- a -

• ABMD() : PLMD::bias::ABMD
• Abort() : PLMD::Communicator
• Abs() : PLMD::lepton::Operation
• accumulate() : PLMD::analysis::AverageVessel , PLMD::gridtools::AverageOnGrid , PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• accumulateAverage() : PLMD::analysis::Average , PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• accumulateForce() : PLMD::gridtools::AverageOnGrid , PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• accumulateSymmetryFunction() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• Acos() : PLMD::lepton::Operation
• Action() : PLMD::Action
• ActionAnyorder() : PLMD::ActionAnyorder
• ActionAtomistic() : PLMD::ActionAtomistic
• ActionOptions() : PLMD::ActionOptions
• ActionPilot() : PLMD::ActionPilot
• actionRegister() : PLMD::ActionRegister
• ActionSet() : PLMD::ActionSet
• ActionSetup() : PLMD::ActionSetup
• ActionShortcut() : PLMD::ActionShortcut
• ActionVolume() : PLMD::multicolvar::ActionVolume
• ActionWithArguments() : PLMD::ActionWithArguments
• ActionWithAveraging() : PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• ActionWithGrid() : PLMD::gridtools::ActionWithGrid
• ActionWithInputGrid() : PLMD::gridtools::ActionWithInputGrid
• ActionWithInputMatrix() : PLMD::adjmat::ActionWithInputMatrix
• ActionWithInputVessel() : PLMD::vesselbase::ActionWithInputVessel
• ActionWithIntegral() : PLMD::gridtools::ActionWithIntegral
• ActionWithValue() : PLMD::ActionWithValue
• ActionWithVessel() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• ActionWithVirtualAtom() : PLMD::ActionWithVirtualAtom
• activate() : PLMD::Action , PLMD::DataFetchingObject , PLMD::DynamicList< T > , PLMD::ves::CoeffsBase
• activateAll() : PLMD::DynamicList< T >
• activateIndices() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• activateThesePoints() : PLMD::gridtools::GridVessel
• adaptive_random_search() : PLMD::maze::Memetic
• AdaptivePath() : PLMD::mapping::AdaptivePath
• add() : PLMD::ActionRegister , PLMD::Atoms , PLMD::CLToolRegister , PLMD::Keywords
• Add() : PLMD::lepton::Operation
• add() : PLMD::MetricRegister , PLMD::Value , PLMD::vesselbase::VesselRegister
• addActionThatUses() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• addArgumentDerivatives() : PLMD::ReferenceValuePack
• addAtomDerivatives() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::ReferenceValuePack
• addAtomsDerivatives() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• addBlockEnd() : PLMD::PDB
• addBoxDerivatives() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack , PLMD::ReferenceValuePack
• addBridgeForces() : PLMD::multicolvar::MultiColvarFilter , PLMD::multicolvar::VolumeGradientBase , PLMD::vesselbase::ActionWithInputVessel
• addBridgingVessel() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• addCenter() : PLMD::RMSD
• addCoeffsSet() : PLMD::ves::VesBias
• addCoeffsSetIDsToFilenames() : PLMD::ves::Optimizer
• addColvar() : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• addComDerivatives() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• addComponent() : PLMD::ActionWithValue
• addComponentWithDerivatives() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::function::Function
• addConnectionDerivatives() : PLMD::adjmat::ActionWithInputMatrix
• AddConstant() : PLMD::lepton::Operation
• addConstantField() : PLMD::OFile
• addDataElement() : PLMD::vesselbase::AveragingVessel
• addDependency() : PLMD::Action
• addDerivative() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack , PLMD::MultiValue , PLMD::Value
• addDerivativesOnMatrixElement() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase
• addDirection() : PLMD::Direction
• addFlag() : PLMD::Keywords
• addForce() : PLMD::Value
• addForcesOnArguments() : PLMD::ActionWithArguments , PLMD::vesselbase::ActionWithInputVessel
• addForcesOnAtoms() : PLMD::crystallization::VectorMultiColvar
• addGaussian() : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD
• addGrid() : PLMD::BiasRepresentation
• addIndexToList() : PLMD::DynamicList< T >
• addKernel() : PLMD::GridBase , PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• addKeywordToList() : PLMD::ves::BasisFunctions
• addOneKernelEachTimeOnly() : PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• addOutputComponent() : PLMD::Keywords
• addRemark() : PLMD::PDB
• addRequiredCells() : PLMD::LinkCells
• addTaskToList() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• addTemporyAtomsDerivatives() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• addTemporyBoxDerivatives() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• addTemporyDerivative() : PLMD::MultiValue
• addTemporyValue() : PLMD::MultiValue
• addToAverage() : PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• addToGridElement() : PLMD::gridtools::GridVessel
• addToSampledAverages() : PLMD::ves::VesBias
• addToValue() : PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• addToValues() : PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• addValue() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::Grid , PLMD::GridBase , PLMD::multicolvar::AtomValuePack , PLMD::MultiValue , PLMD::SparseGrid
• addValueAndDerivatives() : PLMD::Grid , PLMD::GridBase , PLMD::SparseGrid
• addValueWithDerivatives() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::function::Function
• addVessel() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel , PLMD::vesselbase::ShortcutVessel
• addVirtualAtom() : PLMD::Atoms
• AdjacencyMatrixBase() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase
• AdjacencyMatrixVessel() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixVessel
• advanceField() : PLMD::IFile
• AlignedMatrixBase() : PLMD::adjmat::AlignedMatrixBase
• Allgather() : PLMD::Communicator
• Allgatherv() : PLMD::Communicator
• allowBiasCutoff() : PLMD::ves::TargetDistribution
• allowedResidue() : PLMD::MolDataClass
• allowIgnoredFields() : PLMD::IFile
• allowNoEOL() : PLMD::IFile
• allowToAccessGlobalForces() : PLMD::ActionAtomistic
• AlphaBeta() : PLMD::multicolvar::AlphaBeta
• AlphaRMSD() : PLMD::secondarystructure::AlphaRMSD
• AltMin() : PLMD::vesselbase::AltMin
• AnalysisBase() : PLMD::analysis::AnalysisBase
• Angle() : PLMD::colvar::Angle
• Angles() : PLMD::multicolvar::Angles
• ANN() : PLMD::function::annfunc::ANN
• annealing() : PLMD::maze::Memetic
• AntibetaRMSD() : PLMD::secondarystructure::AntibetaRMSD
• appendSuffix() : PLMD::FileBase
• apply() : PLMD::Action , PLMD::ActionAnyorder , PLMD::ActionSetup , PLMD::ActionShortcut , PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::adjmat::ClusteringBase , PLMD::adjmat::DumpGraph , PLMD::adjmat::OutputCluster , PLMD::adjmat::Sprint , PLMD::analysis::AnalysisBase , PLMD::analysis::Average , PLMD::analysis::Committor , PLMD::analysis::Histogram , PLMD::bias::Bias , PLMD::bias::ReweightBase , PLMD::Colvar , PLMD::function::Function , PLMD::generic::Debug , PLMD::generic::DumpAtoms , PLMD::generic::DumpDerivatives , PLMD::generic::DumpForces , PLMD::generic::DumpMassCharge , PLMD::generic::DumpProjections , PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift , PLMD::generic::EndPlumed , PLMD::generic::FitToTemplate , PLMD::generic::Flush , PLMD::generic::Group , PLMD::generic::Include , PLMD::generic::Plumed , PLMD::generic::Print , PLMD::generic::RandomExchanges , PLMD::generic::Read , PLMD::generic::ResetCell , PLMD::generic::Time , PLMD::generic::UpdateIf , PLMD::generic::WholeMolecules , PLMD::generic::WrapAround , PLMD::GenericMolInfo , PLMD::gridtools::ActionWithInputGrid , PLMD::gridtools::ActionWithIntegral , PLMD::gridtools::GridPrintingBase , PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::MetainferenceBase , PLMD::isdb::Selector , PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase , PLMD::mapping::Mapping , PLMD::mapping::PCAVars , PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::DistanceFromContour , PLMD::multicolvar::DumpMultiColvar , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity , PLMD::opes::ExpansionCVs , PLMD::Pbc , PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD , PLMD::ves::BasisFunctions , PLMD::ves::Optimizer , PLMD::ves::OutputBasisFunctions , PLMD::ves::OutputFesBias , PLMD::ves::OutputTargetDistribution , PLMD::ves::TargetDistribution
• apply_bias() : PLMD::eds::EDS , PLMD::fisst::FISST
• applyBiasCutoff() : PLMD::ves::VesBias
• applyBridgeForces() : PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase , PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::vesselbase::ActionWithInputVessel , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• applyFilter() : PLMD::multicolvar::FilterBetween , PLMD::multicolvar::FilterLess , PLMD::multicolvar::FilterMore , PLMD::multicolvar::MultiColvarFilter
• applyForce() : PLMD::gridtools::GridVessel , PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel , PLMD::Value , PLMD::vesselbase::AveragingVessel , PLMD::vesselbase::BridgeVessel , PLMD::vesselbase::Moments , PLMD::vesselbase::ShortcutVessel , PLMD::vesselbase::StoreDataVessel , PLMD::vesselbase::ValueVessel , PLMD::vesselbase::Vessel
• applyForces() : PLMD::ActionAtomistic
• applyFunctionAllValuesAndDerivatives() : PLMD::Grid
• applyPbc() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• applyPeriodicity() : PLMD::Value
• applyTargetDistModiferToGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• areConnected() : PLMD::adjmat::ClusterAnalysisBase , PLMD::adjmat::ClusteringBase
• arePeriodic() : PLMD::ves::BasisFunctions
• ArgumentOnlyDistance() : PLMD::ArgumentOnlyDistance
• Asin() : PLMD::lepton::Operation
• AsmJitRuntimePtr() : PLMD::lepton::AsmJitRuntimePtr
• Assertion() : PLMD::Exception::Assertion
• assign() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• assignTags() : PLMD::lepton::ExpressionTreeNode
• Atan() : PLMD::lepton::Operation
• Atan2() : PLMD::lepton::Operation
• atom_kind() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• AtomNumber() : PLMD::AtomNumber
• Atoms() : PLMD::Atoms
• AtomValuePack() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• AuxCoeffs() : PLMD::ves::Optimizer
• auxiliaryConstructor() : PLMD::TensorGeneric< n, m > , PLMD::VectorGeneric< n >
• available() : PLMD::Subprocess
• Average() : PLMD::analysis::Average
• averageMatrices() : PLMD::ves::CoeffsMatrix
• AverageOnGrid() : PLMD::gridtools::AverageOnGrid
• averageVectors() : PLMD::ves::CoeffsVector
• AverageVessel() : PLMD::analysis::AverageVessel
• AveragingVessel() : PLMD::vesselbase::AveragingVessel