- b -

• B : PLMD::colvar::GHBFIX , PLMD::molfile::md_box , PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• b : PLMD::SwitchingFunction
• b1 : PLMD::crystallization::Fccubic
• b_adaptive_ : PLMD::eds::EDS , PLMD::fisst::FISST
• b_c_values_ : PLMD::eds::EDS
• b_covar_ : PLMD::eds::EDS
• b_equil_ : PLMD::eds::EDS
• b_first_restart_sample_ : PLMD::fisst::FISST
• b_freeze_ : PLMD::eds::EDS , PLMD::fisst::FISST
• b_lm_ : PLMD::eds::EDS
• b_ramp_ : PLMD::eds::EDS
• b_restart_ : PLMD::eds::EDS , PLMD::fisst::FISST
• b_update_virial_ : PLMD::eds::EDS
• b_virial_ : PLMD::eds::EDS
• b_weights_ : PLMD::eds::EDS
• b_write_observable_ : PLMD::fisst::FISST
• b_write_restart_ : PLMD::eds::EDS , PLMD::fisst::FISST
• backmap : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• backstring : PLMD::OFile
• bandwidths : PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• barrier_ : PLMD::opes::ECVcustom , PLMD::opes::ECVumbrellasFile , PLMD::opes::ECVumbrellasLine
• basin : PLMD::analysis::Committor
• basis : PLMD::molfile::molfile_qm_basis_t , PLMD::molfile::molfile_qm_t
• basis_string : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• basisf_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• basisf_pntrs_ : PLMD::ves::BF_Combined , PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion , PLMD::ves::VesLinearExpansion
• bb : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• bDouble : PLMD::xdrfile::t_trnheader
• bead : PLMD::multicolvar::VolumeInCylinder
• beadrad : PLMD::adjmat::TopologyMatrix
• beingread : PLMD::function::FilesHandler
• beta : PLMD::BiasWeight , PLMD::colvar::Dimer , PLMD::function::FuncSumHills , PLMD::molfile::md_box , PLMD::molfile::molfile_timestep_t , PLMD::PDB , PLMD::ProbWeight , PLMD::SwitchingFunction , PLMD::ves::FesWeight , PLMD::vesselbase::AltMin , PLMD::vesselbase::Max , PLMD::vesselbase::Min
• beta0_ : PLMD::opes::ECVcustom , PLMD::opes::ECVlinear
• beta_ : PLMD::fisst::FISST , PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion , PLMD::ves::VesDeltaF
• beta_1_ : PLMD::ves::Opt_Adam
• beta_2_ : PLMD::ves::Opt_Adam
• beta_var_lepton_ref_ : PLMD::ves::TD_Custom
• beta_var_str_ : PLMD::ves::TD_Custom
• BetaReweightBias : PLMD::bias::MaxEnt
• betas_ : PLMD::ves::TD_GeneralizedNormal
• bf_derivs_expressions_ : PLMD::ves::BF_Custom
• bf_derivs_lepton_ref_ : PLMD::ves::BF_Custom
• bf_keywords_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• bf_label_prefix_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• bf_labels_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• bf_pntrs : PLMD::ves::OutputBasisFunctions
• bf_values : PLMD::ves::VesLinearExpansion
• bf_values_expressions_ : PLMD::ves::BF_Custom
• bf_values_lepton_ref_ : PLMD::ves::BF_Custom
• bf_values_set : PLMD::ves::VesLinearExpansion
• bfactor : PLMD::molfile::molfile_atom_t
• bi : PLMD::multicolvar::VolumeCavity , PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• bias : PLMD::PlumedMain
• bias_ : PLMD::isdb::Rescale , PLMD::maze::OptimizerBias
• bias_coeffs_pntr_ : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• bias_current_max_value : PLMD::ves::VesBias
• bias_cutoff_active_ : PLMD::ves::TargetDistribution , PLMD::ves::VesBias
• bias_cutoff_swfunc_pntr_ : PLMD::ves::VesBias
• bias_cutoff_value_ : PLMD::ves::VesBias
• bias_expansion_pntr_ : PLMD::ves::VesLinearExpansion
• bias_factor_ : PLMD::ves::TD_WellTempered
• bias_file_fmt_ : PLMD::ves::VesBias
• bias_filename_ : PLMD::ves::VesBias
• bias_fileoutput_active_ : PLMD::ves::VesBias
• bias_grid_pntr_ : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion , PLMD::ves::TargetDistribution
• bias_output_active_ : PLMD::ves::Optimizer
• bias_output_stride_ : PLMD::ves::Optimizer
• bias_pntrs_ : PLMD::ves::Optimizer
• bias_prefactor_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• bias_withoutcutoff_grid_pntr_ : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion , PLMD::ves::TargetDistribution
• biases : PLMD::bias::MaxEnt , PLMD::function::annfunc::ANN , PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• biasf : PLMD::bias::MetaD::TemperingSpecs , PLMD::BiasRepresentation
• biasf_ : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD , PLMD::isdb::Rescale
• biasfactor_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• Biasfile_ : PLMD::isdb::Rescale
• Biasfilename_ : PLMD::isdb::Rescale
• BiasGrid_ : PLMD::bias::External , PLMD::bias::MetaD , PLMD::BiasRepresentation , PLMD::funnel::Funnel
• BiasGrids_ : PLMD::bias::PBMetaD
• biasing_direction_ : PLMD::maze::OptimizerBias
• biasing_speed_ : PLMD::maze::OptimizerBias
• biasing_stride_ : PLMD::maze::OptimizerBias
• Biaspace_ : PLMD::isdb::Rescale
• biasrep : PLMD::function::FuncSumHills
• Biasstride_ : PLMD::isdb::Rescale
• binw_mat : PLMD::adjmat::TopologyMatrix
• block1upper : PLMD::pamm::HBPammHydrogens
• block2lower : PLMD::pamm::HBPammHydrogens
• block_ends : PLMD::PDB
• blocks : PLMD::IntermolecularDRMSD , PLMD::IntramolecularDRMSD , PLMD::MultiDomainRMSD
• bookeeping : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• booldefs : PLMD::Keywords
• bound_ : PLMD::maze::Memetic
• bounds_set : PLMD::gridtools::GridVessel
• bounds_were_set : PLMD::DRMSD
• box : PLMD::Atoms , PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift , PLMD::MDAtomsTyped< T > , PLMD::molfile::md_ts , PLMD::Pbc
• Box : PLMD::PDB
• box_count : PLMD::isdb::CS2Backbone
• box_nb : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• box_nupdate : PLMD::isdb::CS2Backbone
• box_size : PLMD::molfile::trx_hdr , PLMD::xdrfile::t_trnheader
• BoxABG : PLMD::PDB
• boxDerivatives : PLMD::ActionWithVirtualAtom
• boxfile : PLMD::multicolvar::VolumeCavity , PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• boxHasBeenSet : PLMD::Atoms
• boxout : PLMD::multicolvar::VolumeCavity , PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• boxWasSet : PLMD::ReferenceValuePack
• BoxXYZ : PLMD::PDB
• bracketed : PLMD::Brent1DRootSearch< FCLASS > , PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• bridgeVariable : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• buf1 : PLMD::xdrfile::XDRFILE
• buf1size : PLMD::xdrfile::XDRFILE
• buf2 : PLMD::xdrfile::XDRFILE
• buf2size : PLMD::xdrfile::XDRFILE
• buffer : PLMD::GREX , PLMD::OFile , PLMD::Plumed::SafePtr , PLMD::TypesafePtr , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• buffer_string : PLMD::OFile
• buffersize : PLMD::Tools::DirectoryChanger
• buflen : PLMD::OFile
• bufsize : PLMD::vesselbase::Vessel
• bufstart : PLMD::vesselbase::Vessel
• bw : PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• bx : PLMD::Brent1DRootSearch< FCLASS > , PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >