- p -

• p : PLMD::F1dim< FCLASS > , PLMD::generic::Plumed , plumed , plumed_function_holder
• P0_contribution_ : PLMD::opes::ECVcustom , PLMD::opes::ECVumbrellasFile , PLMD::opes::ECVumbrellasLine
• p_aligned : PLMD::generic::FitToTemplate
• p_atoms : PLMD::generic::WrapAround
• p_groups : PLMD::generic::WholeMolecules
• p_reference : PLMD::generic::WrapAround
• p_roots : PLMD::generic::WholeMolecules
• pace_ : PLMD::bias::MaxEnt
• paction : PLMD::FlexibleBin
• pair_ : PLMD::generic::WrapAround
• pairs : PLMD::ERMSD , PLMD::matrixtools::MatrixOperationBase , PLMD::metatensor::vesin::VesinNeighborList
• parallelread : PLMD::function::FilesHandler , PLMD::function::FuncSumHills
• parameter : PLMD::colvar::EEFSolv
• parameters : PLMD::function::Combine , PLMD::function::Stats , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• params_ : PLMD::maze::Loss
• parent_to_child : PLMD::Subprocess
• pars_da : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• partition_estimate_ : PLMD::fisst::FISST
• partner : PLMD::GREX
• passMap : PLMD::PlumedMain
• passtools : PLMD::PlumedMain
• past_increment2_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• path : PLMD::FileBase , PLMD::Tools::DirectoryChanger
• path1 : plumed_error
• path2 : plumed_error
• path_cv_values : PLMD::function::FuncPathGeneral
• path_projector : PLMD::mapping::GeometricPath , PLMD::mapping::PathDisplacements , PLMD::mapping::PathReparameterization
• PatternFlag : PLMD::ExchangePatterns
• pbc : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::colvar::Angle , PLMD::colvar::ContactMap , PLMD::colvar::CoordinationBase , PLMD::colvar::DihedralCorrelation , PLMD::colvar::Distance , PLMD::colvar::EEFSolv , PLMD::colvar::ERMSD , PLMD::colvar::Plane , PLMD::colvar::Position , PLMD::colvar::ProjectionOnAxis , PLMD::colvar::Template , PLMD::colvar::Torsion , PLMD::crystdistrib::Quaternion , PLMD::funnel::FUNNEL_PS , PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject , PLMD::isdb::CS2Backbone , PLMD::isdb::FretEfficiency , PLMD::isdb::JCoupling , PLMD::isdb::NOE , PLMD::isdb::PRE , PLMD::isdb::RDC , PLMD::isdb::SAXS , PLMD::PbcAction , PLMD::piv::PIV , PLMD::sizeshape::position_linear_proj , PLMD::sizeshape::position_maha_dist
• pbc_ : PLMD::GridBase , PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::Shadow , PLMD::maze::Optimizer , PLMD::NeighborList , PLMD::s2cm::S2ContactModel
• pbc_action : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift , PLMD::generic::FitToTemplate , PLMD::generic::ResetCell , PLMD::vatom::ArgsToVatom
• pbc_fwd : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::PbcAction
• pbc_param : PLMD::contour::DistanceFromContour
• pbox : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• pca_names : PLMD::colvar::PCARMSD
• pdb : PLMD::funnel::FUNNEL_PS , PLMD::GenericMolInfo
• pdb_atom_indices : PLMD::generic::DumpPDB
• pdb_fwd : PLMD::GenericMolInfo
• pdb_resid_indices : PLMD::generic::DumpPDB
• pdbv : PLMD::colvar::PathMSDBase , PLMD::colvar::PCARMSD
• pDdStep : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• period_ : PLMD::fisst::FISST
• periodic : PLMD::refdist::Difference
• periodic_ : PLMD::metatensor::vesin::BoundingBox , PLMD::ves::BasisFunctions , PLMD::ves::TD_Grid
• periodicity : PLMD::HistogramBead , PLMD::Value
• periods_ : PLMD::ves::TD_VonMises
• perp : PLMD::volumes::VolumeCavity , PLMD::volumes::VolumeTetrapore
• perp_dirs : PLMD::contour::DistanceFromContour
• pf_n_ : PLMD::bias::PBMetaD
• pfactor : PLMD::function::Moments
• pfbox : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• pfhold_ : PLMD::bias::PBMetaD
• pForces : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• pfs_ : PLMD::bias::PBMetaD
• pGatindex : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• phases : PLMD::vatom::Center
• phivs : PLMD::logmfd::LogMFD
• physical_time : PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• pid : PLMD::Subprocess
• pilots : PLMD::PlumedMain
• plumed : PLMD::Action , PLMD::ActionOptions , PLMD::ActionSet , PLMD::FileBase , PLMD::PlumedMain::DeprecatedAtoms
• plumedDat : PLMD::PlumedMain
• plumedMain : PLMD::GREX
• pNLocalAtoms : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• pntrToECVsClass_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• pointer : PLMD::Communicator::ConstData , PLMD::Communicator::Data
• points : PLMD::function::Piecewise , PLMD::funnel::FUNNEL_PS
• pos : PLMD::molfile::md_atom , PLMD::molfile::md_ts , PLMD::volumes::VolumeInEnvelope
• pos1 : PLMD::contour::DistanceFromContour
• pos2 : PLMD::contour::DistanceFromContour
• position : PLMD::isdb::CS2Backbone::RingInfo
• positions : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift , PLMD::generic::Plumed , PLMD::PDB , PLMD::RMSDCoreData
• positions_center : PLMD::RMSD
• positions_center_is_calculated : PLMD::RMSD
• positions_center_is_removed : PLMD::RMSD
• positionsToBeReceived : PLMD::DomainDecomposition::DomainComms
• positionsToBeSent : PLMD::DomainDecomposition::DomainComms
• posx : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• posy : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• posz : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• potential_expansion_pntr : PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
• power : PLMD::function::Ensemble
• powers : PLMD::function::Combine , PLMD::function::Moments
• POXYGENS : PLMD::membranefusion::fusionPoreExpansionP , PLMD::membranefusion::fusionPoreNucleationP
• pPositions : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• pre_fact_ : PLMD::isdb::EMMI
• prec : PLMD::molfile::md_file , PLMD::sizeshape::position_linear_proj , PLMD::sizeshape::position_maha_dist
• prec_f_name : PLMD::sizeshape::position_linear_proj , PLMD::sizeshape::position_maha_dist
• preDfunc : PLMD::switchContainers::rational< isFast, nis2m >
• preDfuncF : PLMD::switchContainers::rational< isFast, nis2m >
• prefactor : PLMD::function::Sum
• prefactor_a_ : PLMD::s2cm::S2ContactModel
• preRes : PLMD::switchContainers::rational< isFast, nis2m >
• pres0_ : PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
• pres_ : PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
• pres_low_ : PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
• pres_size : PLMD::molfile::trx_hdr , PLMD::xdrfile::t_trnheader
• preSecDev : PLMD::switchContainers::rational< isFast, nis2m >
• preSecDevF : PLMD::switchContainers::rational< isFast, nis2m >
• press_ : PLMD::bias::ReweightTemperaturePressure , PLMD::ves::TD_MultithermalMultibaric
• pretty : PLMD::Exception::Location
• prev_exp_alpha_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• prev_pos : PLMD::piv::PIV::SharedData
• prev_stp : PLMD::piv::PIV::SharedData
• previous_fields : PLMD::OFile
• print_charges : PLMD::generic::DumpMassCharge
• print_debug_info_ : PLMD::ves::BasisFunctions
• print_masses : PLMD::generic::DumpMassCharge
• print_stride_ : PLMD::opes::OPESexpanded , PLMD::ves::VesDeltaF
• printFirstStep : PLMD::bias::MaxEnt
• printStride : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• prior_ : PLMD::isdb::EMMI
• prob_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• probability_decreaser_ : PLMD::maze::Simulated_Annealing
• proj : PLMD::function::FuncSumHills , PLMD::sizeshape::position_linear_proj
• projection_args_ : PLMD::ves::VesBias
• property : PLMD::colvar::PathMSDBase::ImagePath
• pseudo_virial_ : PLMD::eds::EDS
• pseudo_virial_sum_ : PLMD::eds::EDS
• pt : PLMD::F1dim< FCLASS >
• ptr : PLMD::GridBase::AcceleratorHandler , PLMD::lepton::AsmJitRuntimePtr , PLMD::PlumedMain::plumed_error_handler , PLMD::RegisterBase< Content >::ID , PLMD::TypesafePtr , plumed_error_filesystem_path , plumed_nothrow_handler , plumed_nothrow_handler_x , plumed_safeptr , plumed_safeptr_x
• ptr_ : PLMD::mdMemoryView< N, STRIDE > , PLMD::MemoryView< N >
• pulling_ : PLMD::maze::Steered_MD
• pval : PLMD::contour::DistanceFromContourBase
• pythonCmd : PLMD::GenericMolInfo