Funnel , PLMD::isdb::Caliber , PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase , PLMD::ves::BF_Wavelets , PLMD::ves::TD_GeneralizedExtremeValue
• scale_max_ : PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• scale_min_ : PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• scale_mu_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• scale_prior_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• scaleb : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• scalec : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• scaled_ : PLMD::ves::BF_Legendre
• scaled_components : PLMD::colvar::Distance , PLMD::colvar::Position , PLMD::vatom::FixedAtom
• scalef : PLMD::MDAtomsTyped< T >
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• scalev : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• scaling : PLMD::piv::PIV
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• scftype : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
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• second : PLMD::generic::DumpMassCharge
• seed : PLMD::analysis::FarthestPointSampling , PLMD::analysis::LandmarkStaged , PLMD::analysis::SelectRandomFrames , PLMD::bias::ABMD
• seed_ : PLMD::eds::EDS
• segid : PLMD::molfile::molfile_atom_t
• select_value_ : PLMD::bias::PBMetaD
• selector : PLMD::GenericMolInfo
• selector_ : PLMD::bias::PBMetaD , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase , PLMD::isdb::Rescale , PLMD::isdb::Select
• selector_running : PLMD::GenericMolInfo
• serial : PLMD::colvar::ContactMap , PLMD::colvar::CoordinationBase , PLMD::colvar::EEFSolv , PLMD::isdb::CS2Backbone , PLMD::isdb::SAXS , PLMD::piv::PIV , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• serial_ : PLMD::maze::Optimizer , PLMD::NeighborList , PLMD::s2cm::S2ContactModel , PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• set_coupling_ : PLMD::eds::EDS
• setidx : PLMD::molfile::molfile_volumetric_readwrite_t
• setup_completed : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• sf : PLMD::adjmat::ClusterDistribution , PLMD::adjmat::ContactAlignedMatrix , PLMD::multicolvar::FilterLess , PLMD::multicolvar::FilterMore , PLMD::vesselbase::LessThan , PLMD::vesselbase::MoreThan
• sf1 : PLMD::multicolvar::Angles , PLMD::multicolvar::Bridge , PLMD::multicolvar::XAngles , PLMD::multicolvar::XYTorsion
• sf2 : PLMD::multicolvar::Angles , PLMD::multicolvar::Bridge
• sfile_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
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• sfs : PLMD::colvar::ContactMap , PLMD::piv::PIV
• sfunc : PLMD::multicolvar::VolumeInEnvelope
• shape : PLMD::TypesafePtr , plumed_safeptr , plumed_safeptr_x
• shape_ : PLMD::ves::TD_GeneralizedExtremeValue
• shared_ : PLMD::isdb::Rescale
• shell_types : PLMD::molfile::molfile_qm_basis_t
• shift : PLMD::BiasWeight , PLMD::generic::FitToTemplate , PLMD::SwitchingFunction
• shift_ : PLMD::ves::TD_Grid
• shift_targetdist_to_zero_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• shifts : PLMD::Pbc
• shifts_ : PLMD::ves::BF_Wavelets
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• similarity : PLMD::colvar::PathMSDBase::ImagePath
• simtemp : PLMD::bias::MaxEnt , PLMD::bias::ReweightBase , PLMD::gridtools::ConvertToFES
• size : PLMD::Communicator::ConstData , PLMD::Communicator::Data , PLMD::molfile::molfile_graphics_t
• size_ : PLMD::isdb::EMMI , PLMD::ves::CoeffsMatrix
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• spin : PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
• sqdonly : PLMD::function::Stats
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• squared : PLMD::colvar::MultiRMSD , PLMD::colvar::PCARMSD , PLMD::colvar::RMSD , PLMD::funnel::FUNNEL_PS
• ssds_ : PLMD::eds::EDS
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• stackTrace : PLMD::Exception
• starts : PLMD::crystallization::GradientVessel
• stash : PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity
• stashes : PLMD::analysis::Histogram
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• sym_alpha_size_ : PLMD::ves::VesDeltaF
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