Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

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• occupancies : PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
• occupancy : PLMD::molfile::molfile_atom_t , PLMD::PDB
• of : PLMD::generic::DumpAtoms , PLMD::generic::DumpDerivatives , PLMD::generic::DumpForces , PLMD::generic::DumpProjections , PLMD::gridtools::FindContour , PLMD::multicolvar::DumpMultiColvar
• offset : PLMD::bias::LWalls , PLMD::bias::UWalls , PLMD::manyrestraints::LWalls , PLMD::manyrestraints::UWalls
• offset_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• offset_max_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• offset_min_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• offset_mu_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• offset_prior_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• ofile : PLMD::adjmat::OutputCluster , PLMD::analysis::Committor , PLMD::generic::Debug , PLMD::generic::Print
• OFile() : PLMD::OFile
• ofilename : PLMD::analysis::ClassicalMultiDimensionalScaling , PLMD::analysis::PCA
• ofmt : PLMD::analysis::Analysis , PLMD::mapping::AdaptivePath
• oind : PLMD::ReferenceValuePack
• oind_set : PLMD::ReferenceValuePack
• oldaa : PLMD::bias::MovingRestraint
• olddpotdk : PLMD::bias::MovingRestraint
• oldf : PLMD::bias::MovingRestraint
• oldk : PLMD::bias::MovingRestraint
• oldlambda : PLMD::bias::MaxEnt
• on : PLMD::Atoms::DomainDecomposition , PLMD::generic::UpdateIf
• oneD_pmf : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• ones : PLMD::gridtools::FindContourSurface
• onoff : PLMD::DynamicList< T >
• onStep() : PLMD::ActionPilot , PLMD::gridtools::ConvertToFES
• open() : PLMD::FileBase , PLMD::IFile , PLMD::OFile
• open_file_read : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• open_file_write : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• operation : PLMD::lepton::CompiledExpression , PLMD::lepton::ExpressionTreeNode
• operations : PLMD::lepton::ExpressionProgram
• Operator : PLMD::lepton::ParseToken
• operator bool() : PLMD::Atoms::DomainDecomposition , PLMD::FileBase
• operator plumed() : PLMD::Plumed
• operator!= : PLMD::AtomNumber , PLMD::lepton::ExpressionTreeNode , PLMD::lepton::Operation
• operator()() : PLMD::colvar::PathMSDBase::imgOrderByDist , PLMD::colvar::PathMSDBase::imgOrderBySimilarity , PLMD::DynamicList< T > , PLMD::function::FuncPathMSD::ordering , PLMD::function::FuncPathMSD::pairordering , PLMD::Matrix< T > , PLMD::TensorGeneric< n, m > , PLMD::VectorGeneric< n > , PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• operator* : PLMD::Matrix< T > , PLMD::TensorGeneric< n, m > , PLMD::VectorGeneric< n > , PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• operator*=() : PLMD::Matrix< T > , PLMD::TensorGeneric< n, m > , PLMD::VectorGeneric< n > , PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• operator+() : PLMD::TensorGeneric< n, m > , PLMD::VectorGeneric< n > , PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• operator+=() : PLMD::Matrix< T > , PLMD::TensorGeneric< n, m > , PLMD::VectorGeneric< n > , PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• operator-() : PLMD::TensorGeneric< n, m > , PLMD::VectorGeneric< n > , PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• operator-=() : PLMD::Matrix< T > , PLMD::TensorGeneric< n, m > , PLMD::VectorGeneric< n > , PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• operator/ : PLMD::TensorGeneric< n, m > , PLMD::VectorGeneric< n >
• operator/=() : PLMD::TensorGeneric< n, m > , PLMD::VectorGeneric< n >
• operator< : PLMD::AtomNumber
• operator<< : PLMD::ActionRegister , PLMD::Citations , PLMD::CLToolRegister , PLMD::Matrix< T > , PLMD::OFile , PLMD::PDB , PLMD::Random , PLMD::Stopwatch , PLMD::TensorGeneric< n, m > , PLMD::VectorGeneric< n >
• operator<= : PLMD::AtomNumber
• operator=() : PLMD::Action , PLMD::Communicator , PLMD::DLLoader , PLMD::FileBase , PLMD::lepton::CompiledExpression , PLMD::lepton::ExpressionProgram , PLMD::lepton::ExpressionTreeNode , PLMD::Matrix< T > , PLMD::Plumed , PLMD::SwitchingFunction , PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector , PLMD::ves::FermiSwitchingFunction
• operator== : PLMD::AtomNumber , PLMD::lepton::ExpressionTreeNode , PLMD::lepton::Operation
• operator> : PLMD::AtomNumber
• operator>= : PLMD::AtomNumber
• operator>> : PLMD::Random
• operator[]() : PLMD::DynamicList< T > , PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >::Const_row , PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J > , PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >::Row , PLMD::VectorGeneric< n > , PLMD::ves::CoeffsVector
• Opt_BachAveragedSGD() : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• Opt_Dummy() : PLMD::ves::Opt_Dummy
• OPTIMAL : PLMD::RMSD
• OPTIMAL_FAST : PLMD::RMSD
• optimalAlignment() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_DDistDRef() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_DDistDRef_Rot_DRotDPos() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_DDistDRef_Rot_DRotDPos_DRotDRef() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_Fit() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_PCA() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_Rot() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_Rot_DRotDRr01() : PLMD::RMSD
• optimalAlignment_SOMA() : PLMD::RMSD
• optimalAlignmentWithCloseStructure() : PLMD::RMSD
• OptimalRMSD() : PLMD::OptimalRMSD , PLMD::ReferenceValuePack
• optimize() : PLMD::lepton::ParsedExpression
• optimize_coeffs_ : PLMD::ves::VesBias
• optimizeCoeffs() : PLMD::ves::VesBias
• Optimizer() : PLMD::ves::Optimizer
• optimizer_pntr_ : PLMD::ves::VesBias
• optional : PLMD::Keywords::KeyType
• options : PLMD::Action
• optsigmamean_stride_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• orbital_energies : PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
• orbital_ids : PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
• OrderingVessel : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel , PLMD::vesselbase::OrderingVessel
• orient0 : PLMD::multicolvar::NumberOfLinks
• orient1 : PLMD::multicolvar::NumberOfLinks
• OrientationSphere() : PLMD::crystallization::OrientationSphere , PLMD::crystallization::VectorMultiColvar
• origin : PLMD::molfile::molfile_volumetric_t , PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity , PLMD::multicolvar::VolumeAround , PLMD::multicolvar::VolumeCavity , PLMD::multicolvar::VolumeInCylinder , PLMD::multicolvar::VolumeInSphere , PLMD::multicolvar::VolumeTetrapore
• orthorombic : PLMD::Pbc
• oss : PLMD::OFile
• out : PLMD::CLToolMain
• out_coupling_ : PLMD::eds::EDS
• out_restart_ : PLMD::eds::EDS
• out_restart_name_ : PLMD::eds::EDS
• outhills : PLMD::function::FuncSumHills
• outhisto : PLMD::function::FuncSumHills
• OUTLIERS : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• output : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• output_filename : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• output_fmt_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• output_freq : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• output_type : PLMD::gridtools::FourierTransform
• output_xyz : PLMD::adjmat::OutputCluster
• OutputBasisFunctions() : PLMD::ves::OutputBasisFunctions
• OutputCluster() : PLMD::adjmat::OutputCluster
• outputComponentExists() : PLMD::Keywords
• OutputFesBias() : PLMD::ves::OutputFesBias
• outputForces : PLMD::bias::Bias
• OutputTargetDistribution() : PLMD::ves::OutputTargetDistribution
• ov_cut_ : PLMD::isdb::EMMI
• ovdd_ : PLMD::isdb::EMMI
• ovdd_cut_ : PLMD::isdb::EMMI
• ovmd_ : PLMD::isdb::EMMI
• ovmd_ave_ : PLMD::isdb::EMMI
• ovmd_der_ : PLMD::isdb::EMMI