- c -

• c : PLMD::colvar::GHBFIX
• C : PLMD::colvar::GHBFIX
• c : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• C : PLMD::molfile::md_box , PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• c : PLMD::SwitchingFunction
• c_aa : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• c_aa_prev : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• c_aa_succ : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• cache_set : PLMD::OpenMPVars
• cacheline_size : PLMD::OpenMPVars
• calc : PLMD::F1dim< FCLASS >
• calc2 : PLMD::F1dim< FCLASS >
• calc_data_ : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• calc_max_bias_ : PLMD::bias::MetaD
• calc_rct_ : PLMD::bias::MetaD
• calc_reweightfactor_ : PLMD::ves::VesBias
• calc_transition_bias_ : PLMD::bias::MetaD
• calc_work_ : PLMD::bias::MetaD , PLMD::opes::OPESexpanded , PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• callstack : PLMD::Exception
• callstack_n : PLMD::Exception
• camshift : PLMD::isdb::CS2Backbone
• capacity_ : PLMD::maze::Memetic
• cargs : PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel
• carthessian : PLMD::molfile::molfile_qm_hessian_t
• cauchy_mean_alpha_ : PLMD::maze::Memetic
• cauchy_mean_beta_ : PLMD::maze::Memetic
• cdocs : PLMD::Keywords
• cell_volume : PLMD::adjmat::TopologyMatrix
• cells_required : PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• center : PLMD::bias::MetaD::Gaussian , PLMD::bias::PBMetaD::Gaussian , PLMD::generic::FitToTemplate , PLMD::KernelFunctions , PLMD::opes::OPESmetad< mode >::kernel
• center_ : PLMD::eds::EDS , PLMD::fisst::FISST , PLMD::ves::TD_GeneralizedExtremeValue
• center_positions : PLMD::generic::FitToTemplate
• center_values_ : PLMD::eds::EDS
• centeredpos : PLMD::ReferenceValuePack
• centeredpositions : PLMD::generic::FitToTemplate
• centers_ : PLMD::opes::ECVumbrellasFile , PLMD::opes::ECVumbrellasLine , PLMD::ves::BF_Gaussians , PLMD::ves::TD_ExponentiallyModifiedGaussian , PLMD::ves::TD_Gaussian , PLMD::ves::TD_GeneralizedNormal , PLMD::ves::TD_VonMises
• cfact_ : PLMD::isdb::EMMI
• CGOLD : PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• cgtol : PLMD::dimred::ProjectNonLandmarkPoints , PLMD::dimred::SketchMapConjGrad , PLMD::dimred::SketchMapPointwise
• chain : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift , PLMD::molfile::molfile_atom_t , PLMD::PDB
• charge : PLMD::molfile::molfile_atom_t , PLMD::Units , PLMD::vatom::FixedAtom
• charge_types : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_t
• charges : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::Atoms , PLMD::generic::Plumed , PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_t
• chargesHaveBeenSet : PLMD::Atoms
• chargeString : PLMD::Units
• chargesWereSet : PLMD::ActionAtomistic
• check_nan_inf_ : PLMD::ves::BF_Custom , PLMD::ves::TargetDistribution
• check_nonnegative_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• check_normalization_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• checks_were_disabled : PLMD::ReferenceAtoms
• chemicalshifts : PLMD::isdb::CS2Backbone
• child_to_parent : PLMD::Subprocess
• children : PLMD::lepton::ExpressionTreeNode
• citations : PLMD::PlumedMain
• citations_fwd : PLMD::PlumedMain
• ckey : PLMD::Keywords
• cl : PLMD::Matrix< T >
• clearonnextstep : PLMD::analysis::ReadAnalysisFrames
• clearstride : PLMD::analysis::ReadAnalysisFrames , PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• cloned : PLMD::FileBase
• cloned_file : PLMD::generic::Read
• close_file_read : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• close_file_write : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• cltool : PLMD::PlumedMain
• cluster_sizes : PLMD::adjmat::ClusteringBase , PLMD::adjmat::OutputCluster
• clustr : PLMD::adjmat::ClusterDiameter , PLMD::adjmat::ClusterProperties , PLMD::adjmat::ClusterSize , PLMD::adjmat::OutputCluster
• cmax : PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity
• cmd : plumed_plumedmain_function_holder_x
• cmd_nothrow : plumed_symbol_table_type_x
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• cmd_safe_nothrow : plumed_symbol_table_type_x
• cmin : PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity
• cnames : PLMD::Keywords
• co_bb : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
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• co_ring : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
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• code : PLMD::Plumed::NothrowHandler , plumed_error
• coding_len_ : PLMD::maze::Memetic
• coeff : PLMD::function::annfunc::ANN , PLMD::multicolvar::MultiColvarCombine
• coeff_ : PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
• coeff_poly : PLMD::crystallization::Steinhardt
• coefficient : PLMD::multicolvar::AlphaBeta
• coefficients : PLMD::function::Combine , PLMD::function::FuncPathGeneral
• coeffs_descriptions_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• coeffs_fnames : PLMD::ves::VesBias
• coeffs_id_prefix_ : PLMD::ves::VesBias
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• color : PLMD::adjmat::DFSClustering
• columns : PLMD::function::FuncPathGeneral
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• combinedgradient_wstride_ : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• combinedgradientOFiles_ : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• comm : PLMD::Action , PLMD::CLToolMain , PLMD::FileBase , PLMD::LinkCells , PLMD::NeighborList , PLMD::PlumedMain
• comm_fwd : PLMD::CLToolMain , PLMD::PlumedMain
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• communicator : PLMD::Communicator
• comp : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift , PLMD::multicolvar::CenterOfMultiColvar
• CompDer : PLMD::piv::PIV
• components : PLMD::colvar::Cell , PLMD::colvar::Dipole , PLMD::colvar::Distance , PLMD::function::Stats
• compos : PLMD::piv::PIV
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• computeRefClose : PLMD::colvar::PathMSDBase
• confined : PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity
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• cons_fputs : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
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• const_fields : PLMD::OFile
• constant : PLMD::colvar::DHEnergy , PLMD::FileBase::FieldBase , PLMD::isdb::PRE
• constants : PLMD::lepton::CompiledExpression
• contour : PLMD::gridtools::ContourFindingBase , PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• contour_location : PLMD::Grid
• contributorsAreUnlocked : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
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• count : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator , PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_metadata , PLMD::molfile::molfile_timestep_metadata
• count_y : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• counter_ : PLMD::opes::OPESexpanded , PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• coupl : PLMD::isdb::RDC
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• cutoff2_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• cutoffwasset : PLMD::LinkCells
• cv0_ : PLMD::maze::OptimizerBias
• cv_var_idx_ : PLMD::ves::TD_Custom
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• cwd : PLMD::Tools::DirectoryChanger
• cweight : PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• cx : PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• cycles : PLMD::Stopwatch::Watch
• cylinder_sw : PLMD::adjmat::TopologyMatrix