Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:
- e -
- e_size
: PLMD::molfile::trx_hdr
- EDS()
: PLMD::eds::EDS
- eed
: PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
- EEFSolv()
: PLMD::colvar::EEFSolv
- EffectiveEnergyDrift()
: PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
- efilename
: PLMD::analysis::ClassicalMultiDimensionalScaling
- eigenvals
: PLMD::RMSDCoreData
- eigenvecs
: PLMD::adjmat::Sprint
, PLMD::RMSDCoreData
- eigenvectors
: PLMD::colvar::PCARMSD
- eigvals
: PLMD::adjmat::Sprint
- EMMI()
: PLMD::isdb::EMMI
- empty()
: PLMD::Citations
- emptyActiveMembers()
: PLMD::DynamicList< T >
, PLMD::MultiValue
- emptyKeys
: PLMD::ActionOptions
, PLMD::CLToolOptions
, PLMD::vesselbase::VesselOptions
- enable()
: PLMD::Atoms::DomainDecomposition
- enableBiasFileOutput()
: PLMD::ves::VesBias
- enabled()
: PLMD::LinkCells
- enableDynamicTargetDistFileOutput()
: PLMD::ves::VesBias
- enableDynamicTargetDistribution()
: PLMD::ves::VesBias
- enableFesFileOutput()
: PLMD::ves::VesBias
- enableFesProjFileOutput()
: PLMD::ves::VesBias
- enableHessian()
: PLMD::ves::Optimizer
, PLMD::ves::VesBias
- enableIterationNumberInFilenames()
: PLMD::ves::VesBias
- enableMultipleCoeffsSets()
: PLMD::ves::VesBias
- enableStaticTargetDistFileOutput()
: PLMD::ves::VesBias
- end
: PLMD::generic::UpdateIf
- EndPlumed()
: PLMD::generic::EndPlumed
- endPlumed
: PLMD::PlumedMain
- energy
: PLMD::ActionAtomistic
, PLMD::Atoms
- Energy()
: PLMD::colvar::Energy
- energy
: PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
, PLMD::Units
- energyHasBeenSet
: PLMD::Atoms
- energyString
: PLMD::Units
- enforceBackup()
: PLMD::OFile
- enforceBackup_
: PLMD::OFile
- enforcedSuffix
: PLMD::FileBase
- enforcedSuffix_
: PLMD::FileBase
- enforceRestart()
: PLMD::OFile
- enforceRestart_
: PLMD::OFile
- enforceSuffix()
: PLMD::FileBase
- eng_pointer
: PLMD::Brent1DRootSearch< FCLASS >
, PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
- engf_pointer
: PLMD::F1dim< FCLASS >
, PLMD::MinimiseBase< FCLASS >
, PLMD::RootFindingBase< FCLASS >
- engfnc_pointer
: PLMD::F1dim< FCLASS >
, PLMD::RootFindingBase< FCLASS >
- ens_dim
: PLMD::function::Ensemble
, PLMD::function::LocalEnsemble
- Ensemble()
: PLMD::function::Ensemble
- ensemble
: PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
- eof
: PLMD::FileBase
- eps
: PLMD::bias::LWalls
, PLMD::bias::UWalls
- EPS
: PLMD::Brent1DRootSearch< FCLASS >
- eps
: PLMD::manyrestraints::LWalls
, PLMD::manyrestraints::UWalls
- EPS
: PLMD::Random
- epsilon
: PLMD::colvar::DHEnergy
- epsilonClose
: PLMD::colvar::PathMSDBase
- eraseFile()
: PLMD::PlumedMain
- ERF
: PLMD::lepton::Operation
- Erf()
: PLMD::lepton::Operation
- ERFC
: PLMD::lepton::Operation
- Erfc()
: PLMD::lepton::Operation
- ERMSD()
: PLMD::colvar::ERMSD
- ermsd
: PLMD::colvar::ERMSD
- ERMSD()
: PLMD::ERMSD
- err
: PLMD::FileBase
- err_f_
: PLMD::isdb::EMMI
- error()
: PLMD::Action
, PLMD::CLTool
, PLMD::DLLoader
, PLMD::ReferenceConfiguration
, PLMD::vesselbase::Vessel
- error_type
: PLMD::bias::MaxEnt
- EuclideanDistance()
: PLMD::EuclideanDistance
- evaluate()
: PLMD::KernelFunctions
, PLMD::lepton::CompiledExpression
, PLMD::lepton::CustomFunction
, PLMD::lepton::ExpressionProgram
, PLMD::lepton::Operation
, PLMD::lepton::ParsedExpression
- evaluateDerivative()
: PLMD::lepton::CustomFunction
- evaluateGaussian()
: PLMD::bias::MetaD
, PLMD::bias::PBMetaD
- evaluateNumericalDerivatives()
: PLMD::cltools::Driver< real >
- evaluator
: PLMD::function::Matheval
, PLMD::SwitchingFunction
- evaluator_deriv
: PLMD::function::Matheval
, PLMD::SwitchingFunction
- Exception()
: PLMD::Exception
, PLMD::lepton::Exception
- ExchangePatterns()
: PLMD::ExchangePatterns
- exchangePatterns
: PLMD::PlumedMain
- exchangeStep
: PLMD::PlumedMain
- excitation
: PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
- exists()
: PLMD::ActionWithValue
, PLMD::Keywords
- exit()
: PLMD::Action
, PLMD::PlumedMain
- exp
: PLMD::bias::LWalls
, PLMD::bias::UWalls
- EXP
: PLMD::lepton::Operation
- Exp()
: PLMD::lepton::Operation
- exp
: PLMD::manyrestraints::LWalls
, PLMD::manyrestraints::UWalls
- exp_cs
: PLMD::isdb::CS2Backbone::Fragment
- EXPAND
: PLMD::Brent1DRootSearch< FCLASS >
- expandArgKeywordInPDB()
: PLMD::ActionWithArguments
- expected_eps
: PLMD::bias::MaxEnt
- explore()
: PLMD::adjmat::DFSClustering
, PLMD::adjmat::OutputCluster
- explore_dfs()
: PLMD::adjmat::OutputCluster
- expo_
: PLMD::isdb::Rescale
- exponential
: PLMD::SwitchingFunction
- ExponentiallyModifiedGaussianDiagonal()
: PLMD::ves::TD_ExponentiallyModifiedGaussian
- ExponentialPowerDiagonal()
: PLMD::ves::TD_GeneralizedNormal
- expression
: PLMD::function::Matheval
, PLMD::SwitchingFunction
, PLMD::ves::TD_Custom
- expression_deriv
: PLMD::function::Matheval
, PLMD::SwitchingFunction
- ExpressionProgram()
: PLMD::lepton::ExpressionProgram
- ExpressionTreeNode()
: PLMD::lepton::ExpressionTreeNode
- ExtendedLagrangian()
: PLMD::bias::ExtendedLagrangian
- extension()
: PLMD::Tools
- External()
: PLMD::bias::External
- extProduct
: PLMD::TensorGeneric< n, m >
- extractArgumentDisplacement()
: PLMD::Direction
, PLMD::ReferenceArguments
- extractAtomicDisplacement()
: PLMD::Direction
, PLMD::MultiDomainRMSD
, PLMD::OptimalRMSD
, PLMD::ReferenceAtoms
, PLMD::SimpleRMSD
- extractDisplacementVector()
: PLMD::ReferenceConfiguration