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• MahalanobisDistance() : PLMD::MahalanobisDistance
• main() : PLMD::CLTool , PLMD::cltools::CLToolSumHills , PLMD::cltools::Driver< real > , PLMD::cltools::GenTemplate , PLMD::cltools::Info , PLMD::cltools::kt , PLMD::cltools::Manual , PLMD::cltools::PesMD , PLMD::cltools::SimpleMD , PLMD::mapping::PathTools , PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
• makeWhole() : PLMD::ActionAtomistic
• Manual() : PLMD::cltools::Manual
• ManyRestraintsBase() : PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase
• Mapping() : PLMD::mapping::Mapping
• mappingNeedsSetup() : PLMD::PointWiseMapping
• MarginalWeight() : PLMD::ves::MarginalWeight
• Matheval() : PLMD::function::Matheval
• Matrix() : PLMD::Matrix< T >
• MatrixColumnSums() : PLMD::adjmat::MatrixColumnSums
• matrixElementIsActive() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixVessel
• MatrixRowSums() : PLMD::adjmat::MatrixRowSums
• Max() : PLMD::lepton::Operation , PLMD::vesselbase::Max
• MaxEnt() : PLMD::bias::MaxEnt
• MD2double() : PLMD::Atoms , PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• MD_LinearExpansionPES() : PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
• MDAtomsTyped() : PLMD::MDAtomsTyped< T >
• Mean() : PLMD::vesselbase::Mean
• mergeInputDerivatives() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• MetaD() : PLMD::bias::MetaD
• Metainference() : PLMD::isdb::Metainference
• MetainferenceBase() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• Min() : PLMD::lepton::Operation , PLMD::vesselbase::Min
• minimise() : PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• Minimise1DBrent() : PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
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• modifyVirial() : PLMD::ActionAtomistic
• modulo() : PLMD::VectorGeneric< n >
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• MoleculeOrientation() : PLMD::crystallization::MoleculeOrientation
• MoleculePlane() : PLMD::crystallization::MoleculePlane
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• MoreThan() : PLMD::vesselbase::MoreThan
• moveDerivatives() : PLMD::ReferenceValuePack
• moveReferenceArguments() : PLMD::ReferenceArguments
• MovingRestraint() : PLMD::bias::MovingRestraint
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• mpiSumValuesAndDerivatives() : PLMD::Grid
• MultiColvarBase() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
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• MultiValue() : PLMD::MultiValue