- e -
- ECVcustom()
: PLMD::opes::ECVcustom
- ECVlinear()
: PLMD::opes::ECVlinear
- ECVmultiThermal()
: PLMD::opes::ECVmultiThermal
- ECVmultiThermalBaric()
: PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
- ECVumbrellasFile()
: PLMD::opes::ECVumbrellasFile
- ECVumbrellasLine()
: PLMD::opes::ECVumbrellasLine
- EDS()
: PLMD::eds::EDS
- EEFSolv()
: PLMD::colvar::EEFSolv
- EffectiveEnergyDrift()
: PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
- EMMI()
: PLMD::isdb::EMMI
- empty()
: PLMD::Citations
- emptyActiveMembers()
: PLMD::DynamicList< T >
, PLMD::MultiValue
- enable()
: PLMD::Atoms::DomainDecomposition
- enableBiasFileOutput()
: PLMD::ves::VesBias
- enabled()
: PLMD::LinkCells
- enableDynamicTargetDistFileOutput()
: PLMD::ves::VesBias
- enableDynamicTargetDistribution()
: PLMD::ves::VesBias
- enableFesFileOutput()
: PLMD::ves::VesBias
- enableFesProjFileOutput()
: PLMD::ves::VesBias
- enableHessian()
: PLMD::ves::Optimizer
, PLMD::ves::VesBias
- enableIterationNumberInFilenames()
: PLMD::ves::VesBias
- enableMultipleCoeffsSets()
: PLMD::ves::VesBias
- enableStaticTargetDistFileOutput()
: PLMD::ves::VesBias
- EndPlumed()
: PLMD::generic::EndPlumed
- Energy()
: PLMD::colvar::Energy
- enforceBackup()
: PLMD::OFile
- enforceRestart()
: PLMD::OFile
- enforceSuffix()
: PLMD::FileBase
- Ensemble()
: PLMD::function::Ensemble
- EnvironmentSimilarity()
: PLMD::crystallization::EnvironmentSimilarity
- eraseFile()
: PLMD::PlumedMain
- Erf()
: PLMD::lepton::Operation
- Erfc()
: PLMD::lepton::Operation
- ERMSD()
: PLMD::colvar::ERMSD
, PLMD::ERMSD
- error()
: PLMD::Action
, PLMD::CLTool
, PLMD::DLLoader
, PLMD::ReferenceConfiguration
, PLMD::vesselbase::Vessel
- estimateNumSteps()
: PLMD::opes::ExpansionCVs
- EuclideanDissimilarityMatrix()
: PLMD::analysis::EuclideanDissimilarityMatrix
- EuclideanDistance()
: PLMD::EuclideanDistance
- evaluate()
: PLMD::KernelFunctions
, PLMD::lepton::CompiledExpression
, PLMD::lepton::CustomFunction
, PLMD::lepton::ExpressionProgram
, PLMD::lepton::Operation
, PLMD::lepton::ParsedExpression
, PLMD::lepton::PlaceholderFunction
, PLMD::pamm::HBPammObject
, PLMD::pamm::PammObject
- evaluateDerivative()
: PLMD::lepton::CustomFunction
, PLMD::lepton::PlaceholderFunction
- evaluateGaussian()
: PLMD::bias::MetaD
, PLMD::bias::PBMetaD
- evaluateGaussianAndDerivatives()
: PLMD::bias::MetaD
- evaluateKernel()
: PLMD::opes::OPESmetad< mode >
- evaluateNumericalDerivatives()
: PLMD::cltools::Driver< real >
- Exception()
: PLMD::Exception
, PLMD::lepton::Exception
, PLMD::Plumed::Exception
- ExceptionDebug()
: PLMD::Plumed::ExceptionDebug
- ExceptionError()
: PLMD::Plumed::ExceptionError
- ExceptionTypeError()
: PLMD::Plumed::ExceptionTypeError
- ExchangePatterns()
: PLMD::ExchangePatterns
- exists()
: PLMD::ActionWithValue
, PLMD::Keywords
- exit()
: PLMD::Action
, PLMD::PlumedMain
- Exp()
: PLMD::lepton::Operation
- expandArgKeywordInPDB()
: PLMD::ActionWithArguments
- ExpansionCVs()
: PLMD::opes::ExpansionCVs
- explore()
: PLMD::adjmat::DFSClustering
, PLMD::adjmat::OutputCluster
- explore_dfs()
: PLMD::adjmat::OutputCluster
- ExponentiallyModifiedGaussianDiagonal()
: PLMD::ves::TD_ExponentiallyModifiedGaussian
- ExponentialPowerDiagonal()
: PLMD::ves::TD_GeneralizedNormal
- ExpressionProgram()
: PLMD::lepton::ExpressionProgram
- ExpressionTreeNode()
: PLMD::lepton::ExpressionTreeNode
- ExtendedLagrangian()
: PLMD::bias::ExtendedLagrangian
- extension()
: PLMD::Tools
- External()
: PLMD::bias::External
- extra_msg()
: PLMD::TypesafePtr
- extractArgumentDisplacement()
: PLMD::Direction
, PLMD::ReferenceArguments
- extractAtomicDisplacement()
: PLMD::Direction
, PLMD::MultiDomainRMSD
, PLMD::OptimalRMSD
, PLMD::ReferenceAtoms
, PLMD::SimpleRMSD
- extractDisplacementVector()
: PLMD::ReferenceConfiguration
- ExtraCV()
: PLMD::colvar::ExtraCV