Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- i -

• i : PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >::Const_row , PLMD::MatrixSquareBracketsAccess< T, C, I, J >::Row
• IA : PLMD::Random
• iclose1 : PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel
• iclose2 : PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel
• Id : PLMD::lepton::Operation
• idata : PLMD::analysis::Analysis
• identical_coeffs_shape_ : PLMD::ves::Optimizer
• identity() : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• idum : PLMD::Random
• ifile : PLMD::bias::MaxEnt , PLMD::CLTool , PLMD::generic::Read
• IFile() : PLMD::IFile
• ifiles : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD , PLMD::function::FilesHandler
• ifilesnames : PLMD::bias::MaxEnt , PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD
• ignore_forces : PLMD::generic::Read
• ignore_reweight : PLMD::analysis::Analysis
• ignore_time : PLMD::generic::Read
• ignoreFields : PLMD::IFile
• igolden : PLMD::gridtools::GridVessel
• ILE : PLMD::isdb::CS2Backbone
• IM : PLMD::Random
• imag_modes : PLMD::molfile::molfile_qm_hessian_t
• imgVec : PLMD::colvar::PathMSDBase
• in : PLMD::CLToolMain
• in_apply : PLMD::analysis::Histogram
• in_restart_ : PLMD::eds::EDS
• in_restart_name_ : PLMD::eds::EDS
• inactive() : PLMD::gridtools::GridVessel
• Include() : PLMD::generic::Include
• incPrec : PLMD::Random
• increase_value() : PLMD::drr::UIestimator::n_matrix , PLMD::drr::UIestimator::n_vector< T >
• IncreasedPrecis() : PLMD::Random
• increaseIterationCounter() : PLMD::ves::Optimizer
• increasingOrder() : PLMD::function::FuncPathMSD
• index : PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::AtomNumber , PLMD::colvar::PathMSDBase::ImagePath
• index_ : PLMD::AtomNumber
• index_cs : PLMD::isdb::CS2Backbone
• index_t : PLMD::Grid
• indexCnt : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• indexDsp : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• indexes : PLMD::ActionAtomistic
• indexmap : PLMD::function::FuncPathMSD
• indexOfTaskInFullList : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• indexR : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• indexS : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• indexToBeReceived : PLMD::Atoms::DomainDecomposition
• indexToBeSent : PLMD::Atoms::DomainDecomposition
• indexvec : PLMD::colvar::PathMSDBase
• indices : PLMD::multicolvar::AtomValuePack , PLMD::multicolvar::CatomPack , PLMD::MultiValue , PLMD::ReferenceAtoms
• indices_shape_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• indicesExist() : PLMD::ves::CoeffsBase
• inept : PLMD::isdb::PRE
• Info() : PLMD::cltools::Info
• info : PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
• ingrid : PLMD::gridtools::ActionWithInputGrid , PLMD::gridtools::GridPrintingBase
• init() : PLMD::Atoms
• Init() : PLMD::Grid
• init : PLMD::HistogramBead , PLMD::PlumedMain , PLMD::SwitchingFunction , PLMD::ves::FermiSwitchingFunction
• init_backbone() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• init_rings() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• init_sidechain() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• init_types() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• init_xdist() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• initialBias : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• Initialise() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• initialize() : PLMD::NeighborList
• initializeCoeffs() : PLMD::ves::VesBias
• initialized() : PLMD::Communicator , PLMD::GREX , PLMD::PlumedMain
• initializeIndices() : PLMD::ves::CoeffsBase
• initstride : PLMD::function::FuncSumHills
• inMiddleOfField : PLMD::IFile
• inPair() : PLMD::ERMSD
• InPlaneDistances() : PLMD::multicolvar::InPlaneDistances
• input : PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase
• input_count : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• input_filename : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• input_grad : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• inputdata : PLMD::CLTool
• inputData : PLMD::CLTool
• inputForce : PLMD::Value
• insertFile() : PLMD::PlumedMain
• insertGroup() : PLMD::Atoms
• insertion : PLMD::molfile::molfile_atom_t
• installed() : PLMD::DLLoader , PLMD::Plumed
• integrate() : PLMD::Grid
• IntegrateGrid() : PLMD::gridtools::IntegrateGrid
• integrateGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• integratehills : PLMD::function::FuncSumHills
• integratehisto : PLMD::function::FuncSumHills
• intensities : PLMD::molfile::molfile_qm_hessian_t
• intercomm : PLMD::GREX
• IntermolecularDRMSD() : PLMD::IntermolecularDRMSD
• InterMolecularTorsions() : PLMD::crystallization::InterMolecularTorsions
• InterpolateGrid() : PLMD::gridtools::InterpolateGrid
• interpretArgumentList() : PLMD::ActionWithArguments
• interpretAtomList() : PLMD::ActionAtomistic
• interpretLabel() : PLMD::Tools
• interpretRanges() : PLMD::Tools
• interpretSymbol() : PLMD::SetupMolInfo
• interval_bounded_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_intrinsic_max_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_intrinsic_max_str_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_intrinsic_mean_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_intrinsic_min_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_intrinsic_min_str_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_intrinsic_range_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_max_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_max_str_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_mean_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_min_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_min_str_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• interval_range_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalBounded() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalDerivf() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalMax() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalMaxStr() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalMean() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalMin() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalMinStr() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalRange() : PLMD::ves::BasisFunctions
• inthessian : PLMD::molfile::molfile_qm_hessian_t
• intracomm : PLMD::GREX
• IntramolecularDRMSD() : PLMD::IntramolecularDRMSD
• intrinsicIntervalMax() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intrinsicIntervalMaxStr() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intrinsicIntervalMin() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intrinsicIntervalMinStr() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intValue : PLMD::lepton::Operation
• inum : PLMD::vesselbase::BridgeVessel
• inv_cov_md_ : PLMD::isdb::EMMI
• inv_max_minus_min : PLMD::HistogramBead , PLMD::Value
• inv_normfactor_ : PLMD::ves::BF_Powers
• inv_sqrt2_ : PLMD::isdb::EMMI
• invalidateList : PLMD::colvar::CoordinationBase
• invbeta : PLMD::BiasWeight , PLMD::ProbWeight , PLMD::ves::FesWeight
• invbiasf_ : PLMD::ves::WellTemperedModifer
• invBox : PLMD::Pbc
• inverse : PLMD::adjmat::ClusterDistribution , PLMD::TensorGeneric< n, m >
• Invert : PLMD::Matrix< T >
• invlambda : PLMD::mapping::ZpathVessel
• inVolumeOfInterest() : PLMD::multicolvar::ActionVolume
• invr0 : PLMD::SwitchingFunction
• invr0_ : PLMD::ves::FermiSwitchingFunction
• invr0_2 : PLMD::SwitchingFunction
• invReduced : PLMD::Pbc
• invsigma : PLMD::bias::MetaD::Gaussian , PLMD::bias::PBMetaD::Gaussian
• iov_base : PLMD::molfile::fio_iovec
• iov_len : PLMD::molfile::fio_iovec
• iprecision : PLMD::generic::DumpAtoms
• IQ : PLMD::Random
• IR : PLMD::Random
• ir_size : PLMD::molfile::trx_hdr
• is_active : PLMD::bias::MetaD::TemperingSpecs
• is_chi1_cx() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• isaction : PLMD::Keywords
• isActive() : PLMD::Action , PLMD::DynamicList< T > , PLMD::MultiValue , PLMD::ves::CoeffsBase
• isAtomList() : PLMD::Keywords::KeyType
• isBiasCutoffAllowed() : PLMD::ves::TargetDistribution
• isBiasFileOutputActive() : PLMD::ves::VesBias
• isBiasOutputActive() : PLMD::ves::Optimizer
• iscltool : PLMD::function::FuncSumHills
• isCompulsory() : PLMD::Keywords::KeyType
• isCurrentlyActive() : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• isdens : PLMD::crystallization::GradientVessel
• isDensity() : PLMD::multicolvar::Density , PLMD::multicolvar::DistanceFromContour , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• isDerivative : PLMD::lepton::Operation
• isDiagonal() : PLMD::ves::CoeffsMatrix
• isDriver() : PLMD::Keywords
• isDynamic() : PLMD::ves::TargetDistribution
• isDynamicTargetDistFileOutputActive() : PLMD::ves::VesBias
• iselect : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• Isend() : PLMD::Communicator
• isEnergy : PLMD::Colvar
• isEnergyNeeded() : PLMD::Atoms
• isFesFileOutputActive() : PLMD::ves::VesBias
• isFesOutputActive() : PLMD::ves::Optimizer
• isFesProjFileOutputActive() : PLMD::ves::VesBias
• isFesProjOutputActive() : PLMD::ves::Optimizer
• isFirstStep : PLMD::bias::MaxEnt , PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD , PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift , PLMD::ves::Optimizer
• isFlag() : PLMD::Keywords::KeyType
• isGenericCoeffs() : PLMD::ves::CoeffsBase
• isInfixOperator() : PLMD::lepton::Operation
• isInitialized : PLMD::RMSDCoreData
• isIntPower : PLMD::lepton::Operation
• isIterationCounterActive() : PLMD::ves::CoeffsBase
• isLinearBasisSetCoeffs() : PLMD::ves::CoeffsBase
• isMultiLinearBasisSetCoeffs() : PLMD::ves::CoeffsBase
• isNotPeriodic() : PLMD::HistogramBead
• isOpen() : PLMD::FileBase
• isopen : PLMD::function::FilesHandler
• isOptional() : PLMD::Keywords::KeyType
• isOptionOn() : PLMD::Action
• isOrthorombic() : PLMD::Pbc
• ispath : PLMD::PointWiseMapping
• isPeriodic() : PLMD::adjmat::ActionWithInputMatrix , PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase , PLMD::adjmat::ClusterAnalysisBase , PLMD::analysis::Analysis , PLMD::analysis::Average , PLMD::analysis::Histogram , PLMD::crystallization::CubicHarmonicBase , PLMD::crystallization::InterMolecularTorsions , PLMD::crystallization::OrientationSphere , PLMD::crystallization::VectorMultiColvar , PLMD::gridtools::ActionWithIntegral , PLMD::gridtools::ContourFindingBase , PLMD::gridtools::ConvertToFES , PLMD::gridtools::FindContour , PLMD::gridtools::FourierTransform , PLMD::gridtools::GridVessel , PLMD::gridtools::InterpolateGrid , PLMD::HistogramBead , PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase , PLMD::mapping::Mapping , PLMD::multicolvar::AlphaBeta , PLMD::multicolvar::Angles , PLMD::multicolvar::Bridge , PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::CoordinationNumbers , PLMD::multicolvar::Density , PLMD::multicolvar::DihedralCorrelation , PLMD::multicolvar::DistanceFromContour , PLMD::multicolvar::Distances , PLMD::multicolvar::InPlaneDistances , PLMD::multicolvar::LocalAverage , PLMD::multicolvar::MultiColvarCombine , PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity , PLMD::multicolvar::MultiColvarProduct , PLMD::multicolvar::NumberOfLinks , PLMD::multicolvar::Torsions , PLMD::multicolvar::XAngles , PLMD::multicolvar::XDistances , PLMD::multicolvar::XYDistances , PLMD::multicolvar::XYTorsion , PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD , PLMD::Value , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• isReduced() : PLMD::LatticeReduction
• isReduced2() : PLMD::LatticeReduction
• isRescaledToBias() : PLMD::BiasRepresentation
• isReweightFactorCalculated() : PLMD::ves::VesBias
• isSet() : PLMD::Pbc
• isSP2() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• isStatic() : PLMD::ves::TargetDistribution
• isStaticTargetDistFileOutputActive() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion , PLMD::ves::VesBias
• isSymmetric() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixVessel , PLMD::lepton::Operation , PLMD::Matrix< T > , PLMD::ves::CoeffsMatrix
• isTargetDistGridShiftedToZero() : PLMD::ves::TargetDistribution
• isTargetDistOutputActive() : PLMD::ves::Optimizer
• isTargetDistProjOutputActive() : PLMD::ves::Optimizer
• isTerminalGroup() : PLMD::MolDataClass
• isVessel() : PLMD::Keywords::KeyType
• isVirtualAtom() : PLMD::Atoms
• items : PLMD::Citations
• iter_counter : PLMD::ves::Optimizer
• iteration_and_time_active_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• iteration_opt : PLMD::ves::CoeffsBase
• ITMAX : PLMD::Brent1DRootSearch< FCLASS > , PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• iv : PLMD::Random
• iy : PLMD::Random