- d -

• D : PLMD::colvar::GHBFIX
• d : PLMD::isdb::SAXS::SplineCoeffs
• D : PLMD::membranefusion::fusionPoreExpansionP
• d : PLMD::RMSDCoreData , PLMD::switchContainers::smapSwitch , PLMD::TensorGeneric< n, m > , PLMD::VectorGeneric< n >
• d0 : PLMD::colvar::GHBFIX , PLMD::switchContainers::baseSwitch
• dampfactor_ : PLMD::bias::MetaD
• damping_off_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• data : PLMD::ActionToGetData , PLMD::mapping::PathProjectionCalculator , PLMD::mapping::PathReparameterization , PLMD::Matrix< T > , PLMD::molfile::molfile_graphics_t , PLMD::Value , PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• data_label_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• database : PLMD::molfile::molfile_metadata_t
• dataCanBeSet : PLMD::ActionToPutData
• dataCnt : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• dataDsp : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• dataname : PLMD::molfile::molfile_volumetric_t
• dataR : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• dataS : PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• date : PLMD::molfile::molfile_metadata_t
• datoms : PLMD::PlumedMain
• datoms_fwd : PLMD::PlumedMain
• db : PLMD::isdb::CS2Backbone
• dbi : PLMD::volumes::VolumeCavity , PLMD::volumes::VolumeTetrapore
• dcenter_cos : PLMD::vatom::Center
• dcenter_sin : PLMD::vatom::Center
• dcross : PLMD::volumes::VolumeCavity , PLMD::volumes::VolumeTetrapore
• dd : PLMD::DomainDecomposition
• ddist_drotation : PLMD::RMSDCoreData
• ddist_drr01 : PLMD::RMSDCoreData
• ddistdpos : PLMD::generic::FitToTemplate
• DDistDRef : PLMD::generic::FitToTemplate
• ddStep : PLMD::DomainDecomposition
• debugClose : PLMD::colvar::PathMSDBase
• decay_constant_ : PLMD::ves::Opt_RobbinsMonroSGD
• decay_w_ : PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• decaying_aver_tau_ : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• defaults : PLMD::Action
• delete_reference : plumed_symbol_table_type_x
• delta : PLMD::sizeshape::position_linear_proj , PLMD::sizeshape::position_maha_dist
• delta_g_ref : PLMD::colvar::EEFSolv
• delta_kernels_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• delta_t : PLMD::logmfd::LogMFD
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• deltaF_name_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• deltaF_size_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• deltaFsOfile_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• DeltaG : PLMD::sasa::SASA_HASEL , PLMD::sasa::SASA_LCPO
• DeltaGValues : PLMD::sasa::SASA_HASEL , PLMD::sasa::SASA_LCPO
• der : PLMD::colvar::RMSD
• der_ : PLMD::Grid , PLMD::SparseGrid
• der_prob_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• derECVs_ : PLMD::opes::ECVcustom , PLMD::opes::ECVlinear , PLMD::opes::ECVmultiThermal , PLMD::opes::ECVumbrellasFile , PLMD::opes::ECVumbrellasLine , PLMD::opes::OPESexpanded
• derECVs_beta_ : PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
• derECVs_pres_ : PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
• deriv : PLMD::switchContainers::leptonSwitch::funcAndDeriv , PLMD::vatom::Center , PLMD::vatom::FixedAtom , PLMD::vatom::Ghost
• derivativeIsZeroWhenValueIsZero : PLMD::Value
• derivatives : PLMD::colvar::Gyration , PLMD::MultiValue
• derivOrder : PLMD::lepton::Operation
• derivs : PLMD::colvar::Angle , PLMD::colvar::DihedralCorrelation , PLMD::colvar::Dipole , PLMD::colvar::Distance , PLMD::colvar::ERMSD , PLMD::colvar::Plane , PLMD::colvar::Position , PLMD::colvar::Torsion , PLMD::crystdistrib::Quaternion
• derivs_s : PLMD::colvar::PathMSDBase
• derivs_z : PLMD::colvar::PathMSDBase
• dernames : PLMD::gridtools::ReadGridInSetup
• derv_ : PLMD::sizeshape::position_maha_dist
• derv_numeric : PLMD::sizeshape::position_linear_proj , PLMD::sizeshape::position_maha_dist
• description : PLMD::generic::DumpPDB
• description_ : PLMD::ves::BasisFunctions , PLMD::ves::Optimizer
• desired_vectors : PLMD::matrixtools::DiagonalizeMatrix
• detailedTimers : PLMD::generic::Debug , PLMD::PlumedMain
• deuter_conc : PLMD::isdb::SAXS
• device : PLMD::metatensor::vesin::VesinNeighborList
• deviceid : PLMD::isdb::SAXS
• dexp_ : PLMD::isdb::EMMI
• Dftilde_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• diag : PLMD::Pbc
• diagonal_ : PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::TD_Gaussian
• diagonal_hessian_ : PLMD::ves::Optimizer , PLMD::ves::VesBias
• diagzero : PLMD::matrixtools::OuterProduct
• diff_ : PLMD::opes::OPESexpanded
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• dij : PLMD::adjmat::BridgeMatrix
• dik : PLMD::adjmat::BridgeMatrix
• dim : PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
• dim_string_prefix : PLMD::ves::MD_LinearExpansionPES
• dimension : PLMD::drr::UIestimator::n_matrix , PLMD::drr::UIestimator::n_vector< T > , PLMD::drr::UIestimator::UIestimator , PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject
• dimension_ : PLMD::GridBase , PLMD::ves::TargetDistribution
• dimension_labels_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• dimout : PLMD::dimred::ArrangePoints , PLMD::dimred::ProjectPoints
• dir : PLMD::contour::DistanceFromContour , PLMD::F1dim< FCLASS > , PLMD::volumes::VolumeInCylinder
• dir_n : PLMD::contour::FindContourSurface
• direct : PLMD::piv::PIV
• direction : PLMD::contour::FindContourSurface
• directory : PLMD::generic::Plumed
• dirv : PLMD::contour::DistanceFromContour
• dirv2 : PLMD::contour::DistanceFromContour
• disp_ : PLMD::opes::OPESexpanded
• displace : PLMD::colvar::RMSDVector , PLMD::funnel::FUNNEL_PS , PLMD::RMSD , PLMD::RMSDCoreData
• displace_v : PLMD::mapping::PathDisplacements
• displace_value : PLMD::mapping::PathReparameterization
• displacement : PLMD::colvar::RMSDVector
• displacements : PLMD::mapping::PathDisplacements
• dist : PLMD::RMSDCoreData , PLMD::sizeshape::position_maha_dist
• dist_ : PLMD::maze::Random_Acceleration_MD
• dist_target : PLMD::dimred::ArrangePoints
• distance : PLMD::colvar::PathMSDBase::ImagePath
• distance_ : PLMD::NeighborList
• distanceIsMSD : PLMD::RMSDCoreData
• distanceOHSwitch : PLMD::adjmat::HbondMatrix
• distanceOOSwitch : PLMD::adjmat::HbondMatrix
• Distances : PLMD::dimred::SMACOF
• distances : PLMD::metatensor::vesin::VesinNeighborList
• distder : PLMD::colvar::PathMSDBase::ImagePath
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• distribution_x_y : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
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• do_pbc_ : PLMD::NeighborList
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• do_reweight_ : PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
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• do_transf_ : PLMD::ves::BF_Custom
• doAtEnd : PLMD::function::FunctionOfVector< T >
• doCheckPoint : PLMD::Action , PLMD::PlumedMain
• docmdist : PLMD::colvar::ContactMap
• docomp : PLMD::colvar::ContactMap
• documentation : PLMD::Keywords
• docylinder : PLMD::volumes::VolumeInCylinder
• doemst : PLMD::generic::WholeMolecules
• Doffset_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• doInt : PLMD::function::FuncSumHills
• doInt_ : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD , PLMD::BiasRepresentation
• domains : PLMD::function::FuncPathGeneral , PLMD::generic::EffectiveEnergyDrift
• domax : PLMD::matrixtools::OuterProduct
• domin : PLMD::gridtools::FindGridOptimum , PLMD::matrixtools::OuterProduct
• done_average : PLMD::bias::MaxEnt
• done_in_chain : PLMD::ActionWithVector
• doneigh : PLMD::piv::PIV
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• dox : PLMD::volumes::VolumeAround
• doy : PLMD::volumes::VolumeAround
• doz : PLMD::volumes::VolumeAround
• dp2cutoff : PLMD::gridtools::KDE
• dpcutoff_ : PLMD::isdb::EMMI
• dperp : PLMD::volumes::VolumeCavity , PLMD::volumes::VolumeTetrapore
• dpotdk : PLMD::bias::MovingRestraint
• drmsd_targets : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• drotation_drr01 : PLMD::RMSDCoreData
• drotationPosCloseDrr01 : PLMD::colvar::PathMSDBase
• drotdpos : PLMD::generic::FitToTemplate
• DS : PLMD::membranefusion::fusionPoreNucleationP
• dscale_ : PLMD::isdb::EMMI
• Dscale_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• dsigma : PLMD::colvar::Dimer
• dsigma_ : PLMD::isdb::EMMI
• Dsigma_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• dsigmas : PLMD::colvar::Dimer
• DSMEM : PLMD::membranefusion::fusionPoreExpansionP , PLMD::membranefusion::fusionPoreNucleationP , PLMD::membranefusion::memFusionP
• dtype : PLMD::KernelFunctions
• dummyVariables : PLMD::lepton::CompiledExpression
• dvar : PLMD::isdb::Caliber
• dx : PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject
• dx_ : PLMD::GridBase
• dynamic_buffer : PLMD::Plumed::CString
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• dynamic_targetdist_fileoutput_active_ : PLMD::ves::VesBias
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