- i -

• identity() : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• IFile() : PLMD::IFile
• inactive() : PLMD::gridtools::GridVessel
• Include() : PLMD::generic::Include
• increase_value() : PLMD::drr::UIestimator::n_matrix , PLMD::drr::UIestimator::n_vector< T >
• IncreasedPrecis() : PLMD::Random
• increaseIterationCounter() : PLMD::ves::Optimizer
• increasingOrder() : PLMD::function::FuncPathMSD
• index() : PLMD::AtomNumber
• indicesExist() : PLMD::ves::CoeffsBase
• Info() : PLMD::cltools::Info
• init() : PLMD::Atoms
• Init() : PLMD::Grid
• init() : PLMD::PlumedMain
• init_backbone() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• init_rings() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• init_sidechain() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• init_types() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• init_xdist() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• Initialise() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• initialize() : PLMD::NeighborList
• initializeCoeffs() : PLMD::ves::VesBias
• initialized() : PLMD::Communicator
• initializeIndices() : PLMD::ves::CoeffsBase
• inPair() : PLMD::ERMSD
• InPlaneDistances() : PLMD::multicolvar::InPlaneDistances
• insertFile() : PLMD::PlumedMain
• insertGroup() : PLMD::Atoms
• installed() : PLMD::DLLoader , PLMD::Plumed
• integrate() : PLMD::Grid
• IntegrateGrid() : PLMD::gridtools::IntegrateGrid
• integrateGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• IntermolecularDRMSD() : PLMD::IntermolecularDRMSD
• InterMolecularTorsions() : PLMD::crystallization::InterMolecularTorsions
• InterpolateGrid() : PLMD::gridtools::InterpolateGrid
• interpretArgumentList() : PLMD::ActionWithArguments
• interpretAtomList() : PLMD::ActionAtomistic
• interpretLabel() : PLMD::Tools
• interpretRanges() : PLMD::Tools
• interpretSymbol() : PLMD::SetupMolInfo
• intervalBounded() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalDerivf() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalMax() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalMaxStr() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalMean() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalMin() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalMinStr() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intervalRange() : PLMD::ves::BasisFunctions
• IntramolecularDRMSD() : PLMD::IntramolecularDRMSD
• intrinsicIntervalMax() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intrinsicIntervalMaxStr() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intrinsicIntervalMin() : PLMD::ves::BasisFunctions
• intrinsicIntervalMinStr() : PLMD::ves::BasisFunctions
• inverse() : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• inVolumeOfInterest() : PLMD::multicolvar::ActionVolume
• is_chi1_cx() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• isActive() : PLMD::Action , PLMD::DynamicList< T > , PLMD::MultiValue , PLMD::ves::CoeffsBase
• isAtomList() : PLMD::Keywords::KeyType
• isBiasCutoffAllowed() : PLMD::ves::TargetDistribution
• isBiasFileOutputActive() : PLMD::ves::VesBias
• isBiasOutputActive() : PLMD::ves::Optimizer
• isCompulsory() : PLMD::Keywords::KeyType
• isCurrentlyActive() : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• isDensity() : PLMD::multicolvar::Density , PLMD::multicolvar::DistanceFromContour , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• isDiagonal() : PLMD::ves::CoeffsMatrix
• isDriver() : PLMD::Keywords
• isDynamic() : PLMD::ves::TargetDistribution
• isDynamicTargetDistFileOutputActive() : PLMD::ves::VesBias
• Isend() : PLMD::Communicator
• isEnergyNeeded() : PLMD::Atoms
• isFesFileOutputActive() : PLMD::ves::VesBias
• isFesOutputActive() : PLMD::ves::Optimizer
• isFesProjFileOutputActive() : PLMD::ves::VesBias
• isFesProjOutputActive() : PLMD::ves::Optimizer
• isFlag() : PLMD::Keywords::KeyType
• isGenericCoeffs() : PLMD::ves::CoeffsBase
• isInfixOperator() : PLMD::lepton::Operation
• isIterationCounterActive() : PLMD::ves::CoeffsBase
• isLinearBasisSetCoeffs() : PLMD::ves::CoeffsBase
• isMultiLinearBasisSetCoeffs() : PLMD::ves::CoeffsBase
• isNotPeriodic() : PLMD::HistogramBead
• isOpen() : PLMD::FileBase
• isOptional() : PLMD::Keywords::KeyType
• isOptionOn() : PLMD::Action
• isOrthorombic() : PLMD::Pbc
• isPeriodic() : PLMD::adjmat::ActionWithInputMatrix , PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase , PLMD::adjmat::ClusterAnalysisBase , PLMD::analysis::Analysis , PLMD::analysis::Average , PLMD::analysis::Histogram , PLMD::crystallization::CubicHarmonicBase , PLMD::crystallization::InterMolecularTorsions , PLMD::crystallization::OrientationSphere , PLMD::crystallization::VectorMultiColvar , PLMD::gridtools::ActionWithIntegral , PLMD::gridtools::ContourFindingBase , PLMD::gridtools::ConvertToFES , PLMD::gridtools::FindContour , PLMD::gridtools::FourierTransform , PLMD::gridtools::GridVessel , PLMD::gridtools::InterpolateGrid , PLMD::HistogramBead , PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase , PLMD::mapping::Mapping , PLMD::multicolvar::AlphaBeta , PLMD::multicolvar::Angles , PLMD::multicolvar::Bridge , PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::CoordinationNumbers , PLMD::multicolvar::Density , PLMD::multicolvar::DihedralCorrelation , PLMD::multicolvar::DistanceFromContour , PLMD::multicolvar::Distances , PLMD::multicolvar::InPlaneDistances , PLMD::multicolvar::LocalAverage , PLMD::multicolvar::MultiColvarCombine , PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity , PLMD::multicolvar::MultiColvarProduct , PLMD::multicolvar::NumberOfLinks , PLMD::multicolvar::Torsions , PLMD::multicolvar::XAngles , PLMD::multicolvar::XDistances , PLMD::multicolvar::XYDistances , PLMD::multicolvar::XYTorsion , PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD , PLMD::Value , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• isReduced() : PLMD::LatticeReduction
• isReduced2() : PLMD::LatticeReduction
• isRescaledToBias() : PLMD::BiasRepresentation
• isReweightFactorCalculated() : PLMD::ves::VesBias
• isSet() : PLMD::Pbc
• isSP2() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• isStatic() : PLMD::ves::TargetDistribution
• isStaticTargetDistFileOutputActive() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion , PLMD::ves::VesBias
• isSymmetric() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixVessel , PLMD::lepton::Operation , PLMD::Matrix< T > , PLMD::ves::CoeffsMatrix
• isTargetDistGridShiftedToZero() : PLMD::ves::TargetDistribution
• isTargetDistOutputActive() : PLMD::ves::Optimizer
• isTargetDistProjOutputActive() : PLMD::ves::Optimizer
• isTerminalGroup() : PLMD::MolDataClass
• isVessel() : PLMD::Keywords::KeyType
• isVirtualAtom() : PLMD::Atoms