Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- s -

• s : PLMD::Communicator::Status
• S : PLMD::isdb::SAXS
• S2ContactModel() : PLMD::s2cm::S2ContactModel
• s_cutoff2 : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• s_path_ders : PLMD::function::FuncPathGeneral
• safe : PLMD::Plumed::SafePtr , PLMD::RMSDCoreData
• SafePtr() : PLMD::Plumed::SafePtr
• safety : PLMD::funnel::Funnel
• sameShape() : PLMD::ves::CoeffsBase , PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• sampled_averages : PLMD::ves::VesBias
• sampled_cross_averages : PLMD::ves::VesBias
• sampling_r_ : PLMD::maze::Optimizer
• sampling_radius() : PLMD::maze::Optimizer
• SASA_HASEL() : PLMD::sasa::SASA_HASEL
• SASA_LCPO() : PLMD::sasa::SASA_LCPO
• sasa_type : PLMD::sasa::SASA_HASEL , PLMD::sasa::SASA_LCPO
• SASAparam : PLMD::sasa::SASA_HASEL
• savedIndices : PLMD::colvar::PathMSDBase
• savedInputLines : PLMD::ActionShortcut
• saveGaussian : PLMD::Random
• savePositions() : PLMD::GREX
• SAXS() : PLMD::isdb::SAXS
• SC_FLAT : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• SC_GAUSS : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• scalar : PLMD::molfile::molfile_volumetric_readwrite_t
• scale : PLMD::isdb::RDC
• scale_ : PLMD::bias::External , PLMD::eds::EDS , PLMD::funnel::Funnel , PLMD::isdb::Caliber , PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase , PLMD::ves::BF_Wavelets , PLMD::ves::TD_GeneralizedExtremeValue
• scale_max_ : PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• scale_min_ : PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• scale_mu_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• scale_prior_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• scaleAllDerivatives() : PLMD::ReferenceValuePack
• scaleAllValues() : PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• scaleAllValuesAndDerivatives() : PLMD::Grid
• scaleb : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• scalec : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• scaled_ : PLMD::ves::BF_Legendre
• scaled_components : PLMD::colvar::Distance , PLMD::colvar::Position , PLMD::vatom::FixedAtom
• scaledToReal() : PLMD::Pbc
• scaleEnergy() : PLMD::isdb::EMMI
• scalef : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• scalem : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• scalep : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• scalev : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• scaling : PLMD::piv::PIV
• scanField() : PLMD::IFile
• scanFieldList() : PLMD::IFile
• scanOneHill() : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD , PLMD::function::FilesHandler
• scfenergies : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_t
• scftype : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• score : PLMD::maze::Member , PLMD::maze::Optimizer
• score_best_ : PLMD::maze::Memetic
• score_mean() : PLMD::maze::Memetic
• score_member() : PLMD::maze::Memetic
• score_members() : PLMD::maze::Memetic
• score_worst_ : PLMD::maze::Memetic
• search() : PLMD::Brent1DRootSearch< FCLASS >
• SEC : PLMD::lepton::Operation
• Sec() : PLMD::lepton::Operation
• SECH : PLMD::lepton::Operation
• second : PLMD::generic::DumpMassCharge
• SecondaryStructureRMSD() : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• seed : PLMD::analysis::FarthestPointSampling , PLMD::analysis::LandmarkStaged , PLMD::analysis::SelectRandomFrames , PLMD::bias::ABMD
• seed_ : PLMD::eds::EDS
• segid : PLMD::molfile::molfile_atom_t
• select() : PLMD::ActionSet
• Select() : PLMD::isdb::Select , PLMD::lepton::Operation
• SELECT : PLMD::lepton::Operation
• select_value_ : PLMD::bias::PBMetaD
• selectFrame() : PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase
• selection_roulette() : PLMD::maze::Memetic
• selectLandmarks() : PLMD::analysis::FarthestPointSampling , PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase , PLMD::analysis::LandmarkStaged , PLMD::analysis::ReselectLandmarks , PLMD::analysis::SelectRandomFrames , PLMD::analysis::SelectWithStride
• selectLatest() : PLMD::ActionSet
• selectNot() : PLMD::ActionSet
• selector : PLMD::GenericMolInfo
• Selector() : PLMD::isdb::MetainferenceBase , PLMD::isdb::Selector
• selector_ : PLMD::bias::PBMetaD , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase , PLMD::isdb::Rescale , PLMD::isdb::Select
• selector_running : PLMD::GenericMolInfo
• SelectRandomFrames() : PLMD::analysis::SelectRandomFrames
• selectWithLabel() : PLMD::ActionSet
• SelectWithStride() : PLMD::analysis::SelectWithStride
• sequence_t : PLMD::isdb::CS2Backbone
• SER : PLMD::isdb::CS2Backbone
• SER_BB : PLMD::isdb::SAXS
• SER_SC1 : PLMD::isdb::SAXS
• serial() : PLMD::AtomNumber , PLMD::colvar::ContactMap , PLMD::colvar::CoordinationBase , PLMD::colvar::EEFSolv , PLMD::isdb::CS2Backbone , PLMD::isdb::SAXS , PLMD::piv::PIV , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• serial_ : PLMD::maze::Optimizer , PLMD::NeighborList , PLMD::s2cm::S2ContactModel , PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• serialCalculation() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• set() : PLMD::HistogramBead , PLMD::RMSD , PLMD::SwitchingFunction , PLMD::TypesafePtr , PLMD::Value , PLMD::ves::FermiSwitchingFunction
• set_capacity() : PLMD::maze::Memetic
• set_cauchy_mean() : PLMD::maze::Memetic
• set_cauchy_spread() : PLMD::maze::Memetic
• set_coding_len() : PLMD::maze::Memetic
• Set_comm() : PLMD::Communicator
• set_coupling_ : PLMD::eds::EDS
• Set_fcomm() : PLMD::Communicator
• set_label() : PLMD::maze::Optimizer
• set_local_search_rate() : PLMD::maze::Memetic
• set_local_search_type() : PLMD::maze::Memetic
• set_mating_rate() : PLMD::maze::Memetic
• set_mutation_rate() : PLMD::maze::Memetic
• set_n_global_iterations() : PLMD::maze::Memetic
• set_n_iterations() : PLMD::maze::Optimizer
• set_n_local_iterations() : PLMD::maze::Memetic
• set_n_threads_openmp() : PLMD::maze::Optimizer
• set_nl_cutoff() : PLMD::maze::Optimizer
• set_nl_stride() : PLMD::maze::Optimizer
• set_opt() : PLMD::maze::Optimizer
• set_opt_value() : PLMD::maze::Optimizer
• set_optimizer_stride() : PLMD::maze::Optimizer
• set_rank_openmp() : PLMD::maze::Optimizer
• set_sampling_radius() : PLMD::maze::Optimizer
• set_stride_openmp() : PLMD::maze::Optimizer
• set_value() : PLMD::drr::UIestimator::n_matrix , PLMD::drr::UIestimator::n_vector< T >
• setActiveValsAndDerivatives() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• setAlign() : PLMD::RMSD
• setAllCoeffsDescriptions() : PLMD::ves::CoeffsBase
• setAllCoeffsSetIterationCounters() : PLMD::ves::Optimizer
• setAllDimensionLabels() : PLMD::ves::CoeffsBase
• setAllUniformIntegralsToZero() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setAllValuesToZero() : PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• setAngularMomentum() : PLMD::crystallization::Steinhardt
• setArgDerivatives() : PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setArgument() : PLMD::analysis::DataCollectionObject
• setArgumentDerivatives() : PLMD::ReferenceValuePack
• setArgumentNames() : PLMD::PDB
• setArgumentValue() : PLMD::PDB
• setAtom() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• setAtomActive() : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction
• setAtomDerivatives() : PLMD::ReferenceValuePack
• setAtomIndex() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack , PLMD::ReferenceValuePack
• setAtomIndices() : PLMD::ReferenceAtoms
• setAtomNumbers() : PLMD::PDB
• setAtomNumbersAndArgumentNames() : PLMD::analysis::DataCollectionObject
• setAtomPositions() : PLMD::analysis::DataCollectionObject , PLMD::PDB
• setAtomsContiguous() : PLMD::Atoms
• setAtomsDerivatives() : PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::Colvar , PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setAtomsForCentralAtom() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• setAtomsFromStrands() : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• setAtomsGatindex() : PLMD::Atoms
• setAtomsNlocal() : PLMD::Atoms
• setAveragingAction() : PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• setBackupString() : PLMD::OFile
• setBias() : PLMD::bias::Bias
• setBiasGridNeeded() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setBiasMaximumToZero() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setBiasMinimumToZero() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setBiasOutputStride() : PLMD::ves::Optimizer
• setBiasWithoutCutoffGridNeeded() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setBounds() : PLMD::gridtools::GridVessel , PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• setBoundsOnDistances() : PLMD::DRMSD , PLMD::SingleDomainRMSD
• setBox() : PLMD::Atoms , PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T > , PLMD::Pbc
• setBoxDerivatives() : PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::Colvar , PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setBoxDerivativesNoPbc() : PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::Colvar
• setBufferStart() : PLMD::vesselbase::BridgeVessel , PLMD::vesselbase::Vessel
• setc() : PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• setCalcData() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setCharge() : PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::Units
• setCharges() : PLMD::Atoms
• setCoeffDescription() : PLMD::ves::CoeffsBase
• setCol() : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• setCollectEnergy() : PLMD::Atoms
• setComponentsIntroduction() : PLMD::Keywords
• setCubeUnits() : PLMD::gridtools::GridVessel
• setCurrentBiasMaxValue() : PLMD::ves::VesBias
• setCurrentStepSize() : PLMD::ves::Optimizer
• setCurrentStepSizes() : PLMD::ves::Optimizer
• setCutoff() : PLMD::LinkCells
• setData() : PLMD::DataFetchingObject , PLMD::DataFetchingObjectTyped< T > , PLMD::KernelFunctions
• setDataElement() : PLMD::vesselbase::AveragingVessel
• setDataLabel() : PLMD::ves::CoeffsBase
• setDataSize() : PLMD::vesselbase::AveragingVessel
• setDerivative() : PLMD::function::Function , PLMD::multicolvar::CatomPack , PLMD::MultiValue , PLMD::Value
• setDerivatives() : PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setDescription() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setDimension() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setDimensionLabel() : PLMD::ves::CoeffsBase
• setDirection() : PLMD::Direction
• setDisplace() : PLMD::RMSD
• setDomain() : PLMD::Value
• setDomainDecomposition() : PLMD::Atoms
• setDynamic() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setEndPlumed() : PLMD::PlumedMain
• setEnergy() : PLMD::Atoms , PLMD::Units
• setExchangeStep() : PLMD::PlumedMain
• setExtraCV() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::Atoms , PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• setExtraCVForce() : PLMD::Atoms , PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• setf() : PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• setFesGridNeeded() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setFesOutputStride() : PLMD::ves::Optimizer
• setFesProjOutputStride() : PLMD::ves::Optimizer
• setFlag() : PLMD::ExchangePatterns
• setForce() : PLMD::gridtools::GridVessel
• setForcedNormalization() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setForces() : PLMD::Atoms
• setForcesOnAtoms() : PLMD::ActionAtomistic
• setFromVector() : PLMD::Matrix< T >
• setGradients() : PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::Value
• setGradientsIfNeeded() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::ActionWithVirtualAtom
• setGridBins() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion , PLMD::ves::VesBias
• setGridElement() : PLMD::gridtools::GridVessel
• setGridMax() : PLMD::ves::VesBias
• setGridMin() : PLMD::ves::VesBias
• setHardCutoffOnWeight() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• setHeavyFlush() : PLMD::FileBase
• setidx : PLMD::molfile::molfile_volumetric_readwrite_t
• setIndex() : PLMD::AtomNumber , PLMD::multicolvar::AtomValuePack , PLMD::multicolvar::CatomPack
• setInputData() : PLMD::CLTool
• setInterval() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setIntervalBounded() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setIntervalNonBounded() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setIntrinsicInterval() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setIterationCounter() : PLMD::ves::CoeffsBase , PLMD::ves::Optimizer
• setIterationCounterAndTime() : PLMD::ves::CoeffsBase
• setKbT() : PLMD::Atoms
• setKernelType() : PLMD::HistogramBead
• setLabel() : PLMD::ves::BasisFunctions , PLMD::ves::CoeffsBase
• setLabelPrefix() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setLabels() : PLMD::ves::BasisFunctions , PLMD::ves::CoeffsBase
• setLastUpdate() : PLMD::NeighborList
• setLength() : PLMD::Units
• setLinePrefix() : PLMD::OFile
• setLinkCellCutoff() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• setLocalDerivative() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• setLowMemOption() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• setm() : PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• setMass() : PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::Units
• setMasses() : PLMD::Atoms
• setMatrixIndexesForTask() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase
• setMDChargeUnits() : PLMD::Atoms
• setMDEnergyUnits() : PLMD::Atoms
• setMDLengthUnits() : PLMD::Atoms
• setMDMassUnits() : PLMD::Atoms
• setMDNaturalUnits() : PLMD::Atoms
• setMDTimeUnits() : PLMD::Atoms
• setMetaDer() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setMinimumOfTargetDistGridToZero() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setMinToZero() : PLMD::Grid
• setNarg() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setNatoms() : PLMD::Atoms
• setNaturalUnits() : PLMD::Atoms
• setNelemAndShape() : PLMD::TypesafePtr
• setNoDerivatives() : PLMD::gridtools::GridVessel
• setNofR() : PLMD::ExchangePatterns
• setNonPeriodic() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setNorm() : PLMD::vesselbase::AveragingVessel
• setNotPeriodic() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::Value
• setNumberInVolume() : PLMD::multicolvar::VolumeGradientBase
• setNumberOfAtoms() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• setNumberOfBasisFunctions() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setNumericalIntegrationBins() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setNumThreads() : PLMD::OpenMP
• setOperation() : PLMD::lepton::ExpressionProgram
• setOption() : PLMD::Action
• setOrder() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setOutputAction() : PLMD::vesselbase::BridgeVessel
• setOutputFmt() : PLMD::GridBase , PLMD::ves::CoeffsBase
• setOutputForce() : PLMD::bias::Bias
• setOutputValue() : PLMD::vesselbase::ValueVessel
• setp() : PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• setParallel() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setParameter() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setParameters() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setPeriodic() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::ves::BasisFunctions
• setPosition() : PLMD::ActionWithVirtualAtom
• setPositions() : PLMD::Atoms , PLMD::PDB
• setPositionsCenter() : PLMD::RMSDCoreData
• setPositionsCenterIsRemoved() : PLMD::RMSDCoreData
• setRealPrecision() : PLMD::Atoms
• setReference() : PLMD::ERMSD , PLMD::RMSD
• setReferenceArguments() : PLMD::ReferenceArguments
• setReferenceAtoms() : PLMD::Direction , PLMD::DRMSD , PLMD::MultiDomainRMSD , PLMD::ReferenceAtoms , PLMD::SingleDomainRMSD
• setReferenceCenter() : PLMD::RMSDCoreData
• setReferenceCenterIsRemoved() : PLMD::RMSDCoreData
• setRemainingToDefault() : PLMD::CLTool
• setRequestList() : PLMD::NeighborList
• setRescaledToBias() : PLMD::BiasRepresentation
• setRestart() : PLMD::PlumedMain
• setRow() : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• setScore() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setSecondaryStructure() : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• setSeed() : PLMD::ExchangePatterns , PLMD::Random
• setSerial() : PLMD::AtomNumber , PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setStatic() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setStepOfLastBiasGridUpdate() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setStepOfLastBiasWithoutCutoffGridUpdate() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setStepOfLastFesGridUpdate() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setStepSize() : PLMD::ves::Optimizer
• setStepSizes() : PLMD::ves::Optimizer
• setStride() : PLMD::ActionPilot
• setStyle() : PLMD::Keywords::KeyType
• setSuffix() : PLMD::PlumedMain
• setTargetDistance() : PLMD::dimred::DimensionalityReductionBase , PLMD::dimred::PCA , PLMD::dimred::SketchMapBase
• setTargetDistAverages() : PLMD::ves::VesBias
• setTargetDistAveragesToZero() : PLMD::ves::VesBias
• setTargetDistOutputStride() : PLMD::ves::Optimizer
• setTargetDistProjOutputStride() : PLMD::ves::Optimizer
• setTime() : PLMD::Units , PLMD::ves::CoeffsBase
• setTimeStep() : PLMD::Atoms
• setType() : PLMD::RMSD , PLMD::ves::BasisFunctions , PLMD::ves::CoeffsBase
• setUniformIntegral() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setUniformIntegrals() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setUnits() : PLMD::Atoms , PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• setup() : PLMD::pamm::HBPammObject , PLMD::pamm::PammObject
• setup_completed : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• setup_targets() : PLMD::DRMSD , PLMD::IntermolecularDRMSD , PLMD::IntramolecularDRMSD
• setupActiveTaskSet() : PLMD::adjmat::ClusterAnalysisBase , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• setupAdditionalGrids() : PLMD::ves::TargetDistribution , PLMD::ves::TD_Custom , PLMD::ves::TD_LinearCombination , PLMD::ves::TD_ProductCombination , PLMD::ves::TD_ProductDistribution , PLMD::ves::TD_Uniform
• setupAtomsFromLinkCells() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• setupBasisFunctionsInfo() : PLMD::ves::CoeffsBase
• setupBF() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setupBiasCutoff() : PLMD::ves::TargetDistribution , PLMD::ves::VesBias
• setupBiasFileOutput() : PLMD::ves::VesBias , PLMD::ves::VesLinearExpansion
• setupBiasGrid() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setupConnector() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase , PLMD::adjmat::AlignedMatrixBase , PLMD::adjmat::ContactMatrix , PLMD::adjmat::HBondMatrix , PLMD::adjmat::TopologyMatrix , PLMD::pamm::HBPammMatrix
• setupConstants() : PLMD::colvar::EEFSolv
• setupCurrentAtomList() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• setupExponentiallyDecayingAveraging() : PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• setupFesFileOutput() : PLMD::ves::VesBias , PLMD::ves::VesLinearExpansion
• setupFesGrid() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setupFesProjFileOutput() : PLMD::ves::VesBias , PLMD::ves::VesLinearExpansion
• setupFesProjGrid() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setupFibonacciGrid() : PLMD::gridtools::GridVessel
• setupGeneralGrid() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setupGrid() : PLMD::ves::WaveletGrid
• setupGrids() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setupHASELparam() : PLMD::sasa::SASA_HASEL
• setupInterval() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setupLabels() : PLMD::ves::BasisFunctions , PLMD::ves::BF_Combined , PLMD::ves::BF_Cosine , PLMD::ves::BF_Fourier , PLMD::ves::BF_Gaussians , PLMD::ves::BF_Powers , PLMD::ves::BF_Sine , PLMD::ves::BF_Wavelets
• setupLCPOparam() : PLMD::sasa::SASA_LCPO
• setupLinkCells() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• setupMatrices() : PLMD::ves::WaveletGrid
• setupMatrix() : PLMD::ves::CoeffsMatrix
• setupMaxSurfMap() : PLMD::sasa::SASA_HASEL , PLMD::sasa::SASA_LCPO
• setupMPICommunication() : PLMD::DynamicList< T >
• setupMultiColvarBase() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• setupNonUseSpeciesLinkCells() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• setupOFiles() : PLMD::ves::Optimizer
• setupOutObservable() : PLMD::fisst::FISST
• setupOutRestart() : PLMD::eds::EDS , PLMD::fisst::FISST
• setupPCAStorage() : PLMD::ArgumentOnlyDistance , PLMD::MultiDomainRMSD , PLMD::OptimalRMSD , PLMD::ReferenceConfiguration , PLMD::SimpleRMSD
• setupPeriodicity() : PLMD::Value
• setupPrintValue() : PLMD::OFile
• setupRegions() : PLMD::crystallization::Gradient , PLMD::multicolvar::VolumeAround , PLMD::multicolvar::VolumeCavity , PLMD::multicolvar::VolumeGradientBase , PLMD::multicolvar::VolumeInCylinder , PLMD::multicolvar::VolumeInEnvelope , PLMD::multicolvar::VolumeInSphere , PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• setupRMSDObject() : PLMD::OptimalRMSD , PLMD::SingleDomainRMSD
• setupTargetDistFileOutput() : PLMD::ves::VesBias
• setupTargetDistPntr() : PLMD::ves::OutputBasisFunctions
• setupTargetDistProjFileOutput() : PLMD::ves::VesBias
• setupTargetDistribution() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setupTypeMap() : PLMD::colvar::EEFSolv
• setupUniformIntegrals() : PLMD::ves::BasisFunctions , PLMD::ves::BF_Chebyshev , PLMD::ves::BF_Combined , PLMD::ves::BF_Cosine , PLMD::ves::BF_Fourier , PLMD::ves::BF_Legendre , PLMD::ves::BF_Sine
• setupUniformTargetDistribution() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setupValueMap() : PLMD::colvar::EEFSolv
• setValIndex() : PLMD::ReferenceValuePack
• setValue() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::Grid , PLMD::GridBase , PLMD::multicolvar::AtomValuePack , PLMD::MultiValue , PLMD::SparseGrid , PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• setValueAndDerivatives() : PLMD::Grid , PLMD::GridBase , PLMD::gridtools::GridVessel , PLMD::SparseGrid
• setValues() : PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• setValuesFromDifferentShape() : PLMD::ves::CoeffsVector
• setVariableLocations() : PLMD::lepton::CompiledExpression
• setVectorDimensionality() : PLMD::crystallization::VectorMultiColvar
• setVirial() : PLMD::Atoms , PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• sf : PLMD::adjmat::ClusterDistribution , PLMD::adjmat::ContactAlignedMatrix , PLMD::multicolvar::FilterLess , PLMD::multicolvar::FilterMore , PLMD::vesselbase::LessThan , PLMD::vesselbase::MoreThan
• sf1 : PLMD::multicolvar::Angles , PLMD::multicolvar::Bridge , PLMD::multicolvar::XAngles , PLMD::multicolvar::XYTorsion
• sf2 : PLMD::multicolvar::Angles , PLMD::multicolvar::Bridge
• sfile_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• sfrac : PLMD::mapping::PathReparameterization
• sfs : PLMD::colvar::ContactMap , PLMD::piv::PIV
• sfunc : PLMD::multicolvar::VolumeInEnvelope
• sgn() : PLMD::logmfd::LogMFD , PLMD::maze::tls
• shape : PLMD::TypesafePtr , plumed_safeptr , plumed_safeptr_x
• shape_ : PLMD::ves::TD_GeneralizedExtremeValue
• shapeOfIndices() : PLMD::ves::CoeffsBase
• share() : PLMD::Atoms
• shareAll() : PLMD::Atoms
• shared_ : PLMD::isdb::Rescale
• shareData() : PLMD::PlumedMain
• shell_types : PLMD::molfile::molfile_qm_basis_t
• shift : PLMD::BiasWeight , PLMD::generic::FitToTemplate , PLMD::SwitchingFunction
• shift_ : PLMD::ves::TD_Grid
• shift_targetdist_to_zero_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• shifts : PLMD::Pbc
• shifts_ : PLMD::ves::BF_Wavelets
• shortcutlabel : PLMD::ActionShortcut
• ShortcutVessel : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel , PLMD::vesselbase::ShortcutVessel
• Shuffle() : PLMD::Random
• shuffledAtoms : PLMD::Atoms
• side_chain : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• side_chain_atoms() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• sigma : PLMD::adjmat::TopologyMatrix , PLMD::bias::MaxEnt , PLMD::bias::MetaD::Gaussian , PLMD::bias::PBMetaD::Gaussian , PLMD::crystallization::Gradient , PLMD::FlexibleBin , PLMD::multicolvar::ActionVolume , PLMD::multicolvar::VolumeCavity , PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore , PLMD::opes::OPESmetad< mode >::kernel
• sigma0_ : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD , PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• sigma0max_ : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD
• sigma0min_ : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD
• sigma_ : PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase , PLMD::opes::ECVumbrellasLine , PLMD::ves::TD_Chi , PLMD::ves::TD_ChiSquared , PLMD::ves::TD_Multicanonical , PLMD::ves::TD_MultithermalMultibaric
• sigma_max_ : PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase , PLMD::ves::TD_Uniform
• sigma_max_est_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• sigma_mean2_ : PLMD::isdb::Caliber , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• sigma_mean2_last_ : PLMD::isdb::Caliber , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• sigma_min_ : PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase , PLMD::opes::OPESmetad< mode > , PLMD::ves::TD_Uniform
• sigma_square : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• sigmamax : PLMD::FlexibleBin
• sigmamax_opt_done_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• sigmamin : PLMD::FlexibleBin
• sigmas_ : PLMD::opes::ECVumbrellasFile , PLMD::ves::TD_ExponentiallyModifiedGaussian , PLMD::ves::TD_Gaussian , PLMD::ves::TD_VonMises
• sigmaSqr_ : PLMD::crystallization::EnvironmentSimilarity
• similarity : PLMD::colvar::PathMSDBase::ImagePath
• SIMPLE : PLMD::RMSD
• simpleAlignment() : PLMD::RMSD
• SimpleCubic() : PLMD::crystallization::SimpleCubic
• SimpleMD() : PLMD::cltools::SimpleMD
• SimpleRMSD() : PLMD::SimpleRMSD
• simtemp : PLMD::bias::MaxEnt , PLMD::bias::ReweightBase , PLMD::gridtools::ConvertToFES
• Simulated_Annealing() : PLMD::maze::Simulated_Annealing
• Sin() : PLMD::lepton::Operation
• SIN : PLMD::lepton::Operation
• singleDomainRequests() : PLMD::ReferenceAtoms
• SingleDomainRMSD : PLMD::ReferenceAtoms , PLMD::ReferenceConfiguration , PLMD::SingleDomainRMSD
• SINH : PLMD::lepton::Operation
• Sinh() : PLMD::lepton::Operation
• size : PLMD::Communicator::ConstData , PLMD::Communicator::Data , PLMD::Keywords , PLMD::molfile::molfile_graphics_t , PLMD::NeighborList , PLMD::PDB
• size_ : PLMD::isdb::EMMI , PLMD::ves::CoeffsMatrix
• SketchMap() : PLMD::dimred::SketchMap
• SketchMapBase : PLMD::dimred::DimensionalityReductionBase , PLMD::dimred::SketchMapBase
• SketchMapConjGrad() : PLMD::dimred::SketchMapConjGrad
• SketchMapPointwise() : PLMD::dimred::SketchMapPointwise
• SketchMapRead() : PLMD::dimred::SketchMapRead
• SketchMapSmacof() : PLMD::dimred::SketchMapSmacof
• slope : PLMD::bias::Restraint , PLMD::funnel::Funnel
• SMAC() : PLMD::crystallization::SMAC
• SMACMatrix() : PLMD::adjmat::SMACMatrix
• SmacofMDS() : PLMD::dimred::SmacofMDS
• smap : PLMD::SwitchingFunction
• smap_tol : PLMD::dimred::SketchMapSmacof
• smapbase : PLMD::dimred::SketchMapBase
• smoothening_ : PLMD::ves::TD_Multicanonical , PLMD::ves::TD_MultithermalMultibaric
• solve() : PLMD::maze::Memetic
• Sort() : PLMD::function::Sort
• sort() : PLMD::LatticeReduction
• sort_indices : PLMD::MultiValue
• sort_members() : PLMD::maze::Memetic
• sort_vector : PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• sortActiveList() : PLMD::DynamicList< T > , PLMD::MultiValue
• sp : PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel , PLMD::Subprocess::Handler
• spacing_ : PLMD::ves::BF_CubicBsplines
• SparseGrid() : PLMD::SparseGrid
• SpathVessel() : PLMD::mapping::SpathVessel
• specialSymbol() : PLMD::MolDataClass
• spin : PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
• spline() : PLMD::ves::BF_CubicBsplines
• Split() : PLMD::Communicator
• split() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• splitInputDerivatives() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• Sprint() : PLMD::adjmat::Sprint
• sqdonly : PLMD::function::Stats
• SQRT : PLMD::lepton::Operation
• Sqrt() : PLMD::lepton::Operation
• sqrt2_pi_ : PLMD::isdb::EMMI
• sqrtn : PLMD::adjmat::Sprint
• sqrtweight : PLMD::ReferenceArguments
• SQUARE : PLMD::lepton::Operation
• Square() : PLMD::lepton::Operation
• squared : PLMD::colvar::MultiRMSD , PLMD::colvar::PCARMSD , PLMD::colvar::RMSD , PLMD::funnel::FUNNEL_PS
• ssds_ : PLMD::eds::EDS
• stack() : PLMD::Exception
• stackSize : PLMD::lepton::ExpressionProgram
• stackTrace : PLMD::Exception
• start() : PLMD::Stopwatch , PLMD::Stopwatch::Watch
• start_step_0() : PLMD::maze::Optimizer
• start_step_stride() : PLMD::maze::Optimizer
• startPause() : PLMD::Stopwatch , PLMD::Stopwatch::Watch
• starts : PLMD::crystallization::GradientVessel
• startStep() : PLMD::Atoms
• startStop() : PLMD::Stopwatch , PLMD::Stopwatch::Watch
• startWith() : PLMD::Tools
• stash : PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity
• stashes : PLMD::analysis::Histogram
• state : PLMD::Stopwatch::Watch
• State : PLMD::Stopwatch::Watch
• stateOfile_ : PLMD::opes::OPESexpanded , PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• static_grid_calculated : PLMD::ves::TargetDistribution
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• Steered_MD() : PLMD::maze::Steered_MD
• Steinhardt() : PLMD::crystallization::Steinhardt
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• Step() : PLMD::lepton::Operation
• STEP : PLMD::lepton::Operation
• step : PLMD::molfile::md_ts , PLMD::molfile::trx_hdr , PLMD::PlumedMain , PLMD::xdrfile::t_trnheader
• step_of_last_biasgrid_update : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
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• stochastic_hill_climbing() : PLMD::maze::Memetic
• stop : PLMD::generic::Plumed , PLMD::PlumedMain , PLMD::Stopwatch::Handler , PLMD::Stopwatch , PLMD::Stopwatch::Watch , PLMD::Subprocess
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• Stopwatch : PLMD::Stopwatch::Handler , PLMD::Stopwatch , PLMD::Stopwatch::Watch
• stopwatch : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
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• store_director : PLMD::crystallization::VectorMultiColvar
• store_norm : PLMD::gridtools::FourierTransform
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• str_max : PLMD::gridtools::GridVessel , PLMD::Value
• str_max_ : PLMD::GridBase
• str_min : PLMD::gridtools::GridVessel , PLMD::Value
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• stretch : PLMD::SwitchingFunction
• stretchA : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD , PLMD::KernelFunctions
• stretchB : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD , PLMD::KernelFunctions
• stretchedgaussian : PLMD::KernelFunctions
• stride : PLMD::ActionPilot , PLMD::gridtools::GridVessel , PLMD::sasa::SASA_HASEL , PLMD::sasa::SASA_LCPO
• stride_ : PLMD::bias::MaxEnt , PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD , PLMD::maze::Optimizer , PLMD::NeighborList , PLMD::opes::OPESexpanded , PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• stringToType() : PLMD::ves::WaveletGrid
• stripLeadingAndTrailingBlanks() : PLMD::Tools
• style : PLMD::Keywords::KeyType , PLMD::Keywords , PLMD::molfile::molfile_graphics_t
• Subprocess : PLMD::Subprocess::Handler , PLMD::Subprocess
• substituteSimplerExpression() : PLMD::lepton::ParsedExpression
• SUBTRACT : PLMD::lepton::Operation
• Subtract() : PLMD::lepton::Operation
• subtractFromValues() : PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• suffix : PLMD::PlumedMain
• Sum() : PLMD::Communicator , PLMD::vesselbase::Sum
• sum_weights2_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• sum_weights_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• sum_x : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• sum_x_square : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• sumCommMPI() : PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• sumlen : PLMD::mapping::PathReparameterization
• sumMultiSimCommMPI() : PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• svd : PLMD::isdb::RDC
• Svol : PLMD::piv::PIV
• sw : PLMD::piv::PIV
• switchGaussian : PLMD::Random
• switchingFunction : PLMD::adjmat::AlignedMatrixBase , PLMD::adjmat::ContactMatrix , PLMD::adjmat::TopologyMatrix , PLMD::colvar::Coordination , PLMD::crystallization::BondOrientation , PLMD::crystallization::CubicHarmonicBase , PLMD::crystallization::InterMolecularTorsions , PLMD::crystallization::OrientationSphere , PLMD::crystallization::Steinhardt , PLMD::multicolvar::CoordinationNumbers , PLMD::multicolvar::LocalAverage , PLMD::multicolvar::NumberOfLinks , PLMD::multicolvar::VolumeInCylinder , PLMD::multicolvar::VolumeInSphere
• switchOnPCAOption() : PLMD::ReferenceValuePack
• sym_alpha_size_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• sym_size : PLMD::molfile::trx_hdr , PLMD::xdrfile::t_trnheader
• symmetric : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixVessel
• sz : PLMD::Matrix< T >