- a -

• ABS : PLMD::lepton::Operation
• ACOS : PLMD::lepton::Operation
• ACYLINDRICITY : PLMD::colvar::Gyration
• ADD : PLMD::lepton::Operation
• ADD_CONSTANT : PLMD::lepton::Operation
• ALA : PLMD::isdb::CS2Backbone
• ARG : PLMD::isdb::CS2Backbone
• ASIN : PLMD::lepton::Operation
• ASN : PLMD::isdb::CS2Backbone
• ASP : PLMD::isdb::CS2Backbone
• ASPHERICITY : PLMD::colvar::Gyration
• ATAN : PLMD::lepton::Operation
• atoms : PLMD::Keywords::KeyType

- c -

• C_ATOM : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CA_ATOM : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CB_ATOM : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• CCG : PLMD::isdb::JCoupling
• CEIL : PLMD::lepton::Operation
• Comma : PLMD::lepton::ParseToken
• commandline : PLMD::CLTool
• compulsory : PLMD::Keywords::KeyType
• CONSTANT : PLMD::lepton::Operation
• COS : PLMD::lepton::Operation
• COSH : PLMD::lepton::Operation
• COT : PLMD::lepton::Operation
• CSC : PLMD::lepton::Operation
• CUBE : PLMD::lepton::Operation
• cubic : PLMD::SwitchingFunction
• CUSTOM : PLMD::isdb::JCoupling , PLMD::lepton::Operation
• CYS : PLMD::isdb::CS2Backbone

- d -

• D_C : PLMD::isdb::CS2Backbone
• D_C2 : PLMD::isdb::CS2Backbone
• D_H : PLMD::isdb::CS2Backbone
• D_N : PLMD::isdb::CS2Backbone
• D_N2 : PLMD::isdb::CS2Backbone
• D_O : PLMD::isdb::CS2Backbone
• D_O2 : PLMD::isdb::CS2Backbone
• D_S : PLMD::isdb::CS2Backbone
• DELTA : PLMD::lepton::Operation
• diffusion : PLMD::FlexibleBin
• DIVIDE : PLMD::lepton::Operation
• dynamic_targetdist : PLMD::ves::TargetDistribution

- e -

• ERF : PLMD::lepton::Operation
• ERFC : PLMD::lepton::Operation
• EXP : PLMD::lepton::Operation
• exponential : PLMD::SwitchingFunction

- f -

• f : PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• fermi : PLMD::ves::FermiSwitchingFunction
• fibonacci : PLMD::gridtools::GridVessel
• flag : PLMD::Keywords::KeyType
• flat : PLMD::gridtools::GridVessel
• FLOOR : PLMD::lepton::Operation
• Function : PLMD::lepton::ParseToken

- g -

• GAUSS : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• gaussian : PLMD::HistogramBead , PLMD::KernelFunctions , PLMD::SwitchingFunction
• GENERIC : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• generic : PLMD::Pbc
• Generic : PLMD::ves::CoeffsBase
• geometry : PLMD::FlexibleBin
• GLN : PLMD::isdb::CS2Backbone
• GLU : PLMD::isdb::CS2Backbone
• GLY : PLMD::isdb::CS2Backbone , PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• GTPC_1 : PLMD::colvar::Gyration
• GTPC_2 : PLMD::colvar::Gyration
• GTPC_3 : PLMD::colvar::Gyration
• GYRATION_1 : PLMD::colvar::Gyration
• GYRATION_2 : PLMD::colvar::Gyration
• GYRATION_3 : PLMD::colvar::Gyration

- h -

• H_ATOM : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• HA_ATOM : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• HAHN : PLMD::isdb::JCoupling
• HAN : PLMD::isdb::JCoupling
• hidden : PLMD::Keywords::KeyType
• HIS : PLMD::isdb::CS2Backbone

- i -

• ifile : PLMD::CLTool
• ILE : PLMD::isdb::CS2Backbone

- k -

• KAPPA2 : PLMD::colvar::Gyration

- l -

• LeftParen : PLMD::lepton::ParseToken
• leptontype : PLMD::SwitchingFunction
• LEU : PLMD::isdb::CS2Backbone
• LIKE_GAUSS : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• LIKE_LOGN : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• LinearBasisSet : PLMD::ves::CoeffsBase
• LOG : PLMD::lepton::Operation
• LYS : PLMD::isdb::CS2Backbone

- m -

• matheval : PLMD::SwitchingFunction
• MAX : PLMD::lepton::Operation
• MET : PLMD::isdb::CS2Backbone
• MGAUSS : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• MIN : PLMD::lepton::Operation
• MOUTLIERS : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• MultiCoeffs_LinearBasisSet : PLMD::ves::CoeffsBase
• MULTIPLY : PLMD::lepton::Operation
• MULTIPLY_CONSTANT : PLMD::lepton::Operation

- n -

• N_ATOM : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• nativeq : PLMD::SwitchingFunction
• NCG : PLMD::isdb::JCoupling
• ndata : PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• NEGATE : PLMD::lepton::Operation
• NEIGHBOR : PLMD::ExchangePatterns
• NONE : PLMD::ExchangePatterns
• none : PLMD::FlexibleBin
• notperiodic : PLMD::HistogramBead , PLMD::Value
• Number : PLMD::lepton::ParseToken

- o -

• Operator : PLMD::lepton::ParseToken
• OPTIMAL : PLMD::RMSD
• OPTIMAL_FAST : PLMD::RMSD
• optional : PLMD::Keywords::KeyType
• orthorombic : PLMD::Pbc
• OUTLIERS : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase

- p -

• periodic : PLMD::HistogramBead , PLMD::Value
• PHE : PLMD::isdb::CS2Backbone
• POWER : PLMD::lepton::Operation
• POWER_CONSTANT : PLMD::lepton::Operation
• PRO : PLMD::isdb::CS2Backbone , PLMD::isdb::CS2BackboneDB

- r -

• R_HIS : PLMD::isdb::CS2Backbone::RingInfo
• R_PHE : PLMD::isdb::CS2Backbone::RingInfo
• R_TRP1 : PLMD::isdb::CS2Backbone::RingInfo
• R_TRP2 : PLMD::isdb::CS2Backbone::RingInfo
• R_TYR : PLMD::isdb::CS2Backbone::RingInfo
• RADIUS : PLMD::colvar::Gyration
• RANDOM : PLMD::ExchangePatterns
• rational : PLMD::SwitchingFunction
• RECIPROCAL : PLMD::lepton::Operation
• RightParen : PLMD::lepton::ParseToken

- s -

• SC_FLAT : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• SC_GAUSS : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• SEC : PLMD::lepton::Operation
• SELECT : PLMD::lepton::Operation
• SER : PLMD::isdb::CS2Backbone
• SIMPLE : PLMD::RMSD
• SIN : PLMD::lepton::Operation
• SINH : PLMD::lepton::Operation
• smap : PLMD::SwitchingFunction
• SQRT : PLMD::lepton::Operation
• SQUARE : PLMD::lepton::Operation
• static_targetdist : PLMD::ves::TargetDistribution
• STD : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• STEP : PLMD::lepton::Operation
• SUBTRACT : PLMD::lepton::Operation

- t -

• t : PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• TAN : PLMD::lepton::Operation
• TANH : PLMD::lepton::Operation
• tanh : PLMD::SwitchingFunction
• THR : PLMD::isdb::CS2Backbone
• TOT : PLMD::colvar::Gyration
• TOTAL : PLMD::ExchangePatterns
• TRACE : PLMD::colvar::Gyration
• triangular : PLMD::HistogramBead , PLMD::KernelFunctions
• TRP : PLMD::isdb::CS2Backbone
• TYR : PLMD::isdb::CS2Backbone

- u -

• uniform : PLMD::KernelFunctions
• UNK : PLMD::isdb::CS2Backbone
• unset : PLMD::CLTool , PLMD::HistogramBead , PLMD::Pbc , PLMD::Value

- v -

• VAL : PLMD::isdb::CS2Backbone
• VARIABLE : PLMD::lepton::Operation
• Variable : PLMD::lepton::ParseToken
• vessel : PLMD::Keywords::KeyType

- w -

• Whitespace : PLMD::lepton::ParseToken