Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- u -

• U01() : PLMD::Random
• U01d() : PLMD::Random
• uboundDerivative() : PLMD::HistogramBead
• UIestimator() : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• undirectedGraph() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixVessel
• uniform : PLMD::KernelFunctions
• uniform_integrals_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• uniq_index : PLMD::Atoms
• unique : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::Atoms
• unique_local : PLMD::ActionAtomistic
• units : PLMD::Atoms
• Units() : PLMD::setup::Units , PLMD::Units
• UNK : PLMD::isdb::CS2Backbone
• unlockRequests() : PLMD::Action , PLMD::ActionAtomistic , PLMD::ActionWithArguments , PLMD::isdb::MetainferenceBase , PLMD::mapping::Mapping , PLMD::mapping::PCAVars , PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• unormalised : PLMD::vesselbase::AveragingVessel
• unormalized : PLMD::crystallization::CubicHarmonicBase
• unset : PLMD::CLTool , PLMD::HistogramBead , PLMD::Pbc , PLMD::Value
• unsetForcedNormalization() : PLMD::ves::TargetDistribution
• update() : PLMD::Action , PLMD::adjmat::DumpGraph , PLMD::adjmat::OutputCluster , PLMD::bias::ExtendedLagrangian , PLMD::bias::MaxEnt , PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD , PLMD::drr::UIestimator::UIestimator , PLMD::eds::EDS , PLMD::FlexibleBin , PLMD::generic::DumpAtoms , PLMD::generic::DumpDerivatives , PLMD::generic::DumpForces , PLMD::generic::DumpMassCharge , PLMD::generic::DumpProjections , PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift , PLMD::generic::Flush , PLMD::generic::Print , PLMD::generic::Read , PLMD::gridtools::GridPrintingBase , PLMD::isdb::CS2Backbone , PLMD::isdb::JCoupling , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::NOE , PLMD::isdb::PRE , PLMD::isdb::RDC , PLMD::isdb::SAXS , PLMD::mapping::AdaptivePath , PLMD::multicolvar::DumpMultiColvar , PLMD::multicolvar::VolumeCavity , PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore , PLMD::NeighborList , PLMD::PlumedMain , PLMD::ves::Optimizer , PLMD::ves::OutputFesBias , PLMD::ves::TargetDistribution , PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• update_bias() : PLMD::eds::EDS
• update_calls_ : PLMD::eds::EDS
• update_from : PLMD::Action
• update_lambda() : PLMD::bias::MaxEnt
• update_neighb() : PLMD::colvar::EEFSolv , PLMD::isdb::CS2Backbone
• update_neighbor_list() : PLMD::isdb::EMMI
• update_output_filename() : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• update_period_ : PLMD::eds::EDS
• update_statistics() : PLMD::eds::EDS
• update_str : PLMD::mapping::AdaptivePath
• update_until : PLMD::Action
• updateActiveAtoms() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• updateActiveMembers() : PLMD::DynamicList< T >
• updateBiasCutoffForTargetDistGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• updateBiasGrid() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• updateBiasWithoutCutoffGrid() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• updateComplete() : PLMD::DynamicList< T > , PLMD::MultiValue , PLMD::ReferenceValuePack
• updateDynamicList() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack , PLMD::MultiValue
• updateDynamicLists() : PLMD::ReferenceValuePack
• updateFesGrid() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• updateFlags : PLMD::PlumedMain
• updateFlagsPop() : PLMD::PlumedMain
• updateFlagsPush() : PLMD::PlumedMain
• updateFlagsTop() : PLMD::PlumedMain
• updateForces() : PLMD::Atoms , PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• updateFreq : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction
• updateGradientAndHessian() : PLMD::ves::VesBias
• updateGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution , PLMD::ves::TD_Custom , PLMD::ves::TD_LinearCombination , PLMD::ves::TD_ProductCombination , PLMD::ves::TD_ProductDistribution , PLMD::ves::TD_WellTempered
• UpdateIf() : PLMD::generic::UpdateIf
• updateIndex() : PLMD::MultiValue
• updateLogTargetDistGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• updateOutputComponents() : PLMD::ves::Optimizer
• updateReweightFactor() : PLMD::ves::VesBias
• updateTargetDist() : PLMD::ves::TargetDistribution
• updateTargetDistribution() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• updateTargetDistributions() : PLMD::ves::VesBias , PLMD::ves::VesLinearExpansion
• updateUniqueLocal() : PLMD::ActionAtomistic
• updateUnits() : PLMD::Atoms
• updateUsingIndices() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• updateVirial() : PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• upper : PLMD::DRMSD , PLMD::generic::UpdateIf
• upperboundary : PLMD::drr::UIestimator::n_matrix , PLMD::drr::UIestimator::n_vector< T > , PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• upperd : PLMD::function::Stats
• upperlimits : PLMD::analysis::Committor
• uppI_ : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD , PLMD::BiasRepresentation , PLMD::function::FuncSumHills
• use() : PLMD::Keywords
• use_beta_ : PLMD::ves::TD_Custom
• use_fes_ : PLMD::ves::TD_Custom
• use_for_central_atom : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• use_hessian_ : PLMD::ves::Optimizer
• use_kbt_ : PLMD::ves::TD_Custom
• use_lepton : PLMD::function::Matheval
• use_masses : PLMD::colvar::Gyration
• use_multiple_coeffssets_ : PLMD::ves::VesBias
• use_mwalkers_mpi_ : PLMD::ves::Optimizer
• use_sf : PLMD::multicolvar::Angles , PLMD::multicolvar::XAngles , PLMD::multicolvar::XYTorsion
• use_switch : PLMD::adjmat::ClusterDistribution
• useall : PLMD::colvar::Dimer
• useBiasCutoffKeywords() : PLMD::ves::VesBias
• useCustomisableComponents() : PLMD::ActionWithValue
• usedatoms1 : PLMD::colvar::Dimer
• usedatoms2 : PLMD::colvar::Dimer
• usederiv_ : PLMD::Grid
• useDynamicStepSizeKeywords() : PLMD::ves::Optimizer
• useDynamicTargetDistributionKeywords() : PLMD::ves::Optimizer
• useFixedStepSizeKeywords() : PLMD::ves::Optimizer
• useGridBinKeywords() : PLMD::ves::VesBias
• useGridLimitsKeywords() : PLMD::ves::VesBias
• useHessian() : PLMD::ves::Optimizer
• useHessianKeywords() : PLMD::ves::Optimizer
• useInitialCoeffsKeywords() : PLMD::ves::VesBias
• uselinkforthree : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• useMaskKeywords() : PLMD::ves::Optimizer
• useMonitorAverageGradientKeywords() : PLMD::ves::Optimizer
• useMultipleTargetDistributionKeywords() : PLMD::ves::VesBias
• useMultipleWalkers() : PLMD::ves::Optimizer , PLMD::ves::VesBias
• useMultipleWalkersKeywords() : PLMD::ves::Optimizer
• useNumericalDerivatives() : PLMD::ActionWithValue
• usepbc : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• useProjectionArgKeywords() : PLMD::ves::VesBias
• userActions : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• useRestartKeywords() : PLMD::ves::Optimizer
• useReweightFactorKeywords() : PLMD::ves::Optimizer , PLMD::ves::VesBias
• useRunAllTasks : PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• usesPbc() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• usespecies : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• useTargetDistributionKeywords() : PLMD::ves::VesBias
• usetol : PLMD::vesselbase::FunctionVessel
• usingFastOption() : PLMD::ReferenceConfigurationOptions
• usingLowMem() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel , PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• usingMemory() : PLMD::analysis::Analysis
• usingNaturalUnits() : PLMD::Atoms
• ustride_reweightfactor_ : PLMD::ves::Optimizer
• ustride_targetdist_ : PLMD::ves::Optimizer
• UWalls() : PLMD::bias::UWalls , PLMD::manyrestraints::UWalls