Class Index
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u
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v
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w
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x
|
z
a
FindContour
(
PLMD::gridtools
)
p
FindContourSurface
(
PLMD::gridtools
)
ABMD
(
PLMD::bias
)
FindSphericalContour
(
PLMD::gridtools
)
FuncPathMSD::pairordering
(
PLMD::function
)
Action
(
PLMD
)
fio_iovec
(
PLMD::molfile
)
ParabetaRMSD
(
PLMD::secondarystructure
)
ActionAtomistic
(
PLMD
)
FitToTemplate
(
PLMD::generic
)
ParsedExpression
(
PLMD::lepton
)
ActionOptions
(
PLMD
)
FixedAtom
(
PLMD::vatom
)
Parser
(
PLMD::lepton
)
ActionPilot
(
PLMD
)
FlexibleBin
(
PLMD
)
ParseToken
(
PLMD::lepton
)
ActionRegister
(
PLMD
)
Flush
(
PLMD::generic
)
Path
(
PLMD::mapping
)
ActionSet
(
PLMD
)
FourierTransform
(
PLMD::gridtools
)
PathBase
(
PLMD::mapping
)
ActionSetup
(
PLMD
)
CS2Backbone::Fragment
(
PLMD::isdb
)
PathMSD
(
PLMD::colvar
)
ActionVolume
(
PLMD::multicolvar
)
FretEfficiency
(
PLMD::isdb
)
PathMSDBase
(
PLMD::colvar
)
ActionWithArguments
(
PLMD
)
FuncPathMSD
(
PLMD::function
)
PathReparameterization
(
PLMD::mapping
)
ActionWithAveraging
(
PLMD::vesselbase
)
FuncSumHills
(
PLMD::function
)
PathTools
(
PLMD::mapping
)
ActionWithGrid
(
PLMD::gridtools
)
Function
(
PLMD::function
)
Pbc
(
PLMD
)
ActionWithInputGrid
(
PLMD::gridtools
)
FunctionVessel
(
PLMD::vesselbase
)
PBMetaD
(
PLMD::bias
)
ActionWithInputMatrix
(
PLMD::adjmat
)
g
PCA
(
PLMD::analysis
)
ActionWithInputVessel
(
PLMD::vesselbase
)
PCARMSD
(
PLMD::colvar
)
ActionWithIntegral
(
PLMD::gridtools
)
MetaD::Gaussian
(
PLMD::bias
)
PCAVars
(
PLMD::mapping
)
ActionWithValue
(
PLMD
)
PBMetaD::Gaussian
(
PLMD::bias
)
PDB
(
PLMD
)
ActionWithVessel
(
PLMD::vesselbase
)
GenTemplate
(
PLMD::cltools
)
PesMD
(
PLMD::cltools
)
ActionWithVirtualAtom
(
PLMD
)
Ghost
(
PLMD::vatom
)
Piecewise
(
PLMD::function
)
AdaptivePath
(
PLMD::mapping
)
Gradient
(
PLMD::crystallization
)
Plumed
(
PLMD
)
AdjacencyMatrixBase
(
PLMD::adjmat
)
GradientVessel
(
PLMD::crystallization
)
plumed
AdjacencyMatrixVessel
(
PLMD::adjmat
)
GREX
(
PLMD
)
plumed_function_holder
AlignedMatrixBase
(
PLMD::adjmat
)
Grid
(
PLMD
)
plumed_plumedmain_function_holder
AlphaBeta
(
PLMD::multicolvar
)
GridIntegrationWeights
(
PLMD::ves
)
PlumedMain
(
PLMD
)
AlphaRMSD
(
PLMD::secondarystructure
)
GridLinearInterpolation
(
PLMD::ves
)
PlumedMainInitializer
(
PLMD
)
AltMin
(
PLMD::vesselbase
)
GridPrintingBase
(
PLMD::gridtools
)
PointWiseMapping
(
PLMD
)
Analysis
(
PLMD::analysis
)
GridToXYZ
(
PLMD::gridtools
)
PolymerAngles
(
PLMD::crystallization
)
AnalysisWithLandmarks
(
PLMD::analysis
)
GridVessel
(
PLMD::gridtools
)
Position
(
PLMD::colvar
)
Angle
(
PLMD
)
Group
(
PLMD::generic
)
PRE
(
PLMD::isdb
)
Angle
(
PLMD::colvar
)
Gyration
(
PLMD::colvar
)
Print
(
PLMD::generic
)
Angles
(
PLMD::multicolvar
)
h
ProbWeight
(
PLMD
)
AntibetaRMSD
(
PLMD::secondarystructure
)
PropertyMap
(
PLMD::mapping
)
ArgumentOnlyDistance
(
PLMD
)
HBondMatrix
(
PLMD::adjmat
)
PropertyMap
(
PLMD::colvar
)
AtomNumber
(
PLMD
)
Highest
(
PLMD::vesselbase
)
Puckering
(
PLMD::colvar
)
Atoms
(
PLMD
)
Histogram
(
PLMD::vesselbase
)
q
AtomValuePack
(
PLMD::multicolvar
)
Histogram
(
PLMD::analysis
)
Average
(
PLMD::analysis
)
HistogramBead
(
PLMD
)
Q3
(
PLMD::crystallization
)
AverageOnGrid
(
PLMD::gridtools
)
HistogramOnGrid
(
PLMD::gridtools
)
Q4
(
PLMD::crystallization
)
AverageVessel
(
PLMD::analysis
)
i
Q6
(
PLMD::crystallization
)
AveragingVessel
(
PLMD::vesselbase
)
r
b
IFile
(
PLMD
)
PathMSDBase::ImagePath
(
PLMD::colvar
)
Random
(
PLMD
)
BasisFunctions
(
PLMD::ves
)
PathMSDBase::imgOrderByDist
(
PLMD::colvar
)
RandomExchanges
(
PLMD::generic
)
Between
(
PLMD::vesselbase
)
PathMSDBase::imgOrderBySimilarity
(
PLMD::colvar
)
RDC
(
PLMD::isdb
)
BF_Chebyshev
(
PLMD::ves
)
Include
(
PLMD::generic
)
Read
(
PLMD::generic
)
BF_Combined
(
PLMD::ves
)
Info
(
PLMD::cltools
)
ReferenceArguments
(
PLMD
)
BF_Cosine
(
PLMD::ves
)
InPlaneDistances
(
PLMD::multicolvar
)
ReferenceAtoms
(
PLMD
)
BF_Custom
(
PLMD::ves
)
IntegrateGrid
(
PLMD::gridtools
)
ReferenceConfiguration
(
PLMD
)
BF_Fourier
(
PLMD::ves
)
IntermolecularDRMSD
(
PLMD
)
ReferenceConfigurationOptions
(
PLMD
)
BF_Legendre
(
PLMD::ves
)
InterMolecularTorsions
(
PLMD::crystallization
)
ReferenceValuePack
(
PLMD
)
BF_Powers
(
PLMD::ves
)
InterpolateGrid
(
PLMD::gridtools
)
Communicator::Request
(
PLMD
)
BF_Sine
(
PLMD::ves
)
IntramolecularDRMSD
(
PLMD
)
Rescale
(
PLMD::isdb
)
Bias
(
PLMD::bias
)
j
ResetCell
(
PLMD::generic
)
BiasRepresentation
(
PLMD
)
Restart
(
PLMD::setup
)
BiasValue
(
PLMD::bias
)
JCoupling
(
PLMD::isdb
)
Restraint
(
PLMD::bias
)
BiasWeight
(
PLMD
)
k
ReweightBase
(
PLMD::bias
)
BondOrientation
(
PLMD::crystallization
)
ReweightBias
(
PLMD::bias
)
Brent1DRootSearch
(
PLMD
)
KernelFunctions
(
PLMD
)
ReweightMetad
(
PLMD::bias
)
Bridge
(
PLMD::multicolvar
)
Keywords::KeyType
(
PLMD
)
ReweightTemperature
(
PLMD::bias
)
BridgedMultiColvarFunction
(
PLMD::multicolvar
)
Keywords
(
PLMD
)
CS2Backbone::RingInfo
(
PLMD::isdb
)
BridgeVessel
(
PLMD::vesselbase
)
kt
(
PLMD::cltools
)
RMSD
(
PLMD
)
c
l
RMSD
(
PLMD::colvar
)
RMSDBase
(
PLMD
)
CatomPack
(
PLMD::multicolvar
)
LandmarkRegister
(
PLMD::analysis
)
RMSDCoreData
(
PLMD
)
Cell
(
PLMD::colvar
)
LandmarkSelectionBase
(
PLMD::analysis
)
RootFindingBase
(
PLMD
)
Center
(
PLMD::vatom
)
LandmarkSelectionOptions
(
PLMD::analysis
)
MatrixSquareBracketsAccess::Row
(
PLMD
)
CenterOfMultiColvar
(
PLMD::multicolvar
)
LatticeReduction
(
PLMD
)
s
Citations
(
PLMD
)
LessThan
(
PLMD::vesselbase
)
ClassicalMultiDimensionalScaling
(
PLMD::analysis
)
LinearBasisSetExpansion
(
PLMD::ves
)
SAXS
(
PLMD::isdb
)
ClassicalScaling
(
PLMD::analysis
)
LinkCells
(
PLMD
)
SecondaryStructureRMSD
(
PLMD::secondarystructure
)
CLTool
(
PLMD
)
Load
(
PLMD::setup
)
Select
(
PLMD::isdb
)
CLToolMain
(
PLMD
)
LOCAL_Q3
(
PLMD::crystallization
)
Selector
(
PLMD::isdb
)
CLToolOptions
(
PLMD
)
LOCAL_Q4
(
PLMD::crystallization
)
SetupMolInfo
(
PLMD
)
CLToolRegister
(
PLMD
)
LOCAL_Q6
(
PLMD::crystallization
)
ShortcutVessel
(
PLMD::vesselbase
)
CLToolSumHills
(
PLMD::cltools
)
LocalAverage
(
PLMD::multicolvar
)
SimpleCubic
(
PLMD::crystallization
)
ClusterAnalysisBase
(
PLMD::adjmat
)
LocalEnsemble
(
PLMD::function
)
SimpleMD
(
PLMD::cltools
)
ClusterDiameter
(
PLMD::adjmat
)
LocalSteinhardt
(
PLMD::crystallization
)
SimpleRMSD
(
PLMD
)
ClusterDistribution
(
PLMD::adjmat
)
Log
(
PLMD
)
SingleDomainRMSD
(
PLMD
)
ClusteringBase
(
PLMD::adjmat
)
LoopUnroller
(
PLMD
)
SMAC
(
PLMD::crystallization
)
ClusterProperties
(
PLMD::adjmat
)
Lowest
(
PLMD::vesselbase
)
SMACMatrix
(
PLMD::adjmat
)
ClusterSize
(
PLMD::adjmat
)
LWalls
(
PLMD::bias
)
Sort
(
PLMD::function
)
ClusterWithSurface
(
PLMD::adjmat
)
LWalls
(
PLMD::manyrestraints
)
SparseGrid
(
PLMD
)
CoeffsBase
(
PLMD::ves
)
m
SpathVessel
(
PLMD::mapping
)
CoeffsMatrix
(
PLMD::ves
)
Sprint
(
PLMD::adjmat
)
CoeffsVector
(
PLMD::ves
)
MahalanobisDistance
(
PLMD
)
Stats
(
PLMD::function
)
Colvar
(
PLMD
)
Manual
(
PLMD::cltools
)
Communicator::Status
(
PLMD
)
ColvarFake
(
PLMD::colvar
)
ManyRestraintsBase
(
PLMD::manyrestraints
)
Steinhardt
(
PLMD::crystallization
)
COM
(
PLMD::vatom
)
Mapping
(
PLMD::mapping
)
Stopwatch
(
PLMD
)
Combine
(
PLMD::function
)
MarginalWeight
(
PLMD::ves
)
StoreDataVessel
(
PLMD::vesselbase
)
Committor
(
PLMD::analysis
)
Matheval
(
PLMD::function
)
Sum
(
PLMD::vesselbase
)
Communicator
(
PLMD
)
Matrix
(
PLMD
)
SwitchingFunction
(
PLMD
)
CompiledExpression
(
PLMD::lepton
)
MatrixColumnSums
(
PLMD::adjmat
)
t
MatrixSquareBracketsAccess::Const_row
(
PLMD
)
MatrixRowSums
(
PLMD::adjmat
)
Constant
(
PLMD::colvar
)
MatrixSquareBracketsAccess
(
PLMD
)
Target
(
PLMD::function
)
Communicator::ConstData
(
PLMD
)
Max
(
PLMD::vesselbase
)
TargetDist
(
PLMD
)
ContactAlignedMatrix
(
PLMD::adjmat
)
MaxEnt
(
PLMD::bias
)
TargetDistModifer
(
PLMD::ves
)
ContactMap
(
PLMD::colvar
)
md_atom
(
PLMD::molfile
)
TargetDistribution
(
PLMD::ves
)
ContactMatrix
(
PLMD::adjmat
)
md_box
(
PLMD::molfile
)
TD_Chi
(
PLMD::ves
)
ContourFindingBase
(
PLMD::gridtools
)
md_file
(
PLMD::molfile
)
TD_ChiSquared
(
PLMD::ves
)
ConvertToFES
(
PLMD::gridtools
)
md_header
(
PLMD::molfile
)
TD_Custom
(
PLMD::ves
)
Coordination
(
PLMD::colvar
)
MD_LinearExpansionPES
(
PLMD::ves
)
TD_Exponential
(
PLMD::ves
)
CoordinationBase
(
PLMD::colvar
)
md_ts
(
PLMD::molfile
)
TD_ExponentiallyModifiedGaussian
(
PLMD::ves
)
CoordinationNumbers
(
PLMD::multicolvar
)
MDAtomsBase
(
PLMD
)
TD_Gaussian
(
PLMD::ves
)
CopyAllFrames
(
PLMD::analysis
)
MDAtomsTyped
(
PLMD
)
TD_GeneralizedExtremeValue
(
PLMD::ves
)
CS2Backbone
(
PLMD::isdb
)
Mean
(
PLMD::vesselbase
)
TD_GeneralizedNormal
(
PLMD::ves
)
CS2BackboneDB
(
PLMD::isdb
)
MetaD
(
PLMD::bias
)
TD_Grid
(
PLMD::ves
)
CubicHarmonicBase
(
PLMD::crystallization
)
Metainference
(
PLMD::isdb
)
TD_LinearCombination
(
PLMD::ves
)
Custom
(
PLMD::function
)
MetainferenceBase
(
PLMD::isdb
)
TD_ProductCombination
(
PLMD::ves
)
CustomFunction
(
PLMD::lepton
)
MetricRegister
(
PLMD
)
TD_ProductDistribution
(
PLMD::ves
)
d
Min
(
PLMD::vesselbase
)
TD_Uniform
(
PLMD::ves
)
Minimise1DBrent
(
PLMD
)
TD_VonMises
(
PLMD::ves
)
Communicator::Data
(
PLMD
)
MinimiseBase
(
PLMD
)
TD_WellTempered
(
PLMD::ves
)
Debug
(
PLMD::generic
)
MolDataClass
(
PLMD
)
MetaD::TemperingSpecs
(
PLMD::bias
)
Density
(
PLMD::multicolvar
)
MoleculeOrientation
(
PLMD::crystallization
)
Template
(
PLMD::colvar
)
DFSClustering
(
PLMD::adjmat
)
MoleculePlane
(
PLMD::crystallization
)
TensorChecks
(
PLMD
)
DHEnergy
(
PLMD::colvar
)
molfile_atom_t
(
PLMD::molfile
)
TensorGeneric
(
PLMD
)
DihedralCorrelation
(
PLMD::multicolvar
)
molfile_graphics_t
(
PLMD::molfile
)
Tetrahedral
(
PLMD::crystallization
)
Dimer
(
PLMD::colvar
)
molfile_metadata_t
(
PLMD::molfile
)
Time
(
PLMD::generic
)
Dipole
(
PLMD::colvar
)
molfile_plugin_t
(
PLMD::molfile
)
Tools
(
PLMD
)
Direction
(
PLMD
)
molfile_qm_basis_t
(
PLMD::molfile
)
TopologyMatrix
(
PLMD::adjmat
)
Distance
(
PLMD::colvar
)
molfile_qm_hessian_t
(
PLMD::molfile
)
Torsion
(
PLMD
)
DistanceFromContour
(
PLMD::multicolvar
)
molfile_qm_metadata_t
(
PLMD::molfile
)
Torsion
(
PLMD::colvar
)
Distances
(
PLMD::multicolvar
)
molfile_qm_sysinfo_t
(
PLMD::molfile
)
Torsions
(
PLMD::multicolvar
)
DLLoader
(
PLMD
)
molfile_qm_t
(
PLMD::molfile
)
TrigonometricPathVessel
(
PLMD::mapping
)
Atoms::DomainDecomposition
(
PLMD
)
molfile_qm_timestep_metadata
(
PLMD::molfile
)
trx_hdr
(
PLMD::molfile
)
DotProductDistance
(
PLMD
)
molfile_qm_timestep_t
(
PLMD::molfile
)
u
Driver
(
PLMD::cltools
)
molfile_qm_wavefunction_t
(
PLMD::molfile
)
DRMSD
(
PLMD::colvar
)
molfile_timestep_metadata
(
PLMD::molfile
)
UIestimator
(
PLMD::drr::UIestimator
)
DRMSD
(
PLMD
)
molfile_timestep_t
(
PLMD::molfile
)
Units
(
PLMD::setup
)
DumpAtoms
(
PLMD::generic
)
molfile_volumetric_readwrite_t
(
PLMD::molfile
)
Units
(
PLMD
)
DumpCube
(
PLMD::gridtools
)
molfile_volumetric_t
(
PLMD::molfile
)
UpdateIf
(
PLMD::generic
)
DumpDerivatives
(
PLMD::generic
)
MolInfo
(
PLMD::setup
)
UWalls
(
PLMD::bias
)
DumpForces
(
PLMD::generic
)
Moments
(
PLMD::vesselbase
)
UWalls
(
PLMD::manyrestraints
)
DumpGraph
(
PLMD::adjmat
)
MoreThan
(
PLMD::vesselbase
)
v
DumpGrid
(
PLMD::gridtools
)
MovingRestraint
(
PLMD::bias
)
DumpMassCharge
(
PLMD::generic
)
MPI_Comm
(
PLMD
)
Value
(
PLMD
)
DumpMultiColvar
(
PLMD::multicolvar
)
MPI_Datatype
(
PLMD
)
ValueVessel
(
PLMD::vesselbase
)
DumpProjections
(
PLMD::generic
)
MPI_Request
(
PLMD
)
VectorChecks
(
PLMD
)
DynamicList
(
PLMD
)
MPI_Status
(
PLMD
)
VectorGeneric
(
PLMD
)
DynamicReferenceRestraining
(
PLMD::drr
)
Multi_RMSD
(
PLMD::colvar
)
VectorMean
(
PLMD::crystallization
)
e
MultiColvarBase
(
PLMD::multicolvar
)
VectorMultiColvar
(
PLMD::crystallization
)
MultiColvarCombine
(
PLMD::multicolvar
)
VectorSum
(
PLMD::crystallization
)
EDS
(
PLMD::eds
)
MultiColvarDensity
(
PLMD::multicolvar
)
VesBias
(
PLMD::ves
)
EEFSolv
(
PLMD::colvar
)
MultiColvarFilter
(
PLMD::multicolvar
)
VesLinearExpansion
(
PLMD::ves
)
EffectiveEnergyDrift
(
PLMD::generic
)
MultiColvarProduct
(
PLMD::multicolvar
)
Vessel
(
PLMD::vesselbase
)
EMMI
(
PLMD::isdb
)
MultiDomainRMSD
(
PLMD
)
VesselOptions
(
PLMD::vesselbase
)
EndPlumed
(
PLMD::generic
)
MultiReferenceBase
(
PLMD
)
VesselRegister
(
PLMD::vesselbase
)
Energy
(
PLMD::colvar
)
MultiRMSD
(
PLMD::colvar
)
VesTools
(
PLMD::ves
)
Ensemble
(
PLMD::function
)
MultiValue
(
PLMD
)
vmdplugin_t
(
PLMD::molfile
)
ERMSD
(
PLMD::colvar
)
n
Volume
(
PLMD::colvar
)
ERMSD
(
PLMD
)
VolumeAround
(
PLMD::multicolvar
)
EuclideanDistance
(
PLMD
)
n_matrix
(
PLMD::drr::UIestimator
)
VolumeCavity
(
PLMD::multicolvar
)
Exception
(
PLMD::lepton
)
n_vector
(
PLMD::drr::UIestimator
)
VolumeGradientBase
(
PLMD::multicolvar
)
Exception
(
PLMD
)
NeighborList
(
PLMD
)
VolumeInCylinder
(
PLMD::multicolvar
)
ExchangePatterns
(
PLMD
)
NOE
(
PLMD::isdb
)
VolumeInEnvelope
(
PLMD::multicolvar
)
ExpressionProgram
(
PLMD::lepton
)
NormalizedEuclideanDistance
(
PLMD
)
VolumeInSphere
(
PLMD::multicolvar
)
ExpressionTreeNode
(
PLMD::lepton
)
NumberOfLinks
(
PLMD::multicolvar
)
VolumeTetrapore
(
PLMD::multicolvar
)
ExtendedLagrangian
(
PLMD::bias
)
o
w
External
(
PLMD::bias
)
f
OFile
(
PLMD
)
Stopwatch::Watch
(
PLMD
)
OpenMP
(
PLMD
)
WeightBase
(
PLMD
)
F1dim
(
PLMD
)
OpenMPVars
(
PLMD
)
WellTemperedModifer
(
PLMD::ves
)
FakeFrame
(
PLMD
)
Operation
(
PLMD::lepton
)
WholeMolecules
(
PLMD::generic
)
Fccubic
(
PLMD::crystallization
)
Opt_BachAveragedSGD
(
PLMD::ves
)
WithCmd
(
PLMD
)
FermiSwitchingFunction
(
PLMD::ves
)
Opt_Dummy
(
PLMD::ves
)
WrapAround
(
PLMD::generic
)
FesWeight
(
PLMD::ves
)
OptimalRMSD
(
PLMD
)
x
OFile::Field
(
PLMD
)
Optimizer
(
PLMD::ves
)
IFile::Field
(
PLMD
)
FuncPathMSD::ordering
(
PLMD::function
)
XAngles
(
PLMD::multicolvar
)
FileBase::FieldBase
(
PLMD
)
OrderingVessel
(
PLMD::vesselbase
)
XDistances
(
PLMD::multicolvar
)
FileBase
(
PLMD
)
OrientationSphere
(
PLMD::crystallization
)
XYDistances
(
PLMD::multicolvar
)
FilesHandler
(
PLMD::function
)
OutputBasisFunctions
(
PLMD::ves
)
XYTorsion
(
PLMD::multicolvar
)
FilterBetween
(
PLMD::multicolvar
)
OutputCluster
(
PLMD::adjmat
)
z
FilterLess
(
PLMD::multicolvar
)
OutputFesBias
(
PLMD::ves
)
FilterMore
(
PLMD::multicolvar
)
OutputTargetDistribution
(
PLMD::ves
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ZpathVessel
(
PLMD::mapping
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