Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- s -

• s : PLMD::Communicator::Status
• S : PLMD::isdb::SAXS
• S2ContactModel() : PLMD::s2cm::S2ContactModel
• s_cutoff2 : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• s_path_ders : PLMD::function::FuncPathGeneral
• safe : PLMD::Plumed::SafePtr , PLMD::RMSDCoreData
• SafePtr() : PLMD::Plumed::SafePtr
• safety : PLMD::funnel::Funnel
• sameShape() : PLMD::ves::CoeffsBase , PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• sampled_averages : PLMD::ves::VesBias
• sampled_cross_averages : PLMD::ves::VesBias
• sampling_r_ : PLMD::maze::Optimizer
• sampling_radius() : PLMD::maze::Optimizer
• sasa_calculate() : PLMD::isdb::SAXS
• sasa_cutoff : PLMD::isdb::SAXS
• SASA_HASEL() : PLMD::sasa::SASA_HASEL
• SASA_LCPO() : PLMD::sasa::SASA_LCPO
• sasa_type : PLMD::sasa::SASA_HASEL , PLMD::sasa::SASA_LCPO
• SASAparam : PLMD::sasa::SASA_HASEL
• savedIndices : PLMD::colvar::PathMSDBase
• savedInputLines : PLMD::ActionShortcut
• savedOutputs : PLMD::ActionShortcut
• saveGaussian : PLMD::Random
• savePositions() : PLMD::GREX
• saveValueAsDouble() : PLMD::DataPassingObject , PLMD::DataPassingObjectTyped< T >
• SAXS() : PLMD::isdb::SAXS
• saxs : PLMD::isdb::SAXS
• SC_FLAT : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• SC_GAUSS : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• scalar : PLMD::molfile::molfile_volumetric_readwrite_t
• scalar_out : PLMD::function::Highest , PLMD::function::Moments , PLMD::function::Sort
• scale : PLMD::isdb::RDC
• scale_ : PLMD::bias::External , PLMD::eds::EDS , PLMD::funnel::Funnel , PLMD::isdb::Caliber , PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase , PLMD::ves::BF_Wavelets , PLMD::ves::TD_GeneralizedExtremeValue
• scale_max_ : PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• scale_min_ : PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• scale_mu_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• scale_prior_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• scaleAllValues() : PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• scaleAllValuesAndDerivatives() : PLMD::Grid
• scaled_ : PLMD::ves::BF_Legendre
• scaled_components : PLMD::colvar::Distance , PLMD::colvar::Position , PLMD::vatom::FixedAtom
• scaledToReal() : PLMD::Pbc
• scaleEnergy() : PLMD::isdb::EMMI
• scaling : PLMD::piv::PIV
• scanField() : PLMD::IFile
• scanFieldList() : PLMD::IFile
• scanOneHill() : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD , PLMD::function::FilesHandler
• scfenergies : PLMD::molfile::molfile_qm_timestep_t
• scftype : PLMD::molfile::molfile_qm_sysinfo_t
• score : PLMD::maze::Member , PLMD::maze::Optimizer
• score_best_ : PLMD::maze::Memetic
• score_mean() : PLMD::maze::Memetic
• score_member() : PLMD::maze::Memetic
• score_members() : PLMD::maze::Memetic
• score_worst_ : PLMD::maze::Memetic
• search() : PLMD::Brent1DRootSearch< FCLASS >
• SEC : PLMD::lepton::Operation
• Sec() : PLMD::lepton::Operation
• SECH : PLMD::lepton::Operation
• second : PLMD::generic::DumpMassCharge
• SecondaryStructureRMSD() : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• section : PLMD::Tools::CriticalSectionWithKey< Key >::Handler
• seed : PLMD::bias::ABMD , PLMD::landmarks::FarthestPointSampling
• seed_ : PLMD::eds::EDS
• segid : PLMD::molfile::molfile_atom_t
• select() : PLMD::ActionSet
• Select() : PLMD::isdb::Select , PLMD::lepton::Operation
• SELECT : PLMD::lepton::Operation
• select_value_ : PLMD::bias::PBMetaD
• SelectComponents() : PLMD::valtools::SelectComponents
• selection_roulette() : PLMD::maze::Memetic
• selectLatest() : PLMD::ActionSet
• SelectMassCharge() : PLMD::colvar::SelectMassCharge
• selectNot() : PLMD::ActionSet
• selector : PLMD::GenericMolInfo
• Selector() : PLMD::isdb::MetainferenceBase , PLMD::isdb::Selector
• selector_ : PLMD::bias::PBMetaD , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase , PLMD::isdb::Rescale , PLMD::isdb::Select
• selector_running : PLMD::GenericMolInfo
• selectWithLabel() : PLMD::ActionSet
• SelectWithMask() : PLMD::valtools::SelectWithMask
• sequence_t : PLMD::isdb::CS2Backbone
• SER : PLMD::isdb::CS2Backbone , PLMD::isdb::SAXS
• SER_BB : PLMD::isdb::SAXS
• SER_SC1 : PLMD::isdb::SAXS
• serial : PLMD::ActionWithVector , PLMD::AtomNumber , PLMD::colvar::ContactMap , PLMD::colvar::CoordinationBase , PLMD::colvar::EEFSolv , PLMD::isdb::CS2Backbone , PLMD::isdb::SAXS , PLMD::piv::PIV , PLMD::sizeshape::position_linear_proj
• serial_ : PLMD::maze::Optimizer , PLMD::NeighborList , PLMD::s2cm::S2ContactModel , PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• set() : PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT > , PLMD::HistogramBead , PLMD::LeptonCall , PLMD::RMSD , PLMD::SwitchingFunction , PLMD::TypesafePtr , PLMD::Value , PLMD::ves::FermiSwitchingFunction
• set_capacity() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity > , PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT > , PLMD::maze::Memetic
• set_cauchy_mean() : PLMD::maze::Memetic
• set_cauchy_spread() : PLMD::maze::Memetic
• set_coding_len() : PLMD::maze::Memetic
• Set_comm() : PLMD::ActionForInterface , PLMD::ActionToPutData , PLMD::Communicator , PLMD::DomainDecomposition
• set_coupling_ : PLMD::eds::EDS
• set_data() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• set_data_ptr() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity > , PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT >
• set_default() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• set_distance() : PLMD::metatensor::vesin::cpu::GrowableNeighborList
• Set_fcomm() : PLMD::Communicator
• set_label() : PLMD::maze::Optimizer
• set_local_search_rate() : PLMD::maze::Memetic
• set_local_search_type() : PLMD::maze::Memetic
• set_mating_rate() : PLMD::maze::Memetic
• set_memory() : PLMD::ActionToGetData
• set_mutation_rate() : PLMD::maze::Memetic
• set_n_global_iterations() : PLMD::maze::Memetic
• set_n_iterations() : PLMD::maze::Optimizer
• set_n_local_iterations() : PLMD::maze::Memetic
• set_n_threads_openmp() : PLMD::maze::Optimizer
• set_nl_cutoff() : PLMD::maze::Optimizer
• set_nl_stride() : PLMD::maze::Optimizer
• set_opt() : PLMD::maze::Optimizer
• set_opt_value() : PLMD::maze::Optimizer
• set_optimizer_stride() : PLMD::maze::Optimizer
• set_pair() : PLMD::metatensor::vesin::cpu::GrowableNeighborList
• set_rank_openmp() : PLMD::maze::Optimizer
• set_sampling_radius() : PLMD::maze::Optimizer
• set_shift() : PLMD::metatensor::vesin::cpu::GrowableNeighborList
• set_size() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity > , PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT >
• set_stride_openmp() : PLMD::maze::Optimizer
• set_to_inline_storage() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• set_to_zero() : PLMD::Tools
• set_value() : PLMD::drr::UIestimator::n_matrix , PLMD::drr::UIestimator::n_vector< T >
• set_vector() : PLMD::metatensor::vesin::cpu::GrowableNeighborList
• set_zero_outside_range : PLMD::gridtools::EvaluateGridFunction
• setAlign() : PLMD::RMSD
• setAllCoeffsDescriptions() : PLMD::ves::CoeffsBase
• setAllCoeffsSetIterationCounters() : PLMD::ves::Optimizer
• setAllDimensionLabels() : PLMD::ves::CoeffsBase
• setAllUniformIntegralsToZero() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setAllValuesToZero() : PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• setArgDerivatives() : PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setArgumentNames() : PLMD::PDB
• setArgumentValue() : PLMD::PDB
• setAtomNumbers() : PLMD::PDB
• setAtomPositions() : PLMD::PDB
• setAtomsContiguous() : PLMD::DomainDecomposition
• setAtomsDerivatives() : PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::Colvar , PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setAtomsGatindex() : PLMD::DomainDecomposition
• setAtomsNlocal() : PLMD::DomainDecomposition
• setBackupString() : PLMD::OFile
• setBias() : PLMD::bias::Bias
• setBiasGridNeeded() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setBiasMaximumToZero() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setBiasMinimumToZero() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setBiasOutputStride() : PLMD::ves::Optimizer
• setBiasWithoutCutoffGridNeeded() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setBounds() : PLMD::CheckInRange , PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject
• setBox() : PLMD::Pbc
• setBoxDerivatives() : PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::Colvar , PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setBoxDerivativesNoPbc() : PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::Colvar
• setCalcData() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setCharge() : PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::Units
• setCoeffDescription() : PLMD::ves::CoeffsBase
• setCol() : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• setCollectEnergy() : PLMD::PlumedMain::DeprecatedAtoms
• setComponentsIntroduction() : PLMD::Keywords
• setConstant() : PLMD::Value
• setCurrentBiasMaxValue() : PLMD::ves::VesBias
• setCurrentStepSize() : PLMD::ves::Optimizer
• setCurrentStepSizes() : PLMD::ves::Optimizer
• setCutoff() : PLMD::LinkCells
• setData() : PLMD::DataPassingObject , PLMD::DataPassingObjectTyped< T > , PLMD::KernelFunctions
• setDataLabel() : PLMD::ves::CoeffsBase
• setDerivative() : PLMD::function::Function , PLMD::MultiValue , PLMD::Value
• setDerivativeIsZeroWhenValueIsZero() : PLMD::Value
• setDerivatives() : PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setDescription() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setDimension() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setDimensionLabel() : PLMD::ves::CoeffsBase
• setDisplace() : PLMD::RMSD
• setDisplayName() : PLMD::Keywords
• setDomain() : PLMD::Value
• setDynamic() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setEndPlumed() : PLMD::PlumedMain
• setEnergy() : PLMD::Units
• setEnergyValue() : PLMD::PlumedMain
• setExchangeStep() : PLMD::PlumedMain
• setExtraCV() : PLMD::ActionAtomistic
• setFesGridNeeded() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setFesOutputStride() : PLMD::ves::Optimizer
• setFesProjOutputStride() : PLMD::ves::Optimizer
• setFlag() : PLMD::ExchangePatterns
• setForcedNormalization() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setForcePointer() : PLMD::ActionForInterface , PLMD::ActionToPutData , PLMD::DataPassingObject , PLMD::DataPassingObjectTyped< T > , PLMD::DomainDecomposition
• setForcesOnAtoms() : PLMD::ActionAtomistic
• setForcesOnCell() : PLMD::ActionAtomistic
• setForceUnit() : PLMD::DataPassingObject
• setFromVector() : PLMD::Matrix< T >
• setFullPath() : PLMD::ActionOptions
• setGlobalPosition() : PLMD::ActionAtomistic
• setGradients() : PLMD::ActionWithArguments , PLMD::Value
• setGradientsIfNeeded() : PLMD::ActionForInterface , PLMD::ActionWithValue
• setGridBins() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion , PLMD::ves::VesBias
• setGridDerivatives() : PLMD::Value
• setGridElement() : PLMD::gridtools::GridSearch< FCLASS >
• setGridMax() : PLMD::ves::VesBias
• setGridMin() : PLMD::ves::VesBias
• setHeavyFlush() : PLMD::FileBase
• setidx : PLMD::molfile::molfile_volumetric_readwrite_t
• setIndex() : PLMD::AtomNumber
• setInputData() : PLMD::CLTool
• setInputForce() : PLMD::PlumedMain
• setInputValue() : PLMD::PlumedMain
• setInterval() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setIntervalBounded() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setIntervalNonBounded() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setIntrinsicInterval() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setIterationCounter() : PLMD::ves::CoeffsBase , PLMD::ves::Optimizer
• setIterationCounterAndTime() : PLMD::ves::CoeffsBase
• setKernelType() : PLMD::HistogramBead
• setLabel() : PLMD::ves::BasisFunctions , PLMD::ves::CoeffsBase
• setLabelPrefix() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setLabels() : PLMD::ves::BasisFunctions , PLMD::ves::CoeffsBase
• setLastUpdate() : PLMD::NeighborList
• setLength() : PLMD::Units
• setLinePrefix() : PLMD::OFile
• setLinkCellCutoff() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase
• setMass() : PLMD::ActionWithVirtualAtom , PLMD::Units
• setMatrixBookeepingElement() : PLMD::Value
• setMatrixBookeepingStart() : PLMD::Value
• setMetaDer() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setMinimumOfTargetDistGridToZero() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setMinToZero() : PLMD::Grid
• setMissingKey() : PLMD::ExceptionRegisterError
• setNarg() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setNelemAndShape() : PLMD::TypesafePtr
• setNofR() : PLMD::ExchangePatterns
• setNonPeriodic() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setNotPeriodic() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::Value
• setNumberOfBasisFunctions() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setNumberOfIndices() : PLMD::MultiValue
• setNumberOfMatrixRowDerivatives() : PLMD::MultiValue
• setNumericalIntegrationBins() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setOperation() : PLMD::lepton::ExpressionProgram
• setOption() : PLMD::Action
• setOrder() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setOutputFmt() : PLMD::GridBase , PLMD::ves::CoeffsBase
• setOutputForce() : PLMD::bias::Bias
• setParallel() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setParameter() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setParameters() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setPbc() : PLMD::PbcAction
• setPeriodic() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::ves::BasisFunctions
• setPeriodicityForOutputs() : PLMD::function::FunctionTemplateBase , PLMD::function::Moments , PLMD::function::Piecewise , PLMD::function::Sort , PLMD::refdist::Difference , PLMD::symfunc::CylindricalHarmonic , PLMD::symfunc::SphericalHarmonic
• setPosition() : PLMD::ActionWithVirtualAtom
• setPositionInMatrixStash() : PLMD::Value
• setPositions() : PLMD::PDB
• setPositionsCenter() : PLMD::RMSDCoreData
• setPositionsCenterIsRemoved() : PLMD::RMSDCoreData
• setPrefactor() : PLMD::function::FunctionTemplateBase , PLMD::function::Sum
• setReference() : PLMD::ERMSD , PLMD::RMSD
• setReferenceCenter() : PLMD::RMSDCoreData
• setReferenceCenterIsRemoved() : PLMD::RMSDCoreData
• setReferenceConfiguration() : PLMD::mapping::PathProjectionCalculator
• setReferenceConfigurations() : PLMD::colvar::RMSDVector
• setRemainingToDefault() : PLMD::CLTool
• setRequestList() : PLMD::NeighborList
• setRescaledToBias() : PLMD::BiasRepresentation
• setRestart() : PLMD::PlumedMain
• setRow() : PLMD::TensorGeneric< n, m >
• setScore() : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• setSecondTaskIndex() : PLMD::MultiValue
• setSeed() : PLMD::ExchangePatterns , PLMD::Random
• setSerial() : PLMD::AtomNumber , PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setShape() : PLMD::Value
• setSplitIndex() : PLMD::MultiValue
• setStart() : PLMD::ActionForInterface , PLMD::ActionToPutData , PLMD::DataPassingObject , PLMD::DomainDecomposition
• setStatic() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setStepOfLastBiasGridUpdate() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setStepOfLastBiasWithoutCutoffGridUpdate() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setStepOfLastFesGridUpdate() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setStepSize() : PLMD::ves::Optimizer
• setStepSizes() : PLMD::ves::Optimizer
• setStride() : PLMD::ActionForInterface , PLMD::ActionPilot , PLMD::ActionToPutData , PLMD::DataPassingObject , PLMD::DomainDecomposition
• setStyle() : PLMD::Keywords::KeyType
• setSuffix() : PLMD::PlumedMain
• setSymmetric() : PLMD::Value
• setTargetDistAverages() : PLMD::ves::VesBias
• setTargetDistAveragesToZero() : PLMD::ves::VesBias
• setTargetDistOutputStride() : PLMD::ves::Optimizer
• setTargetDistProjOutputStride() : PLMD::ves::Optimizer
• setTaskIndex() : PLMD::MultiValue
• setTime() : PLMD::Units , PLMD::ves::CoeffsBase
• setType() : PLMD::RMSD , PLMD::ves::BasisFunctions , PLMD::ves::CoeffsBase
• setUniformIntegral() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setUniformIntegrals() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setUnit() : PLMD::ActionToPutData , PLMD::DataPassingObject
• setUnits() : PLMD::PlumedMain
• setup() : PLMD::function::FunctionTemplateBase , PLMD::gridtools::EvaluateGridFunction , PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject
• setupAdditionalGrids() : PLMD::ves::TargetDistribution , PLMD::ves::TD_Custom , PLMD::ves::TD_LinearCombination , PLMD::ves::TD_ProductCombination , PLMD::ves::TD_ProductDistribution , PLMD::ves::TD_Uniform
• setupBasisFunctionsInfo() : PLMD::ves::CoeffsBase
• setupBF() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setupBiasCutoff() : PLMD::ves::TargetDistribution , PLMD::ves::VesBias
• setupBiasFileOutput() : PLMD::ves::VesBias , PLMD::ves::VesLinearExpansion
• setupBiasGrid() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setupConstants() : PLMD::colvar::EEFSolv
• setupConstantValues() : PLMD::Action
• setupExponentiallyDecayingAveraging() : PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• setupFesFileOutput() : PLMD::ves::VesBias , PLMD::ves::VesLinearExpansion
• setupFesGrid() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setupFesProjFileOutput() : PLMD::ves::VesBias , PLMD::ves::VesLinearExpansion
• setupFesProjGrid() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setupForTask() : PLMD::ActionWithMatrix , PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase , PLMD::adjmat::Neighbors , PLMD::adjmat::TorsionsMatrix , PLMD::crystdistrib::QuaternionBondProductMatrix , PLMD::crystdistrib::QuaternionProductMatrix , PLMD::function::FunctionOfMatrix< T > , PLMD::matrixtools::MatrixTimesMatrix , PLMD::matrixtools::MatrixTimesVector , PLMD::matrixtools::OuterProduct , PLMD::matrixtools::Voronoi , PLMD::valtools::VStack
• setupGeneralGrid() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setupGrid() : PLMD::ves::WaveletGrid
• setupGrids() : PLMD::ves::TargetDistribution
• setupHASELparam() : PLMD::sasa::SASA_HASEL
• setupHistogramBeads() : PLMD::gridtools::KDE
• setupInterfaceActions() : PLMD::PlumedMain
• setupInterval() : PLMD::ves::BasisFunctions
• setupLabels() : PLMD::ves::BasisFunctions , PLMD::ves::BF_Combined , PLMD::ves::BF_Cosine , PLMD::ves::BF_Fourier , PLMD::ves::BF_Gaussians , PLMD::ves::BF_Powers , PLMD::ves::BF_Sine , PLMD::ves::BF_Wavelets
• setupLCPOparam() : PLMD::isdb::SAXS , PLMD::sasa::SASA_LCPO
• setupMatrices() : PLMD::ves::WaveletGrid
• setupMatrix() : PLMD::ves::CoeffsMatrix
• setupMaxSurfMap() : PLMD::sasa::SASA_HASEL , PLMD::sasa::SASA_LCPO
• setupNeighborsVector() : PLMD::gridtools::KDE
• setupOFiles() : PLMD::ves::Optimizer
• setupOnFirstStep() : PLMD::contour::ContourFindingBase , PLMD::fourier::FourierTransform , PLMD::gridtools::ActionWithGrid , PLMD::gridtools::FindGridOptimum , PLMD::gridtools::FunctionOfGrid< T > , PLMD::gridtools::InterpolateGrid , PLMD::gridtools::KDE , PLMD::gridtools::ReadGridInSetup
• setupOutObservable() : PLMD::fisst::FISST
• setupOutRestart() : PLMD::eds::EDS , PLMD::fisst::FISST
• setupPeriodicity() : PLMD::Value
• setupPrintValue() : PLMD::OFile
• setupRegions() : PLMD::volumes::ActionVolume , PLMD::volumes::VolumeAround , PLMD::volumes::VolumeCavity , PLMD::volumes::VolumeInCylinder , PLMD::volumes::VolumeInEnvelope , PLMD::volumes::VolumeInSphere , PLMD::volumes::VolumeTetrapore
• setupStreamedComponents() : PLMD::ActionWithMatrix , PLMD::ActionWithVector , PLMD::colvar::MultiColvarTemplate< T > , PLMD::function::FunctionOfMatrix< T > , PLMD::function::FunctionOfVector< T >
• setupStretch() : PLMD::switchContainers::baseSwitch
• setupTargetDistFileOutput() : PLMD::ves::VesBias
• setupTargetDistPntr() : PLMD::ves::OutputBasisFunctions
• setupTargetDistProjFileOutput() : PLMD::ves::VesBias
• setupTargetDistribution() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setupThirdAtomBlock() : PLMD::adjmat::AdjacencyMatrixBase
• setupTypeMap() : PLMD::colvar::EEFSolv
• setupUniformIntegrals() : PLMD::ves::BasisFunctions , PLMD::ves::BF_Chebyshev , PLMD::ves::BF_Combined , PLMD::ves::BF_Cosine , PLMD::ves::BF_Fourier , PLMD::ves::BF_Legendre , PLMD::ves::BF_Sine
• setupUniformTargetDistribution() : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• setupValueMap() : PLMD::colvar::EEFSolv
• setupValuesOnFirstStep() : PLMD::contour::ContourFindingBase , PLMD::contour::FindContour , PLMD::contour::FindContourSurface , PLMD::contour::FindSphericalContour
• setValType() : PLMD::Value
• setValue() : PLMD::ActionWithValue , PLMD::Grid , PLMD::GridBase , PLMD::MultiValue , PLMD::SparseGrid , PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• setValueAndDerivatives() : PLMD::Grid , PLMD::GridBase , PLMD::SparseGrid
• setValueDescription() : PLMD::Keywords
• setValuePointer() : PLMD::ActionForInterface , PLMD::ActionToPutData , PLMD::DataPassingObject , PLMD::DataPassingObjectTyped< T > , PLMD::DomainDecomposition
• setValues() : PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• setValuesFromDifferentShape() : PLMD::ves::CoeffsVector
• setVariableLocations() : PLMD::lepton::CompiledExpression
• setWeight() : PLMD::dimred::SMACOF
• sf1 : PLMD::adjmat::BridgeMatrix
• sf2 : PLMD::adjmat::BridgeMatrix
• sfile_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• sfrac : PLMD::mapping::PathReparameterization
• sfs : PLMD::colvar::ContactMap , PLMD::piv::PIV
• sfunc : PLMD::volumes::VolumeInEnvelope
• sgn() : PLMD::logmfd::LogMFD , PLMD::maze::tls
• Shadow() : PLMD::isdb::Shadow
• shape : PLMD::TypesafePtr , PLMD::Value , plumed_safeptr , plumed_safeptr_x
• shape_ : PLMD::ves::TD_GeneralizedExtremeValue
• shapeOfIndices() : PLMD::ves::CoeffsBase
• share() : PLMD::ActionForInterface , PLMD::ActionToPutData , PLMD::DomainDecomposition
• share_data() : PLMD::DataPassingObject , PLMD::DataPassingObjectTyped< T >
• shareAll() : PLMD::ActionForInterface , PLMD::ActionToPutData , PLMD::DomainDecomposition , PLMD::PlumedMain
• shared_ : PLMD::isdb::Rescale
• shareData() : PLMD::PlumedMain
• sharedData : PLMD::piv::PIV
• sharedData_unique : PLMD::piv::PIV
• shell_types : PLMD::molfile::molfile_qm_basis_t
• shift : PLMD::BiasWeight , PLMD::generic::FitToTemplate , PLMD::metatensor::vesin::cpu::CellList::Point , PLMD::switchContainers::baseSwitch
• shift_ : PLMD::ves::TD_Grid
• shift_into_uninitialized() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• shift_targetdist_to_zero_ : PLMD::ves::TargetDistribution
• shifts : PLMD::metatensor::vesin::VesinNeighborList , PLMD::Pbc
• shifts_ : PLMD::ves::BF_Wavelets
• shortcutKeywords() : PLMD::multicolvar::MultiColvarShortcuts , PLMD::symfunc::CoordinationNumbers
• shortcutlabel : PLMD::ActionShortcut
• ShowGraph() : PLMD::cltools::ShowGraph
• shrink_to_fit() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• shrink_to_size() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• Shuffle() : PLMD::Random
• shuffledAtoms : PLMD::DomainDecomposition
• side_chain : PLMD::isdb::CS2Backbone::ChemicalShift
• side_chain_atoms() : PLMD::isdb::CS2Backbone
• sigma : PLMD::adjmat::TopologyMatrix , PLMD::bias::MaxEnt , PLMD::bias::MetaD::Gaussian , PLMD::bias::PBMetaD::Gaussian , PLMD::FlexibleBin , PLMD::opes::OPESmetad< mode >::kernel , PLMD::volumes::ActionVolume , PLMD::volumes::VolumeCavity , PLMD::volumes::VolumeTetrapore
• sigma0_ : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD , PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• sigma0max_ : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD
• sigma0min_ : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD
• sigma_ : PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase , PLMD::opes::ECVumbrellasLine , PLMD::ves::TD_Chi , PLMD::ves::TD_ChiSquared , PLMD::ves::TD_Multicanonical , PLMD::ves::TD_MultithermalMultibaric
• sigma_max_ : PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase , PLMD::ves::TD_Uniform
• sigma_max_est_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• sigma_mean2_ : PLMD::isdb::Caliber , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• sigma_mean2_last_ : PLMD::isdb::Caliber , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• sigma_min_ : PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase , PLMD::opes::OPESmetad< mode > , PLMD::ves::TD_Uniform
• sigma_res : PLMD::isdb::SAXS
• sigma_square : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• sigmamax : PLMD::FlexibleBin
• sigmamax_opt_done_ : PLMD::isdb::Metainference , PLMD::isdb::MetainferenceBase
• sigmamin : PLMD::FlexibleBin
• sigmas_ : PLMD::opes::ECVumbrellasFile , PLMD::ves::TD_ExponentiallyModifiedGaussian , PLMD::ves::TD_Gaussian , PLMD::ves::TD_VonMises
• similarity : PLMD::colvar::PathMSDBase::ImagePath
• SIMPLE : PLMD::RMSD
• simpleAlignment() : PLMD::RMSD
• SimpleMD() : PLMD::cltools::SimpleMD
• simtemp : PLMD::bias::MaxEnt , PLMD::bias::ReweightBase , PLMD::wham::Wham
• Simulated_Annealing() : PLMD::maze::Simulated_Annealing
• SIN : PLMD::lepton::Operation
• Sin() : PLMD::lepton::Operation
• SINH : PLMD::lepton::Operation
• Sinh() : PLMD::lepton::Operation
• size : PLMD::Communicator::ConstData , PLMD::Communicator::Data , PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT > , PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator > , PLMD::Keywords , PLMD::mdMemoryView< N, STRIDE > , PLMD::MemoryView< N > , PLMD::molfile::molfile_graphics_t , PLMD::NeighborList , PLMD::PDB , PLMD::Plumed::SizeLike , PLMD::TypesafePtr::SizeLike , PLMD::WithCmd::SizeLike
• size_ : PLMD::isdb::EMMI , PLMD::isdb::Shadow , PLMD::mdMemoryView< N, STRIDE > , PLMD::ves::CoeffsMatrix
• size_ty : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator > , PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity > , PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT >
• size_type : PLMD::gch::detail::allocator_interface< Allocator > , PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity > , PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• SizeLike() : PLMD::Plumed::SizeLike , PLMD::TypesafePtr::SizeLike , PLMD::WithCmd::SizeLike
• SketchMap() : PLMD::dimred::SketchMap
• SketchMapProjection() : PLMD::dimred::SketchMapProjection
• slope : PLMD::bias::Restraint , PLMD::funnel::Funnel
• SMAC() : PLMD::symfunc::SMAC
• smacof : PLMD::dimred::ArrangePoints
• SMACOF() : PLMD::dimred::SMACOF
• smacof_reg : PLMD::dimred::ArrangePoints
• smacof_tol : PLMD::dimred::ArrangePoints
• SMALL : PLMD::sizeshape::position_linear_proj , PLMD::sizeshape::position_maha_dist
• small_vector() : PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• small_vector_base() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• small_vector_data() : PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, InlineCapacity > , PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, 0 >
• small_vector_data_base() : PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT >
• small_vector_iterator() : PLMD::gch::small_vector_iterator< Pointer, DifferenceType >
• smapSwitch() : PLMD::switchContainers::smapSwitch
• smoothening_ : PLMD::ves::TD_Multicanonical , PLMD::ves::TD_MultithermalMultibaric
• solv_stride : PLMD::isdb::SAXS
• solve() : PLMD::maze::Memetic
• sort() : PLMD::LatticeReduction
• sort_members() : PLMD::maze::Memetic
• sp : PLMD::Subprocess::Handler
• spacing_ : PLMD::ves::BF_CubicBsplines
• SparseGrid() : PLMD::SparseGrid
• specialSymbol() : PLMD::MolDataClass
• specificDescription() : PLMD::switchContainers::baseSwitch , PLMD::switchContainers::cubicSwitch , PLMD::switchContainers::fixedRational< N,, > , PLMD::switchContainers::leptonSwitch , PLMD::switchContainers::nativeqSwitch , PLMD::switchContainers::rational< isFast, nis2m > , PLMD::switchContainers::smapSwitch
• spin : PLMD::molfile::molfile_qm_wavefunction_t
• spline : PLMD::gridtools::EvaluateGridFunction , PLMD::ves::BF_CubicBsplines
• spline_coeffs() : PLMD::isdb::SAXS
• spline_interpolator : PLMD::gridtools::EvaluateGridFunction
• splineInterpolation() : PLMD::gridtools::Interpolator
• Split() : PLMD::Communicator
• split() : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• Sprint() : PLMD::sprint::Sprint
• sqdonly : PLMD::function::Stats
• Sqrt() : PLMD::lepton::Operation
• SQRT : PLMD::lepton::Operation
• sqrt2_pi_ : PLMD::isdb::EMMI
• sqrtdisplace : PLMD::colvar::RMSDVector
• Square() : PLMD::lepton::Operation
• SQUARE : PLMD::lepton::Operation
• squared : PLMD::colvar::PCARMSD , PLMD::colvar::RMSD , PLMD::colvar::RMSDVector , PLMD::function::LessThan , PLMD::function::MoreThan , PLMD::funnel::FUNNEL_PS , PLMD::matrixtools::MatrixTimesMatrix , PLMD::sizeshape::position_maha_dist
• ss_tasks : PLMD::secondarystructure::SecondaryStructureRMSD
• ssds_ : PLMD::eds::EDS
• stack() : PLMD::Exception
• stack_temporary() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >::stack_temporary
• stackSize : PLMD::lepton::ExpressionProgram
• stackTrace : PLMD::Exception
• staged_m : PLMD::RegisterBase< Content >
• start : PLMD::DataPassingObject , PLMD::Stopwatch , PLMD::Stopwatch::Watch , PLMD::Tools::CriticalSectionWithKey< Key >
• start_step_0() : PLMD::maze::Optimizer
• start_step_stride() : PLMD::maze::Optimizer
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• startStep() : PLMD::PlumedMain
• startStop() : PLMD::Stopwatch , PLMD::Stopwatch::Watch , PLMD::Tools::CriticalSectionWithKey< Key >
• startWith() : PLMD::Tools
• stashMatrixElement() : PLMD::MultiValue
• State : PLMD::Stopwatch::Watch
• state : PLMD::Stopwatch::Watch
• stateOfile_ : PLMD::opes::OPESexpanded , PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• static_buffer : PLMD::Plumed::CString
• static_grid_calculated : PLMD::ves::TargetDistribution
• static_targetdist : PLMD::ves::TargetDistribution
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• Stats() : PLMD::function::Stats
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• status_file_name_ : PLMD::isdb::MetainferenceBase
• statusfile_ : PLMD::isdb::EMMI
• statusfilename_ : PLMD::isdb::EMMI
• StatusIgnore : PLMD::Communicator
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• STD : PLMD::isdb::CS2BackboneDB
• std() : PLMD::maze::tls
• Steered_MD() : PLMD::maze::Steered_MD
• Steinhardt() : PLMD::symfunc::Steinhardt
• step : PLMD::bias::MovingRestraint
• STEP : PLMD::lepton::Operation
• Step() : PLMD::lepton::Operation
• step : PLMD::molfile::md_ts , PLMD::molfile::trx_hdr , PLMD::PlumedMain , PLMD::xdrfile::t_trnheader
• step_initial : PLMD::logmfd::LogMFD
• step_of_last_biasgrid_update : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• step_of_last_biaswithoutcutoffgrid_update : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• step_of_last_fesgrid_update : PLMD::ves::LinearBasisSetExpansion
• step_size_ : PLMD::eds::EDS
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• StepSize() : PLMD::ves::Optimizer
• stepsizes_ : PLMD::ves::Optimizer
• stochastic_hill_climbing() : PLMD::maze::Memetic
• stop : PLMD::generic::Plumed , PLMD::PlumedMain , PLMD::Stopwatch::Handler , PLMD::Stopwatch , PLMD::Stopwatch::Watch , PLMD::Subprocess , PLMD::Tools::CriticalSectionWithKey< Key >
• stopFlag : PLMD::PlumedMain
• stopFlag_fwd : PLMD::PlumedMain
• stopNow : PLMD::PlumedMain
• stopwatch : PLMD::piv::PIV , PLMD::PlumedMain
• Stopwatch : PLMD::Stopwatch::Handler , PLMD::Stopwatch , PLMD::Stopwatch::Watch
• stopwatch_fwd : PLMD::piv::PIV , PLMD::PlumedMain
• storage() : PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, InlineCapacity > , PLMD::gch::detail::small_vector_data< Pointer, SizeT, T, 0 >
• storage_ptr() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• store_norm : PLMD::fourier::FourierTransform
• stored : PLMD::crystdistrib::QuaternionBondProductMatrix , PLMD::valtools::VStack
• stored_arg : PLMD::matrixtools::MatrixTimesVector
• stored_arguments : PLMD::function::FunctionOfMatrix< T > , PLMD::function::FunctionOfVector< T >
• stored_matrix1 : PLMD::adjmat::TorsionsMatrix , PLMD::matrixtools::MatrixTimesMatrix
• stored_matrix2 : PLMD::adjmat::TorsionsMatrix , PLMD::matrixtools::MatrixTimesMatrix
• stored_vector1 : PLMD::matrixtools::OuterProduct
• stored_vector2 : PLMD::matrixtools::OuterProduct
• storedata : PLMD::Value
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• str : PLMD::Plumed::CString
• str_max : PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject , PLMD::Value
• str_max_ : PLMD::GridBase
• str_min : PLMD::gridtools::GridCoordinatesObject , PLMD::Value
• str_min_ : PLMD::GridBase
• stream : PLMD::Exception
• streampos : PLMD::Value
• stretch : PLMD::switchContainers::baseSwitch
• stretchA : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD , PLMD::KernelFunctions
• stretchB : PLMD::bias::MetaD , PLMD::bias::PBMetaD , PLMD::KernelFunctions
• stretchedgaussian : PLMD::KernelFunctions
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• stringToType() : PLMD::ves::WaveletGrid
• stripLeadingAndTrailingBlanks() : PLMD::Tools
• style : PLMD::Keywords::KeyType , PLMD::Keywords , PLMD::molfile::molfile_graphics_t
• Subprocess : PLMD::Subprocess::Handler , PLMD::Subprocess
• substituteSimplerExpression() : PLMD::lepton::ParsedExpression
• SUBTRACT : PLMD::lepton::Operation
• Subtract() : PLMD::lepton::Operation
• subtractFromValues() : PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• suffix : PLMD::PlumedMain
• Sum() : PLMD::Communicator
• sum_weights2_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• sum_weights_ : PLMD::opes::OPESmetad< mode >
• sum_x : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• sum_x_square : PLMD::drr::UIestimator::UIestimator
• sumCommMPI() : PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• sumlen : PLMD::mapping::PathReparameterization
• sumMultiSimCommMPI() : PLMD::ves::CoeffsMatrix , PLMD::ves::CoeffsVector
• sumOverDomains() : PLMD::DomainDecomposition
• sumrows : PLMD::matrixtools::MatrixTimesVector
• svd : PLMD::isdb::RDC
• Svol : PLMD::piv::PIV
• sw : PLMD::piv::PIV
• swap() : PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, false > , PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, true > , PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity > , PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT > , PLMD::gch::small_vector< T, InlineCapacity, Allocator >
• swap_allocation() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• swap_capacity() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity > , PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT >
• swap_data_ptr() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity > , PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT >
• swap_default() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• swap_elements() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• swap_is_noop : PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, false > , PLMD::gch::detail::allocator_inliner< Allocator, true >
• swap_size() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity > , PLMD::gch::detail::small_vector_data_base< Pointer, SizeT >
• swap_unequal_no_propagate() : PLMD::gch::detail::small_vector_base< Allocator, InlineCapacity >
• switchGaussian : PLMD::Random
• switchingFunction : PLMD::adjmat::ContactMatrix , PLMD::adjmat::TopologyMatrix , PLMD::colvar::Coordination , PLMD::contour::DistanceFromContourBase , PLMD::dimred::ArrangePoints , PLMD::dimred::ProjectPoints , PLMD::function::LessThan , PLMD::function::MoreThan , PLMD::gridtools::KDE , PLMD::volumes::VolumeInCylinder , PLMD::volumes::VolumeInEnvelope , PLMD::volumes::VolumeInSphere
• SwitchingPlotter() : PLMD::cltools::SwitchingPlotter
• switchTaskReduction() : PLMD::ActionWithVector
• sym_alpha_size_ : PLMD::ves::VesDeltaF
• sym_size : PLMD::molfile::trx_hdr , PLMD::xdrfile::t_trnheader
• symmetric : PLMD::Value
• sz : PLMD::Matrix< T >