- o -

• occupancies : PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
• occupancy : PLMD::molfile::molfile_atom_t , PLMD::PDB
• of : PLMD::generic::DumpAtoms , PLMD::generic::DumpDerivatives , PLMD::generic::DumpForces , PLMD::generic::DumpProjections , PLMD::gridtools::FindContour , PLMD::multicolvar::DumpMultiColvar
• offset : PLMD::bias::LWalls , PLMD::bias::UWalls , PLMD::manyrestraints::LWalls , PLMD::manyrestraints::UWalls
• offset_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• offset_max_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• offset_min_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• offset_mu_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• offset_prior_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• ofile : PLMD::adjmat::OutputCluster , PLMD::analysis::Committor , PLMD::generic::Debug , PLMD::generic::Print
• ofilename : PLMD::analysis::ClassicalMultiDimensionalScaling , PLMD::analysis::PCA
• ofmt : PLMD::analysis::Analysis , PLMD::mapping::AdaptivePath
• oind : PLMD::ReferenceValuePack
• oind_set : PLMD::ReferenceValuePack
• oldaa : PLMD::bias::MovingRestraint
• olddpotdk : PLMD::bias::MovingRestraint
• oldf : PLMD::bias::MovingRestraint
• oldk : PLMD::bias::MovingRestraint
• oldlambda : PLMD::bias::MaxEnt
• on : PLMD::Atoms::DomainDecomposition , PLMD::generic::UpdateIf
• oneD_pmf : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• ones : PLMD::gridtools::FindContourSurface
• onoff : PLMD::DynamicList< T >
• open_file_read : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• open_file_write : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• operation : PLMD::lepton::CompiledExpression , PLMD::lepton::ExpressionTreeNode
• operations : PLMD::lepton::ExpressionProgram
• optimize_coeffs_ : PLMD::ves::VesBias
• optimizer_pntr_ : PLMD::ves::VesBias
• options : PLMD::Action
• optsigmamean_stride_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• orbital_energies : PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
• orbital_ids : PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
• orient0 : PLMD::multicolvar::NumberOfLinks
• orient1 : PLMD::multicolvar::NumberOfLinks
• origin : PLMD::molfile::molfile_volumetric_t , PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity , PLMD::multicolvar::VolumeAround , PLMD::multicolvar::VolumeCavity , PLMD::multicolvar::VolumeInCylinder , PLMD::multicolvar::VolumeInSphere , PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• oss : PLMD::OFile
• out : PLMD::CLToolMain
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• out_restart_name_ : PLMD::eds::EDS
• outhills : PLMD::function::FuncSumHills
• outhisto : PLMD::function::FuncSumHills
• output : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• output_filename : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
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