- c -

• c : PLMD::colvar::GHBFIX
• C : PLMD::colvar::GHBFIX
• c : PLMD::isdb::SAXS::SplineCoeffs
• C : PLMD::molfile::md_box , PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• c : PLMD::switchContainers::smapSwitch
• c_aa : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• c_aa_prev : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• c_aa_succ : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• cache_set : PLMD::OpenMP::OpenMPVars
• cacheline_size : PLMD::OpenMP::OpenMPVars
• calc : PLMD::F1dim< FCLASS >
• calc2 : PLMD::F1dim< FCLASS >
• calc_data_ : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• calc_max_bias_ : PLMD::bias::MetaD
• calc_rct_ : PLMD::bias::MetaD
• calc_reweightfactor_ : PLMD::ves::VesBias
• calc_transition_bias_ : PLMD::bias::MetaD
• calc_work_ : PLMD::bias::MetaD , PLMD::opes::OPESexpanded , PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• callstack : PLMD::Exception
• callstack_n : PLMD::Exception
• camshift : PLMD::isdb::CS2Backbone
• capacity : PLMD::metatensor::vesin::cpu::GrowableNeighborList
• capacity_ : PLMD::maze::Memetic
• carthessian : PLMD::molfile::molfile_qm_hessian_t
• cauchy_mean_alpha_ : PLMD::maze::Memetic
• cauchy_mean_beta_ : PLMD::maze::Memetic
• cdocs : PLMD::Keywords
• cell_volume : PLMD::adjmat::TopologyMatrix
• cells_ : PLMD::metatensor::vesin::cpu::CellList
• cells_shape_ : PLMD::metatensor::vesin::cpu::CellList
• center : PLMD::bias::MetaD::Gaussian , PLMD::bias::PBMetaD::Gaussian , PLMD::generic::FitToTemplate , PLMD::gridtools::KDE , PLMD::KernelFunctions , PLMD::opes::OPESmetad< mode >::kernel
• center_ : PLMD::eds::EDS , PLMD::fisst::FISST , PLMD::ves::TD_GeneralizedExtremeValue
• center_positions : PLMD::generic::FitToTemplate
• center_values_ : PLMD::eds::EDS
• centeredpositions : PLMD::generic::FitToTemplate
• centers : PLMD::pamm::HBPammMatrix
• centers_ : PLMD::opes::ECVumbrellasFile , PLMD::opes::ECVumbrellasLine , PLMD::ves::BF_Gaussians , PLMD::ves::TD_ExponentiallyModifiedGaussian , PLMD::ves::TD_Gaussian , PLMD::ves::TD_GeneralizedNormal , PLMD::ves::TD_VonMises
• cfact_ : PLMD::isdb::EMMI
• CGOLD : PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• cgtol : PLMD::dimred::ArrangePoints , PLMD::dimred::ProjectPoints , PLMD::gridtools::FindGridOptimum
• chain : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift , PLMD::molfile::molfile_atom_t , PLMD::PDB
• charge : PLMD::molfile::molfile_atom_t , PLMD::Units , PLMD::vatom::FixedAtom
• charge_types : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_t
• charges : PLMD::ActionAtomistic , PLMD::colvar::Angle , PLMD::colvar::DihedralCorrelation , PLMD::colvar::Dipole , PLMD::colvar::Distance , PLMD::colvar::Plane , PLMD::colvar::Position , PLMD::colvar::Torsion , PLMD::crystdistrib::Quaternion , PLMD::generic::Plumed , PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_t
• chargeString : PLMD::Units
• chargesWereSet : PLMD::ActionAtomistic
• chargev : PLMD::ActionAtomistic
• check_multiplication_vars : PLMD::function::Custom
• check_nan_inf_ : PLMD::ves::BF_Custom , PLMD::ves::TargetDistribution
• check_nonnegative_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• check_normalization_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• chemicalshifts : PLMD::isdb::CS2Backbone
• child_to_parent : PLMD::Subprocess
• children : PLMD::lepton::ExpressionTreeNode
• citations : PLMD::PlumedMain
• citations_fwd : PLMD::PlumedMain
• ckey : PLMD::Keywords
• cl : PLMD::Matrix< T >
• clearnextstep : PLMD::generic::Accumulate , PLMD::mapping::PathDisplacements
• clearOnEachCycle : PLMD::ActionWithMatrix
• clearstride : PLMD::generic::Accumulate , PLMD::generic::Collect , PLMD::mapping::PathDisplacements
• cloned : PLMD::FileBase
• cloned_file : PLMD::generic::Read
• close_file_read : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• close_file_write : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• cltool : PLMD::PlumedMain
• cluster_sizes : PLMD::clusters::ClusteringBase
• clustr : PLMD::clusters::ClusterWeights
• cmd : plumed_plumedmain_function_holder_x
• cmd_nothrow : plumed_symbol_table_type_x
• cmd_safe : plumed_symbol_table_type_x
• cmd_safe_nothrow : plumed_symbol_table_type_x
• cnames : PLMD::Keywords
• co_bb : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• co_da : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• co_ring : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• co_sc_ : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• co_sphere : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• co_xd : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• code : plumed_error
• coding_len_ : PLMD::maze::Memetic
• coeff : PLMD::function::annfunc::ANN
• coeff_ : PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
• coeff_poly : PLMD::symfunc::SphericalHarmonic
• coefficients : PLMD::function::Combine , PLMD::function::FuncPathGeneral
• coeffs_descriptions_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• coeffs_f_name : PLMD::sizeshape::position_linear_proj
• coeffs_fnames : PLMD::ves::VesBias
• coeffs_id_prefix_ : PLMD::ves::VesBias
• coeffs_mask_pntrs_ : PLMD::ves::Optimizer
• coeffs_output_fmt_ : PLMD::ves::Optimizer
• coeffs_pntrs_ : PLMD::ves::Optimizer , PLMD::ves::VesBias
• coeffs_type_ : PLMD::ves::CoeffsBase
• coeffs_wstride_ : PLMD::ves::Optimizer
• coeffsOFiles_ : PLMD::ves::Optimizer
• coeffssetid_prefix_ : PLMD::ves::Optimizer
• col_starts : PLMD::valtools::Concatenate
• color : PLMD::clusters::DFSClustering
• columns : PLMD::function::FuncPathGeneral
• colvar_atoms : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• com : PLMD::piv::PIV
• com_ : PLMD::maze::Random_Acceleration_MD , PLMD::maze::Steered_MD
• combinedgradient_pntrs_ : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• combinedgradient_wstride_ : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• combinedgradientOFiles_ : PLMD::ves::Opt_BachAveragedSGD
• comm : PLMD::Action , PLMD::CLToolMain , PLMD::FileBase , PLMD::LinkCells , PLMD::NeighborList , PLMD::PlumedMain
• comm_fwd : PLMD::CLToolMain , PLMD::PlumedMain
• comm_self : PLMD::generic::Plumed
• communicator : PLMD::Communicator
• comp : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• CompDer : PLMD::piv::PIV
• components : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase , PLMD::colvar::Cell , PLMD::colvar::Dipole , PLMD::colvar::Distance , PLMD::function::Stats
• compos : PLMD::piv::PIV
• compute_hessian_ : PLMD::ves::VesBias
• computeRefClose : PLMD::colvar::PathMSDBase
• CONNECTparam : PLMD::sasa::SASA_HASEL
• cons_fputs : PLMD::molfile::molfile_plugin_t
• Const : PLMD::isdb::RDC
• const_fields : PLMD::OFile
• constant : PLMD::colvar::DHEnergy , PLMD::FileBase::FieldBase , PLMD::isdb::PRE
• constants : PLMD::lepton::CompiledExpression
• content : PLMD::RegisterBase< Content >::ContentAndFullPath
• contour : PLMD::contour::ContourFindingBase , PLMD::contour::DistanceFromContourBase
• contour_location : PLMD::Grid
• cooling_factor_ : PLMD::maze::Simulated_Annealing
• cooling_scheme_ : PLMD::maze::Simulated_Annealing
• coord : PLMD::vatom::FixedAtom , PLMD::vatom::Ghost
• coords : PLMD::molfile::molfile_timestep_t
• copy_assign_is_noop : PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, false > , PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, true >
• correlation_ : PLMD::ves::TD_Gaussian
• count : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator , PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_metadata , PLMD::molfile::molfile_timestep_metadata
• count_y : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• counter_ : PLMD::opes::OPESexpanded , PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• coupl : PLMD::isdb::RDC
• coupling_accum_ : PLMD::eds::EDS
• coupling_rate_ : PLMD::eds::EDS
• covar2_ : PLMD::eds::EDS
• covar_ : PLMD::eds::EDS
• cPIV : PLMD::piv::PIV::SharedData
• cpositions : PLMD::RMSDCoreData
• cpositions_is_calculated : PLMD::RMSDCoreData
• cpositions_is_removed : PLMD::RMSDCoreData
• create : PLMD::ActionRegisterPointers , PLMD::CLToolRegisterPointers , plumed_plumedmain_function_holder_x
• create_reference : plumed_symbol_table_type_x
• creference : PLMD::RMSDCoreData
• creference_is_calculated : PLMD::RMSDCoreData
• creference_is_removed : PLMD::RMSDCoreData
• cross : PLMD::piv::PIV , PLMD::volumes::VolumeCavity , PLMD::volumes::VolumeTetrapore
• csatoms : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• cstring : PLMD::Keywords
• ctypes : PLMD::Keywords
• current_avg_force_ : PLMD::fisst::FISST
• current_coupling_ : PLMD::eds::EDS
• current_index : PLMD::dimred::ArrangePoints
• current_stepsizes : PLMD::ves::Optimizer
• current_stride_ : PLMD::bias::MetaD
• current_value_ : PLMD::bias::PBMetaD
• custom_lambdas_ : PLMD::opes::ECVmultiThermalBaric
• cutoff : PLMD::adjmat::DistanceMatrix , PLMD::ERMSD , PLMD::HistogramBead , PLMD::metatensor::vesin::VesinOptions
• cutoff2_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• cutoffwasset : PLMD::LinkCells
• cv0_ : PLMD::maze::OptimizerBias
• cv_var_idx_ : PLMD::ves::TD_Custom
• cv_var_lepton_refs_ : PLMD::ves::TD_Custom
• cv_var_prefix_str_ : PLMD::ves::TD_Custom
• cv_var_str_ : PLMD::ves::TD_Custom
• cx : PLMD::Minimise1DBrent< FCLASS >
• cycles : PLMD::Stopwatch::Watch
• cylinder_sw : PLMD::adjmat::TopologyMatrix