- c -

• calc() : PLMD::ArgumentOnlyDistance , PLMD::Direction , PLMD::DRMSD , PLMD::FakeFrame , PLMD::MultiDomainRMSD , PLMD::OptimalRMSD , PLMD::PlumedMain , PLMD::ReferenceConfiguration , PLMD::RMSDBase , PLMD::SimpleRMSD , PLMD::SingleDomainRMSD
• calc_1D_pmf() : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• calc_covar_step_size() : PLMD::eds::EDS
• calc_DDistDRef() : PLMD::RMSD
• calc_DDistDRef_Rot_DRotDPos() : PLMD::RMSD
• calc_DDistDRef_Rot_DRotDPos_DRotDRef() : PLMD::RMSD
• calc_energy() : PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
• calc_FitElements() : PLMD::RMSD
• calc_lm_step_size() : PLMD::eds::EDS
• calc_PCAelements() : PLMD::RMSD
• calc_pmf() : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• calc_Rot() : PLMD::RMSD
• calc_Rot_DRotDRr01() : PLMD::RMSD
• calc_SOMA() : PLMD::RMSD
• calc_ssd_step_size() : PLMD::eds::EDS
• calc_temp() : PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
• calcClog() : PLMD::logmfd::LogMFD
• calcCurrentPathSpacings() : PLMD::mapping::PathReparameterization
• calcDerivatives() : PLMD::MinimiseBase< FCLASS >
• calcEkin() : PLMD::logmfd::LogMFD
• calcFlog() : PLMD::logmfd::LogMFD
• calcIntegerValues() : PLMD::ves::WaveletGrid
• calcMat() : PLMD::ERMSD
• calcMeanForce() : PLMD::logmfd::LogMFD
• calcNlist() : PLMD::sasa::SASA_HASEL , PLMD::sasa::SASA_LCPO
• calcPositionsCenter() : PLMD::RMSDCoreData
• calcPotential() : PLMD::manyrestraints::LWalls , PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase , PLMD::manyrestraints::UWalls
• calcReferenceCenter() : PLMD::RMSDCoreData
• calcTransform() : PLMD::mapping::ZpathVessel , PLMD::vesselbase::AltMin , PLMD::vesselbase::Between , PLMD::vesselbase::FunctionVessel , PLMD::vesselbase::LessThan , PLMD::vesselbase::Max , PLMD::vesselbase::Mean , PLMD::vesselbase::Min , PLMD::vesselbase::MoreThan , PLMD::vesselbase::Sum
• calculate() : PLMD::Action , PLMD::ActionAnyorder , PLMD::ActionSetup , PLMD::ActionShortcut , PLMD::adjmat::ClusterDiameter , PLMD::adjmat::ClusterDistribution , PLMD::adjmat::ClusteringBase , PLMD::adjmat::ClusterProperties , PLMD::adjmat::ClusterSize , PLMD::adjmat::DumpGraph , PLMD::adjmat::OutputCluster , PLMD::adjmat::Sprint , PLMD::analysis::AnalysisBase , PLMD::analysis::Average , PLMD::analysis::AverageVessel , PLMD::analysis::Committor , PLMD::ArgumentOnlyDistance , PLMD::bias::ABMD , PLMD::bias::BiasValue , PLMD::bias::ExtendedLagrangian , PLMD::bias::External , PLMD::bias::LWalls , PLMD::bias::MaxEnt , PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::MovingRestraint , PLMD::bias::PBMetaD , PLMD::bias::Restraint , PLMD::bias::ReweightBase , PLMD::bias::UWalls , PLMD::colvar::Angle , PLMD::colvar::Cell , PLMD::colvar::ColvarFake , PLMD::colvar::Constant , PLMD::colvar::ContactMap , PLMD::colvar::CoordinationBase , PLMD::colvar::Dimer , PLMD::colvar::Dipole , PLMD::colvar::Distance , PLMD::colvar::DRMSD , PLMD::colvar::EEFSolv , PLMD::colvar::Energy , PLMD::colvar::ERMSD , PLMD::colvar::ExtraCV , PLMD::colvar::Gyration , PLMD::colvar::MultiRMSD , PLMD::colvar::PathMSDBase , PLMD::colvar::PCARMSD , PLMD::colvar::Position , PLMD::colvar::ProjectionOnAxis , PLMD::colvar::Puckering , PLMD::colvar::RMSD , PLMD::colvar::Template , PLMD::colvar::Torsion , PLMD::colvar::Volume , PLMD::crystallization::GradientVessel , PLMD::crystallization::VectorMean , PLMD::crystallization::VectorSum , PLMD::eds::EDS , PLMD::ERMSD , PLMD::fisst::FISST , PLMD::function::annfunc::ANN , PLMD::function::Combine , PLMD::function::Custom , PLMD::function::Ensemble , PLMD::function::FuncPathGeneral , PLMD::function::FuncPathMSD , PLMD::function::FuncSumHills , PLMD::function::LocalEnsemble , PLMD::function::Piecewise , PLMD::function::Sort , PLMD::function::Stats , PLMD::function::Target , PLMD::funnel::Funnel , PLMD::funnel::FUNNEL_PS , PLMD::generic::Debug , PLMD::generic::DumpAtoms , PLMD::generic::DumpDerivatives , PLMD::generic::DumpForces , PLMD::generic::DumpMassCharge , PLMD::generic::DumpProjections , PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift , PLMD::generic::EndPlumed , PLMD::generic::FitToTemplate , PLMD::generic::Flush , PLMD::generic::Group , PLMD::generic::Include , PLMD::generic::Plumed , PLMD::generic::Print , PLMD::generic::RandomExchanges , PLMD::generic::Read , PLMD::generic::ResetCell , PLMD::generic::Time , PLMD::generic::UpdateIf , PLMD::generic::WholeMolecules , PLMD::generic::WrapAround , PLMD::GenericMolInfo , PLMD::GREX , PLMD::gridtools::ActionWithGrid , PLMD::gridtools::GridPrintingBase , PLMD::gridtools::GridVessel , PLMD::gridtools::HistogramOnGrid , PLMD::HistogramBead , PLMD::isdb::Caliber , PLMD::isdb::CS2Backbone , PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::FretEfficiency , PLMD::isdb::JCoupling , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::NOE , PLMD::isdb::PRE , PLMD::isdb::RDC , PLMD::isdb::Rescale , PLMD::isdb::SAXS , PLMD::isdb::Select , PLMD::isdb::Selector , PLMD::logmfd::LogMFD , PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase , PLMD::mapping::AdaptivePath , PLMD::mapping::PathBase , PLMD::mapping::PCAVars , PLMD::mapping::SpathVessel , PLMD::maze::Loss , PLMD::maze::Optimizer , PLMD::maze::OptimizerBias , PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::CenterOfMultiColvar , PLMD::multicolvar::DistanceFromContour , PLMD::multicolvar::DumpMultiColvar , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::MultiDomainRMSD , PLMD::opes::ExpansionCVs , PLMD::opes::OPESexpanded , PLMD::opes::OPESmetad< mode > , PLMD::piv::PIV , PLMD::ReferenceConfiguration , PLMD::RMSD , PLMD::RMSDBase , PLMD::s2cm::S2ContactModel , PLMD::sasa::SASA_HASEL , PLMD::sasa::SASA_LCPO , PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD , PLMD::SingleDomainRMSD , PLMD::SwitchingFunction , PLMD::TargetDist , PLMD::vatom::Center , PLMD::vatom::FixedAtom , PLMD::vatom::Ghost , PLMD::ves::BasisFunctions , PLMD::ves::FermiSwitchingFunction , PLMD::ves::Optimizer , PLMD::ves::OutputBasisFunctions , PLMD::ves::OutputFesBias , PLMD::ves::OutputTargetDistribution , PLMD::ves::TargetDistribution , PLMD::ves::VesDeltaF , PLMD::ves::VesLinearExpansion , PLMD::vesselbase::BridgeVessel , PLMD::vesselbase::FunctionVessel , PLMD::vesselbase::Moments , PLMD::vesselbase::OrderingVessel , PLMD::vesselbase::ShortcutVessel , PLMD::vesselbase::StoreDataVessel , PLMD::vesselbase::Vessel
• calculate5m() : PLMD::colvar::Puckering
• calculate6m() : PLMD::colvar::Puckering
• calculate_cpu() : PLMD::isdb::SAXS
• calculate_Gauss() : PLMD::isdb::EMMI
• calculate_gpu() : PLMD::isdb::SAXS
• calculate_Marginal() : PLMD::isdb::EMMI
• calculate_Outliers() : PLMD::isdb::EMMI
• calculate_output_of_each_layer() : PLMD::function::annfunc::ANN
• calculate_overlap() : PLMD::isdb::EMMI
• calculate_useful_stuff() : PLMD::isdb::EMMI
• calculateAllVessels() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• calculateAllVolumes() : PLMD::crystallization::Gradient , PLMD::multicolvar::ActionVolume , PLMD::multicolvar::VolumeGradientBase
• calculateArgumentDistance() : PLMD::DotProductDistance , PLMD::ReferenceArguments
• calculateASF() : PLMD::isdb::SAXS
• calculateAtomicNumericalDerivatives() : PLMD::ActionAtomistic
• calculateCenter() : PLMD::RMSD
• calculateCentralAtomPosition() : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction
• calculateCoordinationPrefactor() : PLMD::crystallization::OrientationSphere , PLMD::crystallization::SMAC
• calculateCubicHarmonic() : PLMD::crystallization::CubicHarmonicBase , PLMD::crystallization::Fccubic , PLMD::crystallization::SimpleCubic , PLMD::crystallization::Tetrahedral
• calculateDistanceFunction() : PLMD::mapping::Mapping
• calculateECVs() : PLMD::opes::ECVcustom , PLMD::opes::ECVlinear , PLMD::opes::ECVmultiThermal , PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric , PLMD::opes::ECVumbrellasFile , PLMD::opes::ECVumbrellasLine , PLMD::opes::ExpansionCVs
• calculateForThree() : PLMD::adjmat::HBondMatrix
• calculateForThreeAtoms() : PLMD::adjmat::TopologyMatrix
• calculateFromPDB() : PLMD::Action
• calculateFullStress() : PLMD::dimred::SketchMapBase
• calculateNumberInside() : PLMD::multicolvar::ActionVolume , PLMD::multicolvar::VolumeAround , PLMD::multicolvar::VolumeCavity , PLMD::multicolvar::VolumeInCylinder , PLMD::multicolvar::VolumeInEnvelope , PLMD::multicolvar::VolumeInSphere , PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• calculateNumericalDerivatives() : PLMD::Action , PLMD::ActionAtomistic , PLMD::ActionWithArguments , PLMD::analysis::AnalysisBase , PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::MetainferenceBase , PLMD::mapping::Mapping , PLMD::mapping::PCAVars , PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::DumpMultiColvar , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging , PLMD::vesselbase::ActionWithInputVessel
• calculateProjections() : PLMD::dimred::ClassicalMultiDimensionalScaling , PLMD::dimred::DimensionalityReductionBase , PLMD::dimred::PCA , PLMD::dimred::SketchMapBase , PLMD::dimred::SmacofMDS
• calculateReweightFactor() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion , PLMD::ves::VesBias , PLMD::ves::VesLinearExpansion
• calculateSigma() : PLMD::dimred::SMACOF
• calculateSqr() : PLMD::SwitchingFunction
• calculateStaticDistributionGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• calculateStress() : PLMD::dimred::DimensionalityReductionBase , PLMD::dimred::PCA , PLMD::dimred::ProjectNonLandmarkPoints , PLMD::dimred::SketchMapBase
• calculateTargetDistAveragesFromGrid() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• calculateVector() : PLMD::crystallization::BondOrientation , PLMD::crystallization::MoleculeOrientation , PLMD::crystallization::MoleculePlane , PLMD::crystallization::Steinhardt , PLMD::crystallization::VectorMultiColvar
• calculateWeight() : PLMD::adjmat::AlignedMatrixBase , PLMD::adjmat::ContactMatrix , PLMD::adjmat::HBondMatrix , PLMD::adjmat::TopologyMatrix , PLMD::crystallization::BondOrientation , PLMD::crystallization::InterMolecularTorsions , PLMD::multicolvar::Angles , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::multicolvar::NumberOfLinks , PLMD::multicolvar::XAngles , PLMD::multicolvar::XYTorsion , PLMD::pamm::PAMM
• calculateWeights() : PLMD::analysis::ReadAnalysisFrames , PLMD::bias::ReweightBase , PLMD::bias::ReweightWham
• calculateWithCloseStructure() : PLMD::RMSD
• calculateWithCutoff() : PLMD::HistogramBead
• calcUsingPCAOption() : PLMD::ReferenceValuePack
• Caliber() : PLMD::isdb::Caliber
• callErrorHandler() : PLMD::PlumedMain
• cascade() : PLMD::ves::WaveletGrid
• caseInSensStringCompare() : PLMD::Tools
• Ceil() : PLMD::lepton::Operation
• Cell() : PLMD::colvar::Cell
• Center() : PLMD::vatom::Center
• center_of_mass() : PLMD::maze::Optimizer
• CenterOfMultiColvar() : PLMD::multicolvar::CenterOfMultiColvar
• chainRule() : PLMD::MultiValue , PLMD::Value
• changeBox() : PLMD::ActionAtomistic
• chargesWereSet() : PLMD::Atoms
• check() : PLMD::ActionRegister , PLMD::CLToolRegister , PLMD::MetricRegister , PLMD::vesselbase::VesselRegister
• check_GMM_d() : PLMD::isdb::EMMI
• check_lambda_boundaries() : PLMD::bias::MaxEnt
• check_list() : PLMD::cltools::SimpleMD
• checkAllActive() : PLMD::gridtools::ActionWithInputGrid , PLMD::gridtools::FindContour , PLMD::gridtools::FindContourSurface
• checkCoeffsInfo() : PLMD::ves::CoeffsBase
• checkFieldsAllowed() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::colvar::ContactMap , PLMD::piv::PIV
• checkFilesAreExisting() : PLMD::function::FuncSumHills
• checkForAtom() : PLMD::GenericMolInfo , PLMD::PDB
• checkForConnection() : PLMD::pamm::HBPammMatrix
• checkForResidue() : PLMD::PDB
• checkIfArgumentInsideInterval() : PLMD::ves::BasisFunctions
• checkIsEnergy() : PLMD::Colvar
• checkNanAndInf() : PLMD::ves::TargetDistribution
• checkNeedsGradients() : PLMD::Action , PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD , PLMD::generic::DumpProjections
• checkNumericalDerivatives() : PLMD::Action , PLMD::ActionWithValue
• checkRead() : PLMD::Action , PLMD::vesselbase::Vessel
• checkRestart() : PLMD::OFile
• checkThatTemperatureIsGiven() : PLMD::ves::VesBias
• checkUpdate() : PLMD::Action
• ChemicalShift() : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• cite() : PLMD::Action , PLMD::Citations , PLMD::PlumedMain
• ClassicalMultiDimensionalScaling() : PLMD::dimred::ClassicalMultiDimensionalScaling
• clear() : PLMD::BiasRepresentation , PLMD::Citations , PLMD::DynamicList< T > , PLMD::ERMSD , PLMD::Grid , PLMD::MultiValue , PLMD::ReferenceValuePack , PLMD::RMSD , PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector , PLMD::vesselbase::AveragingVessel
• clearAll() : PLMD::MultiValue
• clearAverage() : PLMD::gridtools::ActionWithInputGrid , PLMD::gridtools::FindContourSurface , PLMD::gridtools::FourierTransform , PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity , PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• clearCoeffsPntrsVector() : PLMD::ves::VesBias
• clearData() : PLMD::bias::ReweightBase , PLMD::bias::ReweightWham
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• close() : PLMD::FileBase
• CLTool() : PLMD::CLTool
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• CO_DA() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
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• CompiledExpression() : PLMD::lepton::CompiledExpression
• compileExpression() : PLMD::lepton::CompiledExpression
• completeNumericalDerivatives() : PLMD::vesselbase::BridgeVessel
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• componentIsNotPeriodic() : PLMD::ActionWithValue
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• compute() : PLMD::adjmat::ActionWithInputMatrix , PLMD::adjmat::AlignedMatrixBase , PLMD::adjmat::ClusterAnalysisBase , PLMD::adjmat::ContactMatrix , PLMD::adjmat::HBondMatrix , PLMD::adjmat::MatrixColumnSums , PLMD::adjmat::MatrixRowSums , PLMD::adjmat::TopologyMatrix , PLMD::analysis::Histogram , PLMD::Angle , PLMD::crystallization::CubicHarmonicBase , PLMD::crystallization::EnvironmentSimilarity , PLMD::crystallization::InterMolecularTorsions , PLMD::crystallization::OrientationSphere , PLMD::crystallization::VectorMultiColvar , PLMD::gridtools::ActionWithGrid , PLMD::gridtools::ConvertToFES , PLMD::gridtools::FindContour , PLMD::gridtools::FindContourSurface , PLMD::gridtools::FindSphericalContour , PLMD::gridtools::FourierTransform , PLMD::gridtools::IntegrateGrid , PLMD::gridtools::InterpolateGrid , PLMD::multicolvar::AlphaBeta , PLMD::multicolvar::Angles , PLMD::multicolvar::Bridge , PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::CoordinationNumbers , PLMD::multicolvar::Density , PLMD::multicolvar::DihedralCorrelation , PLMD::multicolvar::DistanceFromContour , PLMD::multicolvar::Distances , PLMD::multicolvar::InPlaneDistances , PLMD::multicolvar::LocalAverage , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::multicolvar::MultiColvarCombine , PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity , PLMD::multicolvar::MultiColvarProduct , PLMD::multicolvar::NumberOfLinks , PLMD::multicolvar::Torsions , PLMD::multicolvar::XAngles , PLMD::multicolvar::XDistances , PLMD::multicolvar::XYDistances , PLMD::multicolvar::XYTorsion , PLMD::pamm::HBPammHydrogens , PLMD::pamm::HBPammMatrix , PLMD::pamm::PAMM , PLMD::Torsion
• compute_engkin() : PLMD::cltools::SimpleMD
• compute_error() : PLMD::bias::MaxEnt
• compute_forces() : PLMD::cltools::SimpleMD
• compute_list() : PLMD::cltools::SimpleMD
• compute_observable_weight() : PLMD::fisst::FISST
• compute_ring_parameters() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• computeCovarianceFromAverages() : PLMD::ves::VesBias
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• computeHessian() : PLMD::ves::VesBias
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• computeVectorFunction() : PLMD::adjmat::AlignedMatrixBase , PLMD::adjmat::ContactAlignedMatrix , PLMD::adjmat::SMACMatrix , PLMD::crystallization::LocalSteinhardt< T > , PLMD::crystallization::OrientationSphere , PLMD::crystallization::PolymerAngles , PLMD::crystallization::SMAC
• ConjugateGradient() : PLMD::ConjugateGradient< FCLASS >
• consistencyCheck() : PLMD::colvar::Dimer
• CONST_BB2() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• Const_row() : PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >::Const_row
• CONST_SC2() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
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• CONSTAACURR() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
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• Constant() : PLMD::colvar::Constant , PLMD::lepton::Operation
• ConstData() : PLMD::Communicator::ConstData
• cont() : PLMD::Subprocess
• ContactAlignedMatrix() : PLMD::adjmat::ContactAlignedMatrix
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• convertDbl2Str() : PLMD::ves::VesTools
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• create() : PLMD::ActionRegister , PLMD::CLToolRegister , PLMD::DataFetchingObject , PLMD::GridBase , PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MetricRegister , PLMD::vesselbase::VesselRegister
• create_coding() : PLMD::maze::Memetic
• createBIAS() : PLMD::funnel::Funnel
• createCompiledExpression() : PLMD::lepton::ParsedExpression
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• Custom() : PLMD::function::Custom , PLMD::lepton::Operation