Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- a -

• A : PLMD::molfile::md_box , PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• a : PLMD::SwitchingFunction
• a1 : PLMD::crystallization::Fccubic
• aa_kind : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• aa_t : PLMD::isdb::CS2Backbone
• ablocks : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• ABMD() : PLMD::bias::ABMD
• Abort() : PLMD::Communicator
• abortIfExceptionsAreDisabled() : PLMD::Exception
• ABS : PLMD::lepton::Operation
• Abs() : PLMD::lepton::Operation
• acc : PLMD::bias::MetaD
• acc_restart_mean_ : PLMD::bias::MetaD
• acceleration : PLMD::bias::MetaD
• accession : PLMD::molfile::molfile_metadata_t
• accumulate() : PLMD::analysis::Analysis , PLMD::analysis::AverageVessel , PLMD::gridtools::AverageOnGrid , PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• accumulateForce() : PLMD::gridtools::AverageOnGrid , PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• accumulateSymmetryFunction() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• ACOS : PLMD::lepton::Operation
• Acos() : PLMD::lepton::Operation
• Action() : PLMD::Action , PLMD::ActionOptions
• action : PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase , PLMD::analysis::LandmarkSelectionOptions , PLMD::FileBase , PLMD::function::FilesHandler
• Action : PLMD::Keywords
• action : PLMD::Value , PLMD::vesselbase::Vessel , PLMD::vesselbase::VesselOptions
• action_pntr_ : PLMD::ves::BasisFunctions , PLMD::ves::CoeffsBase , PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion , PLMD::ves::TargetDistribution
• ActionAtomistic() : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::Atoms
• actionIsBridged : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• ActionOptions() : PLMD::ActionOptions
• ActionPilot() : PLMD::ActionPilot
• ActionRegister : PLMD::ActionOptions
• actionRegister() : PLMD::ActionRegister
• actions : PLMD::Atoms
• ActionSet() : PLMD::ActionSet
• actionSet : PLMD::PlumedMain
• ActionSetup() : PLMD::ActionSetup
• ActionVolume() : PLMD::multicolvar::ActionVolume
• ActionWithArguments() : PLMD::ActionWithArguments
• ActionWithAveraging() : PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging
• ActionWithGrid() : PLMD::gridtools::ActionWithGrid
• ActionWithInputGrid() : PLMD::gridtools::ActionWithInputGrid , PLMD::gridtools::GridVessel
• ActionWithInputMatrix() : PLMD::adjmat::ActionWithInputMatrix , PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase , PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixVessel
• ActionWithInputVessel() : PLMD::vesselbase::ActionWithInputVessel , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• ActionWithIntegral() : PLMD::gridtools::ActionWithIntegral
• ActionWithValue() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::Value
• ActionWithVessel() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel , PLMD::vesselbase::Vessel
• ActionWithVirtualAtom() : PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::Atoms
• activate() : PLMD::Action , PLMD::DynamicList< T > , PLMD::ves::CoeffsBase
• activateAll() : PLMD::DynamicList< T >
• activated : PLMD::gridtools::ConvertToFES
• activateIndices() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• activateThesePoints() : PLMD::gridtools::GridVessel
• active : PLMD::Action , PLMD::DynamicList< T > , PLMD::gridtools::GridVessel , PLMD::PlumedMain , PLMD::ves::CoeffsBase
• active_der : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• active_elements : PLMD::adjmat::Sprint
• actual_buffer_length : PLMD::OFile
• ACYLINDRICITY : PLMD::colvar::Gyration
• adaptive_ : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD
• AdaptiveHillsType : PLMD::FlexibleBin
• AdaptivePath() : PLMD::mapping::AdaptivePath , PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel
• add() : PLMD::ActionRegister , PLMD::analysis::LandmarkRegister , PLMD::Atoms , PLMD::CLToolRegister , PLMD::Keywords
• ADD : PLMD::lepton::Operation
• Add() : PLMD::lepton::Operation
• add() : PLMD::MetricRegister , PLMD::Value , PLMD::vesselbase::VesselRegister
• ADD_CONSTANT : PLMD::lepton::Operation
• addActionThatUses() : PLMD::vesselbase::StoreDataVessel
• addArgumentDerivatives() : PLMD::ReferenceValuePack
• addAtomDerivatives() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::ReferenceValuePack
• addAtomsDerivatives() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• addBoxDerivatives() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack , PLMD::ReferenceValuePack
• addBridgeForces() : PLMD::multicolvar::MultiColvarFilter , PLMD::multicolvar::VolumeGradientBase , PLMD::vesselbase::ActionWithInputVessel
• addBridgingVessel() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• addCenter() : PLMD::RMSD
• addCoeffsSet() : PLMD::ves::VesBias
• addCoeffsSetIDsToFilenames() : PLMD::ves::Optimizer
• addColvar() : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• addComDerivatives() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• addComponent() : PLMD::ActionWithValue
• addComponentWithDerivatives() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::function::Function
• addConnectionDerivatives() : PLMD::adjmat::ActionWithInputMatrix
• AddConstant() : PLMD::lepton::Operation
• addConstantField() : PLMD::OFile
• addDataElement() : PLMD::vesselbase::AveragingVessel
• addDependency() : PLMD::Action
• addDerivative() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack , PLMD::MultiValue , PLMD::Value
• addDerivativesOnMatrixElement() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase
• addDirection() : PLMD::Direction
• addFlag() : PLMD::Keywords
• addForce() : PLMD::Value
• addForcesOnArguments() : PLMD::ActionWithArguments , PLMD::vesselbase::ActionWithInputVessel
• addForcesOnAtoms() : PLMD::crystallization::VectorMultiColvar
• addGaussian() : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD
• addGrid() : PLMD::BiasRepresentation
• addIndexToList() : PLMD::DynamicList< T >
• addKernel() : PLMD::Grid
• addKeywordToList() : PLMD::ves::BasisFunctions
• addOneKernelAtATime : PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• addOneKernelEachTimeOnly() : PLMD::gridtools::HistogramOnGrid
• addOutputComponent() : PLMD::Keywords
• addRemark() : PLMD::PDB
• addRequiredCells() : PLMD::LinkCells
• addTaskToList() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• addTemporyAtomsDerivatives() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• addTemporyBoxDerivatives() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack
• addTemporyDerivative() : PLMD::MultiValue
• addTemporyValue() : PLMD::MultiValue
• addToAverage() : PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• addToGridElement() : PLMD::gridtools::GridVessel
• addToSampledAverages() : PLMD::ves::VesBias
• addToValue() : PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• addToValues() : PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• addValue() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::Grid , PLMD::multicolvar::AtomValuePack , PLMD::MultiValue , PLMD::SparseGrid
• addValueAndDerivatives() : PLMD::Grid , PLMD::SparseGrid
• addValueWithDerivatives() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::function::Function
• addVessel() : PLMD::vesselbase::ActionWithVessel , PLMD::vesselbase::ShortcutVessel
• addVirtualAtom() : PLMD::Atoms
• adj_list : PLMD::adjmat::DFSClustering , PLMD::adjmat::OutputCluster
• AdjacencyMatrixBase() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase , PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixVessel
• AdjacencyMatrixVessel : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase , PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixVessel
• advanceField() : PLMD::IFile
• after : PLMD::Action
• ALA : PLMD::isdb::CS2Backbone
• alEqDis : PLMD::RMSDCoreData
• align : PLMD::ReferenceAtoms , PLMD::RMSD , PLMD::RMSDCoreData
• align_atom_1 : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• align_atom_2 : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• align_strands : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• aligned : PLMD::generic::FitToTemplate
• AlignedMatrixBase() : PLMD::adjmat::AlignedMatrixBase
• alignmentMethod : PLMD::RMSD
• AlignmentMethod : PLMD::RMSD
• alignType : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• all : PLMD::DynamicList< T >
• all_atoms : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• allArguments : PLMD::function::FuncPathMSD
• allcells : PLMD::LinkCells
• allDeltaBias : PLMD::GREX
• Allgather() : PLMD::Communicator
• Allgatherv() : PLMD::Communicator
• allow_bias_cutoff_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• allowBiasCutoff() : PLMD::ves::TargetDistribution
• allowedResidue() : PLMD::MolDataClass
• allowIgnoredFields() : PLMD::IFile
• allowmultiple : PLMD::Keywords
• allowNoEOL() : PLMD::IFile
• allowToAccessGlobalForces() : PLMD::ActionAtomistic
• allthirdblockintasks : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• allWereActivated : PLMD::DynamicList< T >
• allWereDeactivated : PLMD::DynamicList< T >
• alpha : PLMD::bias::MaxEnt , PLMD::bias::MetaD::TemperingSpecs , PLMD::crystallization::Fccubic , PLMD::molfile::md_box , PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• AlphaBeta() : PLMD::multicolvar::AlphaBeta
• AlphaRMSD() : PLMD::secondarystructure::AlphaRMSD
• alphas_ : PLMD::ves::TD_GeneralizedNormal
• altloc : PLMD::molfile::molfile_atom_t
• AltMin() : PLMD::vesselbase::AltMin
• AM : PLMD::Random
• Analysis() : PLMD::analysis::Analysis
• analysis_ : PLMD::isdb::EMMI
• AnalysisWithLandmarks() : PLMD::analysis::AnalysisWithLandmarks , PLMD::analysis::LandmarkSelectionBase
• analyzeLandmarks() : PLMD::analysis::AnalysisWithLandmarks , PLMD::analysis::ClassicalMultiDimensionalScaling
• Angle() : PLMD::colvar::Angle
• Angles() : PLMD::multicolvar::Angles
• angleSwitch : PLMD::adjmat::HBondMatrix
• angular_momentum : PLMD::molfile::molfile_qm_basis_t
• AntibetaRMSD() : PLMD::secondarystructure::AntibetaRMSD
• appendSuffix() : PLMD::FileBase
• apply() : PLMD::Action , PLMD::ActionSetup , PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::adjmat::ClusteringBase , PLMD::adjmat::DumpGraph , PLMD::adjmat::OutputCluster , PLMD::adjmat::Sprint , PLMD::analysis::Analysis , PLMD::analysis::Average , PLMD::analysis::Committor , PLMD::analysis::Histogram , PLMD::bias::Bias , PLMD::bias::ReweightBase , PLMD::Colvar , PLMD::function::Function , PLMD::generic::Debug , PLMD::generic::DumpAtoms , PLMD::generic::DumpDerivatives , PLMD::generic::DumpForces , PLMD::generic::DumpMassCharge , PLMD::generic::DumpProjections , PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift , PLMD::generic::EndPlumed , PLMD::generic::FitToTemplate , PLMD::generic::Flush , PLMD::generic::Group , PLMD::generic::Include , PLMD::generic::Print , PLMD::generic::RandomExchanges , PLMD::generic::Read , PLMD::generic::ResetCell , PLMD::generic::Time , PLMD::generic::UpdateIf , PLMD::generic::WholeMolecules , PLMD::generic::WrapAround , PLMD::gridtools::ActionWithInputGrid , PLMD::gridtools::ActionWithIntegral , PLMD::gridtools::GridPrintingBase , PLMD::isdb::MetainferenceBase , PLMD::isdb::Selector , PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase , PLMD::mapping::Mapping , PLMD::mapping::PCAVars , PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::multicolvar::DistanceFromContour , PLMD::multicolvar::DumpMultiColvar , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase , PLMD::multicolvar::MultiColvarDensity , PLMD::Pbc , PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD , PLMD::ves::BasisFunctions , PLMD::ves::Optimizer , PLMD::ves::OutputBasisFunctions , PLMD::ves::OutputFesBias , PLMD::ves::OutputTargetDistribution , PLMD::ves::TargetDistribution , PLMD::ves::VesBias
• apply_bias() : PLMD::eds::EDS
• apply_weights : PLMD::bias::MaxEnt
• applyBiasCutoff() : PLMD::ves::VesBias
• applyBridgeForces() : PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase , PLMD::multicolvar::BridgedMultiColvarFunction , PLMD::vesselbase::ActionWithInputVessel , PLMD::vesselbase::ActionWithVessel
• applyFilter() : PLMD::multicolvar::FilterBetween , PLMD::multicolvar::FilterLess , PLMD::multicolvar::FilterMore , PLMD::multicolvar::MultiColvarFilter
• applyForce() : PLMD::gridtools::GridVessel , PLMD::mapping::TrigonometricPathVessel , PLMD::Value , PLMD::vesselbase::AveragingVessel , PLMD::vesselbase::BridgeVessel , PLMD::vesselbase::Moments , PLMD::vesselbase::ShortcutVessel , PLMD::vesselbase::StoreDataVessel , PLMD::vesselbase::ValueVessel , PLMD::vesselbase::Vessel
• applyForces() : PLMD::ActionAtomistic
• applyFunctionAllValuesAndDerivatives() : PLMD::Grid
• applyPbc() : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• applyPeriodicity() : PLMD::Value
• applyTargetDistModiferToGrid() : PLMD::ves::TargetDistribution
• areConnected() : PLMD::adjmat::ClusterAnalysisBase , PLMD::adjmat::ClusteringBase
• arePeriodic() : PLMD::ves::BasisFunctions
• ARG : PLMD::isdb::CS2Backbone
• arg_der_index : PLMD::ReferenceArguments
• arg_eigv : PLMD::analysis::PCA
• arg_names : PLMD::gridtools::GridVessel , PLMD::ReferenceArguments
• argc : PLMD::CLToolMain
• argnames : PLMD::Grid
• args : PLMD::mapping::PathReparameterization , PLMD::TargetDist
• args_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• args_pntrs_ : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• argT_derivf_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• argument_names : PLMD::analysis::Analysis
• ArgumentOnlyDistance() : PLMD::ArgumentOnlyDistance
• arguments : PLMD::ActionWithArguments , PLMD::lepton::CompiledExpression , PLMD::vesselbase::ActionWithInputVessel
• argv : PLMD::CLToolMain
• argValues : PLMD::lepton::CompiledExpression
• Asin() : PLMD::lepton::Operation
• ASIN : PLMD::lepton::Operation
• ASN : PLMD::isdb::CS2Backbone
• ASP : PLMD::isdb::CS2Backbone
• ASPHERICITY : PLMD::colvar::Gyration
• assign() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• async : PLMD::Atoms::DomainDecomposition
• asyncSent : PLMD::Atoms
• at : PLMD::bias::LWalls , PLMD::bias::MaxEnt , PLMD::bias::MovingRestraint , PLMD::bias::Restraint , PLMD::bias::UWalls , PLMD::manyrestraints::LWalls , PLMD::manyrestraints::UWalls
• Atan() : PLMD::lepton::Operation
• ATAN : PLMD::lepton::Operation
• atLeastOneSet : PLMD::MultiValue
• atm_kind : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• atom : PLMD::isdb::CS2Backbone , PLMD::isdb::CS2Backbone::RingInfo
• atom_der_ : PLMD::isdb::EMMI
• atom_der_b_ : PLMD::isdb::EMMI
• atom_der_index : PLMD::ReferenceAtoms
• atom_eigv : PLMD::analysis::PCA
• atom_indices : PLMD::ReferenceValuePack
• atom_kind() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• atom_lab : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• atom_t : PLMD::isdb::CS2Backbone
• atomic_number : PLMD::molfile::molfile_qm_basis_t
• atomicnumber : PLMD::molfile::molfile_atom_t
• atomname : PLMD::molfile::md_atom
• atomnum : PLMD::molfile::md_atom
• AtomNumber() : PLMD::AtomNumber
• atoms : PLMD::ActionAtomistic
• Atoms() : PLMD::Atoms
• atoms : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift , PLMD::generic::WrapAround , PLMD::GREX , PLMD::Keywords::KeyType , PLMD::PlumedMain
• atomsin : PLMD::adjmat::OutputCluster
• atomsNeeded : PLMD::Atoms
• atomsWereRetrieved : PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• atomsymb : PLMD::PDB
• atomtags : PLMD::Keywords
• AtomValuePack() : PLMD::multicolvar::AtomValuePack , PLMD::multicolvar::MultiColvarBase
• aux_coeffs_pntrs_ : PLMD::ves::Optimizer
• AuxCoeffs() : PLMD::ves::Optimizer
• aver_counters : PLMD::ves::VesBias
• aver_gradient_pntrs_ : PLMD::ves::Optimizer
• Average() : PLMD::analysis::Average
• average : PLMD::FlexibleBin
• average_weights_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• average_weights_stride_ : PLMD::isdb::Metainference
• averageMatrices() : PLMD::ves::CoeffsMatrix
• AverageOnGrid() : PLMD::gridtools::AverageOnGrid
• averageVectors() : PLMD::ves::CoeffsVector
• AverageVessel() : PLMD::analysis::AverageVessel
• averaging_counter : PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• averaging_exp_decay_ : PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• AveragingVessel : PLMD::vesselbase::ActionWithAveraging , PLMD::vesselbase::AveragingVessel
• aves : PLMD::manyrestraints::ManyRestraintsBase
• avg_bytes_per_timestep : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_metadata , PLMD::molfile::molfile_timestep_metadata
• avg_counter : PLMD::bias::MaxEnt
• avg_coupling_count_ : PLMD::eds::EDS
• avglambda : PLMD::bias::MaxEnt
• avglambda_restart : PLMD::bias::MaxEnt
• avgstep : PLMD::bias::MaxEnt
• avgx : PLMD::bias::MaxEnt
• ax : PLMD::Brent1DRootSearch< FCLASS > , PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >