- g -

• Gaussian() : PLMD::bias::MetaD::Gaussian , PLMD::bias::PBMetaD::Gaussian , PLMD::Random
• Gaussian2D() : PLMD::ves::TD_Gaussian
• GaussianDiagonal() : PLMD::ves::TD_Gaussian
• GaussianSwitchingFunc() : PLMD::ves::TD_Uniform
• gcmd() : PLMD::Plumed
• gcreate() : PLMD::Plumed
• generateBins() : PLMD::HistogramBead
• GenTemplate() : PLMD::cltools::GenTemplate
• get() : PLMD::Keywords , PLMD::MultiValue , PLMD::Value
• get_auxiliary_stuff() : PLMD::isdb::EMMI
• Get_comm() : PLMD::Communicator
• Get_count() : PLMD::Communicator::Status
• get_cutoff_ov() : PLMD::isdb::EMMI
• get_d0() : PLMD::SwitchingFunction
• get_dmax() : PLMD::SwitchingFunction
• get_dmax2() : PLMD::SwitchingFunction
• get_GMM_d() : PLMD::isdb::EMMI
• get_GMM_m() : PLMD::isdb::EMMI
• get_numXtraDists() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• get_overlap() : PLMD::isdb::EMMI
• get_prefactor_inverse() : PLMD::isdb::EMMI
• get_r0() : PLMD::SwitchingFunction , PLMD::ves::FermiSwitchingFunction
• Get_rank() : PLMD::Communicator
• get_self_overlap() : PLMD::isdb::EMMI
• get_sigma_mean() : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• Get_size() : PLMD::Communicator
• get_value() : PLMD::drr::UIestimator::n_matrix , PLMD::drr::UIestimator::n_vector< T >
• get_weights() : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• Get_world() : PLMD::Communicator
• getAbsoluteIndex() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• getAbsoluteIndexes() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::ReferenceAtoms , PLMD::ReferenceConfiguration
• getAbsoluteIndexOfCentralAtom() : PLMD::adjmat::ActionWithInputMatrix , PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase , PLMD::adjmat::ClusterWithSurface , PLMD::crystallization::MoleculeOrientation , PLMD::crystallization::MoleculePlane , PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• getAction() : PLMD::vesselbase::Vessel
• getActionSet() : PLMD::PlumedMain
• getActiveIndex() : PLMD::MultiValue
• getActiveTask() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getAdjacencyVessel() : PLMD::adjmat::ActionWithInputMatrix , PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase
• getAlign() : PLMD::ReferenceAtoms , PLMD::RMSD
• getAlignedPositionsToReference() : PLMD::RMSDCoreData
• getAlignedReferenceToPositions() : PLMD::RMSDCoreData
• getAllCoeffsDescriptions() : PLMD::ves::CoeffsBase
• getAllDimensionLabels() : PLMD::ves::CoeffsBase
• getAllInput() : PLMD::vesselbase::Vessel
• getAllReferenceConfigurations() : PLMD::mapping::Mapping
• getAllValues() : PLMD::ves::BasisFunctions , PLMD::ves::BF_Chebyshev , PLMD::ves::BF_Combined , PLMD::ves::BF_Cosine , PLMD::ves::BF_Custom , PLMD::ves::BF_Fourier , PLMD::ves::BF_Legendre , PLMD::ves::BF_Powers , PLMD::ves::BF_Sine
• getAllValuesNumericalDerivs() : PLMD::ves::BasisFunctions
• getArgNames() : PLMD::Grid
• getArgument() : PLMD::ActionWithArguments
• getArgumentDerivative() : PLMD::ReferenceValuePack
• getArgumentName() : PLMD::mapping::Mapping
• getArgumentNames() : PLMD::ReferenceArguments , PLMD::ReferenceConfiguration
• getArgumentRequests() : PLMD::ReferenceArguments , PLMD::ReferenceConfiguration
• getArguments() : PLMD::ActionWithArguments , PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• getAtomAndArgumentRequirements() : PLMD::MultiReferenceBase
• getAtomBlockEnds() : PLMD::PDB
• getAtomDerivative() : PLMD::ReferenceValuePack
• getAtomIndex() : PLMD::ReferenceAtoms , PLMD::ReferenceValuePack , PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• getAtomName() : PLMD::PDB , PLMD::SetupMolInfo
• getAtomNumbers() : PLMD::PDB
• getAtomRange() : PLMD::PDB
• getAtomRequests() : PLMD::ReferenceAtoms , PLMD::ReferenceConfiguration
• getAtoms() : PLMD::PlumedMain
• getAtomsDisplacementVector() : PLMD::ReferenceValuePack
• getAtomsInChain() : PLMD::PDB
• getAtomsInResidue() : PLMD::PDB
• getAtomVector() : PLMD::MultiValue , PLMD::ReferenceValuePack
• getAuxCoeffsPntrs() : PLMD::ves::Optimizer
• getAverage() : PLMD::analysis::AverageVessel
• getAverDecay() : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• getBackbone() : PLMD::SetupMolInfo
• getBackboneForResidue() : PLMD::MolDataClass
• getBaseColvarNumber() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase
• getBaseMultiColvar() : PLMD::adjmat::ActionWithInputMatrix , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• getBasisFunctionLabel() : PLMD::ves::BasisFunctions
• getBasisFunctionLabels() : PLMD::ves::BasisFunctions
• getBasisSetConstant() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• getBasisSetValue() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• getBasisSetValues() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• getBeta() : PLMD::PDB , PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion , PLMD::ves::TargetDistribution , PLMD::ves::VesBias
• getBias() : PLMD::PlumedMain , PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• getBiasAndDerivatives() : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD
• getBiasAndForces() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• getBiasCutoffSwitchingFunction() : PLMD::ves::VesBias
• getBiasCutoffValue() : PLMD::ves::VesBias
• getBiasFileFmt() : PLMD::ves::VesBias
• getBiasGridPntr() : PLMD::ves::TargetDistribution
• getBiasOutputFilename() : PLMD::ves::VesBias
• getBiasOutputStride() : PLMD::ves::Optimizer
• getBiasPntrs() : PLMD::ves::Optimizer
• getBiasWithoutCutoffGridPntr() : PLMD::ves::TargetDistribution
• getbigb() : PLMD::HistogramBead
• getBinVolume() : PLMD::Grid
• getBox() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T > , PLMD::multicolvar::VolumeGradientBase , PLMD::Pbc
• getBoxDerivatives() : PLMD::Colvar , PLMD::ReferenceValuePack
• getCachelineSize() : PLMD::OpenMP
• getCalcData() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getCellVolume() : PLMD::gridtools::GridVessel
• getCenter() : PLMD::KernelFunctions
• getCenteredPositions() : PLMD::RMSDCoreData
• getCenteredReference() : PLMD::RMSDCoreData
• getCentralAtom() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase
• getCentralAtomElementIndex() : PLMD::multicolvar::ActionVolume
• getCentralAtomPack() : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• getCentralAtomPos() : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• getChainID() : PLMD::PDB
• getChainNames() : PLMD::PDB
• getCharge() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::Units
• getCharges() : PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• getChargeString() : PLMD::Units
• getChildren() : PLMD::lepton::ExpressionTreeNode
• getClosePair() : PLMD::NeighborList
• getCoeffDescription() : PLMD::ves::CoeffsBase
• getCoeffsIndex() : PLMD::ves::VesBias
• getCoeffsIndices() : PLMD::ves::VesBias
• getCoeffsInfoFromFile() : PLMD::ves::CoeffsBase
• getCoeffsMaskPntrs() : PLMD::ves::Optimizer
• getCoeffsPntr() : PLMD::ves::VesBias
• getCoeffsPntrs() : PLMD::ves::Optimizer , PLMD::ves::VesBias
• getCoeffsSetFilenameSuffix() : PLMD::ves::VesBias
• getCoeffsSetLabelString() : PLMD::ves::VesBias
• getCol() : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• getCommunicator() : PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase , PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• getComponent() : PLMD::ActionWithValue
• getComponentName() : PLMD::gridtools::GridVessel
• getComponentsList() : PLMD::ActionWithValue
• getComponentsVector() : PLMD::ActionWithValue
• getConstantValue() : PLMD::lepton::ParsedExpression
• getContinuousSupport() : PLMD::KernelFunctions
• getCPT() : PLMD::Action , PLMD::PlumedMain
• getCubeUnits() : PLMD::gridtools::GridVessel
• getCurrentBiasMaxValue() : PLMD::ves::VesBias
• getCurrentBiasOutputFilename() : PLMD::ves::VesBias
• getCurrentFesOutputFilename() : PLMD::ves::VesBias
• getCurrentNumberOfActiveTasks() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getCurrentOutputFilename() : PLMD::ves::VesBias
• getCurrentStepSize() : PLMD::ves::Optimizer
• getCurrentStepSizes() : PLMD::ves::Optimizer
• getCurrentTargetDistOutputFilename() : PLMD::ves::VesBias
• getCutoff() : PLMD::HistogramBead , PLMD::KernelFunctions , PLMD::LinkCells , PLMD::vesselbase::Between , PLMD::vesselbase::LessThan
• getCutoffForConnection() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixVessel , PLMD::adjmat::ClusterAnalysisBase , PLMD::adjmat::ClusteringBase , PLMD::adjmat::ClusterWithSurface
• getDataAsVector() : PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• getDataElement() : PLMD::vesselbase::AveragingVessel
• getDataLabel() : PLMD::ves::CoeffsBase
• getDataPoint() : PLMD::analysis::Analysis
• getDataUser() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• getDDistanceDPositions() : PLMD::RMSDCoreData
• getDDistanceDReference() : PLMD::RMSDCoreData
• getDDistanceDReferenceSOMA() : PLMD::RMSDCoreData
• getDdStep() : PLMD::Atoms
• getDefaultValue() : PLMD::Keywords
• getDependencies() : PLMD::Action
• getDerivative() : PLMD::multicolvar::CatomPack , PLMD::MultiValue , PLMD::Value
• getDerivOrder() : PLMD::lepton::Operation
• getDescription() : PLMD::ves::BasisFunctions , PLMD::ves::Optimizer
• getDifferenceFromContour() : PLMD::Grid , PLMD::gridtools::ContourFindingBase , PLMD::multicolvar::DistanceFromContour
• getDimension() : PLMD::Grid , PLMD::gridtools::GridVessel , PLMD::ves::TargetDistribution
• getDimensionLabel() : PLMD::ves::CoeffsBase
• getDisplace() : PLMD::ReferenceAtoms , PLMD::RMSD
• getDistance() : PLMD::RMSDCoreData
• getDistanceBetweenFrames() : PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase
• getDocumentation() : PLMD::Action
• getDomain() : PLMD::Value
• getDoScore() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
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• getDRotationDReference() : PLMD::RMSDCoreData
• getDRotationDRr01() : PLMD::RMSDCoreData
• getDx() : PLMD::Grid
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• getEnergyForceGJ() : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getEnergyForceGJE() : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getEnergyForceMIGEN() : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getEnergyForceSP() : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getEnergyForceSPE() : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getEnergyGJ() : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getEnergyGJE() : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getEnergyMIGEN() : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getEnergySP() : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getEnergySPE() : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getEnergyString() : PLMD::Units
• getEng() : PLMD::F1dim< FCLASS >
• getExchangePatterns() : PLMD::PlumedMain
• getExchangeStep() : PLMD::Action , PLMD::PlumedMain
• getFesFileFmt() : PLMD::ves::VesBias
• getFesGridPntr() : PLMD::ves::TargetDistribution
• getFesOutputFilename() : PLMD::ves::VesBias
• getFesOutputStride() : PLMD::ves::Optimizer
• getFesProjOutputStride() : PLMD::ves::Optimizer
• getFibonacciCoordinates() : PLMD::gridtools::GridVessel
• getFibonacciCutoff() : PLMD::gridtools::GridVessel , PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• getFibonacciIndex() : PLMD::gridtools::GridVessel
• getFile() : PLMD::generic::Read
• getFilename() : PLMD::generic::Read
• getFinalForces() : PLMD::gridtools::AverageOnGrid , PLMD::gridtools::GridVessel , PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• getFinalValue() : PLMD::vesselbase::ValueVessel
• getFlag() : PLMD::ExchangePatterns
• getFlatGridCoordinates() : PLMD::gridtools::GridVessel
• getForce() : PLMD::Colvar , PLMD::Value
• getForcesFromVessels() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getFrame() : PLMD::MultiReferenceBase
• getFullAtomList() : PLMD::NeighborList
• getFullList() : PLMD::Atoms
• getFullNumberOfTasks() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getFunctionOperation() : PLMD::lepton::Parser
• getFunctionValue() : PLMD::gridtools::ActionWithInputGrid
• getFunctionValueAndDerivatives() : PLMD::gridtools::ActionWithInputGrid
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• getGradientPntr() : PLMD::ves::VesBias
• getGradientPntrs() : PLMD::ves::Optimizer , PLMD::ves::VesBias
• getGradients() : PLMD::ActionWithVirtualAtom
• getGridBins() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion , PLMD::ves::VesBias
• getGridElement() : PLMD::gridtools::AverageOnGrid , PLMD::gridtools::GridVessel
• getGridExtent() : PLMD::gridtools::GridVessel
• getGridFileInfo() : PLMD::ves::VesTools
• getGridMax() : PLMD::ves::VesBias
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• getGridPtr() : PLMD::BiasRepresentation
• getGridSpacing() : PLMD::gridtools::GridVessel
• getGridValueWithLinearInterpolation() : PLMD::ves::GridLinearInterpolation
• getGridValueWithLinearInterpolation_1D() : PLMD::ves::GridLinearInterpolation
• getGridValueWithLinearInterpolation_2D() : PLMD::ves::GridLinearInterpolation
• getHeight() : PLMD::bias::MetaD
• getHessianIndex() : PLMD::ves::VesBias
• getHessianPntr() : PLMD::ves::VesBias
• getHessianPntrs() : PLMD::ves::Optimizer , PLMD::ves::VesBias
• getId() : PLMD::lepton::Operation
• getIndex() : PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::Grid , PLMD::gridtools::GridVessel , PLMD::multicolvar::AtomValuePack , PLMD::multicolvar::CatomPack , PLMD::ves::CoeffsBase
• getIndexList() : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::Density
• getIndexOfElement() : PLMD::DynamicList< T >
• getIndexPair() : PLMD::NeighborList
• getIndices() : PLMD::Grid , PLMD::gridtools::GridVessel , PLMD::MultiValue , PLMD::ves::CoeffsBase
• getInputData() : PLMD::adjmat::ActionWithInputMatrix , PLMD::adjmat::ClusterWithSurface , PLMD::CLTool , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• getInputDerivatives() : PLMD::adjmat::ActionWithInputMatrix , PLMD::adjmat::ClusterWithSurface , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• getInputString() : PLMD::gridtools::GridVessel
• getIntegrationWeights() : PLMD::ves::GridIntegrationWeights
• getInvBox() : PLMD::Pbc
• getInverseMatrix() : PLMD::FlexibleBin
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• getIterationCounter() : PLMD::ves::CoeffsBase , PLMD::ves::Optimizer , PLMD::ves::VesBias
• getIterationCounterAndTimeFromFile() : PLMD::ves::CoeffsBase
• getIterationCounterDbl() : PLMD::ves::Optimizer
• getIterationCounterStr() : PLMD::ves::Optimizer
• getIterationFilenameSuffix() : PLMD::ves::VesBias
• getKBoltzmann() : PLMD::Atoms
• getKbT() : PLMD::Atoms , PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion , PLMD::ves::VesBias
• getKernelAndNeighbors() : PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• getKernelType() : PLMD::multicolvar::ActionVolume
• getKey() : PLMD::Tools
• getKeyword() : PLMD::Action , PLMD::Keywords
• getKeywordList() : PLMD::ves::BasisFunctions
• getKeywords() : PLMD::vesselbase::VesselRegister
• getKeywordString() : PLMD::ves::BasisFunctions
• getL1Norm() : PLMD::ves::CoeffsVector
• getL2Norm() : PLMD::ves::CoeffsVector
• getLabel() : PLMD::Action , PLMD::ves::CoeffsBase , PLMD::vesselbase::Vessel
• getLabelList() : PLMD::ActionSet
• getLabelsOfAvailableActions() : PLMD::ves::VesTools
• getLabelVector() : PLMD::ActionSet
• getLambda() : PLMD::mapping::AdaptivePath , PLMD::mapping::Mapping , PLMD::mapping::PathBase
• getLastUpdate() : PLMD::NeighborList
• getLength() : PLMD::Units
• getLengthString() : PLMD::Units
• getline() : PLMD::IFile , PLMD::Tools
• getLinkCellCutoff() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• getList() : PLMD::ExchangePatterns
• getLocalDerivative() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• getLocalForces() : PLMD::Atoms
• getLocalMasses() : PLMD::Atoms
• getLocalMDForces() : PLMD::Atoms
• getLocalPositions() : PLMD::Atoms , PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• getLog() : PLMD::PlumedMain
• getLogicalDefault() : PLMD::Keywords
• getLogTargetDistGridPntr() : PLMD::ves::TargetDistribution
• getLogWeight() : PLMD::bias::ReweightBase , PLMD::bias::ReweightBias , PLMD::bias::ReweightMetad , PLMD::bias::ReweightTemperature
• getlowb() : PLMD::HistogramBead
• getLpNorm() : PLMD::ves::CoeffsVector
• getMarginal() : PLMD::ves::TargetDistribution
• getMarginalDistributionGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• getMartiniSFparam() : PLMD::isdb::SAXS
• getMass() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::Units
• getMasses() : PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• getMassString() : PLMD::Units
• getMatrix() : PLMD::FlexibleBin , PLMD::KernelFunctions
• getMatrixAction() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixVessel
• getMatrixFromDRot() : PLMD::RMSD
• getMatrixIndex() : PLMD::ves::CoeffsMatrix
• getMatrixIndices() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixVessel
• getMax() : PLMD::Grid , PLMD::gridtools::GridVessel
• getMaxAbsValue() : PLMD::ves::CoeffsVector
• getMaxSize() : PLMD::SparseGrid
• getMaxValue() : PLMD::Grid , PLMD::SparseGrid , PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• getMDforces() : PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T >
• getMDKBoltzmann() : PLMD::Atoms
• getMDUnits() : PLMD::Atoms
• getMetaDer() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getMethod() : PLMD::RMSD
• getMetric() : PLMD::analysis::Analysis
• getMetricName() : PLMD::analysis::Analysis
• getMin() : PLMD::Grid , PLMD::gridtools::GridVessel
• getMinAbsValue() : PLMD::ves::CoeffsVector
• getMinimumValue() : PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• getMinMaxBin() : PLMD::BiasRepresentation , PLMD::function::FilesHandler
• getMinValue() : PLMD::Grid , PLMD::SparseGrid , PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• getMode() : PLMD::FileBase
• getModifedTargetDistValue() : PLMD::ves::TargetDistModifer , PLMD::ves::WellTemperedModifer
• getMPIType() : PLMD::Communicator
• getMultipleValue() : PLMD::ves::BasisFunctions
• getMultiRMSDType() : PLMD::ReferenceConfigurationOptions
• getName() : PLMD::Action , PLMD::BiasRepresentation , PLMD::lepton::Operation , PLMD::ReferenceConfiguration , PLMD::Value , PLMD::vesselbase::Vessel
• getNamedAtomFromResidue() : PLMD::PDB
• getNamedAtomFromResidueAndChain() : PLMD::PDB
• getNames() : PLMD::BiasRepresentation
• getNarg() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• getNatoms() : PLMD::Atoms
• getNbin() : PLMD::Grid , PLMD::gridtools::GridVessel
• getNearestNeighbors() : PLMD::Grid
• getNeighbors() : PLMD::Grid , PLMD::gridtools::GridVessel , PLMD::NeighborList
• getNextToken() : PLMD::lepton::Parser
• getNLTolerance() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel , PLMD::vesselbase::Vessel
• getNodePosition() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixVessel
• getNodePropertyDerivatives() : PLMD::adjmat::ClusterAnalysisBase
• getNorm() : PLMD::ves::CoeffsVector , PLMD::vesselbase::AveragingVessel
• getNormalization() : PLMD::ves::TD_VonMises
• getNumArguments() : PLMD::lepton::CustomFunction , PLMD::lepton::Operation
• getNumberActive() : PLMD::DynamicList< T > , PLMD::MultiValue
• getNumberOfArguments() : PLMD::ActionWithArguments , PLMD::ReferenceValuePack , PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion , PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• getNumberOfAtomBlocks() : PLMD::PDB
• getNumberOfAtoms() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::multicolvar::AtomValuePack , PLMD::ReferenceAtoms , PLMD::ReferenceValuePack
• getNumberOfAtomsInGroup() : PLMD::adjmat::ActionWithInputMatrix
• getNumberOfAtomsWithDerivatives() : PLMD::multicolvar::CatomPack
• getNumberOfBaseMultiColvars() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• getNumberOfBasisFunctions() : PLMD::ves::BasisFunctions , PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• getNumberOfBufferPoints() : PLMD::gridtools::GridVessel , PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• getNumberOfCells() : PLMD::LinkCells
• getNumberOfClusters() : PLMD::adjmat::ClusterAnalysisBase , PLMD::adjmat::ClusteringBase
• getNumberOfCoeffs() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• getNumberOfColumns() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixVessel
• getNumberOfComponents() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::gridtools::AverageOnGrid , PLMD::gridtools::GridVessel , PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• getNumberOfComponentsInVector() : PLMD::crystallization::VectorMultiColvar
• getNumberOfDataPoints() : PLMD::analysis::Analysis
• getNumberOfDataUsers() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• getNumberOfDerivatives() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::adjmat::ActionWithInputMatrix , PLMD::adjmat::ClusterWithSurface , PLMD::analysis::Histogram , PLMD::bias::Bias , PLMD::bias::ReweightBase , PLMD::colvar::Energy , PLMD::Colvar , PLMD::function::Function , PLMD::generic::FitToTemplate , PLMD::generic::Read , PLMD::generic::Time , PLMD::gridtools::ActionWithIntegral , PLMD::gridtools::ContourFindingBase , PLMD::isdb::MetainferenceBase , PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase , PLMD::mapping::Mapping , PLMD::mapping::PCAVars , PLMD::multicolvar::AtomValuePack , PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::MultiValue , PLMD::ReferenceValuePack , PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD , PLMD::Value , PLMD::ves::Optimizer , PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel , PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• getNumberOfDerivativeSpacesPerComponent() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• getNumberOfDimensions() : PLMD::BiasRepresentation
• getNumberOfFrames() : PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase
• getNumberOfFunctionsInAction() : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• getNumberOfKernels() : PLMD::BiasRepresentation
• getNumberOfLandmarks() : PLMD::analysis::AnalysisWithLandmarks , PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase
• getNumberOfMappedPoints() : PLMD::PointWiseMapping
• getNumberOfNodes() : PLMD::adjmat::ActionWithInputMatrix , PLMD::adjmat::ClusterAnalysisBase , PLMD::adjmat::ClusterWithSurface
• getNumberOfNodeTypes() : PLMD::adjmat::ActionWithInputMatrix , PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase
• getNumberOfPoints() : PLMD::gridtools::GridVessel
• getNumberOfProjectionArguments() : PLMD::ves::VesBias
• getNumberOfProperties() : PLMD::mapping::Mapping , PLMD::PointWiseMapping
• getNumberOfQuantities() : PLMD::adjmat::ActionWithInputMatrix , PLMD::adjmat::ClusterAnalysisBase , PLMD::adjmat::ClusterWithSurface , PLMD::adjmat::TopologyMatrix , PLMD::analysis::Histogram , PLMD::crystallization::Gradient , PLMD::crystallization::VectorMultiColvar , PLMD::gridtools::ConvertToFES , PLMD::gridtools::FindContour , PLMD::gridtools::FindContourSurface , PLMD::gridtools::FindSphericalContour , PLMD::gridtools::GridVessel , PLMD::gridtools::InterpolateGrid , PLMD::multicolvar::ActionVolume , PLMD::multicolvar::DistanceFromContour , PLMD::multicolvar::LocalAverage , PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity , PLMD::multicolvar::MultiColvarFilter , PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getNumberOfReferenceArguments() : PLMD::ReferenceArguments , PLMD::ReferenceConfiguration
• getNumberOfReferenceFrames() : PLMD::MultiReferenceBase
• getNumberOfReferencePoints() : PLMD::mapping::Mapping
• getNumberOfReferencePositions() : PLMD::ReferenceAtoms , PLMD::ReferenceConfiguration
• getNumberOfRows() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixVessel
• getNumberOfStoredValues() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• getNumberOfTargetDistributionPntrs() : PLMD::ves::VesBias
• getNumberOfValues() : PLMD::MultiValue
• getNumberOfVessels() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getNumericalLabel() : PLMD::vesselbase::Vessel
• getNumOperations() : PLMD::lepton::ExpressionProgram
• getNumThreads() : PLMD::OpenMP , PLMD::PlumedMain
• getOccupancy() : PLMD::PDB
• getOFile() : PLMD::ves::VesBias
• getOneDimensionalIntegrationPointsAndWeights() : PLMD::ves::GridIntegrationWeights
• getOneDimensionalTrapezoidalWeights() : PLMD::ves::GridIntegrationWeights
• getOperation() : PLMD::lepton::ExpressionProgram , PLMD::lepton::ExpressionTreeNode
• getOperatorOperation() : PLMD::lepton::Parser
• getOptimizerPntr() : PLMD::ves::VesBias
• getOrder() : PLMD::ves::BasisFunctions
• getOutputAction() : PLMD::vesselbase::BridgeVessel
• getOutputFmt() : PLMD::ves::CoeffsBase
• getOutputFormat() : PLMD::analysis::Analysis
• getOutputQuantity() : PLMD::ActionWithValue
• getOutputValue() : PLMD::vesselbase::ValueVessel
• getParsedLine() : PLMD::Tools
• getPath() : PLMD::FileBase
• getPbc() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::Atoms , PLMD::multicolvar::VolumeGradientBase
• getPeriodicityInformation() : PLMD::analysis::Analysis
• getPntrsToArguments() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• getPntrsToBasisFunctions() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• getPntrToAction() : PLMD::Value , PLMD::ves::BasisFunctions , PLMD::ves::CoeffsBase , PLMD::ves::TargetDistribution
• getPntrToArgument() : PLMD::ActionWithArguments , PLMD::vesselbase::ActionWithInputVessel
• getPntrToBiasCoeffs() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• getPntrToBiasGrid() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• getPntrToComponent() : PLMD::ActionWithValue
• getPntrToMultiColvar() : PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction
• getPntrToValue() : PLMD::ActionWithValue
• getPntrToVesBias() : PLMD::ves::BasisFunctions , PLMD::ves::CoeffsBase , PLMD::ves::TargetDistribution
• getPntrToVessel() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getPoint() : PLMD::Grid
• getPointerFromLabel() : PLMD::ves::VesTools
• getPointersFromLabels() : PLMD::ves::VesTools
• getPosition() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::multicolvar::AtomValuePack , PLMD::multicolvar::VolumeGradientBase , PLMD::PDB
• getPositionInCurrentTaskList() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getPositionInFullTaskList() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• getPositionOfAtomForLinkCells() : PLMD::adjmat::ActionWithInputMatrix , PLMD::adjmat::ClusterAnalysisBase , PLMD::adjmat::ClusterWithSurface , PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• getPositions() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::MDAtomsBase , PLMD::MDAtomsTyped< T > , PLMD::PDB
• getPositionsCenter() : PLMD::RMSDCoreData
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