- s -

• s : PLMD::Communicator::Status
• s_cutoff2 : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• s_path_ders : PLMD::function::FuncPathGeneral
• safe : PLMD::Plumed::SafePtr , PLMD::RMSDCoreData
• safety : PLMD::funnel::Funnel
• sampled_averages : PLMD::ves::VesBias
• sampled_cross_averages : PLMD::ves::VesBias
• sampling_r_ : PLMD::maze::Optimizer
• sasa_cutoff : PLMD::isdb::SAXS
• sasa_type : PLMD::sasa::SASA_HASEL , PLMD::sasa::SASA_LCPO
• SASAparam : PLMD::sasa::SASA_HASEL
• savedIndices : PLMD::colvar::PathMSDBase
• savedInputLines : PLMD::ActionShortcut
• savedOutputs : PLMD::ActionShortcut
• saveGaussian : PLMD::Random
• saxs : PLMD::isdb::SAXS
• scalar : PLMD::molfile::molfile_volumetric_readwrite_t
• scalar_out : PLMD::function::Highest , PLMD::function::Moments , PLMD::function::Sort
• scale : PLMD::isdb::RDC
• scale_ : PLMD::bias::External , PLMD::eds::EDS , PLMD::funnel::Funnel , PLMD::isdb::Caliber , PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase , PLMD::ves::BF_Wavelets , PLMD::ves::TD_GeneralizedExtremeValue
• scale_max_ : PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• scale_min_ : PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
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• scaled_ : PLMD::ves::BF_Legendre
• scaled_components : PLMD::colvar::Distance , PLMD::colvar::Position , PLMD::vatom::FixedAtom
• scaling : PLMD::piv::PIV
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• scftype : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
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• section : PLMD::Tools::CriticalSectionWithKey< Key >::Handler
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• seed_ : PLMD::eds::EDS
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• select_value_ : PLMD::bias::PBMetaD
• selector : PLMD::GenericMolInfo
• selector_ : PLMD::bias::PBMetaD , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase , PLMD::isdb::Rescale , PLMD::isdb::Select
• selector_running : PLMD::GenericMolInfo
• serial : PLMD::ActionWithVector , PLMD::colvar::ContactMap , PLMD::colvar::CoordinationBase , PLMD::colvar::EEFSolv , PLMD::isdb::CS2Backbone , PLMD::isdb::SAXS , PLMD::piv::PIV , PLMD::sizeshape::position_linear_proj
• serial_ : PLMD::maze::Optimizer , PLMD::NeighborList , PLMD::s2cm::S2ContactModel , PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• set_coupling_ : PLMD::eds::EDS
• set_zero_outside_range : PLMD::gridtools::EvaluateGridFunction
• setidx : PLMD::molfile::molfile_volumetric_readwrite_t
• sf1 : PLMD::adjmat::BridgeMatrix
• sf2 : PLMD::adjmat::BridgeMatrix
• sfile_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
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• sfunc : PLMD::volumes::VolumeInEnvelope
• shape : PLMD::TypesafePtr , PLMD::Value , plumed_safeptr , plumed_safeptr_x
• shape_ : PLMD::ves::TD_GeneralizedExtremeValue
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• shift : PLMD::BiasWeight , PLMD::generic::FitToTemplate , PLMD::metatensor::vesin::cpu::CellList::Point , PLMD::switchContainers::baseSwitch
• shift_ : PLMD::ves::TD_Grid
• shift_targetdist_to_zero_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• shifts : PLMD::metatensor::vesin::VesinNeighborList , PLMD::Pbc
• shifts_ : PLMD::ves::BF_Wavelets
• shortcutlabel : PLMD::ActionShortcut
• shuffledAtoms : PLMD::DomainDecomposition
• side_chain : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
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• simtemp : PLMD::bias::MaxEnt , PLMD::bias::ReweightBase , PLMD::wham::Wham
• size : PLMD::Communicator::ConstData , PLMD::Communicator::Data , PLMD::molfile::molfile_graphics_t , PLMD::Plumed::SizeLike , PLMD::TypesafePtr::SizeLike , PLMD::WithCmd::SizeLike
• size_ : PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::Shadow , PLMD::mdMemoryView< N, STRIDE > , PLMD::ves::CoeffsMatrix
• slope : PLMD::bias::Restraint , PLMD::funnel::Funnel
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• spin : PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
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• sqdonly : PLMD::function::Stats
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• sqrtdisplace : PLMD::colvar::RMSDVector
• squared : PLMD::colvar::PCARMSD , PLMD::colvar::RMSD , PLMD::colvar::RMSDVector , PLMD::function::LessThan , PLMD::function::MoreThan , PLMD::funnel::FUNNEL_PS , PLMD::matrixtools::MatrixTimesMatrix , PLMD::sizeshape::position_maha_dist
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• ssds_ : PLMD::eds::EDS
• stackSize : PLMD::lepton::ExpressionProgram
• stackTrace : PLMD::Exception
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