- r -

• r : PLMD::Communicator::Request
• R0_ : PLMD::isdb::FretEfficiency
• r0_ : PLMD::ves::FermiSwitchingFunction
• r_power : PLMD::multicolvar::CoordinationNumbers
• radius : PLMD::molfile::molfile_atom_t
• rand : PLMD::bias::ExtendedLagrangian
• rand_ : PLMD::eds::EDS
• random : PLMD::bias::ABMD , PLMD::ExchangePatterns , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• rank : PLMD::DynamicList< T >
• rank_ : PLMD::isdb::EMMI
• rcut : PLMD::crystallization::Steinhardt
• rcut2 : PLMD::adjmat::OutputCluster , PLMD::crystallization::BondOrientation , PLMD::crystallization::CubicHarmonicBase , PLMD::crystallization::OrientationSphere , PLMD::crystallization::Steinhardt , PLMD::multicolvar::CoordinationNumbers , PLMD::multicolvar::DistanceFromContour , PLMD::multicolvar::LocalAverage
• rcut2_1 : PLMD::multicolvar::Angles
• rcut2_2 : PLMD::multicolvar::Angles
• rcut_surf2 : PLMD::adjmat::ClusterWithSurface
• read : PLMD::IFile::Field
• read_angles : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• read_backbone : PLMD::SetupMolInfo
• read_bonds : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• read_molecule_metadata : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• read_next_timestep : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• read_qm_metadata : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• read_qm_rundata : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• read_qm_timestep_metadata : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• read_rawgraphics : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• read_structure : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• read_timestep : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• read_timestep_metadata : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• read_volumetric_data : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• read_volumetric_data_ex : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• read_volumetric_metadata : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• readvals : PLMD::generic::Read
• real_output : PLMD::gridtools::FourierTransform
• reduced : PLMD::NeighborList , PLMD::Pbc
• ref : PLMD::SwitchingFunction
• reference : PLMD::colvar::ContactMap , PLMD::colvar::PathMSDBase , PLMD::generic::WrapAround , PLMD::Plumed , PLMD::RMSD , PLMD::RMSDCoreData
• reference_args : PLMD::ReferenceArguments
• reference_atoms : PLMD::ReferenceAtoms
• reference_center : PLMD::RMSD
• reference_center_is_calculated : PLMD::RMSD
• reference_center_is_removed : PLMD::RMSD
• reference_mat : PLMD::ERMSD
• references : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• remark : PLMD::PDB
• remarklen : PLMD::molfile::molfile_metadata_t
• remarks : PLMD::molfile::molfile_metadata_t
• replica_ : PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase , PLMD::isdb::Rescale
• replica_index : PLMD::Action
• requestlist_ : PLMD::NeighborList
• res_kind : PLMD::isdb::CS2Backbone::Fragment
• res_name : PLMD::isdb::CS2Backbone::Fragment
• res_num : PLMD::isdb::CS2Backbone
• res_type_curr : PLMD::isdb::CS2Backbone::Fragment
• res_type_next : PLMD::isdb::CS2Backbone::Fragment
• res_type_prev : PLMD::isdb::CS2Backbone::Fragment
• rescaledToBias : PLMD::BiasRepresentation
• reserved_keys : PLMD::Keywords
• resid : PLMD::molfile::md_atom , PLMD::molfile::molfile_atom_t
• residue : PLMD::PDB
• residueNames : PLMD::generic::DumpAtoms
• residuenames : PLMD::PDB
• residueNumbers : PLMD::generic::DumpAtoms
• resname : PLMD::molfile::md_atom , PLMD::molfile::molfile_atom_t
• restart : PLMD::Action , PLMD::drr::UIestimator::UIestimator , PLMD::PlumedMain
• retrieve_only_rotation : PLMD::RMSDCoreData
• reusing_data : PLMD::analysis::Analysis
• rev : PLMD::molfile::md_file
• reweight : PLMD::bias::MaxEnt
• reweight_bias2 : PLMD::bias::MaxEnt
• reweight_factor : PLMD::bias::MetaD
• rewf_grid_ : PLMD::bias::MetaD
• rewf_ustride_ : PLMD::bias::MetaD
• rfile : PLMD::analysis::Analysis
• rg_type : PLMD::colvar::Gyration
• rgb3f : PLMD::molfile::molfile_volumetric_readwrite_t
• rgb3u : PLMD::molfile::molfile_volumetric_readwrite_t
• ringInfo : PLMD::isdb::CS2Backbone
• rmsd : PLMD::colvar::MultiRMSD , PLMD::colvar::PCARMSD , PLMD::colvar::RMSD , PLMD::generic::FitToTemplate
• rmsdPosClose : PLMD::colvar::PathMSDBase
• RNMX : PLMD::Random
• root5 : PLMD::gridtools::GridVessel
• rootNode : PLMD::lepton::ParsedExpression
• rot : PLMD::ReferenceValuePack
• rotate : PLMD::generic::Print
• rotateArguments : PLMD::generic::Print
• rotateCountdown : PLMD::generic::Print
• rotateLast : PLMD::generic::Print
• rotation : PLMD::generic::FitToTemplate , PLMD::generic::ResetCell , PLMD::RMSDCoreData
• rotationmatrix : PLMD::crystallization::CubicHarmonicBase
• rotationPosClose : PLMD::colvar::PathMSDBase
• rotationRefClose : PLMD::colvar::PathMSDBase
• rr00 : PLMD::RMSDCoreData
• rr11 : PLMD::RMSDCoreData
• rtemp : PLMD::analysis::Analysis , PLMD::bias::ReweightTemperature
• rtwo : PLMD::isdb::PRE
• rtype : PLMD::isdb::CS2Backbone::RingInfo
• run : PLMD::molfile::molfile_qm_t
• running : PLMD::Stopwatch::Watch
• runtitle : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• runtype : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• rw : PLMD::Matrix< T >