- a -

• A : PLMD::colvar::GHBFIX , PLMD::molfile::md_box , PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• a : PLMD::SwitchingFunction
• a1 : PLMD::crystallization::Fccubic
• aa_kind : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• ablocks : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• acc_ : PLMD::bias::MetaD
• acc_restart_mean_ : PLMD::bias::MetaD
• acceleration_ : PLMD::bias::MetaD
• accession : PLMD::molfile::molfile_metadata_t
• action : PLMD::FileBase , PLMD::function::FilesHandler , PLMD::Value , PLMD::vesselbase::Vessel , PLMD::vesselbase::VesselOptions
• action_pntr_ : PLMD::ves::BasisFunctions , PLMD::ves::CoeffsBase , PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion , PLMD::ves::TargetDistribution
• actionIsBridged : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• actions : PLMD::Atoms
• actionSet : PLMD::PlumedMain
• actionSet_fwd : PLMD::PlumedMain
• activated : PLMD::gridtools::ConvertToFES , PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• activations : PLMD::function::annfunc::ANN
• active : PLMD::Action , PLMD::DynamicList< T > , PLMD::gridtools::GridVessel , PLMD::PlumedMain , PLMD::ves::CoeffsBase
• active_der : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• active_elements : PLMD::adjmat::Sprint
• actual_buffer_length : PLMD::OFile
• adamw_ : PLMD::ves::Opt_Adam
• adaptation_ : PLMD::maze::Memetic
• adaptive_ : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD
• adaptive_counter_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• adaptive_sigma_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• adaptive_sigma_stride_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• addOneKernelAtATime : PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• addref : PLMD::generic::WholeMolecules
• adj_list : PLMD::adjmat::DFSClustering , PLMD::adjmat::OutputCluster
• after : PLMD::Action
• afterCalculate_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• alEqDis : PLMD::RMSDCoreData
• align : PLMD::funnel::FUNNEL_PS , PLMD::ReferenceAtoms , PLMD::RMSD , PLMD::RMSDCoreData
• align_atom_1 : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• align_atom_2 : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• align_strands : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• aligned : PLMD::generic::FitToTemplate
• alignment : PLMD::funnel::FUNNEL_PS
• alignmentMethod : PLMD::RMSD
• alignType : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• all : PLMD::DynamicList< T >
• all_atoms : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• all_deltaF_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• all_size_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• all_values : PLMD::dimred::SketchMapRead
• all_values_inside : PLMD::ves::VesLinearExpansion
• allArguments : PLMD::function::FuncPathGeneral , PLMD::function::FuncPathMSD
• allcells : PLMD::LinkCells
• allDeltaBias : PLMD::GREX
• allow_bias_cutoff_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• allowmultiple : PLMD::Keywords
• allthirdblockintasks : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• allWereActivated : PLMD::DynamicList< T >
• allWereDeactivated : PLMD::DynamicList< T >
• alpha : PLMD::bias::MaxEnt , PLMD::bias::MetaD::TemperingSpecs , PLMD::crystallization::Fccubic
• ALPHA : PLMD::funnel::Funnel
• alpha : PLMD::logmfd::LogMFD , PLMD::molfile::md_box , PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• alpha_ : PLMD::maze::OptimizerBias
• alpha_size_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• alpha_vector_ : PLMD::eds::EDS
• alpha_vector_2_ : PLMD::eds::EDS
• alphaOfile_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• alphas_ : PLMD::ves::TD_GeneralizedNormal
• altloc : PLMD::molfile::molfile_atom_t
• AM : PLMD::Random
• amsgrad_ : PLMD::ves::Opt_Adam
• anchor : PLMD::funnel::FUNNEL_PS
• angleSwitch : PLMD::adjmat::HBondMatrix
• angular_momentum : PLMD::molfile::molfile_qm_basis_t
• anneal_ : PLMD::isdb::EMMI
• API : PLMD::generic::Plumed
• apply_weights : PLMD::bias::MaxEnt
• approach : PLMD::sasa::SASA_HASEL , PLMD::sasa::SASA_LCPO
• arg_data : PLMD::PDB
• arg_der_index : PLMD::ReferenceArguments
• arg_names : PLMD::gridtools::GridVessel , PLMD::ReferenceArguments
• argc : PLMD::CLToolMain
• argnames : PLMD::GridBase , PLMD::PDB
• args : PLMD::analysis::DataCollectionObject , PLMD::mapping::PathReparameterization , PLMD::TargetDist
• args_ : PLMD::maze::OptimizerBias , PLMD::ves::CoeffsBase
• args_pntrs_ : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• argT_derivf_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• argument_names : PLMD::analysis::ReadAnalysisFrames
• arguments : PLMD::ActionWithArguments , PLMD::lepton::CompiledExpression , PLMD::vesselbase::ActionWithInputVessel
• argv : PLMD::CLToolMain
• argValues : PLMD::lepton::CompiledExpression
• assertion : PLMD::Exception::Assertion
• async : PLMD::Atoms::DomainDecomposition
• asyncSent : PLMD::Atoms
• at : PLMD::bias::LWalls , PLMD::bias::MaxEnt , PLMD::bias::MovingRestraint , PLMD::bias::Restraint , PLMD::bias::UWalls , PLMD::manyrestraints::LWalls , PLMD::manyrestraints::UWalls
• atLeastOneSet : PLMD::MultiValue
• atm_kind : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift , PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• atoi : PLMD::isdb::SAXS
• atom : PLMD::isdb::CS2Backbone::RingInfo
• atom_der_ : PLMD::isdb::EMMI
• atom_der_index : PLMD::ReferenceAtoms
• atom_indices : PLMD::ReferenceValuePack
• atom_lab : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• atom_numbers : PLMD::analysis::ReadAnalysisFrames
• atomic_number : PLMD::molfile::molfile_qm_basis_t
• atomicnumber : PLMD::molfile::molfile_atom_t
• atomname : PLMD::molfile::md_atom
• atomnum : PLMD::molfile::md_atom
• AtomResidueName : PLMD::sasa::SASA_HASEL , PLMD::sasa::SASA_LCPO
• atoms : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift , PLMD::generic::WrapAround , PLMD::GREX , PLMD::PlumedMain , PLMD::sasa::SASA_HASEL , PLMD::sasa::SASA_LCPO
• atoms_fwd : PLMD::PlumedMain
• atomsin : PLMD::adjmat::OutputCluster
• atomsNeeded : PLMD::Atoms
• atomsWereRetrieved : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• atomsymb : PLMD::PDB
• atomtags : PLMD::Keywords
• aux_coeffs_pntrs_ : PLMD::ves::Optimizer
• av_counter_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• av_cv_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• av_d2V_dAlpha2_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• av_dV_dAlpha_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• av_dV_dAlpha_prod_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• av_M2_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• av_stride_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• aver_counters : PLMD::ves::VesBias
• aver_gradient_pntrs_ : PLMD::ves::Optimizer
• average : PLMD::FlexibleBin
• average_weights_ : PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• average_weights_stride_ : PLMD::isdb::Metainference
• averaging_counter : PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• averaging_exp_decay_ : PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• aves : PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase
• avg_bytes_per_timestep : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_metadata , PLMD::molfile::molfile_timestep_metadata
• avg_counter : PLMD::bias::MaxEnt
• avg_coupling_count_ : PLMD::eds::EDS
• avglambda : PLMD::bias::MaxEnt
• avglambda_restart : PLMD::bias::MaxEnt
• avgstep : PLMD::bias::MaxEnt
• avgx : PLMD::bias::MaxEnt
• ax : PLMD::Brent1DRootSearch< FCLASS > , PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >