- p -

• p : PLMD::F1dim< FCLASS > , plumed , plumed_function_holder
• pace_ : PLMD::bias::MaxEnt
• paction : PLMD::FlexibleBin
• pairs : PLMD::ERMSD
• parallelread : PLMD::function::FilesHandler , PLMD::function::FuncSumHills
• parameter : PLMD::colvar::EEFSolv
• parameters : PLMD::function::Combine , PLMD::function::Stats , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase , PLMD::vesselbase::VesselOptions
• pars_da : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• partialTaskList : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• partner : PLMD::GREX
• passMap : PLMD::PlumedMain
• path : PLMD::FileBase
• pathfile : PLMD::mapping::AdaptivePath
• PatternFlag : PLMD::ExchangePatterns
• pbc : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::Atoms , PLMD::colvar::Angle , PLMD::colvar::ContactMap , PLMD::colvar::CoordinationBase , PLMD::colvar::Distance , PLMD::colvar::EEFSolv , PLMD::colvar::ERMSD , PLMD::colvar::Position , PLMD::colvar::Template , PLMD::colvar::Torsion , PLMD::gridtools::GridVessel , PLMD::isdb::CS2Backbone , PLMD::isdb::FretEfficiency , PLMD::isdb::JCoupling , PLMD::isdb::NOE , PLMD::isdb::PRE , PLMD::isdb::RDC , PLMD::isdb::SAXS , PLMD::mapping::PathReparameterization
• pbc_ : PLMD::colvar::DRMSD , PLMD::Grid , PLMD::isdb::EMMI , PLMD::NeighborList
• pbc_param : PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• pbox : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• pca : PLMD::ReferenceValuePack
• pca_names : PLMD::colvar::PCARMSD
• pdb : PLMD::SetupMolInfo
• pdbv : PLMD::colvar::PathMSDBase , PLMD::colvar::PCARMSD
• pDdStep : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• pdisplacements : PLMD::mapping::AdaptivePath
• periodic_ : PLMD::ves::BasisFunctions , PLMD::ves::TD_Grid
• periodicity : PLMD::HistogramBead , PLMD::Value
• periods_ : PLMD::ves::TD_VonMises
• perp : PLMD::multicolvar::VolumeCavity , PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• perp_dirs : PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• pfbox : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• pForces : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• pGatindex : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• phi : PLMD::isdb::CS2Backbone::Fragment
• physical_time : PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• pilots : PLMD::PlumedMain
• plumed : PLMD::Action , PLMD::ActionOptions , PLMD::ActionSet , PLMD::Atoms , PLMD::FileBase
• plumedDat : PLMD::PlumedMain
• plumedMain : PLMD::GREX
• pNLocalAtoms : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• pointer : PLMD::Communicator::ConstData , PLMD::Communicator::Data
• points : PLMD::function::Piecewise
• pos : PLMD::isdb::CS2Backbone::Fragment , PLMD::molfile::md_atom , PLMD::molfile::md_ts , PLMD::multicolvar::VolumeInEnvelope
• pos1 : PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• pos2 : PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• position : PLMD::isdb::CS2Backbone::RingInfo
• positions : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::Atoms , PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift , PLMD::generic::FitToTemplate , PLMD::PDB , PLMD::RMSDCoreData
• positions_center : PLMD::RMSD
• positions_center_is_calculated : PLMD::RMSD
• positions_center_is_removed : PLMD::RMSD
• positionsHaveBeenSet : PLMD::Atoms
• positionsToBeReceived : PLMD::Atoms::DomainDecomposition
• positionsToBeSent : PLMD::Atoms::DomainDecomposition
• potential_expansion_pntr : PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
• power : PLMD::function::Ensemble
• powers : PLMD::function::Combine , PLMD::vesselbase::Moments
• pPositions : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• prec : PLMD::molfile::md_file
• pres_size : PLMD::molfile::trx_hdr
• prev : PLMD::isdb::CS2Backbone::Fragment
• previous_fields : PLMD::OFile
• print_debug_info_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• printFirstStep : PLMD::bias::MaxEnt
• printStride : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• proj : PLMD::function::FuncSumHills
• projdir : PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel
• projection_args_ : PLMD::ves::VesBias
• property : PLMD::colvar::PathMSDBase::ImagePath , PLMD::PointWiseMapping
• psi : PLMD::isdb::CS2Backbone::Fragment
• pt : PLMD::F1dim< FCLASS >
• pval : PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• px : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• py : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• pz : PLMD::MDAtomsTyped< T >