Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- c -

• c : PLMD::colvar::GHBFIX
• C : PLMD::colvar::GHBFIX , PLMD::isdb::SAXS
• c : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• C : PLMD::molfile::md_box , PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• c : PLMD::SwitchingFunction
• C_3TE : PLMD::isdb::SAXS
• C_5TE : PLMD::isdb::SAXS
• c_aa : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• c_aa_prev : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• c_aa_succ : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• C_ATOM : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• C_BB1 : PLMD::isdb::SAXS
• C_BB2 : PLMD::isdb::SAXS
• C_BB3 : PLMD::isdb::SAXS
• C_SC1 : PLMD::isdb::SAXS
• C_SC2 : PLMD::isdb::SAXS
• C_SC3 : PLMD::isdb::SAXS
• C_TE3 : PLMD::isdb::SAXS
• C_TE5 : PLMD::isdb::SAXS
• CA_ATOM : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CAc : PLMD::isdb::CS2Backbone
• cache_set : PLMD::OpenMPVars
• cacheline_size : PLMD::OpenMPVars
• calc() : PLMD::ArgumentOnlyDistance , PLMD::Direction , PLMD::DRMSD , PLMD::F1dim< FCLASS > , PLMD::FakeFrame , PLMD::MultiDomainRMSD , PLMD::OptimalRMSD , PLMD::PlumedMain , PLMD::ReferenceConfiguration , PLMD::RMSDBase , PLMD::SimpleRMSD , PLMD::SingleDomainRMSD
• calc2 : PLMD::F1dim< FCLASS >
• calc_1D_pmf() : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• calc_covar_step_size() : PLMD::eds::EDS
• calc_data_ : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• calc_DDistDRef() : PLMD::RMSD
• calc_DDistDRef_Rot_DRotDPos() : PLMD::RMSD
• calc_DDistDRef_Rot_DRotDPos_DRotDRef() : PLMD::RMSD
• calc_energy() : PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
• calc_FitElements() : PLMD::RMSD
• calc_lm_step_size() : PLMD::eds::EDS
• calc_max_bias_ : PLMD::bias::MetaD
• calc_PCAelements() : PLMD::RMSD
• calc_pmf() : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• calc_rct_ : PLMD::bias::MetaD
• calc_reweightfactor_ : PLMD::ves::VesBias
• calc_Rot() : PLMD::RMSD
• calc_Rot_DRotDRr01() : PLMD::RMSD
• calc_SOMA() : PLMD::RMSD
• calc_ssd_step_size() : PLMD::eds::EDS
• calc_temp() : PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
• calc_transition_bias_ : PLMD::bias::MetaD
• calc_work_ : PLMD::bias::MetaD , PLMD::opes::OPESexpanded , PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• calcClog() : PLMD::logmfd::LogMFD
• calcCurrentPathSpacings() : PLMD::mapping::PathReparameterization
• calcDerivatives() : PLMD::MinimiseBase< FCLASS >
• calcEkin() : PLMD::logmfd::LogMFD
• calcFlog() : PLMD::logmfd::LogMFD
• calcIntegerValues() : PLMD::ves::WaveletGrid
• calcMat() : PLMD::ERMSD
• calcMeanForce() : PLMD::logmfd::LogMFD
• calcNlist() : PLMD::sasa::SASA_HASEL , PLMD::sasa::SASA_LCPO
• calcPositionsCenter() : PLMD::RMSDCoreData
• calcPotential() : PLMD::manyrestraints::LWalls , PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase , PLMD::manyrestraints::UWalls
• calcReferenceCenter() : PLMD::RMSDCoreData
• calcTransform() : PLMD::mapping::ZpathVessel , PLMD::vesselbase::AltMin , PLMD::vesselbase::Between , PLMD::vesselbase::FunctionVessel , PLMD::vesselbase::LessThan , PLMD::vesselbase::Max , PLMD::vesselbase::Mean , PLMD::vesselbase::Min , PLMD::vesselbase::MoreThan , PLMD::vesselbase::Sum
• calculate() : PLMD::Action , PLMD::ActionAnyorder , PLMD::ActionSetup , PLMD::ActionShortcut , PLMD::adjmat::ClusterDiameter , PLMD::adjmat::ClusterDistribution , PLMD::adjmat::ClusteringBase , PLMD::adjmat::ClusterProperties , PLMD::adjmat::ClusterSize , PLMD::adjmat::DumpGraph , PLMD::adjmat::OutputCluster , PLMD::adjmat::Sprint , PLMD::analysis::AnalysisBase , PLMD::analysis::Average , PLMD::analysis::AverageVessel , PLMD::analysis::Committor , PLMD::ArgumentOnlyDistance , PLMD::bias::ABMD , PLMD::bias::BiasValue , PLMD::bias::ExtendedLagrangian , PLMD::bias::External , PLMD::bias::LWalls , PLMD::bias::MaxEnt , PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::MovingRestraint , PLMD::bias::PBMetaD , PLMD::bias::Restraint , PLMD::bias::ReweightBase , PLMD::bias::UWalls , PLMD::colvar::Angle , PLMD::colvar::Cell , PLMD::colvar::ColvarFake , PLMD::colvar::Constant , PLMD::colvar::ContactMap , PLMD::colvar::CoordinationBase , PLMD::colvar::Dimer , PLMD::colvar::Dipole , PLMD::colvar::Distance , PLMD::colvar::DRMSD , PLMD::colvar::EEFSolv , PLMD::colvar::Energy , PLMD::colvar::ERMSD , PLMD::colvar::ExtraCV , PLMD::colvar::Gyration , PLMD::colvar::MultiRMSD , PLMD::colvar::PathMSDBase , PLMD::colvar::PCARMSD , PLMD::colvar::Position , PLMD::colvar::ProjectionOnAxis , PLMD::colvar::Puckering , PLMD::colvar::RMSD , PLMD::colvar::Template , PLMD::colvar::Torsion , PLMD::colvar::Volume , PLMD::crystallization::GradientVessel , PLMD::crystallization::VectorMean , PLMD::crystallization::VectorSum , PLMD::eds::EDS , PLMD::ERMSD , PLMD::fisst::FISST , PLMD::function::annfunc::ANN , PLMD::function::Combine , PLMD::function::Custom , PLMD::function::Ensemble , PLMD::function::FuncPathGeneral , PLMD::function::FuncPathMSD , PLMD::function::FuncSumHills , PLMD::function::LocalEnsemble , PLMD::function::Piecewise , PLMD::function::Sort , PLMD::function::Stats , PLMD::function::Target , PLMD::funnel::Funnel , PLMD::funnel::FUNNEL_PS , PLMD::generic::Debug , PLMD::generic::DumpAtoms , PLMD::generic::DumpDerivatives , PLMD::generic::DumpForces , PLMD::generic::DumpMassCharge , PLMD::generic::DumpProjections , PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift , PLMD::generic::EndPlumed , PLMD::generic::FitToTemplate , PLMD::generic::Flush , PLMD::generic::Group , PLMD::generic::Include , PLMD::generic::Plumed , PLMD::generic::Print , PLMD::generic::RandomExchanges , PLMD::generic::Read , PLMD::generic::ResetCell , PLMD::generic::Time , PLMD::generic::UpdateIf , PLMD::generic::WholeMolecules , PLMD::generic::WrapAround , PLMD::GenericMolInfo , PLMD::GREX , PLMD::gridtools::ActionWithGrid , PLMD::gridtools::GridPrintingBase , PLMD::gridtools::GridVessel , PLMD::gridtools::HistogramOnGrid , PLMD::HistogramBead , PLMD::isdb::Caliber , PLMD::isdb::CS2Backbone , PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::FretEfficiency , PLMD::isdb::JCoupling , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::NOE , PLMD::isdb::PRE , PLMD::isdb::RDC , PLMD::isdb::Rescale , PLMD::isdb::SAXS , PLMD::isdb::Select , PLMD::isdb::Selector , PLMD::logmfd::LogMFD , PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase , PLMD::mapping::AdaptivePath , PLMD::mapping::PathBase , PLMD::mapping::PCAVars , PLMD::mapping::SpathVessel , PLMD::maze::Loss , PLMD::maze::Optimizer , PLMD::maze::OptimizerBias , PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::CenterOfMultiColvar , PLMD::multicolvar::DistanceFromContour , PLMD::multicolvar::DumpMultiColvar , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::MultiDomainRMSD , PLMD::opes::ExpansionCVs , PLMD::opes::OPESexpanded , PLMD::opes::OPESmetad< mode > , PLMD::piv::PIV , PLMD::ReferenceConfiguration , PLMD::RMSD , PLMD::RMSDBase , PLMD::s2cm::S2ContactModel , PLMD::sasa::SASA_HASEL , PLMD::sasa::SASA_LCPO , PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD , PLMD::SingleDomainRMSD , PLMD::SwitchingFunction , PLMD::TargetDist , PLMD::vatom::Center , PLMD::vatom::FixedAtom , PLMD::vatom::Ghost , PLMD::ves::BasisFunctions , PLMD::ves::FermiSwitchingFunction , PLMD::ves::Optimizer , PLMD::ves::OutputBasisFunctions , PLMD::ves::OutputFesBias , PLMD::ves::OutputTargetDistribution , PLMD::ves::TargetDistribution , PLMD::ves::VesDeltaF , PLMD::ves::VesLinearExpansion , PLMD::vesselbase::BridgeVessel , PLMD::vesselbase::FunctionVessel , PLMD::vesselbase::Moments , PLMD::vesselbase::OrderingVessel , PLMD::vesselbase::ShortcutVessel , PLMD::vesselbase::StoreDataVessel , PLMD::vesselbase::Vessel
• calculate5m() : PLMD::colvar::Puckering
• calculate6m() : PLMD::colvar::Puckering
• calculate_cpu() : PLMD::isdb::SAXS
• calculate_Gauss() : PLMD::isdb::EMMI
• calculate_gpu() : PLMD::isdb::SAXS
• calculate_Marginal() : PLMD::isdb::EMMI
• calculate_Outliers() : PLMD::isdb::EMMI
• calculate_output_of_each_layer() : PLMD::function::annfunc::ANN
• calculate_overlap() : PLMD::isdb::EMMI
• calculate_useful_stuff() : PLMD::isdb::EMMI
• calculateAllVessels() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• calculateAllVolumes() : PLMD::crystallization::Gradient , PLMD::multicolvar::ActionVolume , PLMD::multicolvar::VolumeGradientBase
• calculateArgumentDistance() : PLMD::DotProductDistance , PLMD::ReferenceArguments
• calculateASF() : PLMD::isdb::SAXS
• calculateAtomicNumericalDerivatives() : PLMD::ActionAtomistic
• calculateCenter() : PLMD::RMSD
• calculateCentralAtomPosition() : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction
• calculateCoordinationPrefactor() : PLMD::crystallization::OrientationSphere , PLMD::crystallization::SMAC
• calculateCubicHarmonic() : PLMD::crystallization::CubicHarmonicBase , PLMD::crystallization::Fccubic , PLMD::crystallization::SimpleCubic , PLMD::crystallization::Tetrahedral
• calculateDistanceFunction() : PLMD::mapping::Mapping
• calculateECVs() : PLMD::opes::ECVcustom , PLMD::opes::ECVlinear , PLMD::opes::ECVmultiThermal , PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric , PLMD::opes::ECVumbrellasFile , PLMD::opes::ECVumbrellasLine , PLMD::opes::ExpansionCVs
• calculateForThree() : PLMD::adjmat::HBondMatrix
• calculateForThreeAtoms() : PLMD::adjmat::TopologyMatrix
• calculateFromPDB() : PLMD::Action
• calculateFullStress() : PLMD::dimred::SketchMapBase
• calculateNumberInside() : PLMD::multicolvar::ActionVolume , PLMD::multicolvar::VolumeAround , PLMD::multicolvar::VolumeCavity , PLMD::multicolvar::VolumeInCylinder , PLMD::multicolvar::VolumeInEnvelope , PLMD::multicolvar::VolumeInSphere , PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• calculateNumericalDerivatives() : PLMD::Action , PLMD::ActionAtomistic , PLMD::ActionWithArguments , PLMD::analysis::AnalysisBase , PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::MetainferenceBase , PLMD::mapping::Mapping , PLMD::mapping::PCAVars , PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::DumpMultiColvar , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging , PLMD::vesselbase::ActionWithInputVessel
• calculateProjections() : PLMD::dimred::ClassicalMultiDimensionalScaling , PLMD::dimred::DimensionalityReductionBase , PLMD::dimred::PCA , PLMD::dimred::SketchMapBase , PLMD::dimred::SmacofMDS
• calculateReweightFactor() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion , PLMD::ves::VesBias , PLMD::ves::VesLinearExpansion
• calculateSigma() : PLMD::dimred::SMACOF
• calculateSqr() : PLMD::SwitchingFunction
• calculateStaticDistributionGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• calculateStress() : PLMD::dimred::DimensionalityReductionBase , PLMD::dimred::PCA , PLMD::dimred::ProjectNonLandmarkPoints , PLMD::dimred::SketchMapBase
• calculateTargetDistAveragesFromGrid() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• calculateVector() : PLMD::crystallization::BondOrientation , PLMD::crystallization::MoleculeOrientation , PLMD::crystallization::MoleculePlane , PLMD::crystallization::Steinhardt , PLMD::crystallization::VectorMultiColvar
• calculateWeight() : PLMD::adjmat::AlignedMatrixBase , PLMD::adjmat::ContactMatrix , PLMD::adjmat::HBondMatrix , PLMD::adjmat::TopologyMatrix , PLMD::crystallization::BondOrientation , PLMD::crystallization::InterMolecularTorsions , PLMD::multicolvar::Angles , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::multicolvar::NumberOfLinks , PLMD::multicolvar::XAngles , PLMD::multicolvar::XYTorsion , PLMD::pamm::PAMM
• calculateWeights() : PLMD::analysis::ReadAnalysisFrames , PLMD::bias::ReweightBase , PLMD::bias::ReweightWham
• calculateWithCloseStructure() : PLMD::RMSD
• calculateWithCutoff() : PLMD::HistogramBead
• calcUsingPCAOption() : PLMD::ReferenceValuePack
• Caliber() : PLMD::isdb::Caliber
• callErrorHandler() : PLMD::PlumedMain
• callstack : PLMD::Exception
• callstack_n : PLMD::Exception
• camshift : PLMD::isdb::CS2Backbone
• CAn : PLMD::isdb::CS2Backbone
• CAp : PLMD::isdb::CS2Backbone
• capacity_ : PLMD::maze::Memetic
• cargs : PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel
• carthessian : PLMD::molfile::molfile_qm_hessian_t
• cascade() : PLMD::ves::WaveletGrid
• caseInSensStringCompare() : PLMD::Tools
• cauchy_mean_alpha_ : PLMD::maze::Memetic
• cauchy_mean_beta_ : PLMD::maze::Memetic
• CB_ATOM : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CBc : PLMD::isdb::CS2Backbone
• Cc : PLMD::isdb::CS2Backbone
• CCG : PLMD::isdb::JCoupling
• cdocs : PLMD::Keywords
• CEIL : PLMD::lepton::Operation
• Ceil() : PLMD::lepton::Operation
• Cell() : PLMD::colvar::Cell
• cell_volume : PLMD::adjmat::TopologyMatrix
• cells_required : PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• center : PLMD::bias::MetaD::Gaussian , PLMD::bias::PBMetaD::Gaussian , PLMD::generic::FitToTemplate , PLMD::KernelFunctions , PLMD::opes::OPESmetad< mode >::kernel
• Center() : PLMD::vatom::Center
• center_ : PLMD::eds::EDS , PLMD::fisst::FISST , PLMD::ves::TD_GeneralizedExtremeValue
• center_of_mass() : PLMD::maze::Optimizer
• center_positions : PLMD::generic::FitToTemplate
• center_values_ : PLMD::eds::EDS
• centeredpos : PLMD::ReferenceValuePack
• centeredpositions : PLMD::generic::FitToTemplate
• CenterOfMultiColvar() : PLMD::multicolvar::CenterOfMultiColvar
• centers_ : PLMD::opes::ECVumbrellasFile , PLMD::opes::ECVumbrellasLine , PLMD::ves::BF_Gaussians , PLMD::ves::TD_ExponentiallyModifiedGaussian , PLMD::ves::TD_Gaussian , PLMD::ves::TD_GeneralizedNormal , PLMD::ves::TD_VonMises
• cfact_ : PLMD::isdb::EMMI
• CGc : PLMD::isdb::CS2Backbone
• CGOLD : PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• cgtol : PLMD::dimred::ProjectNonLandmarkPoints , PLMD::dimred::SketchMapConjGrad , PLMD::dimred::SketchMapPointwise
• chain : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift , PLMD::molfile::molfile_atom_t , PLMD::PDB
• chainRule() : PLMD::MultiValue , PLMD::Value
• changeBox() : PLMD::ActionAtomistic
• charge : PLMD::molfile::molfile_atom_t , PLMD::Units , PLMD::vatom::FixedAtom
• charge_types : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_t
• charges : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::Atoms , PLMD::generic::Plumed , PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_t
• chargesHaveBeenSet : PLMD::Atoms
• chargeString : PLMD::Units
• chargesWereSet : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::Atoms
• check() : PLMD::ActionRegister , PLMD::CLToolRegister , PLMD::MetricRegister , PLMD::vesselbase::VesselRegister
• check_GMM_d() : PLMD::isdb::EMMI
• check_lambda_boundaries() : PLMD::bias::MaxEnt
• check_list() : PLMD::cltools::SimpleMD
• check_nan_inf_ : PLMD::ves::BF_Custom , PLMD::ves::TargetDistribution
• check_nonnegative_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• check_normalization_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• checkAllActive() : PLMD::gridtools::ActionWithInputGrid , PLMD::gridtools::FindContour , PLMD::gridtools::FindContourSurface
• checkCoeffsInfo() : PLMD::ves::CoeffsBase
• checkFieldsAllowed() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::colvar::ContactMap , PLMD::piv::PIV
• checkFilesAreExisting() : PLMD::function::FuncSumHills
• checkForAtom() : PLMD::GenericMolInfo , PLMD::PDB
• checkForConnection() : PLMD::pamm::HBPammMatrix
• checkForResidue() : PLMD::PDB
• checkIfArgumentInsideInterval() : PLMD::ves::BasisFunctions
• checkIsEnergy() : PLMD::Colvar
• checkNanAndInf() : PLMD::ves::TargetDistribution
• checkNeedsGradients() : PLMD::Action , PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD , PLMD::generic::DumpProjections
• checkNumericalDerivatives() : PLMD::Action , PLMD::ActionWithValue
• checkRead() : PLMD::Action , PLMD::vesselbase::Vessel
• checkRestart() : PLMD::OFile
• checks_were_disabled : PLMD::ReferenceAtoms
• checkThatTemperatureIsGiven() : PLMD::ves::VesBias
• checkUpdate() : PLMD::Action
• ChemicalShift() : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• chemicalshifts : PLMD::isdb::CS2Backbone
• child_to_parent : PLMD::Subprocess
• children : PLMD::lepton::ExpressionTreeNode
• chol_elsolve : PLMD::Matrix< T >
• cholesky : PLMD::Matrix< T >
• citations : PLMD::PlumedMain
• citations_fwd : PLMD::PlumedMain
• cite() : PLMD::Action , PLMD::Citations , PLMD::PlumedMain
• ckey : PLMD::Keywords
• cl : PLMD::Matrix< T >
• ClassicalMultiDimensionalScaling() : PLMD::dimred::ClassicalMultiDimensionalScaling
• clear() : PLMD::BiasRepresentation , PLMD::Citations , PLMD::DynamicList< T > , PLMD::ERMSD , PLMD::Grid , PLMD::MultiValue , PLMD::ReferenceValuePack , PLMD::RMSD , PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector , PLMD::vesselbase::AveragingVessel
• clearAll() : PLMD::MultiValue
• clearAverage() : PLMD::gridtools::ActionWithInputGrid , PLMD::gridtools::FindContourSurface , PLMD::gridtools::FourierTransform , PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity , PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• clearCoeffsPntrsVector() : PLMD::ves::VesBias
• clearData() : PLMD::bias::ReweightBase , PLMD::bias::ReweightWham
• clearDelete() : PLMD::ActionSet
• clearDependencies() : PLMD::Action
• clearDerivatives() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase , PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::Value
• clearFields() : PLMD::OFile
• clearFullList() : PLMD::Atoms
• clearGradientAndHessian() : PLMD::ves::VesBias
• clearInputForce() : PLMD::Value
• clearInputForces() : PLMD::ActionWithValue
• clearLogTargetDistGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• clearonnextstep : PLMD::analysis::ReadAnalysisFrames
• clearOptions() : PLMD::Action
• clearOutputForces() : PLMD::ActionAtomistic
• clearstride : PLMD::analysis::ReadAnalysisFrames , PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• clearTemporyDerivatives() : PLMD::MultiValue
• clone() : PLMD::lepton::CustomFunction , PLMD::lepton::Operation , PLMD::lepton::PlaceholderFunction
• cloned : PLMD::FileBase
• cloned_file : PLMD::generic::Read
• close() : PLMD::FileBase
• close_file_read : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• close_file_write : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• CLTool() : PLMD::CLTool , PLMD::CLToolOptions
• cltool : PLMD::PlumedMain
• CLToolMain() : PLMD::CLToolMain
• CLToolOptions() : PLMD::CLToolOptions
• CLToolRegister : PLMD::CLToolOptions
• cltoolRegister() : PLMD::CLToolRegister
• CLToolSumHills() : PLMD::cltools::CLToolSumHills
• cluster_sizes : PLMD::adjmat::ClusteringBase , PLMD::adjmat::OutputCluster
• ClusterAnalysisBase() : PLMD::adjmat::ClusterAnalysisBase
• ClusterDiameter() : PLMD::adjmat::ClusterDiameter
• ClusterDistribution() : PLMD::adjmat::ClusterDistribution
• ClusteringBase() : PLMD::adjmat::ClusteringBase
• ClusterProperties() : PLMD::adjmat::ClusterProperties
• ClusterSize() : PLMD::adjmat::ClusterSize
• ClusterWithSurface() : PLMD::adjmat::ClusterWithSurface
• clustr : PLMD::adjmat::ClusterDiameter , PLMD::adjmat::ClusterProperties , PLMD::adjmat::ClusterSize , PLMD::adjmat::OutputCluster
• cmax : PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity
• cmd() : PLMD::CLToolMain , PLMD::GREX , PLMD::Plumed , PLMD::PlumedHandle , PLMD::PlumedMain , PLMD::WithCmd , plumed_plumedmain_function_holder_x
• cmd_nothrow : plumed_symbol_table_type_x
• cmd_priv() : PLMD::Plumed
• cmd_safe : plumed_symbol_table_type_x
• cmd_safe_nothrow : plumed_symbol_table_type_x
• cmin : PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity
• Cn : PLMD::isdb::CS2Backbone
• cnames : PLMD::Keywords
• co_bb : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• co_da : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CO_DA() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• co_ring : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CO_RING() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• co_sc_ : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• co_sphere : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CO_SPHERE() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• co_xd : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• code : PLMD::Plumed::NothrowHandler , plumed_error
• coding_len_ : PLMD::maze::Memetic
• coeff : PLMD::function::annfunc::ANN , PLMD::multicolvar::MultiColvarCombine
• coeff_ : PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
• coeff_poly : PLMD::crystallization::Steinhardt
• coefficient : PLMD::multicolvar::AlphaBeta
• coefficients : PLMD::function::Combine , PLMD::function::FuncPathGeneral
• Coeffs() : PLMD::ves::Optimizer , PLMD::ves::VesBias
• coeffs_descriptions_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• coeffs_fnames : PLMD::ves::VesBias
• coeffs_id_prefix_ : PLMD::ves::VesBias
• coeffs_mask_pntrs_ : PLMD::ves::Optimizer
• coeffs_output_fmt_ : PLMD::ves::Optimizer
• coeffs_pntrs_ : PLMD::ves::Optimizer , PLMD::ves::VesBias
• coeffs_type_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• coeffs_wstride_ : PLMD::ves::Optimizer
• CoeffsBase() : PLMD::ves::CoeffsBase
• CoeffsMask() : PLMD::ves::Optimizer
• CoeffsMatrix() : PLMD::ves::CoeffsMatrix
• coeffsOFiles_ : PLMD::ves::Optimizer
• coeffssetid_prefix_ : PLMD::ves::Optimizer
• CoeffsType : PLMD::ves::CoeffsBase
• coeffsUpdate() : PLMD::ves::Opt_Adam , PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD , PLMD::ves::Opt_Dummy , PLMD::ves::Opt_RobbinsMonroSGD , PLMD::ves::Optimizer
• CoeffsVector() : PLMD::ves::CoeffsVector
• collectEnergy : PLMD::Atoms
• color : PLMD::adjmat::DFSClustering
• columns : PLMD::function::FuncPathGeneral
• Colvar() : PLMD::Colvar
• colvar_atoms : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• ColvarFake() : PLMD::colvar::ColvarFake
• com : PLMD::piv::PIV
• com_ : PLMD::maze::Random_Acceleration_MD , PLMD::maze::Steered_MD
• Combine() : PLMD::function::Combine
• CombinedGradient() : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• combinedgradient_pntrs_ : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• combinedgradient_wstride_ : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• combinedgradientOFiles_ : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• comm : PLMD::Action , PLMD::CLToolMain , PLMD::FileBase , PLMD::LinkCells , PLMD::NeighborList , PLMD::PlumedMain
• comm_fwd : PLMD::CLToolMain , PLMD::PlumedMain
• comm_self : PLMD::generic::Plumed
• Comma : PLMD::lepton::ParseToken
• commandline : PLMD::CLTool
• Committor() : PLMD::analysis::Committor
• Communicator() : PLMD::Communicator
• communicator : PLMD::Communicator
• Communicator() : PLMD::Communicator
• comp : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift , PLMD::multicolvar::CenterOfMultiColvar
• compare() : PLMD::vesselbase::Highest , PLMD::vesselbase::Lowest , PLMD::vesselbase::OrderingVessel
• CompDer : PLMD::piv::PIV
• CompiledExpression() : PLMD::lepton::CompiledExpression
• compileExpression() : PLMD::lepton::CompiledExpression
• completeNumericalDerivatives() : PLMD::vesselbase::BridgeVessel
• completeSetup() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• completeTask() : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::MultiColvarFilter , PLMD::multicolvar::VolumeGradientBase
• completeUpdate() : PLMD::DynamicList< T > , PLMD::MultiValue
• Completion() : PLMD::cltools::Completion
• componentIsNotPeriodic() : PLMD::ActionWithValue
• componentIsPeriodic() : PLMD::ActionWithValue
• components : PLMD::colvar::Cell , PLMD::colvar::Dipole , PLMD::colvar::Distance , PLMD::function::Stats
• componentsAreNotOptional() : PLMD::ActionWithValue
• compos : PLMD::piv::PIV
• compulsory : PLMD::Keywords::KeyType
• compute() : PLMD::adjmat::ActionWithInputMatrix , PLMD::adjmat::AlignedMatrixBase , PLMD::adjmat::ClusterAnalysisBase , PLMD::adjmat::ContactMatrix , PLMD::adjmat::HBondMatrix , PLMD::adjmat::MatrixColumnSums , PLMD::adjmat::MatrixRowSums , PLMD::adjmat::TopologyMatrix , PLMD::analysis::Histogram , PLMD::Angle , PLMD::crystallization::CubicHarmonicBase , PLMD::crystallization::EnvironmentSimilarity , PLMD::crystallization::InterMolecularTorsions , PLMD::crystallization::OrientationSphere , PLMD::crystallization::VectorMultiColvar , PLMD::gridtools::ActionWithGrid , PLMD::gridtools::ConvertToFES , PLMD::gridtools::FindContour , PLMD::gridtools::FindContourSurface , PLMD::gridtools::FindSphericalContour , PLMD::gridtools::FourierTransform , PLMD::gridtools::IntegrateGrid , PLMD::gridtools::InterpolateGrid , PLMD::multicolvar::AlphaBeta , PLMD::multicolvar::Angles , PLMD::multicolvar::Bridge , PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::CoordinationNumbers , PLMD::multicolvar::Density , PLMD::multicolvar::DihedralCorrelation , PLMD::multicolvar::DistanceFromContour , PLMD::multicolvar::Distances , PLMD::multicolvar::InPlaneDistances , PLMD::multicolvar::LocalAverage , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::multicolvar::MultiColvarCombine , PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity , PLMD::multicolvar::MultiColvarProduct , PLMD::multicolvar::NumberOfLinks , PLMD::multicolvar::Torsions , PLMD::multicolvar::XAngles , PLMD::multicolvar::XDistances , PLMD::multicolvar::XYDistances , PLMD::multicolvar::XYTorsion , PLMD::pamm::HBPammHydrogens , PLMD::pamm::HBPammMatrix , PLMD::pamm::PAMM , PLMD::Torsion
• compute_engkin() : PLMD::cltools::SimpleMD
• compute_error() : PLMD::bias::MaxEnt
• compute_forces() : PLMD::cltools::SimpleMD
• compute_hessian_ : PLMD::ves::VesBias
• compute_list() : PLMD::cltools::SimpleMD
• compute_observable_weight() : PLMD::fisst::FISST
• compute_ring_parameters() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• computeCovarianceFromAverages() : PLMD::ves::VesBias
• computeDeltaG() : PLMD::sasa::SASA_HASEL , PLMD::sasa::SASA_LCPO
• computeHessian() : PLMD::ves::VesBias
• computeRefClose : PLMD::colvar::PathMSDBase
• computeReweightingFactor() : PLMD::bias::MetaD
• computeVectorFunction() : PLMD::adjmat::AlignedMatrixBase , PLMD::adjmat::ContactAlignedMatrix , PLMD::adjmat::SMACMatrix , PLMD::crystallization::LocalSteinhardt< T > , PLMD::crystallization::OrientationSphere , PLMD::crystallization::PolymerAngles , PLMD::crystallization::SMAC
• confined : PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity
• ConjugateGradient() : PLMD::ConjugateGradient< FCLASS >
• connect_id : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase
• CONNECTparam : PLMD::sasa::SASA_HASEL
• cons_fputs : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• consistencyCheck() : PLMD::colvar::Dimer
• Const : PLMD::isdb::RDC
• CONST_BB2() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• const_fields : PLMD::OFile
• Const_row() : PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >::Const_row
• CONST_SC2() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CONST_XD() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CONSTAACURR() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CONSTAANEXT() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CONSTAAPREV() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• Constant() : PLMD::colvar::Constant
• constant : PLMD::colvar::DHEnergy , PLMD::FileBase::FieldBase , PLMD::isdb::PRE
• Constant() : PLMD::lepton::Operation
• CONSTANT : PLMD::lepton::Operation
• constants : PLMD::lepton::CompiledExpression
• ConstData() : PLMD::Communicator::ConstData
• cont() : PLMD::Subprocess
• ContactAlignedMatrix() : PLMD::adjmat::ContactAlignedMatrix
• ContactMap() : PLMD::colvar::ContactMap
• ContactMatrix() : PLMD::adjmat::ContactMatrix
• contour : PLMD::gridtools::ContourFindingBase , PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• contour_location : PLMD::Grid
• ContourFindingBase() : PLMD::gridtools::ContourFindingBase
• contributorsAreUnlocked : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• contStop() : PLMD::Subprocess
• convert() : PLMD::Tools
• convert_lambda() : PLMD::bias::MaxEnt
• convert_x() : PLMD::drr::UIestimator::n_matrix , PLMD::drr::UIestimator::n_vector< T >
• convert_y() : PLMD::drr::UIestimator::n_matrix
• convertDbl2Str() : PLMD::ves::VesTools
• convertIndexToIndices() : PLMD::gridtools::GridVessel
• convertIndicesToIndex() : PLMD::LinkCells
• convertNoexcept() : PLMD::Tools
• convertToAny() : PLMD::Tools
• ConvertToFES() : PLMD::gridtools::ConvertToFES
• convertToInt() : PLMD::Tools
• convertToReal() : PLMD::Tools
• cooling_factor_ : PLMD::maze::Simulated_Annealing
• cooling_scheme_ : PLMD::maze::Simulated_Annealing
• coord : PLMD::vatom::FixedAtom , PLMD::vatom::Ghost
• coord_switch : PLMD::crystallization::SMAC
• Coordination() : PLMD::colvar::Coordination
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• coords : PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• copy() : PLMD::TypesafePtr , PLMD::Value
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• copyDerivatives() : PLMD::MultiValue , PLMD::ReferenceConfiguration
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• correlation_ : PLMD::ves::TD_Gaussian
• COS : PLMD::lepton::Operation
• Cos() : PLMD::lepton::Operation
• Cosh() : PLMD::lepton::Operation
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• cosinus : PLMD::SwitchingFunction
• Cot() : PLMD::lepton::Operation
• COT : PLMD::lepton::Operation
• COTH : PLMD::lepton::Operation
• count : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator , PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_metadata , PLMD::molfile::molfile_timestep_metadata
• count_y : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• counter_ : PLMD::opes::OPESexpanded , PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• countValues() : PLMD::ves::CoeffsVector
• coupl : PLMD::isdb::RDC
• coupling_accum_ : PLMD::eds::EDS
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• Cp : PLMD::isdb::CS2Backbone
• cpositions : PLMD::RMSDCoreData
• cpositions_is_calculated : PLMD::RMSDCoreData
• cpositions_is_removed : PLMD::RMSDCoreData
• create() : PLMD::ActionRegister , PLMD::CLToolRegister , PLMD::DataFetchingObject , PLMD::GridBase , PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MetricRegister , PLMD::vesselbase::VesselRegister , plumed_plumedmain_function_holder_x
• create_coding() : PLMD::maze::Memetic
• createBIAS() : PLMD::funnel::Funnel
• createCompiledExpression() : PLMD::lepton::ParsedExpression
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• creference : PLMD::RMSDCoreData
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• cross : PLMD::multicolvar::VolumeCavity , PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore , PLMD::piv::PIV
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• crossProduct : PLMD::VectorGeneric< n >
• CS2Backbone() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• csatoms : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• Csc() : PLMD::lepton::Operation
• CSC : PLMD::lepton::Operation
• CSCH : PLMD::lepton::Operation
• cstring : PLMD::Keywords
• CUBE : PLMD::lepton::Operation
• Cube() : PLMD::lepton::Operation
• cube_units : PLMD::gridtools::GridVessel
• cubic : PLMD::SwitchingFunction
• CubicHarmonicBase() : PLMD::crystallization::CubicHarmonicBase
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• Custom() : PLMD::function::Custom
• CUSTOM : PLMD::isdb::JCoupling
• Custom() : PLMD::lepton::Operation
• CUSTOM : PLMD::lepton::Operation
• custom_lambdas_ : PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
• cutoff : PLMD::ERMSD , PLMD::HistogramBead
• cutoff2_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
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• cv0_ : PLMD::maze::OptimizerBias
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• cv_var_str_ : PLMD::ves::TD_Custom
• cwd : PLMD::Tools::DirectoryChanger
• cweight : PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• cx : PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• cycles : PLMD::Stopwatch::Watch
• cylinder_sw : PLMD::adjmat::TopologyMatrix
• CYS : PLMD::isdb::CS2Backbone
• CYS_BB : PLMD::isdb::SAXS
• CYS_SC1 : PLMD::isdb::SAXS