Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- n -

• n1 : PLMD::isdb::CS2Backbone::RingInfo
• n2 : PLMD::isdb::CS2Backbone::RingInfo
• N_ATOM : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• n_matrix() : PLMD::drr::UIestimator::n_matrix
• n_tempering_options_ : PLMD::bias::MetaD
• n_vector() : PLMD::drr::UIestimator::n_vector< T >
• nactive : PLMD::DynamicList< T >
• nactive_atoms : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• nactive_tasks : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• nallpairs_ : PLMD::NeighborList
• name : PLMD::Action , PLMD::bias::MetaD::TemperingSpecs , PLMD::CLTool , PLMD::FileBase::FieldBase , PLMD::lepton::Operation , PLMD::molfile::molfile_atom_t , PLMD::Random , PLMD::ReferenceConfiguration , PLMD::Value
• name_stem : PLMD::bias::MetaD::TemperingSpecs
• names : PLMD::BiasRepresentation , PLMD::function::Matheval , PLMD::generic::DumpAtoms
• narg : PLMD::function::Ensemble , PLMD::function::LocalEnsemble , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• nargs_ : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion , PLMD::ves::VesLinearExpansion
• nativeq : PLMD::SwitchingFunction
• natoms : PLMD::Atoms , PLMD::ERMSD , PLMD::molfile::md_header , PLMD::molfile::md_ts , PLMD::molfile::trx_hdr , PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• naturalUnits : PLMD::Atoms
• nbasins : PLMD::analysis::Committor
• nbasis_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• nbasisf_ : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• nbiases_ : PLMD::ves::Optimizer
• nbin : PLMD::gridtools::GridVessel
• nbin_ : PLMD::Grid
• nbins : PLMD::crystallization::Gradient , PLMD::gridtools::ActionWithGrid , PLMD::gridtools::FindSphericalContour , PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity
• nbins_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• nblock : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• nblocks : PLMD::IntermolecularDRMSD , PLMD::IntramolecularDRMSD
• ncart : PLMD::molfile::molfile_qm_metadata_t
• ncells : PLMD::LinkCells
• ncenters_ : PLMD::ves::TD_ExponentiallyModifiedGaussian , PLMD::ves::TD_Gaussian , PLMD::ves::TD_GeneralizedNormal , PLMD::ves::TD_VonMises
• ncentral : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• NCG : PLMD::isdb::JCoupling
• ncoeffs_ : PLMD::ves::CoeffsBase , PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion , PLMD::ves::VesLinearExpansion
• ncoeffs_total_ : PLMD::ves::VesBias
• ncoeffssets_ : PLMD::ves::Optimizer , PLMD::ves::VesBias
• ncol_t : PLMD::adjmat::AlignedMatrixBase , PLMD::adjmat::ContactMatrix
• ncols() : PLMD::Matrix< T >
• ncolumns_ : PLMD::ves::CoeffsMatrix
• ncomponents : PLMD::crystallization::GradientVessel , PLMD::crystallization::VectorMultiColvar
• ncoupl_ : PLMD::isdb::JCoupling
• ncvs_ : PLMD::eds::EDS
• ndata : PLMD::analysis::Analysis , PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• nder : PLMD::crystallization::VectorMean , PLMD::crystallization::VectorSum
• nderivatives : PLMD::adjmat::ClusterDistribution , PLMD::MultiValue
• ndim : PLMD::analysis::PCA , PLMD::BiasRepresentation , PLMD::KernelFunctions
• ndimensions_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• ndist_ : PLMD::ves::TD_LinearCombination , PLMD::ves::TD_ProductCombination , PLMD::ves::TD_ProductDistribution
• NDIV : PLMD::Random
• ndonor_types : PLMD::adjmat::HBondMatrix
• needeng : PLMD::analysis::Analysis
• needs_bias_grid_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• needs_bias_withoutcutoff_grid_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• needs_fes_grid_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• needsDerivatives() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• NEGATE : PLMD::lepton::Operation
• Negate() : PLMD::lepton::Operation
• negativebias : PLMD::function::FuncSumHills
• neigh_size : PLMD::colvar::PathMSDBase , PLMD::function::FuncPathMSD
• neigh_stride : PLMD::colvar::PathMSDBase , PLMD::function::FuncPathMSD
• neigh_tot : PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• NEIGHBOR : PLMD::ExchangePatterns
• NeighborList() : PLMD::NeighborList
• neighbors_ : PLMD::NeighborList
• neighpair : PLMD::function::FuncPathMSD
• newbox : PLMD::generic::ResetCell
• next : PLMD::isdb::CS2Backbone::Fragment
• nframe_ : PLMD::isdb::EMMI
• nframes : PLMD::colvar::PathMSDBase
• nga : PLMD::isdb::NOE , PLMD::isdb::PRE
• nimag : PLMD::molfile::molfile_qm_metadata_t
• nintcoords : PLMD::molfile::molfile_qm_metadata_t
• nl : PLMD::colvar::ContactMap , PLMD::colvar::CoordinationBase , PLMD::colvar::EEFSolv , PLMD::isdb::NOE , PLMD::isdb::PRE
• nl_ : PLMD::isdb::EMMI
• nl_cutoff_ : PLMD::isdb::EMMI
• nl_stride_ : PLMD::isdb::EMMI
• nl_tolerance : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• nl_update : PLMD::colvar::EEFSolv
• nlandmarks : PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase
• nlexpo : PLMD::colvar::EEFSolv
• nlinesPerStep : PLMD::generic::Read
• nlist0_ : PLMD::NeighborList
• nlist1_ : PLMD::NeighborList
• nLocalAtoms : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• nlow : PLMD::analysis::ClassicalMultiDimensionalScaling
• nn : PLMD::SwitchingFunction
• nneigh : PLMD::adjmat::DFSClustering , PLMD::adjmat::OutputCluster , PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• no_aver_ : PLMD::isdb::EMMI
• no_broadcast : PLMD::bias::MaxEnt
• no_output_value : PLMD::vesselbase::ValueVessel
• no_third_dim_accum : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase
• noAnalyticalDerivatives() : PLMD::ActionWithValue
• noAverage() : PLMD::vesselbase::AveragingVessel
• nodeIsActive() : PLMD::adjmat::ClusterAnalysisBase
• noderiv : PLMD::ActionWithValue , PLMD::gridtools::GridVessel , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• noDerivatives() : PLMD::gridtools::GridVessel
• nodesAreConnected() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixVessel
• noDiscreteKernels() : PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• NOE() : PLMD::isdb::NOE
• noEOL : PLMD::IFile
• nohistory : PLMD::function::FuncSumHills
• noise_type_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• nomemory : PLMD::analysis::Analysis
• noname : PLMD::Random
• NONE : PLMD::ExchangePatterns
• none : PLMD::FlexibleBin
• noNormalization() : PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• nopbc : PLMD::colvar::Gyration , PLMD::DRMSD , PLMD::vatom::Center , PLMD::vatom::COM
• norder_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• nores_ : PLMD::isdb::Rescale
• norm : PLMD::vesselbase::FunctionVessel
• normaliz : PLMD::crystallization::Steinhardt
• normalization : PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• normalization_ : PLMD::ves::TD_Chi , PLMD::ves::TD_ChiSquared , PLMD::ves::TD_GeneralizedExtremeValue , PLMD::ves::TD_GeneralizedNormal , PLMD::ves::TD_VonMises
• normalize : PLMD::function::Combine
• normalize_GMM() : PLMD::isdb::EMMI
• normalizeCoeffs() : PLMD::ves::CoeffsVector
• normalized : PLMD::Direction
• NormalizedEuclideanDistance() : PLMD::NormalizedEuclideanDistance
• normalizeGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• normalizeTargetDistGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• normalizeVector() : PLMD::crystallization::MoleculeOrientation , PLMD::crystallization::VectorMultiColvar , PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::LocalAverage , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• normalizeVectorDerivatives() : PLMD::crystallization::MoleculeOrientation , PLMD::crystallization::VectorMultiColvar , PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• normalmodes : PLMD::molfile::molfile_qm_hessian_t
• normVect : PLMD::isdb::CS2Backbone::RingInfo
• not_in : PLMD::multicolvar::ActionVolume
• notperiodic : PLMD::HistogramBead , PLMD::Value
• novirial : PLMD::generic::Debug , PLMD::PlumedMain
• novoronoi : PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase
• noweights : PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase
• nper : PLMD::gridtools::GridVessel
• npoints : PLMD::gridtools::GridVessel
• nProc : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• nproc : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• nprocessors : PLMD::DynamicList< T >
• nquantities : PLMD::crystallization::Gradient , PLMD::multicolvar::ActionVolume
• nranks : PLMD::colvar::Dimer
• nre : PLMD::molfile::trx_hdr
• nrep : PLMD::bias::MaxEnt
• nrep_ : PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase , PLMD::isdb::Rescale
• nresidues : PLMD::ERMSD
• nrows() : PLMD::Matrix< T >
• nrows_ : PLMD::ves::CoeffsMatrix
• nsel_ : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• nspace : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• nstride : PLMD::LinkCells
• nt_env_set : PLMD::OpenMPVars
• NTAB : PLMD::Random
• nuc_charge : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• num_basis_atoms : PLMD::molfile::molfile_qm_metadata_t
• num_basis_funcs : PLMD::molfile::molfile_qm_metadata_t
• num_charge_sets : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_metadata
• num_electrons : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• num_occupied_A : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• num_occupied_B : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• num_orbitals_per_wavef : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_metadata
• num_prim_per_shell : PLMD::molfile::molfile_qm_basis_t
• num_scfiter : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_metadata
• num_shells : PLMD::molfile::molfile_qm_metadata_t
• num_shells_per_atom : PLMD::molfile::molfile_qm_basis_t
• num_threads : PLMD::OpenMPVars
• num_wavef : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_metadata
• numAtoms : PLMD::isdb::CS2Backbone::RingInfo
• Number : PLMD::lepton::ParseToken
• number2index : PLMD::PDB
• number_of_cluster : PLMD::adjmat::ClusteringBase , PLMD::adjmat::OutputCluster
• numbered() : PLMD::Keywords
• numberForCentralAtom : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• numberOfArgs : PLMD::ReferenceValuePack
• numberOfAtomsPerResidueInBackbone() : PLMD::MolDataClass
• numberOfBasisFunctions() : PLMD::ves::BasisFunctions
• numberOfBiases() : PLMD::ves::Optimizer
• numberOfCoeffs() : PLMD::ves::CoeffsBase , PLMD::ves::VesBias
• numberOfCoeffsSets() : PLMD::ves::Optimizer , PLMD::ves::VesBias
• numberOfDimensions() : PLMD::ves::CoeffsBase
• NumberOfLinks() : PLMD::multicolvar::NumberOfLinks
• NumberOfReplicas : PLMD::ExchangePatterns
• numbers : PLMD::PDB
• numdefs : PLMD::Keywords
• numerical_uniform_integrals_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• numericalDerivatives : PLMD::ActionWithValue
• numericalTargetDistributionIntegralsFromGrid() : PLMD::ves::BasisFunctions
• numericalUniformIntegrals() : PLMD::ves::BasisFunctions
• numlab : PLMD::vesselbase::Vessel , PLMD::vesselbase::VesselOptions
• numXtraDists : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• nvectors : PLMD::crystallization::MoleculeOrientation
• nweights : PLMD::crystallization::GradientVessel